Procjenjivač genomske replikacije | Kalkulator broja kopija DNA

Izračunajte brojeve kopija DNA unosom podataka o sekvenci, ciljane sekvence, koncentracije i volumena. Jednostavna, točna procjena genomske replikacije bez složenih konfiguracija ili integracija API-ja.

Procjenjivač genomske replikacije

DNA sekvenca*

Unesite punu DNA sekvencu koju želite analizirati

Ciljna sekvenca*

Unesite specifičnu DNA sekvencu čije pojave želite prebrojati

Koncentracija DNA*

ng/μL

Zapremina uzorka*

μL

Rezultati

Procijenjeni broj kopija

Kopija

Metoda izračuna

Broj kopija se izračunava na temelju broja pojava ciljne sekvence, koncentracije DNA, zapremine uzorka i molekularnih svojstava DNA.

Broj kopija = (Pojave × Koncentracija × Zapremina × 6.022×10²³) ÷ (Duljina DNA × 660 × 10⁹)

Vizualizacija

Unesite valjane DNA sekvence i parametre za prikaz vizualizacije

📚

Dokumentacija

Kalkulator broja kopija genomskog DNK

Uvod u analizu broja kopija DNK

Kalkulator broja kopija genomskog DNK je moćan alat dizajniran za procjenu broja kopija specifične DNK sekvence prisutne u genomskoj uzorku. Analiza broja kopija DNK je osnovna tehnika u molekularnoj biologiji, genetici i kliničkoj dijagnostici koja pomaže istraživačima i kliničarima da kvantificiraju prisutnost određenih DNK sekvenci. Ova kalkulacija je bitna za razne primjene, uključujući studije ekspresije gena, detekciju patogena, kvantifikaciju transgena i dijagnosticiranje genetskih poremećaja karakteriziranih varijacijama u broju kopija (CNVs).

Naš Procjenjivač genomske replikacije pruža jednostavan pristup za izračunavanje broja kopija DNK bez potrebe za složenim konfiguracijama ili API integracijama. Unoseći svoje podatke o DNK sekvenci i ciljnoj sekvenci, zajedno s parametrima koncentracije, možete brzo odrediti broj kopija specifičnih DNK sekvenci u vašem uzorku. Ove informacije su ključne za razumijevanje genetskih varijacija, mehanizama bolesti i optimizaciju eksperimentalnih protokola u istraživanju molekularne biologije.

Nauka iza izračuna broja kopija DNK

Razumijevanje broja kopija DNK

Broj kopija DNK odnosi se na broj puta koji se specifična DNK sekvenca pojavljuje u genomu ili uzorku. U normalnom ljudskom genomu, većina gena postoji u dvije kopije (jedna od svakog roditelja). Međutim, razni biološki procesi i genetski uvjeti mogu dovesti do odstupanja od ovog standarda:

Amplifikacije: Povećan broj kopija (više od dvije kopije)
Delecije: Smanjen broj kopija (manje od dvije kopije)
Dupliciranja: Specifični segmenti duplicirani unutar genoma
Varijacije u broju kopija (CNVs): Strukturne varijacije koje uključuju promjene u broju kopija

Precizno izračunavanje broja kopija DNK pomaže znanstvenicima da razumiju ove varijacije i njihove implikacije za zdravlje i bolesti.

Matematička formula za izračun broja kopija DNK

Broj kopija specifične DNK sekvence može se izračunati pomoću sljedeće formule:

$\text{Broj kopija} = \frac{\text{Pojavljivanja} \times \text{Koncentracija} \times \text{Volumen} \times N_A}{\text{Duljina DNK} \times \text{Prosječna težina baze} \times 10^9}$

Gdje:

Pojavljivanja: Broj puta koliko se ciljana sekvenca pojavljuje u DNK uzorku
Koncentracija: Koncentracija DNK u ng/μL
Volumen: Volumen uzorka u μL
$N_A$ : Avogadrova konstanta (6.022 × 10²³ molekula/mol)
Duljina DNK: Duljina DNK sekvence u baznim parovima
Prosječna težina baze: Prosječna molekulska težina DNK baznog para (660 g/mol)
10^9: Konverzijski faktor iz ng u g

Ova formula uzima u obzir molekulska svojstva DNK i pruža procjenu apsolutnog broja kopija u vašem uzorku.

Objašnjenje varijabli

Pojavljivanja: Ovo se određuje brojanjem koliko puta se ciljana sekvenca pojavljuje unutar pune DNK sekvence. Na primjer, ako se vaša ciljana sekvenca "ATCG" pojavljuje 5 puta u vašem DNK uzorku, vrijednost pojavljivanja bi bila 5.
Koncentracija DNK: Obično mjerena u ng/μL (nanogrami po mikrolitru), ovo predstavlja količinu DNK prisutne u vašoj otopini. Ova vrijednost se obično određuje korištenjem spektrofotometrijskih metoda poput NanoDrop-a ili fluorometrijskih ispitivanja poput Qubit-a.
Volumen uzorka: Ukupni volumen vašeg DNK uzorka u mikrolitrima (μL).
Avogadrova konstanta: Ova temeljna konstanta (6.022 × 10²³) predstavlja broj molekula u jednom molu tvari.
Duljina DNK: Ukupna duljina vaše DNK sekvence u baznim parovima.
Prosječna težina baze: Prosječna molekulska težina DNK baznog para je približno 660 g/mol. Ova vrijednost uzima u obzir prosječnu težinu nukleotida i fosfodiesterske veze u DNK.

Kako koristiti Procjenjivač genomske replikacije

Naš Procjenjivač genomske replikacije pruža korisničko sučelje za brzo i precizno izračunavanje broja kopija DNK. Slijedite ove korake kako biste dobili precizne rezultate:

Korak 1: Unesite svoju DNK sekvencu

U prvom polju za unos, unesite kompletnu DNK sekvencu koju želite analizirati. Ovo bi trebala biti puna sekvenca u kojoj želite brojati pojavljivanja vaše ciljne sekvence.

Važne napomene:

Prihvaćaju se samo standardne DNK baze (A, T, C, G)
Sekvenca nije osjetljiva na velika i mala slova (i "ATCG" i "atcg" se tretiraju isto)
Uklonite sve razmake, brojeve ili posebne znakove iz svoje sekvence

Primjer valjane DNK sekvence:

1ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAG
2

Korak 2: Unesite svoju ciljanju sekvencu

U drugom polju za unos, unesite specifičnu DNK sekvencu koju želite brojati. Ovo je ciljana sekvenca čiji broj kopija želite odrediti.

Zahtjevi:

Ciljana sekvenca mora sadržavati samo standardne DNK baze (A, T, C, G)
Ciljana sekvenca mora biti kraća ili jednaka glavnoj DNK sekvenci
Za točne rezultate, ciljana sekvenca trebala bi predstavljati specifični genetski element od interesa

Primjer valjane ciljne sekvence:

1ATCG
2

Korak 3: Odredite koncentraciju DNK i volumen uzorka

Unesite koncentraciju vašeg DNK uzorka u ng/μL (nanogrami po mikrolitru) i volumen u μL (mikrolitri).

Tipične vrijednosti:

Koncentracija DNK: 1-100 ng/μL
Volumen uzorka: 1-100 μL

Korak 4: Pregledajte svoje rezultate

Nakon unosa svih potrebnih informacija, kalkulator će automatski izračunati broj kopija vaše ciljne sekvence. Rezultat predstavlja procijenjeni broj kopija vaše ciljne sekvence u cijelom uzorku.

Odjeljak rezultata također uključuje:

Vizualizaciju broja kopija
Opciju za kopiranje rezultata u vaš međuspremnik
Detaljno objašnjenje kako je izračun bio izveden

Validacija i rukovanje greškama

Procjenjivač genomske replikacije uključuje nekoliko provjera validacije kako bi osigurao točne rezultate:

Validacija DNK sekvence: Osigurava da unos sadrži samo valjane DNK baze (A, T, C, G).
- Poruka o grešci: "DNK sekvenca mora sadržavati samo A, T, C, G znakove"
Validacija ciljne sekvence: Provjerava da ciljana sekvenca sadrži samo valjane DNK baze i da nije duža od glavne DNK sekvence.
- Poruke o grešci:
  - "Ciljana sekvenca mora sadržavati samo A, T, C, G znakove"
  - "Ciljana sekvenca ne može biti duža od DNK sekvence"
Validacija koncentracije i volumena: Provjerava da su ove vrijednosti pozitivni brojevi.
- Poruke o grešci:
  - "Koncentracija mora biti veća od 0"
  - "Volumen mora biti veći od 0"

Primjene i slučajevi upotrebe

Analiza broja kopija DNK ima brojne primjene u raznim područjima biologije i medicine:

Istraživačke primjene

Studije ekspresije gena: Kvantificiranje broja kopija gena može pomoći u razumijevanju razine i funkcije njegove ekspresije.
Analiza transgenih organizama: Utvrđivanje broja kopija umetnutih gena u genetski modificiranim organizmima kako bi se procijenila učinkovitost integracije.
Kvantifikacija mikroba: Mjerenje abundancije specifičnih mikrobioloških sekvenci u okolišnim ili kliničkim uzorcima.
Testiranje virusnog opterećenja: Kvantificiranje virusnih genoma u uzorcima pacijenata za praćenje napredovanja infekcije i učinkovitosti liječenja.

Kliničke primjene

Dijagnostika raka: Identificiranje amplifikacija ili delecija onkogena i gena supresora tumora.
Dijagnostika genetskih bolesti: Otkrivanje varijacija u broju kopija povezanih s genetskim poremećajima poput Duchenneove mišićne distrofije ili Charcot-Marie-Tooth bolesti.
Farmakogenomika: Razumijevanje kako broj kopija gena utječe na metabolizam lijekova i odgovor.
Prenatalno testiranje: Identificiranje kromosomskih abnormalnosti poput trisomija ili mikrodelecija.

Primjer iz stvarnog života

Istraživački tim koji proučava rak dojke mogao bi koristiti Procjenjivač genomske replikacije za određivanje broja kopija HER2 gena u uzorcima tumora. Amplifikacija HER2 (povećan broj kopija) povezana je s agresivnim rakom dojke i utječe na odluke o liječenju. Izračunavanjem točnog broja kopija, istraživači mogu:

Klasificirati tumore prema HER2 statusu
Korelirati broj kopija s ishodima pacijenata
Praćenje promjena u broju kopija tijekom liječenja
Razviti preciznije dijagnostičke kriterije

Alternativne metode za izračun broja kopija

Iako naš kalkulator pruža jednostavnu metodu za procjenu broja kopija DNK, druge tehnike se također koriste u istraživačkim i kliničkim okruženjima:

Kvantitativna PCR (qPCR): Mjeri amplifikaciju DNK u stvarnom vremenu kako bi odredila početni broj kopija.
Digitalna PCR (dPCR): Dijeli uzorak na tisuće pojedinačnih reakcija kako bi pružila apsolutnu kvantifikaciju bez standardnih krivulja.
Fluorescentna in situ hibridizacija (FISH): Vizualizira i broji specifične DNK sekvence izravno u stanicama ili kromosomima.
Komparativna genomska hibridizacija (CGH): Uspoređuje broj kopija DNK sekvenci između testnog i referentnog uzorka.
Sekvenciranje nove generacije (NGS): Pruža profiliranje broja kopija po cijelom genomu s visokom rezolucijom.

Svaka metoda ima svoje prednosti i ograničenja u pogledu točnosti, troškova, propusnosti i rezolucije. Naš kalkulator nudi brz i pristupačan pristup za inicijalne procjene ili kada specijalizirana oprema nije dostupna.

Povijest analize broja kopija DNK

Koncept broja kopija DNK i njegove važnosti u genetici značajno se razvio tijekom desetljeća:

Rane otkrića (1950-e-1970-e)

Osnova za analizu broja kopija DNK postavljena je otkrićem strukture DNK od strane Watsona i Cricka 1953. godine. Međutim, sposobnost otkrivanja varijacija u broju kopija ostala je ograničena sve do razvoja tehnika molekularne biologije 1970-ih.

Pojava molekularnih tehnika (1980-e)

1980-e su donijele razvoj Southern blotting i in situ hibridizacijskih tehnika koje su omogućile znanstvenicima da otkriju velike promjene u broju kopija. Ove metode su pružile prve uvide u to kako varijacije u broju kopija mogu utjecati na ekspresiju gena i fenotip.

Revolucija PCR-a (1990-e)

Izum i usavršavanje reakcije lančane polimeraze (PCR) od strane Karyja Mullisa revolucionirali su analizu DNK. Razvoj kvantitativne PCR (qPCR) u 1990-ima omogućio je preciznije mjerenje broja kopija DNK i postao je zlatni standard za mnoge primjene.

Genomska era (2000-e-danas)

Završetak projekta ljudskog genoma 2003. godine i pojava mikroarray i sekvenciranja nove generacije dramatično su proširili našu sposobnost otkrivanja i analize varijacija u broju kopija širom cijelog genoma. Ove tehnologije su otkrile da su varijacije u broju kopija mnogo češće i značajnije nego što se ranije mislilo, doprinoseći kako normalnoj genetskoj raznolikosti, tako i bolestima.

Danas su računalne metode i bioinformatički alati dodatno poboljšali našu sposobnost da precizno izračunamo i tumačimo brojeve kopija DNK, čineći ovu analizu dostupnom istraživačima i kliničarima širom svijeta.

Primjeri koda za izračun broja kopija DNK

Evo implementacija izračuna broja kopija DNK na raznim programskim jezicima:

Python implementacija

1def calculate_dna_copy_number(dna_sequence, target_sequence, concentration, volume):
2    """
3    Izračunajte broj kopija ciljne DNK sekvence.
4    
5    Parametri:
6    dna_sequence (str): Kompletna DNK sekvenca
7    target_sequence (str): Ciljna sekvenca za brojanje
8    concentration (float): Koncentracija DNK u ng/μL
9    volume (float): Volumen uzorka u μL
10    
11    Vraća:
12    int: Procijenjeni broj kopija
13    """
14    # Očistite i validirajte sekvence
15    dna_sequence = dna_sequence.upper().replace(" ", "")
16    target_sequence = target_sequence.upper().replace(" ", "")
17    
18    if not all(base in "ATCG" for base in dna_sequence):
19        raise ValueError("DNK sekvenca mora sadržavati samo A, T, C, G znakove")
20    
21    if not all(base in "ATCG" for base in target_sequence):
22        raise ValueError("Ciljna sekvenca mora sadržavati samo A, T, C, G znakove")
23    
24    if len(target_sequence) > len(dna_sequence):
25        raise ValueError("Ciljna sekvenca ne može biti duža od DNK sekvence")
26    
27    if concentration <= 0 or volume <= 0:
28        raise ValueError("Koncentracija i volumen moraju biti veći od 0")
29    
30    # Brojite pojavljivanja ciljne sekvence
31    count = 0
32    pos = 0
33    while True:
34        pos = dna_sequence.find(target_sequence, pos)
35        if pos == -1:
36            break
37        count += 1
38        pos += 1
39    
40    # Konstantne vrijednosti
41    avogadro = 6.022e23  # molekuli/mol
42    avg_base_pair_weight = 660  # g/mol
43    
44    # Izračunajte broj kopija
45    total_dna_ng = concentration * volume
46    total_dna_g = total_dna_ng / 1e9
47    moles_dna = total_dna_g / (len(dna_sequence) * avg_base_pair_weight)
48    total_copies = moles_dna * avogadro
49    copy_number = count * total_copies
50    
51    return round(copy_number)
52
53# Primjer korištenja
54dna_seq = "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG"
55target_seq = "ATCG"
56conc = 10  # ng/μL
57vol = 20   # μL
58
59try:
60    result = calculate_dna_copy_number(dna_seq, target_seq, conc, vol)
61    print(f"Procijenjeni broj kopija: {result:,}")
62except ValueError as e:
63    print(f"Greška: {e}")
64

JavaScript implementacija

1function calculateDnaCopyNumber(dnaSequence, targetSequence, concentration, volume) {
2  // Očistite i validirajte sekvence
3  dnaSequence = dnaSequence.toUpperCase().replace(/\s+/g, '');
4  targetSequence = targetSequence.toUpperCase().replace(/\s+/g, '');
5  
6  // Validacija DNK sekvence
7  if (!/^[ATCG]+$/.test(dnaSequence)) {
8    throw new Error("DNK sekvenca mora sadržavati samo A, T, C, G znakove");
9  }
10  
11  // Validacija ciljne sekvence
12  if (!/^[ATCG]+$/.test(targetSequence)) {
13    throw new Error("Ciljna sekvenca mora sadržavati samo A, T, C, G znakove");
14  }
15  
16  if (targetSequence.length > dnaSequence.length) {
17    throw new Error("Ciljna sekvenca ne može biti duža od DNK sekvence");
18  }
19  
20  if (concentration <= 0 || volume <= 0) {
21    throw new Error("Koncentracija i volumen moraju biti veći od 0");
22  }
23  
24  // Brojite pojavljivanja ciljne sekvence
25  let count = 0;
26  let pos = 0;
27  
28  while (true) {
29    pos = dnaSequence.indexOf(targetSequence, pos);
30    if (pos === -1) break;
31    count++;
32    pos++;
33  }
34  
35  // Konstantne vrijednosti
36  const avogadro = 6.022e23; // molekuli/mol
37  const avgBasePairWeight = 660; // g/mol
38  
39  // Izračunajte broj kopija
40  const totalDnaNg = concentration * volume;
41  const totalDnaG = totalDnaNg / 1e9;
42  const molesDna = totalDnaG / (dnaSequence.length * avgBasePairWeight);
43  const totalCopies = molesDna * avogadro;
44  const copyNumber = count * totalCopies;
45  
46  return Math.round(copyNumber);
47}
48
49// Primjer korištenja
50try {
51  const dnaSeq = "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG";
52  const targetSeq = "ATCG";
53  const conc = 10; // ng/μL
54  const vol = 20;  // μL
55  
56  const result = calculateDnaCopyNumber(dnaSeq, targetSeq, conc, vol);
57  console.log(`Procijenjeni broj kopija: ${result.toLocaleString()}`);
58} catch (error) {
59  console.error(`Greška: ${error.message}`);
60}
61

R implementacija

1calculate_dna_copy_number <- function(dna_sequence, target_sequence, concentration, volume) {
2  # Očistite i validirajte sekvence
3  dna_sequence <- gsub("\\s+", "", toupper(dna_sequence))
4  target_sequence <- gsub("\\s+", "", toupper(target_sequence))
5  
6  # Validacija DNK sekvence
7  if (!grepl("^[ATCG]+$", dna_sequence)) {
8    stop("DNK sekvenca mora sadržavati samo A, T, C, G znakove")
9  }
10  
11  # Validacija ciljne sekvence
12  if (!grepl("^[ATCG]+$", target_sequence)) {
13    stop("Ciljna sekvenca mora sadržavati samo A, T, C, G znakove")
14  }
15  
16  if (nchar(target_sequence) > nchar(dna_sequence)) {
17    stop("Ciljna sekvenca ne može biti duža od DNK sekvence")
18  }
19  
20  if (concentration <= 0 || volume <= 0) {
21    stop("Koncentracija i volumen moraju biti veći od 0")
22  }
23  
24  # Brojite pojavljivanja ciljne sekvence
25  count <- 0
26  pos <- 1
27  
28  while (TRUE) {
29    pos <- regexpr(target_sequence, substr(dna_sequence, pos, nchar(dna_sequence)))
30    if (pos == -1) break
31    count <- count + 1
32    pos <- pos + 1
33  }
34  
35  # Konstantne vrijednosti
36  avogadro <- 6.022e23  # molekuli/mol
37  avg_base_pair_weight <- 660  # g/mol
38  
39  # Izračunajte broj kopija
40  total_dna_ng <- concentration * volume
41  total_dna_g <- total_dna_ng / 1e9
42  moles_dna <- total_dna_g / (nchar(dna_sequence) * avg_base_pair_weight)
43  total_copies <- moles_dna * avogadro
44  copy_number <- count * total_copies
45  
46  return(round(copy_number))
47}
48
49# Primjer korištenja
50tryCatch({
51  dna_seq <- "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG"
52  target_seq <- "ATCG"
53  conc <- 10  # ng/μL
54  vol <- 20   # μL
55  
56  result <- calculate_dna_copy_number(dna_seq, target_seq, conc, vol)
57  cat(sprintf("Procijenjeni broj kopija: %s\n", format(result, big.mark=",")))
58}, error = function(e) {
59  cat(sprintf("Greška: %s\n", e$message))
60})
61

Često postavljana pitanja (FAQ)

Što je broj kopija DNK?

Broj kopija DNK odnosi se na broj puta koji se specifična DNK sekvenca pojavljuje u genomu ili uzorku. U ljudima, većina gena postoji u dvije kopije (jedna od svakog roditelja), ali ovaj broj može varirati zbog genetskih varijacija, mutacija ili procesa bolesti. Izračunavanje broja kopija je važno za razumijevanje genetskih poremećaja, razvoja raka i normalne genetske varijacije.

Koliko je točan Procjenjivač genomske replikacije?

Procjenjivač genomske replikacije pruža teorijski izračun temeljen na molekularnim principima i ulaznim parametrima koje pružite. Njegova točnost ovisi o nekoliko faktora:

Točnost mjerenja koncentracije DNK
Čistoća vašeg DNK uzorka
Specifičnost vaše ciljne sekvence
Točnost mjerenja volumena

Za istraživanje koje zahtijeva izuzetno preciznu kvantifikaciju, tehnike poput digitalne PCR mogu pružiti veću točnost, ali naš kalkulator nudi dobro procjenjivanje za mnoge primjene.

Mogu li koristiti ovaj kalkulator za RNA sekvence?

Ne, ovaj kalkulator je specifično dizajniran za DNK sekvence i koristi DNK-specifične molekulske težine u svojim izračunima. RNA ima različita molekulska svojstva (sadrži uracil umjesto timina i ima različitu molekulski težinu). Za kvantifikaciju RNA trebali bi se koristiti specijalizirani kalkulatori broja kopija RNA.

Koji raspon koncentracije DNK najbolje funkcionira s ovim kalkulatorom?

Kalkulator radi s bilo kojom pozitivnom vrijednošću koncentracije DNK. Međutim, za većinu bioloških uzoraka, koncentracije DNK obično se kreću od 1 do 100 ng/μL. Veoma niske koncentracije (ispod 1 ng/μL) mogu uvesti više nesigurnosti u izračun zbog ograničenja mjerenja.

Kako kalkulator rješava preklapajuće sekvence?

Kalkulator broji svako pojavljivanje ciljne sekvence, čak i ako se preklapaju. Na primjer, u sekvenci "ATATAT", cilj "ATA" bi se brojao dva puta (pozicije 1-3 i 3-5). Ovaj pristup je u skladu s načinom na koji mnoge tehnike molekularne biologije otkrivaju sekvence.

Mogu li koristiti ovaj alat za kvantifikaciju ekspresije gena?

Iako ovaj alat izračunava brojeve kopija DNK, ekspresija gena obično se mjeri na razini RNA. Za analizu ekspresije gena, tehnike poput RT-qPCR, RNA-seq ili mikroarray su prikladnije. Međutim, broj kopija DNK može utjecati na ekspresiju gena, pa su ove analize često komplementarne.

Što trebam učiniti ako moja DNK sekvenca sadrži nejasne baze (N, R, Y, itd.)?

Ovaj kalkulator prihvaća samo standardne DNK baze (A, T, C, G). Ako vaša sekvenca sadrži nejasne baze, trebate ih ili zamijeniti specifičnim bazama na temelju vašeg najboljeg znanja ili ukloniti te dijelove prije korištenja kalkulatora.

Kako kalkulator rješava vrlo velike brojeve kopija?

Kalkulator može obraditi vrlo velike brojeve kopija i prikazati ih u čitljivom formatu. Za izuzetno velike vrijednosti može se koristiti znanstvena notacija. Temeljni izračun održava punu preciznost bez obzira na veličinu rezultata.

Može li se ovaj alat koristiti za određivanje broja kopija plazmida?

Da, možete koristiti ovaj kalkulator za procjenu broja kopija plazmida. Jednostavno unesite kompletnu sekvencu plazmida kao svoju DNK sekvencu i specifičnu regiju od interesa kao svoju ciljnu sekvencu. Pobrinite se da precizno izmjerite plazmidnu DNK za pouzdane rezultate.

Kako koncentracija DNK utječe na izračun broja kopija?

Koncentracija DNK ima izravnu linearno povezanost s izračunatim brojem kopija. Dupliranje koncentracije će udvostručiti procijenjeni broj kopija, pod uvjetom da svi ostali parametri ostanu konstantni. Ovo naglašava važnost točnog mjerenja koncentracije za pouzdane rezultate.

Reference

Bustin, S. A., Benes, V., Garson, J. A., Hellemans, J., Huggett, J., Kubista, M., ... & Wittwer, C. T. (2009). MIQE smjernice: minimalne informacije za objavu eksperimenata kvantitativne real-time PCR. Klinička kemija, 55(4), 611-622.
D'haene, B., Vandesompele, J., & Hellemans, J. (2010). Točno i objektivno profiliranje broja kopija koristeći stvarnu kvantitativnu PCR. Metode, 50(4), 262-270.
Hindson, B. J., Ness, K. D., Masquelier, D. A., Belgrader, P., Heredia, N. J., Makarewicz, A. J., ... & Colston, B. W. (2011). Sustav visoke propusnosti za apsolutnu kvantifikaciju broja kopija DNK. Analitička kemija, 83(22), 8604-8610.
Zhao, M., Wang, Q., Wang, Q., Jia, P., & Zhao, Z. (2013). Računalni alati za otkrivanje varijacija u broju kopija (CNV) koristeći podatke sekvenciranja nove generacije: značajke i perspektive. BMC bioinformatika, 14(11), 1-16.
Redon, R., Ishikawa, S., Fitch, K. R., Feuk, L., Perry, G. H., Andrews, T. D., ... & Hurles, M. E. (2006). Globalna varijacija u broju kopija u ljudskom genomu. Priroda, 444(7118), 444-454.
Zarrei, M., MacDonald, J. R., Merico, D., & Scherer, S. W. (2015). Karta varijacija u broju kopija ljudskog genoma. Prirodne recenzije genetike, 16(3), 172-183.
Stranger, B. E., Forrest, M. S., Dunning, M., Ingle, C. E., Beazley, C., Thorne, N., ... & Dermitzakis, E. T. (2007). Relativni utjecaj nukleotidnih i varijacija u broju kopija na fenotipe ekspresije gena. Znanost, 315(5813), 848-853.
Alkan, C., Coe, B. P., & Eichler, E. E. (2011). Otkriće i genotipizacija strukturnih varijacija genoma. Prirodne recenzije genetike, 12(5), 363-376.

Zaključak

Kalkulator broja kopija genomskog DNK pruža moćan, ali pristupačan način za procjenu broja kopija specifičnih DNK sekvenci u vašim uzorcima. Kombinirajući molekularne principe s dizajnom prilagođenim korisnicima, ovaj alat pomaže istraživačima, studentima i profesionalcima da brzo dobiju vrijedne kvantitativne podatke bez specijalizirane opreme ili složenih protokola.

Razumijevanje broja kopija DNK je bitno za brojne primjene u genetici, molekularnoj biologiji i medicini. Bilo da proučavate amplifikaciju gena u raku, kvantificirate integraciju transgena ili istražujete varijacije u broju kopija u genetskim poremećajima, naš kalkulator nudi jednostavan pristup za dobivanje informacija koje su vam potrebne.

Potičemo vas da isprobate Procjenjivač genomske replikacije s vlastitim DNK sekvencama i istražite kako promjene u koncentraciji, volumenu i ciljanim sekvencama utječu na izračunate brojeve kopija. Ovo praktično iskustvo će produbiti vaše razumijevanje principa molekularne kvantifikacije i pomoći vam da primijenite ove koncepte na svoja specifična istraživačka pitanja.

Za bilo kakva pitanja ili povratne informacije o kalkulatoru, molimo se obratite odjeljku FAQ ili kontaktirajte naš tim za podršku.

💬

Povratne informacije

💬

Kliknite na povratnu informaciju da biste počeli davati povratne informacije o ovom alatu

🔗

Povezani alati

Otkrijte više alata koji bi mogli biti korisni za vaš radni proces