Odhad replikácie genomu | Kalkulačka počtu kópií DNA

Vypočítajte počty kópií DNA zadaním údajov o sekvencii, cieľovej sekvencii, koncentrácii a objeme. Jednoduché, presné odhady replikácie genomu bez zložitých konfigurácií alebo integrácií API.

Odhadovač replikácie genomu

DNA sekvencia*

Zadajte celú DNA sekvenciu, ktorú chcete analyzovať

Cieľová sekvencia*

Zadajte konkrétnu DNA sekvenciu, ktorej výskyty chcete počítať

Koncentrácia DNA*

ng/μL

Objem vzorky*

μL

Výsledky

Odhadovaný počet kópií

Kópia

Metóda výpočtu

Počet kópií sa vypočíta na základe počtu výskytov cieľovej sekvencie, koncentrácie DNA, objemu vzorky a molekulárnych vlastností DNA.

Počet kópií = (Výskyty × Koncentrácia × Objem × 6.022×10²³) ÷ (Dĺžka DNA × 660 × 10⁹)

Vizualizácia

Zadajte platné DNA sekvencie a parametre, aby ste videli vizualizáciu

📚

Dokumentácia

Kalkulátor počtu kópií genomovej DNA

Úvod do analýzy počtu kópií DNA

Kalkulátor počtu kópií genomovej DNA je mocný nástroj navrhnutý na odhad počtu kópií konkrétnej DNA sekvencie prítomnej v genomickej vzorke. Analýza počtu kópií DNA je základná technika v molekulárnej biológii, genetike a klinickej diagnostike, ktorá pomáha výskumníkom a klinikom kvantifikovať množstvo určitých DNA sekvencií. Tento výpočet je nevyhnutný pre rôzne aplikácie, vrátane štúdií génovej expresie, detekcie patogénov, kvantifikácie transgénov a diagnostiky genetických porúch charakterizovaných variáciami počtu kópií (CNV).

Náš Odhadovač genomickej replikácie poskytuje jednoduchý prístup na výpočet počtu kópií DNA bez potreby zložitých konfigurácií alebo integrácií API. Zadaním vašich údajov o DNA sekvencii a cieľovej sekvencii, spolu s parametrami koncentrácie, môžete rýchlo určiť počet kópií konkrétnych DNA sekvencií vo vašej vzorke. Tieto informácie sú kľúčové pre pochopenie genetických variácií, mechanizmov ochorení a optimalizáciu experimentálnych protokolov v molekulárnom biologickom výskume.

Veda za výpočtom počtu kópií DNA

Pochopenie počtu kópií DNA

Počet kópií DNA sa vzťahuje na početkrát, ktoré sa konkrétna DNA sekvencia objavuje v genomike alebo vzorke. V normálnom ľudskom genóme väčšina génov existuje v dvoch kópiách (jedna od každého rodiča). Avšak rôzne biologické procesy a genetické podmienky môžu viesť k odchýlkam od tohto štandardu:

Amplifikácie: Zvýšený počet kópií (viac ako dve kópie)
Deletície: Znížený počet kópií (menej ako dve kópie)
Duplicácie: Špecifické segmenty duplikované v rámci genómu
Variácie počtu kópií (CNV): Štrukturálne variácie zahŕňajúce zmeny v počte kópií

Presné výpočty počtu kópií DNA pomáhajú vedcom pochopiť tieto variácie a ich dôsledky pre zdravie a choroby.

Matematický vzorec na výpočet počtu kópií DNA

Počet kópií konkrétnej DNA sekvencie sa môže vypočítať pomocou nasledujúceho vzorca:

$\text{Počet kópií} = \frac{\text{Výskyty} \times \text{Koncentrácia} \times \text{Objem} \times N_A}{\text{Dĺžka DNA} \times \text{Priemerná hmotnosť bázy} \times 10^9}$

Kde:

Výskyty: Početkrát, ktoré sa cieľová sekvencia objavuje v DNA vzorke
Koncentrácia: Koncentrácia DNA v ng/μL
Objem: Objem vzorky v μL
$N_A$ : Avogadrova konštanta (6.022 × 10²³ molekúl/mol)
Dĺžka DNA: Dĺžka DNA sekvencie v bázových pároch
Priemerná hmotnosť bázy: Priemerná molekulová hmotnosť bázy DNA (660 g/mol)
10^9: Konverzný faktor z ng na g

Tento vzorec zohľadňuje molekulárne vlastnosti DNA a poskytuje odhad absolútneho počtu kópií vo vašej vzorke.

Vysvetlenie premenných

Výskyty: Tento údaj sa určuje počítaním, koľkokrát sa cieľová sekvencia objavuje v celej DNA sekvencii. Napríklad, ak sa vaša cieľová sekvencia "ATCG" objavuje 5-krát vo vašej DNA vzorke, hodnota výskytov by bola 5.
Koncentrácia DNA: Zvyčajne meraná v ng/μL (nanogramy na mikroliter), táto hodnota predstavuje množstvo DNA prítomného vo vašej roztoku. Túto hodnotu zvyčajne určujú spektrofotometrické metódy ako NanoDrop alebo fluorometrické testy ako Qubit.
Objem vzorky: Celkový objem vašej DNA vzorky v mikrolitroch (μL).
Avogadrova číslo: Táto základná konštanta (6.022 × 10²³) predstavuje počet molekúl v jednom mole látky.
Dĺžka DNA: Celková dĺžka vašej DNA sekvencie v bázových pároch.
Priemerná hmotnosť bázy: Priemerná molekulová hmotnosť bázy DNA je približne 660 g/mol. Táto hodnota zohľadňuje priemernú hmotnosť nukleotidov a fosfodiesterových väzieb v DNA.

Ako používať Odhadovač genomickej replikácie

Náš Odhadovač genomickej replikácie poskytuje užívateľsky prívetivé rozhranie na rýchly a presný výpočet počtu kópií DNA. Postupujte podľa týchto krokov, aby ste získali presné výsledky:

Krok 1: Zadajte svoju DNA sekvenciu

V prvom vstupnom poli zadajte úplnú DNA sekvenciu, ktorú chcete analyzovať. Toto by mala byť celá sekvencia, v ktorej chcete počítať výskyty vašej cieľovej sekvencie.

Dôležité poznámky:

Akceptujú sa iba štandardné bázy DNA (A, T, C, G)
Sekvencia nie je citlivá na veľké písmená (obe "ATCG" a "atcg" sú považované za rovnaké)
Odstráňte akékoľvek medzery, čísla alebo špeciálne znaky zo svojej sekvencie

Príklad platnej DNA sekvencie:

1ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAG
2

Krok 2: Zadajte svoju cieľovú sekvenciu

V druhom vstupnom poli zadajte konkrétnu DNA sekvenciu, ktorú chcete počítať. Toto je cieľová sekvencia, ktorej počet kópií chcete určiť.

Požiadavky:

Cieľová sekvencia musí obsahovať iba štandardné bázy DNA (A, T, C, G)
Cieľová sekvencia musí byť kratšia alebo rovná hlavnej DNA sekvencii
Pre presné výsledky by cieľová sekvencia mala reprezentovať konkrétny genetický prvok záujmu

Príklad platnej cieľovej sekvencie:

1ATCG
2

Krok 3: Určte koncentráciu DNA a objem vzorky

Zadajte koncentráciu vašej DNA vzorky v ng/μL (nanogramy na mikroliter) a objem v μL (mikrolitroch).

Typické hodnoty:

Koncentrácia DNA: 1-100 ng/μL
Objem vzorky: 1-100 μL

Krok 4: Zobrazte svoje výsledky

Po zadaní všetkých požadovaných informácií kalkulátor automaticky vypočíta počet kópií vašej cieľovej sekvencie. Výsledok predstavuje odhadovaný počet kópií vašej cieľovej sekvencie v celej vzorke.

Sekcia výsledkov tiež obsahuje:

Vizualizáciu počtu kópií
Možnosť skopírovať výsledok do schránky
Podrobný popis, ako bol výpočet vykonaný

Validácia a spracovanie chýb

Odhadovač genomickej replikácie obsahuje niekoľko validačných kontrol na zabezpečenie presných výsledkov:

Validácia DNA sekvencie: Zabezpečuje, že vstup obsahuje iba platné bázy DNA (A, T, C, G).
- Chybové hlásenie: "DNA sekvencia musí obsahovať iba znaky A, T, C, G"
Validácia cieľovej sekvencie: Kontroluje, či cieľová sekvencia obsahuje iba platné bázy DNA a nie je dlhšia ako hlavná DNA sekvencia.
- Chybové hlásenia:
  - "Cieľová sekvencia musí obsahovať iba znaky A, T, C, G"
  - "Cieľová sekvencia nemôže byť dlhšia ako DNA sekvencia"
Validácia koncentrácie a objemu: Overuje, že tieto hodnoty sú kladné čísla.
- Chybové hlásenia:
  - "Koncentrácia musí byť väčšia ako 0"
  - "Objem musí byť väčší ako 0"

Aplikácie a prípady použitia

Analýza počtu kópií DNA má množstvo aplikácií v rôznych oblastiach biológie a medicíny:

Výskumné aplikácie

Štúdie génovej expresie: Kvantifikácia počtu kópií génu môže pomôcť pochopiť jeho úroveň expresie a funkciu.
Analýza transgénnych organizmov: Určenie počtu kópií vložených génov v geneticky modifikovaných organizmoch na posúdenie efektivity integrácie.
Kvantifikácia mikroorganizmov: Meranie množstva konkrétnych mikrobiálnych sekvencií v environmentálnych alebo klinických vzorkách.
Testovanie vírusovej záťaže: Kvantifikácia vírusových genómov v vzorkách pacientov na sledovanie priebehu infekcie a účinnosti liečby.

Klinické aplikácie

Diagnostika rakoviny: Identifikácia amplifikácií alebo deletcií onkogénov a génov potláčajúcich nádory.
Diagnóza genetických ochorení: Detekcia variácií počtu kópií spojených s genetickými poruchami, ako je Duchenneova svalová dystrofia alebo Charcot-Marie-Toothova choroba.
Farmakogenomika: Pochopenie toho, ako počet kópií ovplyvňuje metabolizmus liekov a odpoveď na liečbu.
Prenatálne testovanie: Identifikácia chromozomálnych abnormalít, ako sú trisómie alebo mikrodeletácie.

Príklad z reálneho sveta

Výskumný tím študujúci rakovinu prsníka by mohol použiť Odhadovač genomickej replikácie na určenie počtu kópií génu HER2 v nádorových vzorkách. Amplifikácia HER2 (zvýšený počet kópií) je spojená s agresívnym typom rakoviny prsníka a ovplyvňuje rozhodovanie o liečbe. Vypočítaním presného počtu kópií môžu výskumníci:

Klasifikovať nádory na základe stavu HER2
Korelovať počet kópií s výsledkami pacientov
Sledovať zmeny v počte kópií počas liečby
Vyvinúť presnejšie diagnostické kritériá

Alternatívy k výpočtu počtu kópií

Aj keď náš kalkulátor poskytuje priamu metódu na odhad počtu kópií DNA, v oblasti výskumu a klinických nastavení sa používajú aj iné techniky:

Kvantitatívna PCR (qPCR): Meria amplifikáciu DNA v reálnom čase na určenie počiatočného počtu kópií.
Digitálna PCR (dPCR): Rozdeľuje vzorku na tisíce individuálnych reakcií na poskytnutie absolútnej kvantifikácie bez štandardných kriviek.
Fluorescenčná in situ hybridizácia (FISH): Vizualizuje a počíta konkrétne DNA sekvencie priamo v bunkách alebo chromozómoch.
Porovnávacia genomická hybridizácia (CGH): Porovnáva počet kópií DNA sekvencií medzi testovacou a referenčnou vzorkou.
Sekvenovanie novej generácie (NGS): Poskytuje profily počtu kópií v celom genóme s vysokým rozlíšením.

Každá metóda má svoje výhody a obmedzenia z hľadiska presnosti, nákladov, priepustnosti a rozlíšenia. Náš kalkulátor ponúka rýchly a prístupný prístup k počiatočným odhadom alebo keď nie je k dispozícii špecializované vybavenie.

História analýzy počtu kópií DNA

Koncept počtu kópií DNA a jeho význam v genetike sa v priebehu desaťročí významne vyvinul:

Ranné objavy (1950-1970)

Základy analýzy počtu kópií DNA boli položené objavom štruktúry DNA Watsonom a Crickom v roku 1953. Avšak schopnosť detekovať variácie v počte kópií zostávala obmedzená až do vývoja techník molekulárnej biológie v 70. rokoch.

Vznik molekulárnych techník (1980)

V 80. rokoch sa vyvinuli techniky ako Southern blotting a in situ hybridizácia, ktoré umožnili vedcom detekovať veľké zmeny počtu kópií. Tieto metódy poskytli prvé pohľady na to, ako môžu variácie počtu kópií ovplyvniť génovú expresiu a fenotyp.

Revolúcia PCR (1990)

Vynález a zdokonalenie Polymerázovej reťazovej reakcie (PCR) Kary Mullisovou revolucionalizovalo analýzu DNA. Vývoj kvantitatívnej PCR (qPCR) v 90. rokoch umožnil presnejšie meranie počtu kópií DNA a stal sa zlatým štandardom pre mnohé aplikácie.

Genomická éra (2000-súčasnosť)

Dokončenie projektu ľudského genómu v roku 2003 a vznik mikroarray a technológií sekvenovania novej generácie dramaticky rozšírili našu schopnosť detekovať a analyzovať variácie počtu kópií v celom genóme. Tieto technológie odhalili, že variácie počtu kópií sú oveľa bežnejšie a významnejšie, než sa predtým predpokladalo, a prispievajú k normálnej genetickej variabilite a ochoreniam.

Dnes, počítačové metódy a bioinformatické nástroje ďalej zlepšili našu schopnosť presne vypočítať a interpretovať počty kópií DNA, čo robí túto analýzu prístupnou pre vedcov a klinikov po celom svete.

Kódové príklady na výpočet počtu kópií DNA

Tu sú implementácie výpočtu počtu kópií DNA v rôznych programovacích jazykoch:

Python Implementácia

1def calculate_dna_copy_number(dna_sequence, target_sequence, concentration, volume):
2    """
3    Vypočíta počet kópií cieľovej DNA sekvencie.
4    
5    Parametre:
6    dna_sequence (str): Úplná DNA sekvencia
7    target_sequence (str): Cieľová sekvencia na počítanie
8    concentration (float): Koncentrácia DNA v ng/μL
9    volume (float): Objem vzorky v μL
10    
11    Návratová hodnota:
12    int: Odhadovaný počet kópií
13    """
14    # Vyčistiť a validovať sekvencie
15    dna_sequence = dna_sequence.upper().replace(" ", "")
16    target_sequence = target_sequence.upper().replace(" ", "")
17    
18    if not all(base in "ATCG" for base in dna_sequence):
19        raise ValueError("DNA sekvencia musí obsahovať iba znaky A, T, C, G")
20    
21    if not all(base in "ATCG" for base in target_sequence):
22        raise ValueError("Cieľová sekvencia musí obsahovať iba znaky A, T, C, G")
23    
24    if len(target_sequence) > len(dna_sequence):
25        raise ValueError("Cieľová sekvencia nemôže byť dlhšia ako DNA sekvencia")
26    
27    if concentration <= 0 or volume <= 0:
28        raise ValueError("Koncentrácia a objem musia byť väčšie ako 0")
29    
30    # Počítať výskyty cieľovej sekvencie
31    count = 0
32    pos = 0
33    while True:
34        pos = dna_sequence.find(target_sequence, pos)
35        if pos == -1:
36            break
37        count += 1
38        pos += 1
39    
40    # Konštanty
41    avogadro = 6.022e23  # molekuly/mol
42    avg_base_pair_weight = 660  # g/mol
43    
44    # Vypočítať počet kópií
45    total_dna_ng = concentration * volume
46    total_dna_g = total_dna_ng / 1e9
47    moles_dna = total_dna_g / (len(dna_sequence) * avg_base_pair_weight)
48    total_copies = moles_dna * avogadro
49    copy_number = count * total_copies
50    
51    return round(copy_number)
52
53# Príklad použitia
54dna_seq = "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG"
55target_seq = "ATCG"
56conc = 10  # ng/μL
57vol = 20   # μL
58
59try:
60    result = calculate_dna_copy_number(dna_seq, target_seq, conc, vol)
61    print(f"Odhadovaný počet kópií: {result:,}")
62except ValueError as e:
63    print(f"Chyba: {e}")
64

JavaScript Implementácia

1function calculateDnaCopyNumber(dnaSequence, targetSequence, concentration, volume) {
2  // Vyčistiť a validovať sekvencie
3  dnaSequence = dnaSequence.toUpperCase().replace(/\s+/g, '');
4  targetSequence = targetSequence.toUpperCase().replace(/\s+/g, '');
5  
6  // Validácia DNA sekvencie
7  if (!/^[ATCG]+$/.test(dnaSequence)) {
8    throw new Error("DNA sekvencia musí obsahovať iba znaky A, T, C, G");
9  }
10  
11  // Validácia cieľovej sekvencie
12  if (!/^[ATCG]+$/.test(targetSequence)) {
13    throw new Error("Cieľová sekvencia musí obsahovať iba znaky A, T, C, G");
14  }
15  
16  if (targetSequence.length > dnaSequence.length) {
17    throw new Error("Cieľová sekvencia nemôže byť dlhšia ako DNA sekvencia");
18  }
19  
20  if (concentration <= 0 || volume <= 0) {
21    throw new Error("Koncentrácia a objem musia byť väčšie ako 0");
22  }
23  
24  // Počítať výskyty cieľovej sekvencie
25  let count = 0;
26  let pos = 0;
27  
28  while (true) {
29    pos = dnaSequence.indexOf(targetSequence, pos);
30    if (pos === -1) break;
31    count++;
32    pos++;
33  }
34  
35  // Konštanty
36  const avogadro = 6.022e23; // molekuly/mol
37  const avgBasePairWeight = 660; // g/mol
38  
39  // Vypočítať počet kópií
40  const totalDnaNg = concentration * volume;
41  const totalDnaG = totalDnaNg / 1e9;
42  const molesDna = totalDnaG / (dnaSequence.length * avgBasePairWeight);
43  const totalCopies = molesDna * avogadro;
44  const copyNumber = count * totalCopies;
45  
46  return Math.round(copyNumber);
47}
48
49// Príklad použitia
50try {
51  const dnaSeq = "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG";
52  const targetSeq = "ATCG";
53  const conc = 10; // ng/μL
54  const vol = 20;  // μL
55  
56  const result = calculateDnaCopyNumber(dnaSeq, targetSeq, conc, vol);
57  console.log(`Odhadovaný počet kópií: ${result.toLocaleString()}`);
58} catch (error) {
59  console.error(`Chyba: ${error.message}`);
60}
61

R Implementácia

1calculate_dna_copy_number <- function(dna_sequence, target_sequence, concentration, volume) {
2  # Vyčistiť a validovať sekvencie
3  dna_sequence <- gsub("\\s+", "", toupper(dna_sequence))
4  target_sequence <- gsub("\\s+", "", toupper(target_sequence))
5  
6  # Validácia DNA sekvencie
7  if (!grepl("^[ATCG]+$", dna_sequence)) {
8    stop("DNA sekvencia musí obsahovať iba znaky A, T, C, G")
9  }
10  
11  # Validácia cieľovej sekvencie
12  if (!grepl("^[ATCG]+$", target_sequence)) {
13    stop("Cieľová sekvencia musí obsahovať iba znaky A, T, C, G")
14  }
15  
16  if (nchar(target_sequence) > nchar(dna_sequence)) {
17    stop("Cieľová sekvencia nemôže byť dlhšia ako DNA sekvencia")
18  }
19  
20  if (concentration <= 0 || volume <= 0) {
21    stop("Koncentrácia a objem musia byť väčšie ako 0")
22  }
23  
24  # Počítať výskyty cieľovej sekvencie
25  count <- 0
26  pos <- 1
27  
28  while (TRUE) {
29    pos <- regexpr(target_sequence, substr(dna_sequence, pos, nchar(dna_sequence)))
30    if (pos == -1) break
31    count <- count + 1
32    pos <- pos + 1
33  }
34  
35  # Konštanty
36  avogadro <- 6.022e23  # molekuly/mol
37  avg_base_pair_weight <- 660  # g/mol
38  
39  # Vypočítať počet kópií
40  total_dna_ng <- concentration * volume
41  total_dna_g <- total_dna_ng / 1e9
42  moles_dna <- total_dna_g / (nchar(dna_sequence) * avg_base_pair_weight)
43  total_copies <- moles_dna * avogadro
44  copy_number <- count * total_copies
45  
46  return(round(copy_number))
47}
48
49# Príklad použitia
50tryCatch({
51  dna_seq <- "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG"
52  target_seq <- "ATCG"
53  conc <- 10  # ng/μL
54  vol <- 20   # μL
55  
56  result <- calculate_dna_copy_number(dna_seq, target_seq, conc, vol)
57  cat(sprintf("Odhadovaný počet kópií: %s\n", format(result, big.mark=",")))
58}, error = function(e) {
59  cat(sprintf("Chyba: %s\n", e$message))
60})
61

Často kladené otázky (FAQ)

Čo je počet kópií DNA?

Počet kópií DNA sa vzťahuje na početkrát, ktoré sa konkrétna DNA sekvencia objavuje v genomike alebo vzorke. U ľudí väčšina génov existuje v dvoch kópiách (jedna od každého rodiča), ale tento počet sa môže líšiť v dôsledku genetických variácií, mutácií alebo procesov ochorenia. Výpočty počtu kópií sú dôležité pre pochopenie genetických porúch, vývoja rakoviny a normálnej genetickej variácie.

Aká presná je Odhadovač genomickej replikácie?

Odhadovač genomickej replikácie poskytuje teoretický výpočet založený na molekulárnych princípoch a vstupných parametroch, ktoré poskytnete. Jeho presnosť závisí od niekoľkých faktorov:

Presnosť merania koncentrácie DNA
Čistota vašej DNA vzorky
Špecifickosť vašej cieľovej sekvencie
Presnosť merania objemu

Pre výskum vyžadujúci mimoriadne presnú kvantifikáciu môžu techniky ako digitálna PCR poskytnúť vyššiu presnosť, ale náš kalkulátor ponúka dobrý odhad pre mnohé aplikácie.

Môžem tento kalkulátor použiť pre RNA sekvencie?

Nie, tento kalkulátor je špecificky navrhnutý pre DNA sekvencie a používa molekulárne hmotnosti špecifické pre DNA vo svojich výpočtoch. RNA má iné molekulárne vlastnosti (obsahuje uracil namiesto tymínu a má inú molekulovú hmotnosť). Pre kvantifikáciu RNA by sa mali používať špecializované kalkulátory počtu kópií RNA.

Aký rozsah koncentrácie DNA funguje najlepšie s týmto kalkulátorom?

Kalkulátor funguje s akoukoľvek kladnou hodnotou koncentrácie DNA. Avšak pre väčšinu biologických vzoriek sa zvyčajne koncentrácie DNA pohybujú od 1 do 100 ng/μL. Veľmi nízke koncentrácie (pod 1 ng/μL) môžu zavádzať viac neistoty do výpočtu kvôli obmedzeniam merania.

Ako kalkulátor zaobchádza s prekrývajúcimi sa sekvenciami?

Kalkulátor počíta každý výskyt cieľovej sekvencie, aj keď sa prekrývajú. Napríklad v sekvencii "ATATAT" by bola cieľová "ATA" počítaná dvakrát (pozície 1-3 a 3-5). Tento prístup je konzistentný s tým, ako mnohé techniky molekulárnej biológie detegujú sekvencie.

Môžem tento nástroj použiť na kvantifikáciu génovej expresie?

Aj keď tento nástroj vypočítava počty kópií DNA, génová expresia sa zvyčajne meria na úrovni RNA. Pre analýzu génovej expresie sú vhodnejšie techniky ako RT-qPCR, RNA-seq alebo mikroarray. Avšak počet kópií DNA môže ovplyvniť génovú expresiu, takže tieto analýzy sú často doplnkové.

Čo by som mal robiť, ak moja DNA sekvencia obsahuje nejednoznačné bázy (N, R, Y atď.)?

Tento kalkulátor akceptuje iba štandardné bázy DNA (A, T, C, G). Ak vaša sekvencia obsahuje nejednoznačné bázy, budete musieť buď nahradiť ich konkrétnymi bázami na základe svojich najlepších znalostí, alebo odstrániť tieto časti pred použitím kalkulátora.

Ako kalkulátor zaobchádza s veľmi veľkými počtami kópií?

Kalkulátor dokáže spracovať veľmi veľké počty kópií a zobrazí ich v čitateľnom formáte. Pre extrémne veľké hodnoty môže byť použitá vedecká notácia. Základný výpočet si zachováva plnú presnosť bez ohľadu na veľkosť výsledku.

Môžem tento nástroj použiť na určenie počtu kópií plazmidu?

Áno, môžete použiť tento kalkulátor na odhad počtu kópií plazmidov. Jednoducho zadajte úplnú sekvenciu plazmidu ako vašu DNA sekvenciu a konkrétnu oblasť záujmu ako vašu cieľovú sekvenciu. Uistite sa, že presne meriate koncentráciu plazmidovej DNA pre spoľahlivé výsledky.

Ako ovplyvňuje koncentrácia DNA výpočet počtu kópií?

Koncentrácia DNA má priamu lineárnu súvislosť s vypočítaným počtom kópií. Dvojnásobenie koncentrácie zdvojnásobí odhadovaný počet kópií, ak všetky ostatné parametre zostanú konštantné. To zdôrazňuje dôležitosť presného merania koncentrácie pre spoľahlivé výsledky.

Odkazy

Bustin, S. A., Benes, V., Garson, J. A., Hellemans, J., Huggett, J., Kubista, M., ... & Wittwer, C. T. (2009). MIQE pokyny: minimálne informácie pre publikovanie experimentov kvantitatívnej real-time PCR. Klinická chémia, 55(4), 611-622.
D'haene, B., Vandesompele, J., & Hellemans, J. (2010). Presné a objektívne profilovanie počtu kópií pomocou real-time kvantitatívnej PCR. Metódy, 50(4), 262-270.
Hindson, B. J., Ness, K. D., Masquelier, D. A., Belgrader, P., Heredia, N. J., Makarewicz, A. J., ... & Colston, B. W. (2011). Systém digitálnej PCR s vysokou priepustnosťou pre absolútnu kvantifikáciu počtu kópií DNA. Analytická chémia, 83(22), 8604-8610.
Zhao, M., Wang, Q., Wang, Q., Jia, P., & Zhao, Z. (2013). Výpočtové nástroje na detekciu variácií počtu kópií (CNV) pomocou údajov z sekvenovania novej generácie: vlastnosti a perspektívy. BMC bioinformatika, 14(11), 1-16.
Redon, R., Ishikawa, S., Fitch, K. R., Feuk, L., Perry, G. H., Andrews, T. D., ... & Hurles, M. E. (2006). Globálna variácia v počte kópií v ľudskej DNA. Príroda, 444(7118), 444-454.
Zarrei, M., MacDonald, J. R., Merico, D., & Scherer, S. W. (2015). Mapa variácií počtu kópií ľudskej DNA. Prehľady prírody genetika, 16(3), 172-183.
Stranger, B. E., Forrest, M. S., Dunning, M., Ingle, C. E., Beazley, C., Thorne, N., ... & Dermitzakis, E. T. (2007). Relatívny dopad nukleotidových a variácií počtu kópií na fenotypy génovej expresie. Vedecké, 315(5813), 848-852.
Alkan, C., Coe, B. P., & Eichler, E. E. (2011). Objavovanie a genotypizácia štrukturálnych variácií genómu. Prehľady prírody genetika, 12(5), 363-376.

Záver

Kalkulátor počtu kópií genomovej DNA poskytuje mocný, ale prístupný spôsob, ako odhadnúť počet kópií konkrétnych DNA sekvencií vo vašich vzorkách. Spojením molekulárnych princípov s užívateľsky prívetivým dizajnom tento nástroj pomáha výskumníkom, študentom a profesionálom rýchlo získať cenné kvantitatívne údaje bez špecializovaného vybavenia alebo zložitých protokolov.

Pochopenie počtu kópií DNA je nevyhnutné pre množstvo aplikácií v genetike, molekulárnej biológii a medicíne. Či už študujete amplifikáciu génov pri rakovine, kvantifikujete integráciu transgénov alebo skúmate variácie počtu kópií pri genetických poruchách, náš kalkulátor ponúka jednoduchý prístup k získaniu informácií, ktoré potrebujete.

Odporúčame vám vyskúšať Odhadovač genomickej replikácie s vašimi vlastnými DNA sekvenciami a preskúmať, ako zmeny v koncentrácii, objeme a cieľových sekvenciách ovplyvňujú vypočítané počty kópií. Táto praktická skúsenosť prehĺbi vaše pochopenie princípov molekulárnej kvantifikácie a pomôže vám aplikovať tieto koncepty na vaše konkrétne výskumné otázky.

Pre akékoľvek otázky alebo spätnú väzbu o kalkulátore sa prosím odkazujte na sekciu FAQ alebo kontaktujte náš podporný tím.

💬

Spätná väzba

💬

Kliknite na spätnú väzbu toastu, aby ste začali poskytovať spätnú väzbu o tomto nástroji

🔗

Súvisiace nástroje

Objavte ďalšie nástroje, ktoré by mohli byť užitočné pre vašu pracovnú postupnosť