جینی نقل و حمل کا تخمینہ | ڈی این اے کاپی نمبر کیلکولیٹر

سلسلے کے ڈیٹا، ہدف سلسلے، ارتکاز، اور حجم درج کرکے ڈی این اے کاپی نمبروں کا حساب لگائیں۔ پیچیدہ کنفیگریشنز یا API انضمام کے بغیر سادہ، درست جینی نقل و حمل کا تخمینہ۔

جینیاتی نقل و حمل کا تخمینہ

ڈی این اے کا تسلسل*

وہ مکمل ڈی این اے تسلسل درج کریں جس کا آپ تجزیہ کرنا چاہتے ہیں

ہدف تسلسل*

وہ مخصوص ڈی این اے تسلسل درج کریں جس کی آپ تعداد کرنا چاہتے ہیں

ڈی این اے کی کثافت*

ng/μL

نمونہ حجم*

μL

نتائج

تخمینی کاپی نمبر

کاپی

حساب کا طریقہ

کاپی نمبر ہدف تسلسل کی تعداد، ڈی این اے کی کثافت، نمونہ حجم، اور ڈی این اے کی مالیکیولی خصوصیات کی بنیاد پر حساب کیا جاتا ہے۔

کاپی نمبر = (تعداد × کثافت × حجم × 6.022×10²³) ÷ (ڈی این اے کی لمبائی × 660 × 10⁹)

تصویر کشی

تصویر کشی دیکھنے کے لیے درست ڈی این اے تسلسل اور پیرامیٹرز درج کریں

📚

دستاویزات

جینیاتی ڈی این اے کاپی نمبر کیلکولیٹر

ڈی این اے کاپی نمبر تجزیے کا تعارف

جینیاتی ڈی این اے کاپی نمبر کیلکولیٹر ایک طاقتور ٹول ہے جو جینیاتی نمونہ میں موجود مخصوص ڈی این اے تسلسل کی کاپیوں کی تعداد کا اندازہ لگانے کے لیے ڈیزائن کیا گیا ہے۔ ڈی این اے کاپی نمبر تجزیہ ایک بنیادی تکنیک ہے جو مالیکیولر بایولوجی، جینیات، اور کلینیکل تشخیص میں استعمال ہوتی ہے جو محققین اور کلینشینز کو مخصوص ڈی این اے تسلسل کی موجودگی کی مقدار کو کوانٹیفائی کرنے میں مدد دیتی ہے۔ یہ حساب مختلف ایپلی کیشنز کے لیے ضروری ہے، بشمول جین اظہار کے مطالعے، پیتھوجن کی شناخت، ٹرانس جین کی مقدار، اور جینیاتی عوارض کی تشخیص جو کاپی نمبر کی تبدیلیوں (CNVs) کی خصوصیت رکھتے ہیں۔

ہمارا جینیاتی نقل کا تخمینہ لگانے والا ایک سیدھا سادہ طریقہ فراہم کرتا ہے تاکہ ڈی این اے کاپی نمبر کا حساب لگایا جا سکے بغیر کسی پیچیدہ کنفیگریشن یا API انضمام کی ضرورت کے۔ اپنے ڈی این اے تسلسل کے ڈیٹا اور ہدف کے تسلسل کے ساتھ ساتھ ارتکاز کے پیرامیٹرز کو درج کرکے، آپ اپنے نمونے میں مخصوص ڈی این اے تسلسل کی کاپی نمبر کا فوری طور پر تعین کر سکتے ہیں۔ یہ معلومات جینیاتی تبدیلیوں، بیماری کے میکانزم، اور مالیکیولر بایولوجی تحقیق میں تجرباتی پروٹوکولز کو بہتر بنانے کے لیے اہم ہے۔

ڈی این اے کاپی نمبر کے حساب کی سائنس

ڈی این اے کاپی نمبر کو سمجھنا

ڈی این اے کاپی نمبر اس بات کی نشاندہی کرتا ہے کہ ایک مخصوص ڈی این اے تسلسل جینوم یا نمونہ میں کتنی بار ظاہر ہوتا ہے۔ ایک معمولی انسانی جینوم میں، زیادہ تر جین دو کاپیوں میں موجود ہوتے ہیں (ایک ہر والدین سے)۔ تاہم، مختلف حیاتیاتی عمل اور جینیاتی حالات اس معیاری سے انحراف کر سکتے ہیں:

امپلیفیکیشن: کاپی نمبر میں اضافہ (دو سے زیادہ کاپیوں)
ڈیلیشن: کاپی نمبر میں کمی (دو سے کم کاپیوں)
ڈپلی کیشن: جینوم میں مخصوص حصے کی نقل
کاپی نمبر کی تبدیلیاں (CNVs): تعداد میں تبدیلیوں کے ساتھ ساختی تبدیلیاں

ڈی این اے کاپی نمبر کا درست حساب لگانا سائنسدانوں کو ان تبدیلیوں اور صحت اور بیماری کے لیے ان کے مضمرات کو سمجھنے میں مدد دیتا ہے۔

ڈی این اے کاپی نمبر کے حساب کے لیے ریاضیاتی فارمولا

کسی مخصوص ڈی این اے تسلسل کی کاپی نمبر کا حساب لگانے کے لیے درج ذیل فارمولا استعمال کیا جا سکتا ہے:

$\text{کاپی نمبر} = \frac{\text{ظاہر ہونے کی تعداد} \times \text{ارتکاز} \times \text{حجم} \times N_A}{\text{ڈی این اے کی لمبائی} \times \text{اوسط بیس جوڑ کا وزن} \times 10^9}$

جہاں:

ظاہر ہونے کی تعداد: وہ تعداد جس میں ہدف تسلسل ڈی این اے نمونہ میں ظاہر ہوتا ہے
ارتکاز: ڈی این اے کا ارتکاز ng/μL میں
حجم: نمونے کا حجم μL میں
$N_A$ : ایووگادرو کا نمبر (6.022 × 10²³ مالیکیولز/mol)
ڈی این اے کی لمبائی: بیس پیئرز میں ڈی این اے تسلسل کی کل لمبائی
اوسط بیس جوڑ کا وزن: ڈی این اے بیس جوڑ کا اوسط مالیکیولی وزن (660 g/mol)
10^9: ng سے g میں تبدیلی کا عنصر

یہ فارمولا ڈی این اے کی مالیکیولی خصوصیات کو مدنظر رکھتا ہے اور آپ کے نمونے میں مطلق کاپی نمبر کا اندازہ فراہم کرتا ہے۔

متغیرات کی وضاحت

ظاہر ہونے کی تعداد: یہ اس بات سے طے ہوتا ہے کہ ہدف تسلسل مکمل ڈی این اے تسلسل میں کتنی بار ظاہر ہوتا ہے۔ مثال کے طور پر، اگر آپ کا ہدف تسلسل "ATCG" ہے اور یہ آپ کے ڈی این اے نمونے میں 5 بار ظاہر ہوتا ہے، تو ظاہر ہونے کی تعداد کی قیمت 5 ہوگی۔
ڈی این اے کا ارتکاز: عام طور پر ng/μL (نانوگرام فی مائیکرو لیٹر) میں ماپا جاتا ہے، یہ آپ کے حل میں موجود ڈی این اے کی مقدار کی نمائندگی کرتا ہے۔ یہ قیمت عام طور پر سپیکٹروفوٹومیٹرک طریقوں جیسے NanoDrop یا فلورومیٹرک ٹیسٹ جیسے Qubit کا استعمال کرتے ہوئے طے کی جاتی ہے۔
نمونے کا حجم: آپ کے ڈی این اے نمونے کا کل حجم مائیکرو لیٹر (μL) میں۔
ایووگادرو کا نمبر: یہ بنیادی مستقل (6.022 × 10²³) ایک مول مادے میں موجود مالیکیولز کی تعداد کی نمائندگی کرتا ہے۔
ڈی این اے کی لمبائی: آپ کے ڈی این اے تسلسل کی کل لمبائی بیس پیئرز میں۔
اوسط بیس جوڑ کا وزن: ڈی این اے بیس جوڑ کا اوسط مالیکیولی وزن تقریباً 660 g/mol ہے۔ یہ قیمت نیوکلیوٹائڈز اور ڈی این اے میں فاسفوڈیئسٹر بانڈز کے اوسط وزن کو مدنظر رکھتی ہے۔

جینیاتی نقل کا تخمینہ لگانے والے کا استعمال کیسے کریں

ہمارا جینیاتی نقل کا تخمینہ لگانے والا ایک صارف دوست انٹرفیس فراہم کرتا ہے تاکہ ڈی این اے کاپی نمبر کو جلدی اور درست طریقے سے حساب لگایا جا سکے۔ درست نتائج حاصل کرنے کے لیے ان مراحل پر عمل کریں:

مرحلہ 1: اپنا ڈی این اے تسلسل درج کریں

پہلے ان پٹ فیلڈ میں، مکمل ڈی این اے تسلسل درج کریں جس کا آپ تجزیہ کرنا چاہتے ہیں۔ یہ وہ مکمل تسلسل ہونا چاہیے جس میں آپ اپنے ہدف تسلسل کی تعداد گننا چاہتے ہیں۔

اہم نوٹس:

صرف معیاری ڈی این اے بیس (A، T، C، G) قبول کیے جاتے ہیں
تسلسل کیس حساس نہیں ہے (دونوں "ATCG" اور "atcg" کو ایک ہی طرح سے سمجھا جاتا ہے)
اپنے تسلسل سے کسی بھی جگہ، نمبر، یا خاص کردار کو ہٹا دیں

ایک درست ڈی این اے تسلسل کی مثال:

1ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAG
2

مرحلہ 2: اپنا ہدف تسلسل درج کریں

دوسرے ان پٹ فیلڈ میں، مخصوص ڈی این اے تسلسل درج کریں جس کی آپ تعداد گننا چاہتے ہیں۔ یہ ہدف تسلسل ہے جس کی کاپی نمبر آپ معلوم کرنا چاہتے ہیں۔

ضروریات:

ہدف تسلسل میں صرف معیاری ڈی این اے بیس (A، T، C، G) ہونے چاہئیں
ہدف تسلسل کو بنیادی ڈی این اے تسلسل سے چھوٹا یا برابر ہونا چاہیے
درست نتائج کے لیے، ہدف تسلسل کو دلچسپی کے مخصوص جینیاتی عنصر کی نمائندگی کرنی چاہیے

ہدف تسلسل کی ایک درست مثال:

1ATCG
2

مرحلہ 3: ڈی این اے کا ارتکاز اور نمونے کا حجم درج کریں

اپنے ڈی این اے نمونے کا ارتکاز ng/μL (نانوگرام فی مائیکرو لیٹر) اور حجم μL (مائیکرو لیٹر) میں درج کریں۔

عام قیمتیں:

ڈی این اے کا ارتکاز: 1-100 ng/μL
نمونے کا حجم: 1-100 μL

مرحلہ 4: اپنے نتائج دیکھیں

تمام مطلوبہ معلومات درج کرنے کے بعد، کیلکولیٹر خود بخود آپ کے ہدف تسلسل کا کاپی نمبر حساب کرے گا۔ نتیجہ آپ کے نمونے میں ہدف تسلسل کی کاپیوں کی تعداد کا اندازہ فراہم کرتا ہے۔

نتائج کے سیکشن میں بھی شامل ہیں:

کاپی نمبر کی بصری نمائندگی
اپنے کلپ بورڈ پر نتیجہ کاپی کرنے کا اختیار
حساب لگانے کے طریقہ کار کی تفصیلی وضاحت

توثیق اور غلطی کی ہینڈلنگ

جینیاتی نقل کا تخمینہ لگانے والا کئی توثیق چیک شامل کرتا ہے تاکہ درست نتائج کو یقینی بنایا جا سکے:

ڈی این اے تسلسل کی توثیق: یہ یقینی بناتا ہے کہ ان پٹ میں صرف درست ڈی این اے بیس (A، T، C، G) موجود ہیں۔
- غلطی کا پیغام: "ڈی این اے تسلسل میں صرف A، T، C، G کردار ہونے چاہئیں"
ہدف تسلسل کی توثیق: یہ یہ چیک کرتا ہے کہ ہدف تسلسل میں صرف درست ڈی این اے بیس ہیں اور یہ بنیادی ڈی این اے تسلسل سے لمبا نہیں ہے۔
- غلطی کے پیغامات:
  - "ہدف تسلسل میں صرف A، T، C، G کردار ہونے چاہئیں"
  - "ہدف تسلسل بنیادی ڈی این اے تسلسل سے لمبا نہیں ہو سکتا"
ارتکاز اور حجم کی توثیق: یہ یہ تصدیق کرتا ہے کہ یہ قیمتیں مثبت اعداد ہیں۔
- غلطی کے پیغامات:
  - "ارتکاز 0 سے زیادہ ہونا چاہیے"
  - "حجم 0 سے زیادہ ہونا چاہیے"

ایپلی کیشنز اور استعمال کے کیسز

ڈی این اے کاپی نمبر کا تجزیہ مختلف شعبوں میں بے شمار ایپلی کیشنز رکھتا ہے:

تحقیقی ایپلی کیشنز

جین اظہار کے مطالعے: جین کی کاپیوں کی تعداد کی مقدار معلوم کرنا اس کی اظہار کی سطح اور فعالیت کو سمجھنے میں مدد کر سکتا ہے۔
ٹرانس جینیاتی جانداروں کا تجزیہ: جینیاتی طور پر تبدیل شدہ جانداروں میں داخل کردہ جین کی کاپی نمبر کا تعین کرنا تاکہ انضمام کی کارکردگی کا اندازہ لگایا جا سکے۔
مائکروبیل مقدار: ماحولیاتی یا کلینیکل نمونوں میں مخصوص مائکروبیل تسلسل کی مقدار کی پیمائش۔
وائرس کی مقدار کی جانچ: مریض کے نمونوں میں وائرس کے جینوم کی مقدار کا تعین کرنا تاکہ انفیکشن کی ترقی اور علاج کی مؤثریت کی نگرانی کی جا سکے۔

کلینیکل ایپلی کیشنز

کینسر کی تشخیص: آنکوجینز اور ٹیومر سپریسر جینز کی امپلیفیکیشن یا ڈیلیشن کی شناخت۔
جینیاتی بیماری کی تشخیص: جینیاتی عوارض جیسے ڈوچین مسکولر ڈسٹروفی یا چارکوٹ-میری-ٹوٹھ بیماری سے منسلک کاپی نمبر کی تبدیلیوں کا پتہ لگانا۔
فارماکو جینیومکس: یہ سمجھنا کہ جین کا کاپی نمبر دوائی کے میٹابولزم اور جواب کو کس طرح متاثر کرتا ہے۔
پری نٹل ٹیسٹنگ: کروموسوم کی بے قاعدگیوں جیسے ٹریسومیز یا مائیکروڈیلیشن کی شناخت۔

حقیقی دنیا کی مثال

ایک تحقیقاتی ٹیم جو بریسٹ کینسر کا مطالعہ کر رہی ہے، HER2 جین کے کاپی نمبر کا تعین کرنے کے لیے جینیاتی نقل کا تخمینہ لگانے والے کا استعمال کر سکتی ہے۔ HER2 کی امپلیفیکیشن (کاپی نمبر میں اضافہ) جارحانہ بریسٹ کینسر سے منسلک ہے اور علاج کے فیصلوں پر اثر انداز ہوتا ہے۔ درست کاپی نمبر کا حساب لگانے سے محققین کو یہ کرنے کی اجازت ملتی ہے:

HER2 کی حیثیت کی بنیاد پر ٹیومر کی درجہ بندی
مریض کے نتائج کے ساتھ کاپی نمبر کا تعلق
علاج کے دوران کاپی نمبر میں تبدیلیوں کی نگرانی
تشخیصی معیار کو مزید درست بنانا

کاپی نمبر کے حساب کے متبادل

اگرچہ ہمارا کیلکولیٹر ڈی این اے کاپی نمبر کا اندازہ لگانے کے لیے ایک سیدھا سادہ طریقہ فراہم کرتا ہے، لیکن تحقیق اور کلینیکل سیٹنگز میں دیگر تکنیکیں بھی استعمال ہوتی ہیں:

کوانٹیٹیٹو پی سی آر (qPCR): ڈی این اے کی بڑھوتری کو حقیقی وقت میں ماپتا ہے تاکہ ابتدائی کاپی نمبر کا تعین کیا جا سکے۔
ڈیجیٹل پی سی آر (dPCR): نمونے کو ہزاروں انفرادی ردعمل میں تقسیم کرتا ہے تاکہ بغیر کسی معیاری وکر کے مطلق مقدار کی پیمائش کی جا سکے۔
فلوئوروسینس ان سٹی ہائبرڈائزیشن (FISH): براہ راست خلیوں یا کروموسومز میں مخصوص ڈی این اے تسلسل کو بصری طور پر دیکھتا اور گنتا ہے۔
موازنہ جینیاتی ہائبرڈائزیشن (CGH): ایک ٹیسٹ اور حوالہ نمونے کے درمیان ڈی این اے تسلسل کے کاپی نمبر کا موازنہ کرتا ہے۔
نیکسٹ جنریشن سیکوئنسنگ (NGS): اعلیٰ قرارداد کے ساتھ پورے جینوم کی کاپی نمبر کی پروفائلنگ فراہم کرتا ہے۔

ہر طریقہ کی درستگی، قیمت، تھروپوٹ، اور قرارداد کے لحاظ سے اپنی اپنی خصوصیات اور حدود ہیں۔ ہمارا کیلکولیٹر ابتدائی تخمینے کے لیے یا جب خصوصی آلات دستیاب نہیں ہوں تو ایک تیز اور قابل رسائی طریقہ پیش کرتا ہے۔

ڈی این اے کاپی نمبر کے تجزیے کی تاریخ

ڈی این اے کاپی نمبر کا تصور اور اس کی جینیات میں اہمیت کئی دہائیوں میں نمایاں طور پر ترقی پذیر ہوئی ہے:

ابتدائی دریافتیں (1950 کی دہائی - 1970 کی دہائی)

ڈی این اے کا بنیادی ڈھانچہ 1953 میں واٹسن اور کرک کی دریافت کے ساتھ ہی ڈی این اے کاپی نمبر تجزیے کی بنیاد رکھی گئی۔ تاہم، کاپی نمبر میں تبدیلیوں کا پتہ لگانے کی صلاحیت 1970 کی دہائی میں مالیکیولر بایولوجی کی تکنیکوں کی ترقی تک محدود رہی۔

مالیکیولر تکنیکوں کا ابھار (1980 کی دہائی)

1980 کی دہائی میں سدرن بلٹنگ اور ان سٹی ہائبرڈائزیشن جیسی تکنیکوں کی ترقی نے سائنسدانوں کو بڑے پیمانے پر کاپی نمبر کی تبدیلیوں کا پتہ لگانے کی اجازت دی۔ ان طریقوں نے یہ پہلی جھلک فراہم کی کہ کس طرح کاپی نمبر کی تبدیلیاں جین کے اظہار اور ظاہری شکل کو متاثر کر سکتی ہیں۔

پی سی آر انقلاب (1990 کی دہائی)

Kary Mullis کے ذریعہ پولیمریز چین ری ایکشن (PCR) کی ایجاد اور بہتری نے ڈی این اے کے تجزیے میں انقلاب برپا کر دیا۔ 1990 کی دہائی میں کوانٹیٹیٹو پی سی آر (qPCR) کی ترقی نے ڈی این اے کاپی نمبر کی زیادہ درست پیمائش کی اجازت دی اور بہت سی ایپلی کیشنز کے لیے سونے کے معیار کے طور پر کام کیا۔

جینیاتی دور (2000 کی دہائی - موجودہ)

2003 میں ہیومن جینوم پروجیکٹ کی تکمیل اور مائیکرواری اور نیکسٹ جنریشن سیکوئنسنگ کی ٹیکنالوجیز نے ہمیں پورے جینوم میں کاپی نمبر کی تبدیلیوں کا پتہ لگانے اور تجزیہ کرنے کی صلاحیت کو ڈرامائی طور پر بڑھا دیا۔ ان ٹیکنالوجیز نے یہ ظاہر کیا کہ کاپی نمبر کی تبدیلیاں پہلے سے سوچے گئے سے کہیں زیادہ عام اور اہم ہیں، جو کہ معمولی جینیاتی تنوع اور بیماری میں شراکت کرتی ہیں۔

آج، کمپیوٹیشنل طریقے اور بایو انفارمیٹکس کے ٹولز نے ہمیں ڈی این اے کاپی نمبر کا درست حساب لگانے اور ان کی تشریح کرنے کی صلاحیت کو مزید بڑھا دیا ہے، جس سے یہ تجزیہ دنیا بھر کے محققین اور کلینشینز کے لیے قابل رسائی ہو گیا ہے۔

ڈی این اے کاپی نمبر کے حساب کے لیے کوڈ کے نمونے

یہاں مختلف پروگرامنگ زبانوں میں ڈی این اے کاپی نمبر کے حساب کے نفاذ کی مثالیں ہیں:

Python کا نفاذ

1def calculate_dna_copy_number(dna_sequence, target_sequence, concentration, volume):
2    """
3    ہدف ڈی این اے تسلسل کا کاپی نمبر حساب لگائیں۔
4    
5    پیرامیٹرز:
6    dna_sequence (str): مکمل ڈی این اے تسلسل
7    target_sequence (str): گنتی کے لیے ہدف تسلسل
8    concentration (float): ng/μL میں ڈی این اے کا ارتکاز
9    volume (float): μL میں نمونے کا حجم
10    
11    واپسی:
12    int: تخمینی کاپی نمبر
13    """
14    # تسلسل کو صاف کریں اور توثیق کریں
15    dna_sequence = dna_sequence.upper().replace(" ", "")
16    target_sequence = target_sequence.upper().replace(" ", "")
17    
18    if not all(base in "ATCG" for base in dna_sequence):
19        raise ValueError("ڈی این اے تسلسل میں صرف A، T، C، G کردار ہونے چاہئیں")
20    
21    if not all(base in "ATCG" for base in target_sequence):
22        raise ValueError("ہدف تسلسل میں صرف A، T، C، G کردار ہونے چاہئیں")
23    
24    if len(target_sequence) > len(dna_sequence):
25        raise ValueError("ہدف تسلسل بنیادی ڈی این اے تسلسل سے لمبا نہیں ہو سکتا")
26    
27    if concentration <= 0 or volume <= 0:
28        raise ValueError("ارتکاز اور حجم 0 سے زیادہ ہونا چاہیے")
29    
30    # ہدف تسلسل کی ظاہر ہونے کی تعداد گنیں
31    count = 0
32    pos = 0
33    while True:
34        pos = dna_sequence.find(target_sequence, pos)
35        if pos == -1:
36            break
37        count += 1
38        pos += 1
39    
40    # مستقل
41    avogadro = 6.022e23  # مالیکیولز/mol
42    avg_base_pair_weight = 660  # g/mol
43    
44    # کاپی نمبر حساب لگائیں
45    total_dna_ng = concentration * volume
46    total_dna_g = total_dna_ng / 1e9
47    moles_dna = total_dna_g / (len(dna_sequence) * avg_base_pair_weight)
48    total_copies = moles_dna * avogadro
49    copy_number = count * total_copies
50    
51    return round(copy_number)
52
53# مثال کے استعمال
54dna_seq = "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG"
55target_seq = "ATCG"
56conc = 10  # ng/μL
57vol = 20   # μL
58
59try:
60    result = calculate_dna_copy_number(dna_seq, target_seq, conc, vol)
61    print(f"تخمینی کاپی نمبر: {result:,}")
62except ValueError as e:
63    print(f"غلطی: {e}")
64

JavaScript کا نفاذ

1function calculateDnaCopyNumber(dnaSequence, targetSequence, concentration, volume) {
2  // تسلسل کو صاف کریں اور توثیق کریں
3  dnaSequence = dnaSequence.toUpperCase().replace(/\s+/g, '');
4  targetSequence = targetSequence.toUpperCase().replace(/\s+/g, '');
5  
6  // ڈی این اے تسلسل کی توثیق
7  if (!/^[ATCG]+$/.test(dnaSequence)) {
8    throw new Error("ڈی این اے تسلسل میں صرف A، T، C، G کردار ہونے چاہئیں");
9  }
10  
11  // ہدف تسلسل کی توثیق
12  if (!/^[ATCG]+$/.test(targetSequence)) {
13    throw new Error("ہدف تسلسل میں صرف A، T، C، G کردار ہونے چاہئیں");
14  }
15  
16  if (targetSequence.length > dnaSequence.length) {
17    throw new Error("ہدف تسلسل بنیادی ڈی این اے تسلسل سے لمبا نہیں ہو سکتا");
18  }
19  
20  if (concentration <= 0 || volume <= 0) {
21    throw new Error("ارتکاز اور حجم 0 سے زیادہ ہونا چاہیے");
22  }
23  
24  // ہدف تسلسل کی ظاہر ہونے کی تعداد گنیں
25  let count = 0;
26  let pos = 0;
27  
28  while (true) {
29    pos = dnaSequence.indexOf(targetSequence, pos);
30    if (pos === -1) break;
31    count++;
32    pos++;
33  }
34  
35  // مستقل
36  const avogadro = 6.022e23; // مالیکیولز/mol
37  const avgBasePairWeight = 660; // g/mol
38  
39  // کاپی نمبر حساب لگائیں
40  const totalDnaNg = concentration * volume;
41  const totalDnaG = totalDnaNg / 1e9;
42  const molesDna = totalDnaG / (dnaSequence.length * avgBasePairWeight);
43  const totalCopies = molesDna * avogadro;
44  const copyNumber = count * totalCopies;
45  
46  return Math.round(copyNumber);
47}
48
49// مثال کے استعمال
50try {
51  const dnaSeq = "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG";
52  const targetSeq = "ATCG";
53  const conc = 10; // ng/μL
54  const vol = 20;  // μL
55  
56  const result = calculateDnaCopyNumber(dnaSeq, targetSeq, conc, vol);
57  console.log(`تخمینی کاپی نمبر: ${result.toLocaleString()}`);
58} catch (error) {
59  console.error(`غلطی: ${error.message}`);
60}
61

R کا نفاذ

1calculate_dna_copy_number <- function(dna_sequence, target_sequence, concentration, volume) {
2  # تسلسل کو صاف کریں اور توثیق کریں
3  dna_sequence <- gsub("\\s+", "", toupper(dna_sequence))
4  target_sequence <- gsub("\\s+", "", toupper(target_sequence))
5  
6  # ڈی این اے تسلسل کی توثیق
7  if (!grepl("^[ATCG]+$", dna_sequence)) {
8    stop("ڈی این اے تسلسل میں صرف A، T، C، G کردار ہونے چاہئیں")
9  }
10  
11  # ہدف تسلسل کی توثیق
12  if (!grepl("^[ATCG]+$", target_sequence)) {
13    stop("ہدف تسلسل میں صرف A، T، C، G کردار ہونے چاہئیں")
14  }
15  
16  if (nchar(target_sequence) > nchar(dna_sequence)) {
17    stop("ہدف تسلسل بنیادی ڈی این اے تسلسل سے لمبا نہیں ہو سکتا")
18  }
19  
20  if (concentration <= 0 || volume <= 0) {
21    stop("ارتکاز اور حجم 0 سے زیادہ ہونا چاہیے")
22  }
23  
24  # ہدف تسلسل کی ظاہر ہونے کی تعداد گنیں
25  count <- 0
26  pos <- 1
27  
28  while (TRUE) {
29    pos <- regexpr(target_sequence, substr(dna_sequence, pos, nchar(dna_sequence)))
30    if (pos == -1) break
31    count <- count + 1
32    pos <- pos + 1
33  }
34  
35  # مستقل
36  avogadro <- 6.022e23  # مالیکیولز/mol
37  avg_base_pair_weight <- 660  # g/mol
38  
39  # کاپی نمبر حساب لگائیں
40  total_dna_ng <- concentration * volume
41  total_dna_g <- total_dna_ng / 1e9
42  moles_dna <- total_dna_g / (nchar(dna_sequence) * avg_base_pair_weight)
43  total_copies <- moles_dna * avogadro
44  copy_number <- count * total_copies
45  
46  return(round(copy_number))
47}
48
49# مثال کے استعمال
50tryCatch({
51  dna_seq <- "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG"
52  target_seq <- "ATCG"
53  conc <- 10  # ng/μL
54  vol <- 20   # μL
55  
56  result <- calculate_dna_copy_number(dna_seq, target_seq, conc, vol)
57  cat(sprintf("تخمینی کاپی نمبر: %s\n", format(result, big.mark=",")))
58}, error = function(e) {
59  cat(sprintf("غلطی: %s\n", e$message))
60})
61

اکثر پوچھے جانے والے سوالات (FAQ)

ڈی این اے کا کاپی نمبر کیا ہے؟

ڈی این اے کا کاپی نمبر اس بات کی نشاندہی کرتا ہے کہ ایک مخصوص ڈی این اے تسلسل جینوم یا نمونہ میں کتنی بار ظاہر ہوتا ہے۔ انسانوں میں، زیادہ تر جین دو کاپیوں میں موجود ہوتے ہیں (ایک ہر والدین سے)، لیکن یہ تعداد جینیاتی تبدیلیوں، میوٹیشنز، یا بیماری کے عمل کی وجہ سے مختلف ہو سکتی ہے۔ کاپی نمبر کا حساب لگانا جینیاتی عوارض، کینسر کی ترقی، اور معمولی جینیاتی تنوع کو سمجھنے کے لیے اہم ہے۔

جینیاتی نقل کا تخمینہ لگانے والا کتنا درست ہے؟

جینیاتی نقل کا تخمینہ لگانے والا ایک نظریاتی حساب فراہم کرتا ہے جو مالیکیولی اصولوں اور آپ کی فراہم کردہ ان پٹ پیرامیٹرز پر مبنی ہے۔ اس کی درستگی کئی عوامل پر منحصر ہے:

آپ کی ڈی این اے ارتکاز کی پیمائش کی درستگی
آپ کے ڈی این اے نمونے کی پاکیزگی
آپ کے ہدف تسلسل کی مخصوصیت
آپ کی حجم کی پیمائش کی درستگی

تحقیق کے لیے جہاں انتہائی درست مقدار کی ضرورت ہوتی ہے، وہاں ڈیجیٹل پی سی آر جیسی تکنیکیں زیادہ درستگی فراہم کر سکتی ہیں، لیکن ہمارا کیلکولیٹر بہت سی ایپلی کیشنز کے لیے ایک اچھا تخمینہ پیش کرتا ہے۔

کیا میں اس کیلکولیٹر کو آر این اے تسلسل کے لیے استعمال کر سکتا ہوں؟

نہیں، یہ کیلکولیٹر خاص طور پر ڈی این اے تسلسل کے لیے ڈیزائن کیا گیا ہے اور اس کے حساب میں ڈی این اے کے مخصوص مالیکیولی وزن کا استعمال کرتا ہے۔ آر این اے کی مختلف مالیکیولی خصوصیات ہیں (تھائمن کے بجائے یوراسل شامل ہے اور اس کا مختلف مالیکیولی وزن ہے)۔ آر این اے کی مقدار کی پیمائش کے لیے، خصوصی آر این اے کاپی نمبر کیلکولیٹر استعمال کیے جانے چاہئیں۔

اس کیلکولیٹر کے ساتھ کون سا ڈی این اے ارتکاز کی حد بہترین کام کرتی ہے؟

کیلکولیٹر کسی بھی مثبت ڈی این اے ارتکاز کی قیمت کے ساتھ کام کرتا ہے۔ تاہم، زیادہ تر حیاتیاتی نمونوں کے لیے، ڈی این اے کے ارتکاز کی قیمتیں عام طور پر 1 سے 100 ng/μL کے درمیان ہوتی ہیں۔ بہت کم ارتکاز (1 ng/μL سے کم) حساب میں مزید غیر یقینیات متعارف کر سکتے ہیں۔

کیلکولیٹر اوورلیپنگ تسلسل کو کیسے ہینڈل کرتا ہے؟

کیلکولیٹر ہدف تسلسل کی ہر ظاہر ہونے کی تعداد کو گنتا ہے، چاہے وہ اوورلیپ کریں۔ مثال کے طور پر، تسلسل "ATATAT" میں، ہدف "ATA" کو دو بار گنا جائے گا (پوزیشن 1-3 اور 3-5)۔ یہ نقطہ نظر بہت سے مالیکیولر بایولوجی کی تکنیکوں کے ساتھ تسلسل کی شناخت کے طریقوں کے ساتھ ہم آہنگ ہے۔

کیا میں اس ٹول کو پلاسمڈ کاپی نمبر کے تعین کے لیے استعمال کر سکتا ہوں؟

جی ہاں، آپ اس کیلکولیٹر کا استعمال پلاسمڈ کاپی نمبر کا اندازہ لگانے کے لیے کر سکتے ہیں۔ بس اپنے ڈی این اے تسلسل کو بنیادی تسلسل کے طور پر درج کریں اور دلچسپی کے مخصوص علاقے کو ہدف تسلسل کے طور پر درج کریں۔ قابل اعتماد نتائج کے لیے پلاسمڈ ڈی این اے کے ارتکاز کی درست پیمائش کرنا یقینی بنائیں۔

اگر میرے ڈی این اے تسلسل میں مبہم بیس (N، R، Y، وغیرہ) ہوں تو مجھے کیا کرنا چاہیے؟

یہ کیلکولیٹر صرف معیاری ڈی این اے بیس (A، T، C، G) کو قبول کرتا ہے۔ اگر آپ کے تسلسل میں مبہم بیس موجود ہیں، تو آپ کو انہیں اپنے بہترین علم کی بنیاد پر مخصوص بیس سے تبدیل کرنا ہوگا یا ان حصوں کو ہٹا دینا ہوگا اس سے پہلے کہ آپ کیلکولیٹر کا استعمال کریں۔

کیا کیلکولیٹر بہت بڑے کاپی نمبر کو ہینڈل کر سکتا ہے؟

کیلکولیٹر بہت بڑے کاپی نمبر کو ہینڈل کر سکتا ہے اور انہیں پڑھنے کے قابل شکل میں ظاہر کرے گا۔ انتہائی بڑے اقدار کے لیے سائنسی نوٹیشن استعمال کیا جا سکتا ہے۔ بنیادی حساب مکمل درستگی کو برقرار رکھتا ہے چاہے نتیجہ کی مقدار کتنی ہی ہو۔

کیا میں اس ٹول کو جین اظہار کی مقدار کے لیے استعمال کر سکتا ہوں؟

جبکہ یہ ٹول ڈی این اے کاپی نمبر کا حساب لگاتا ہے، جین اظہار عام طور پر آر این اے کی سطح پر ماپا جاتا ہے۔ جین اظہار کے تجزیے کے لیے RT-qPCR، RNA-seq، یا مائیکرواریز جیسے طریقے زیادہ موزوں ہیں۔ تاہم، ڈی این اے کاپی نمبر جین اظہار کو متاثر کر سکتا ہے، لہذا یہ تجزیے اکثر تکمیلی ہوتے ہیں۔

ڈی این اے کا ارتکاز کا کاپی نمبر کے حساب پر کیا اثر ہے؟

ڈی این اے کا ارتکاز حساب کیے گئے کاپی نمبر کے ساتھ براہ راست لکیری تعلق رکھتا ہے۔ اگر آپ ارتکاز کو دوگنا کریں تو تخمینی کاپی نمبر بھی دوگنا ہو جائے گا، بشرطیکہ تمام دوسرے پیرامیٹرز مستقل رہیں۔ یہ درست نتائج کے لیے ارتکاز کی درست پیمائش کی اہمیت کو اجاگر کرتا ہے۔

حوالہ جات

بوسٹن، ایس۔ اے، بینس، وی، گارسن، جے۔ اے، ہیلمینز، جے، ہیلیمنز، جے، کوبیسٹا، ایم، ... & وٹور، سی۔ ٹی۔ (2009). MIQE ہدایات: مقداری حقیقی وقت پی سی آر تجربات کی اشاعت کے لیے کم از کم معلومات۔ کلینیکل کیمسٹری، 55(4)، 611-622۔
ڈی ہین، بی، وانڈیسومپیل، جے، & ہیلیمنز، جے۔ (2010). حقیقی وقت کی مقداری پی سی آر کا استعمال کرتے ہوئے درست اور معروضی کاپی نمبر کی پروفائلنگ۔ طریقے، 50(4)، 262-270۔
ہنڈسن، بی۔ جے، نیس، کے۔ ڈی، ماسکویلیر، ڈی۔ اے، بیلگریڈر، پی، ہیریڈیا، ن۔ ج، میکیرز، اے۔ ج، ... & کولسٹن، بی۔ ڈبلیو۔ (2011). ڈی این اے کا مطلق مقدار معلوم کرنے کے لیے ہائی تھروپوٹ ڈراپلیٹ ڈیجیٹل پی سی آر نظام۔ تجزیاتی کیمسٹری، 83(22)، 8604-8610۔
ژاؤ، ایم، وانگ، کیو، وانگ، کیو، جییا، پی، & ژاؤ، زی۔ (2013). نیکسٹ جنریشن سیکوئنسنگ کے ڈیٹا کا استعمال کرتے ہوئے کاپی نمبر کی تبدیلیوں کی دریافت اور جینیاتی پروفائلنگ کے لیے کمپیوٹیشنل ٹولز: خصوصیات اور نقطہ نظر۔ بی ایم سی بایوانفارمیٹکس، 14(11)، 1-16۔
ریڈون، آر، ایشیکاوا، ایس، فچ، کے۔ آر، فیوک، ایل، پیری، جی۔ ایچ، اینڈریوز، ٹی۔ ڈی، ... & ہرلیس، ایم۔ ای۔ (2006). انسانی جینوم میں کاپی نمبر میں عالمی تبدیلی۔ نیچر، 444(7118)، 444-454۔
زارئی، ایم، میکڈونلڈ، جے۔ آر، میریکو، ڈی، & شیئرر، ایس۔ ڈبلیو۔ (2015). انسانی جینوم کا ایک کاپی نمبر کی تبدیلی کا نقشہ۔ نیچر ریویوز جینیات، 16(3)، 172-183۔
اسٹرینجر، بی۔ ای، فورسٹ، ایم۔ ایس، ڈننگ، ایم، انگل، سی۔ ای، بیزلی، سی، تھورن، این، ... & ڈرمٹزاکس، ای۔ ٹی۔ (2007). نیوکلیوٹائڈ اور کاپی نمبر کی تبدیلیوں کے اثرات کا نسبتی اثر۔ سائنس، 315(5813)، 848-853۔
الکان، سی، کوئ، بی۔ پی، & ایچ کلر، ای۔ ای۔ (2011). جینوم کی ساختی تبدیلیوں کی دریافت اور جینیاتی پروفائلنگ۔ نیچر ریویوز جینیات، 12(5)، 363-376۔

نتیجہ

جینیاتی ڈی این اے کاپی نمبر کیلکولیٹر آپ کے نمونوں میں مخصوص ڈی این اے تسلسل کی کاپیوں کی تعداد کا اندازہ لگانے کے لیے ایک طاقتور اور قابل رسائی طریقہ فراہم کرتا ہے۔ مالیکیولی اصولوں کے ساتھ صارف دوست ڈیزائن کو یکجا کرکے، یہ ٹول محققین، طلباء، اور پیشہ ور افراد کو جلدی سے قیمتی مقداری ڈیٹا حاصل کرنے میں مدد کرتا ہے بغیر کسی خصوصی آلات یا پیچیدہ پروٹوکولز کی ضرورت کے۔

ڈی این اے کاپی نمبر کو سمجھنا جینیات، مالیکیولر بایولوجی، اور طب میں بے شمار ایپلی کیشنز کے لیے ضروری ہے۔ چاہے آپ کینسر میں جین کی امپلیفیکیشن کا مطالعہ کر رہے ہوں، ٹرانس جین کی مقدار کا تعین کر رہے ہوں، یا جینیاتی عوارض میں کاپی نمبر کی تبدیلیوں کی تحقیقات کر رہے ہوں، ہمارا کیلکولیٹر آپ کو درکار معلومات حاصل کرنے کے لیے ایک سیدھا سادہ طریقہ پیش کرتا ہے۔

ہم آپ کو اپنے ڈی این اے تسلسل کے ساتھ جینیاتی نقل کا تخمینہ لگانے والے کا استعمال کرنے کی ترغیب دیتے ہیں اور یہ دریافت کرتے ہیں کہ ارتکاز، حجم، اور ہدف تسلسل میں تبدیلیاں حساب کیے گئے کاپی نمبر پر کس طرح اثر انداز ہوتی ہیں۔ یہ عملی تجربہ آپ کو مالیکیولر مقدار کی پیمائش کے اصولوں کو گہرائی سے سمجھنے میں مدد دے گا اور آپ کو ان تصورات کو اپنے مخصوص تحقیقی سوالات پر لاگو کرنے میں مدد کرے گا۔

اگر آپ کو کیلکولیٹر کے بارے میں کوئی سوالات یا تاثرات ہیں تو براہ کرم اکثر پوچھے جانے والے سوالات کے سیکشن کا حوالہ دیں یا ہماری سپورٹ ٹیم سے رابطہ کریں۔

💬

تاثیر

💬

اس ٹول کے بتور کو کلک کریں تاکہ اس ٹول کے بارے میں فیڈبیک دینا شروع کریں

🔗