Genomisk Replikationsberäknare | DNA Kopiantal Kalkylator

Beräkna DNA-kopiantal genom att ange sekvensdata, målsekvens, koncentration och volym. Enkel, exakt uppskattning av genomisk replikation utan komplexa konfigurationer eller API-integrationer.

Genomisk Replikationsberäknare

DNA-sekvens*

Ange hela DNA-sekvensen du vill analysera

Målssekvens*

Ange den specifika DNA-sekvensen vars förekomster du vill räkna

DNA-koncentration*

ng/μL

Provvolym*

μL

Resultat

Beräknat Kopiantal

Kopia

Beräkningsmetod

Kopiantalet beräknas baserat på antalet förekomster av målssekvensen, DNA-koncentrationen, provvolymen och DNA:s molekylära egenskaper.

Kopiantal = (Förekomster × Koncentration × Volym × 6.022×10²³) ÷ (DNA-längd × 660 × 10⁹)

Visualisering

Ange giltiga DNA-sekvenser och parametrar för att se visualisering

📚

Dokumentation

Genomisk DNA Kopiantal Kalkylator

Introduktion till DNA Kopiantal Analys

Genomisk DNA Kopiantal Kalkylator är ett kraftfullt verktyg som är utformat för att uppskatta antalet kopior av en specifik DNA-sekvens som finns i ett genomiskt prov. DNA kopiantalanalys är en grundläggande teknik inom molekylärbiologi, genetik och klinisk diagnostik som hjälper forskare och kliniker att kvantifiera mängden av specifika DNA-sekvenser. Denna beräkning är avgörande för olika tillämpningar, inklusive genuttrycksstudier, patogendetektion, transgenkvantifiering och diagnostisering av genetiska störningar som kännetecknas av kopitalvariationen (CNVs).

Vår Genomiska Replikations Estimator erbjuder en enkel metod för att beräkna DNA-kopiantal utan att kräva komplexa konfigurationer eller API-integrationer. Genom att mata in dina DNA-sekvensdata och målsökvens, tillsammans med koncentrationsparametrar, kan du snabbt bestämma kopitalet av specifika DNA-sekvenser i ditt prov. Denna information är avgörande för att förstå genetiska variationer, sjukdomsmekanismer och optimera experimentella protokoll inom molekylärbiologisk forskning.

Vetenskapen bakom DNA Kopiantal Beräkning

Förstå DNA Kopiantal

DNA kopiantal avser antalet gånger en specifik DNA-sekvens förekommer i ett genom eller prov. I ett normalt mänskligt genom finns de flesta gener i två kopior (en från varje förälder). Men olika biologiska processer och genetiska tillstånd kan leda till avvikelser från denna standard:

Amplifikationer: Ökat kopiantal (mer än två kopior)
Deletioner: Minskat kopiantal (färre än två kopior)
Dupliceringar: Specifika segment duplicerade inom genomet
Kopiantalvariationer (CNVs): Strukturella variationer som involverar förändringar i antalet kopior

Att noggrant beräkna DNA-kopiantal hjälper forskare att förstå dessa variationer och deras konsekvenser för hälsa och sjukdom.

Matematisk Formel för DNA Kopiantal Beräkning

Kopiantalet av en specifik DNA-sekvens kan beräknas med följande formel:

$\text{Kopiantal} = \frac{\text{Förekomster} \times \text{Koncentration} \times \text{Volym} \times N_A}{\text{DNA-längd} \times \text{Genomsnittlig basparvikt} \times 10^9}$

Där:

Förekomster: Antal gånger målsökvensen förekommer i DNA-provet
Koncentration: DNA-koncentration i ng/μL
Volym: Provvolym i μL
$N_A$ : Avogadro's nummer (6.022 × 10²³ molekyler/mol)
DNA-längd: Längden på DNA-sekvensen i baspar
Genomsnittlig basparvikt: Genomsnittlig molekylvikt av en DNA-baspar (660 g/mol)
10^9: Omvandlingsfaktor från ng till g

Denna formel tar hänsyn till DNA:s molekylära egenskaper och ger en uppskattning av det absoluta kopiantalet i ditt prov.

Variabler Förklarade

Förekomster: Detta bestäms genom att räkna hur många gånger målsökvensen förekommer inom hela DNA-sekvensen. Till exempel, om din målsökvens är "ATCG" och den förekommer 5 gånger i ditt DNA-prov, skulle värdet för förekomster vara 5.
DNA-koncentration: Vanligtvis mätt i ng/μL (nanogram per mikroliter), representerar detta mängden DNA som finns i din lösning. Detta värde bestäms vanligtvis med hjälp av spektrofotometriska metoder som NanoDrop eller fluorometriska tester som Qubit.
Provvolym: Den totala volymen av ditt DNA-prov i mikroliter (μL).
Avogadro's Nummer: Denna grundläggande konstant (6.022 × 10²³) representerar antalet molekyler i en mol av ett ämne.
DNA-längd: Den totala längden av din DNA-sekvens i baspar.
Genomsnittlig basparvikt: Den genomsnittliga molekylvikten av en DNA-baspar är cirka 660 g/mol. Detta värde tar hänsyn till den genomsnittliga vikten av nukleotiderna och fosfodiesterbindningarna i DNA.

Hur man Använder Genomiska Replikations Estimator

Vår Genomiska Replikations Estimator erbjuder ett användarvänligt gränssnitt för att snabbt och noggrant beräkna DNA-kopiantal. Följ dessa steg för att få precisa resultat:

Steg 1: Ange Din DNA-sekvens

I det första inmatningsfältet anger du den fullständiga DNA-sekvensen som du vill analysera. Detta bör vara den fullständiga sekvensen där du vill räkna förekomster av din målsökvens.

Viktiga anteckningar:

Endast standard DNA-baser (A, T, C, G) accepteras
Sekvensen är inte skiftlägeskänslig (både "ATCG" och "atcg" behandlas likadant)
Ta bort eventuella mellanslag, siffror eller specialtecken från din sekvens

Exempel på en giltig DNA-sekvens:

1ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAG
2

Steg 2: Ange Din Målsökvens

I det andra inmatningsfältet anger du den specifika DNA-sekvensen som du vill räkna. Detta är målsökvensen vars kopiantal du vill bestämma.

Krav:

Målsökvensen måste endast innehålla standard DNA-baser (A, T, C, G)
Målsökvensen måste vara kortare än eller lika med huvud-DNA-sekvensen
För noggranna resultat bör målsökvensen representera ett specifikt genetiskt element av intresse

Exempel på en giltig målsökvens:

1ATCG
2

Steg 3: Specificera DNA-koncentration och Provvolym

Ange koncentrationen av ditt DNA-prov i ng/μL (nanogram per mikroliter) och volymen i μL (mikroliter).

Typiska värden:

DNA-koncentration: 1-100 ng/μL
Provvolym: 1-100 μL

Steg 4: Se Dina Resultat

Efter att ha angett all nödvändig information kommer kalkylatorn automatiskt att beräkna kopiantalet av din målsökvens. Resultatet representerar det uppskattade antalet kopior av din målsökvens i hela provet.

Resultatsektionen inkluderar också:

En visualisering av kopiantalet
Alternativet att kopiera resultatet till ditt urklipp
En detaljerad förklaring av hur beräkningen utfördes

Validering och Felhantering

Genom den Genomiska Replikations Estimatorn ingår flera valideringskontroller för att säkerställa noggranna resultat:

Validering av DNA-sekvens: Säkerställer att inmatningen endast innehåller giltiga DNA-baser (A, T, C, G).
- Felmeddelande: "DNA-sekvensen måste endast innehålla A, T, C, G-tecken"
Validering av Målsökvens: Kontrollerar att målsökvensen endast innehåller giltiga DNA-baser och inte är längre än huvud-DNA-sekvensen.
- Felmeddelanden:
  - "Målsökvensen måste endast innehålla A, T, C, G-tecken"
  - "Målsökvensen kan inte vara längre än DNA-sekvensen"
Validering av Koncentration och Volym: Verifierar att dessa värden är positiva tal.
- Felmeddelanden:
  - "Koncentration måste vara större än 0"
  - "Volym måste vara större än 0"

Tillämpningar och Användningsfall

DNA kopiantalanalys har många tillämpningar inom olika områden av biologi och medicin:

Forskningsapplikationer

Genuttrycksstudier: Kvantifiering av antalet kopior av en gen kan hjälpa till att förstå dess uttrycksnivå och funktion.
Analys av Transgena Organismer: Bestämning av kopiantalet av insatta gener i genetiskt modifierade organismer för att bedöma integrations effektivitet.
Mikrobiell Kvantifiering: Mätning av mängden av specifika mikrobiella sekvenser i miljö- eller kliniska prover.
Viral Belastningstestning: Kvantifiering av virala genom i patientprover för att övervaka infektionens progression och behandlingens effektivitet.

Kliniska Tillämpningar

Cancerdiagnostik: Identifiering av amplifikationer eller deletioner av onkogener och tumörsupressor-gener.
Diagnos av Genetiska Sjukdomar: Upptäckte kopitalvariationer kopplade till genetiska störningar som Duchenne muskeldystrofi eller Charcot-Marie-Tooth sjukdom.
Farmakogenomik: Förstå hur genkopiantal påverkar läkemedelsmetabolism och respons.
Prenatal Testning: Identifiering av kromosomala avvikelser som trisomier eller mikrodeletioner.

Verkligt Exempel

Ett forskarteam som studerar bröstcancer kan använda Genomiska Replikations Estimator för att bestämma kopiantalet av HER2-genen i tumörprover. HER2-amplifikation (ökat kopiantal) är kopplad till aggressiv bröstcancer och påverkar behandlingsbeslut. Genom att beräkna det exakta kopiantalet kan forskarna:

Klassificera tumörer baserat på HER2-status
Korrelera kopiantal med patientresultat
Övervaka förändringar i kopiantal under behandling
Utveckla mer precisa diagnostiska kriterier

Alternativ till Kopiantal Beräkning

Även om vår kalkylator erbjuder en enkel metod för att uppskatta DNA-kopiantal, används även andra tekniker inom forsknings- och kliniska miljöer:

Kvantitativ PCR (qPCR): Mäter DNA-amplifikation i realtid för att bestämma initialt kopiantal.
Digital PCR (dPCR): Partitionerar provet i tusentals individuella reaktioner för att ge absolut kvantifiering utan standardkurvor.
Fluorescens In Situ Hybridisering (FISH): Visualiserar och räknar specifika DNA-sekvenser direkt i celler eller kromosomer.
Jämförande Genom Hybridisering (CGH): Jämför kopiantalet av DNA-sekvenser mellan ett test- och referensprov.
Next-Generation Sequencing (NGS): Ger genomomfattande kopiantalprofilering med hög upplösning.

Varje metod har sina fördelar och begränsningar när det gäller noggrannhet, kostnad, genomströmning och upplösning. Vår kalkylator erbjuder en snabb och tillgänglig metod för initiala uppskattningar eller när specialiserad utrustning inte är tillgänglig.

Historik om DNA Kopiantal Analys

Konceptet DNA kopiantal och dess betydelse inom genetik har utvecklats avsevärt under årtiondena:

Tidiga Upptäckter (1950-talet-1970-talet)

Grunden för DNA kopiantalanalys lades med upptäckten av DNA-strukturen av Watson och Crick 1953. Men förmågan att upptäcka variationer i kopiantal förblev begränsad tills utvecklingen av molekylärbiologiska tekniker på 1970-talet.

Framväxt av Molekylära Tekniker (1980-talet)

1980-talet såg utvecklingen av Southern blotting och in situ hybridiseringstekniker som gjorde det möjligt för forskare att upptäcka stora kopital förändringar. Dessa metoder gav de första inblickarna i hur kopitalvariationer kunde påverka genuttryck och fenotyp.

PCR Revolution (1990-talet)

Uppfinningen och förfiningen av Polymerase Chain Reaction (PCR) av Kary Mullis revolutionerade DNA-analys. Utvecklingen av kvantitativ PCR (qPCR) på 1990-talet möjliggjorde mer exakt mätning av DNA-kopiantal och blev guldstandarden för många tillämpningar.

Genom Era (2000-talet-Nuvarande)

Avslutningen av Human Genome Project 2003 och framväxten av mikroarray och next-generation sequencing-teknologier har dramatiskt utökat vår förmåga att upptäcka och analysera kopitalvariationer över hela genomet. Dessa teknologier har visat att kopitalvariationer är mycket vanligare och betydelsefulla än tidigare trott, vilket bidrar till både normal genetisk variation och sjukdom.

Idag har datorbaserade metoder och bioinformatikverktyg ytterligare förbättrat vår förmåga att noggrant beräkna och tolka DNA-kopiantal, vilket gör denna analys tillgänglig för forskare och kliniker över hela världen.

Kodexempel för DNA Kopiantal Beräkning

Här är implementationer av DNA kopiantalberäkningen i olika programmeringsspråk:

Python Implementation

1def calculate_dna_copy_number(dna_sequence, target_sequence, concentration, volume):
2    """
3    Beräkna kopiantalet av en målsökvens DNA.
4    
5    Parametrar:
6    dna_sequence (str): Den kompletta DNA-sekvensen
7    target_sequence (str): Den målsökvens som ska räknas
8    concentration (float): DNA-koncentration i ng/μL
9    volume (float): Provvolym i μL
10    
11    Returerar:
12    int: Uppskattat kopiantal
13    """
14    # Rensa och validera sekvenser
15    dna_sequence = dna_sequence.upper().replace(" ", "")
16    target_sequence = target_sequence.upper().replace(" ", "")
17    
18    if not all(base in "ATCG" for base in dna_sequence):
19        raise ValueError("DNA-sekvensen måste endast innehålla A, T, C, G-tecken")
20    
21    if not all(base in "ATCG" for base in target_sequence):
22        raise ValueError("Målsökvensen måste endast innehålla A, T, C, G-tecken")
23    
24    if len(target_sequence) > len(dna_sequence):
25        raise ValueError("Målsökvensen kan inte vara längre än DNA-sekvensen")
26    
27    if concentration <= 0 or volume <= 0:
28        raise ValueError("Koncentration och volym måste vara större än 0")
29    
30    # Räkna förekomster av målsökvens
31    count = 0
32    pos = 0
33    while True:
34        pos = dna_sequence.find(target_sequence, pos)
35        if pos == -1:
36            break
37        count += 1
38        pos += 1
39    
40    # Konstanter
41    avogadro = 6.022e23  # molekyler/mol
42    avg_base_pair_weight = 660  # g/mol
43    
44    # Beräkna kopiantal
45    total_dna_ng = concentration * volume
46    total_dna_g = total_dna_ng / 1e9
47    moles_dna = total_dna_g / (len(dna_sequence) * avg_base_pair_weight)
48    total_copies = moles_dna * avogadro
49    copy_number = count * total_copies
50    
51    return round(copy_number)
52
53# Exempelanvändning
54dna_seq = "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG"
55target_seq = "ATCG"
56conc = 10  # ng/μL
57vol = 20   # μL
58
59try:
60    result = calculate_dna_copy_number(dna_seq, target_seq, conc, vol)
61    print(f"Uppskattat kopiantal: {result:,}")
62except ValueError as e:
63    print(f"Fel: {e}")
64

JavaScript Implementation

1function calculateDnaCopyNumber(dnaSequence, targetSequence, concentration, volume) {
2  // Rensa och validera sekvenser
3  dnaSequence = dnaSequence.toUpperCase().replace(/\s+/g, '');
4  targetSequence = targetSequence.toUpperCase().replace(/\s+/g, '');
5  
6  // Validera DNA-sekvens
7  if (!/^[ATCG]+$/.test(dnaSequence)) {
8    throw new Error("DNA-sekvensen måste endast innehålla A, T, C, G-tecken");
9  }
10  
11  // Validera målsökvens
12  if (!/^[ATCG]+$/.test(targetSequence)) {
13    throw new Error("Målsökvensen måste endast innehålla A, T, C, G-tecken");
14  }
15  
16  if (targetSequence.length > dnaSequence.length) {
17    throw new Error("Målsökvensen kan inte vara längre än DNA-sekvensen");
18  }
19  
20  if (concentration <= 0 || volume <= 0) {
21    throw new Error("Koncentration och volym måste vara större än 0");
22  }
23  
24  // Räkna förekomster av målsökvens
25  let count = 0;
26  let pos = 0;
27  
28  while (true) {
29    pos = dnaSequence.indexOf(targetSequence, pos);
30    if (pos === -1) break;
31    count++;
32    pos++;
33  }
34  
35  // Konstanter
36  const avogadro = 6.022e23; // molekyler/mol
37  const avgBasePairWeight = 660; // g/mol
38  
39  // Beräkna kopiantal
40  const totalDnaNg = concentration * volume;
41  const totalDnaG = totalDnaNg / 1e9;
42  const molesDna = totalDnaG / (dnaSequence.length * avgBasePairWeight);
43  const totalCopies = molesDna * avogadro;
44  const copyNumber = count * totalCopies;
45  
46  return Math.round(copyNumber);
47}
48
49// Exempelanvändning
50try {
51  const dnaSeq = "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG";
52  const targetSeq = "ATCG";
53  const conc = 10; // ng/μL
54  const vol = 20;  // μL
55  
56  const result = calculateDnaCopyNumber(dnaSeq, targetSeq, conc, vol);
57  console.log(`Uppskattat kopiantal: ${result.toLocaleString()}`);
58} catch (error) {
59  console.error(`Fel: ${error.message}`);
60}
61

R Implementation

1calculate_dna_copy_number <- function(dna_sequence, target_sequence, concentration, volume) {
2  # Rensa och validera sekvenser
3  dna_sequence <- gsub("\\s+", "", toupper(dna_sequence))
4  target_sequence <- gsub("\\s+", "", toupper(target_sequence))
5  
6  # Validera DNA-sekvens
7  if (!grepl("^[ATCG]+$", dna_sequence)) {
8    stop("DNA-sekvensen måste endast innehålla A, T, C, G-tecken")
9  }
10  
11  # Validera målsökvens
12  if (!grepl("^[ATCG]+$", target_sequence)) {
13    stop("Målsökvensen måste endast innehålla A, T, C, G-tecken")
14  }
15  
16  if (nchar(target_sequence) > nchar(dna_sequence)) {
17    stop("Målsökvensen kan inte vara längre än DNA-sekvensen")
18  }
19  
20  if (concentration <= 0 || volume <= 0) {
21    stop("Koncentration och volym måste vara större än 0")
22  }
23  
24  # Räkna förekomster av målsökvens
25  count <- 0
26  pos <- 1
27  
28  while (TRUE) {
29    pos <- regexpr(target_sequence, substr(dna_sequence, pos, nchar(dna_sequence)))
30    if (pos == -1) break
31    count <- count + 1
32    pos <- pos + 1
33  }
34  
35  # Konstanter
36  avogadro <- 6.022e23  # molekyler/mol
37  avg_base_pair_weight <- 660  # g/mol
38  
39  # Beräkna kopiantal
40  total_dna_ng <- concentration * volume
41  total_dna_g <- total_dna_ng / 1e9
42  moles_dna <- total_dna_g / (nchar(dna_sequence) * avg_base_pair_weight)
43  total_copies <- moles_dna * avogadro
44  copy_number <- count * total_copies
45  
46  return(round(copy_number))
47}
48
49# Exempelanvändning
50tryCatch({
51  dna_seq <- "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG"
52  target_seq <- "ATCG"
53  conc <- 10  # ng/μL
54  vol <- 20   # μL
55  
56  result <- calculate_dna_copy_number(dna_seq, target_seq, conc, vol)
57  cat(sprintf("Uppskattat kopiantal: %s\n", format(result, big.mark=",")))
58}, error = function(e) {
59  cat(sprintf("Fel: %s\n", e$message))
60})
61

Vanliga Frågor (FAQ)

Vad är DNA kopiantal?

DNA kopiantal avser antalet gånger en specifik DNA-sekvens förekommer i ett genom eller prov. I människor finns de flesta gener i två kopior (en från varje förälder), men detta antal kan variera på grund av genetiska variationer, mutationer eller sjukdomsprocesser. Att beräkna kopiantal är viktigt för att förstå genetiska störningar, cancerutveckling och normal genetisk variation.

Hur noggrann är Genomiska Replikations Estimator?

Genomiska Replikations Estimator ger en teoretisk beräkning baserad på molekylära principer och de inmatade parametrarna du tillhandahåller. Dess noggrannhet beror på flera faktorer:

Noggrannheten i din DNA-koncentrationsmätning
Renheten av ditt DNA-prov
Specifikationen av din målsökvens
Noggrannheten i din volymmätning

För forskning som kräver extremt noggrann kvantifiering kan tekniker som digital PCR ge högre noggrannhet, men vår kalkylator erbjuder en bra uppskattning för många tillämpningar.

Kan jag använda denna kalkylator för RNA-sekvenser?

Nej, denna kalkylator är specifikt utformad för DNA-sekvenser och använder DNA-specifika molekylvikter i sina beräkningar. RNA har olika molekylära egenskaper (innehåller uracil istället för tymidin och har en annan molekylvikt). För RNA-kvantifiering bör specialiserade RNA-kopiantal kalkylatorer användas.

Vilken DNA-koncentrationsintervall fungerar bäst med denna kalkylator?

Kalkylatorn fungerar med vilket positivt DNA-koncentrationsvärde som helst. Men för de flesta biologiska prover ligger DNA-koncentrationer vanligtvis mellan 1 och 100 ng/μL. Mycket låga koncentrationer (under 1 ng/μL) kan introducera mer osäkerhet i beräkningen på grund av mätbegränsningar.

Hur hanterar kalkylatorn överlappande sekvenser?

Kalkylatorn räknar varje förekomst av målsökvensen, även om de överlappar. Till exempel, i sekvensen "ATATAT", skulle målsökvensen "ATA" räknas två gånger (positionerna 1-3 och 3-5). Detta tillvägagångssätt är i linje med hur många molekylärbiologiska tekniker upptäcker sekvenser.

Kan jag använda detta verktyg för att kvantifiera genuttryck?

Även om detta verktyg beräknar DNA-kopiantal, mäts genuttryck vanligtvis på RNA-nivå. För genuttrycksanalys är tekniker som RT-qPCR, RNA-seq eller mikroarrayer mer lämpliga. Men DNA kopiantal kan påverka genuttryck, så dessa analyser är ofta komplementära.

Vad ska jag göra om min DNA-sekvens innehåller oklara baser (N, R, Y, etc.)?

Denna kalkylator accepterar endast standard DNA-baser (A, T, C, G). Om din sekvens innehåller oklara baser måste du antingen ersätta dem med specifika baser baserat på din bästa kunskap eller ta bort dessa sektioner innan du använder kalkylatorn.

Hur hanterar kalkylatorn mycket stora kopiantal?

Kalkylatorn kan hantera mycket stora kopiantal och kommer att visa dem i ett läsbart format. För extremt stora värden kan vetenskaplig notation användas. Den underliggande beräkningen bibehåller full precision oavsett storleken på resultatet.

Kan jag använda detta verktyg för att bestämma plasmidkopiantal?

Ja, du kan använda denna kalkylator för att uppskatta plasmidkopiantal. Ange helt enkelt den fullständiga plasmidsekvensen som din DNA-sekvens och det specifika området av intresse som din målsökvens. Se till att noggrant mäta plasmid-DNA-koncentrationen för tillförlitliga resultat.

Hur påverkar DNA-koncentration kopiantalsberäkningen?

DNA-koncentration har en direkt linjär relation till det beräknade kopiantalet. Att dubbla koncentrationen kommer att dubbla det uppskattade kopiantalet, förutsatt att alla andra parametrar förblir konstanta. Detta belyser vikten av noggrann koncentrationsmätning för tillförlitliga resultat.

Referenser

Bustin, S. A., Benes, V., Garson, J. A., Hellemans, J., Huggett, J., Kubista, M., ... & Wittwer, C. T. (2009). MIQE-riktlinjer: minimi information för publicering av kvantitativa realtids PCR-experiment. Clinical chemistry, 55(4), 611-622.
D'haene, B., Vandesompele, J., & Hellemans, J. (2010). Noggrann och objektiv kopiantprofilering med hjälp av realtids kvantitativ PCR. Methods, 50(4), 262-270.
Hindson, B. J., Ness, K. D., Masquelier, D. A., Belgrader, P., Heredia, N. J., Makarewicz, A. J., ... & Colston, B. W. (2011). Höggenomströmmande droppdigital PCR-system för absolut kvantifiering av DNA-kopiantal. Analytical chemistry, 83(22), 8604-8610.
Zhao, M., Wang, Q., Wang, Q., Jia, P., & Zhao, Z. (2013). Beräkningsverktyg för upptäckten av kopiantvariationer (CNV) med hjälp av data från nästa generations sekvensering: funktioner och perspektiv. BMC bioinformatics, 14(11), 1-16.
Redon, R., Ishikawa, S., Fitch, K. R., Feuk, L., Perry, G. H., Andrews, T. D., ... & Hurles, M. E. (2006). Global variation i kopiantantal i det mänskliga genomet. Nature, 444(7118), 444-454.
Zarrei, M., MacDonald, J. R., Merico, D., & Scherer, S. W. (2015). En kopiantvariationskarta av det mänskliga genomet. Nature reviews genetics, 16(3), 172-183.
Stranger, B. E., Forrest, M. S., Dunning, M., Ingle, C. E., Beazley, C., Thorne, N., ... & Dermitzakis, E. T. (2007). Relativ påverkan av nukleotid- och kopiantvariation på genuttrycksfenotyper. Science, 315(5813), 848-853.
Alkan, C., Coe, B. P., & Eichler, E. E. (2011). Upptäckte genomstrukturella variationer och genotypning. Nature reviews genetics, 12(5), 363-376.

Slutsats

Genomisk DNA Kopiantal Kalkylator erbjuder ett kraftfullt men tillgängligt sätt att uppskatta antalet kopior av specifika DNA-sekvenser i dina prover. Genom att kombinera molekylära principer med användarvänlig design hjälper detta verktyg forskare, studenter och yrkesverksamma att snabbt få värdefulla kvantitativa data utan specialutrustning eller komplexa protokoll.

Att förstå DNA kopiantal är avgörande för många tillämpningar inom genetik, molekylärbiologi och medicin. Oavsett om du studerar genamplifikation vid cancer, kvantifierar transgenintegration eller undersöker kopiantvariationer vid genetiska störningar, erbjuder vår kalkylator en enkel metod för att få den information du behöver.

Vi uppmuntrar dig att prova Genomiska Replikations Estimator med dina egna DNA-sekvenser och utforska hur förändringar i koncentration, volym och målsökvenser påverkar de beräknade kopiantal. Denna praktiska erfarenhet kommer att fördjupa din förståelse för molekylär kvantifieringsprinciper och hjälpa dig att tillämpa dessa koncept på dina specifika forskningsfrågor.

För eventuella frågor eller feedback om kalkylatorn, vänligen hänvisa till FAQ-sektionen eller kontakta vårt supportteam.

💬

Återkoppling

💬

Klicka på feedback-toasten för att börja ge feedback om detta verktyg

🔗

Relaterade verktyg

Upptäck fler verktyg som kan vara användbara för din arbetsflöde