Estimador de replicació genòmica | Calculadora de nombre de còpies d'ADN

Calculeu el nombre de còpies d'ADN introduint dades de seqüència, seqüència objectiu, concentració i volum. Estimació de replicació genòmica senzilla i precisa sense configuracions complexes ni integracions d'API.

Estimador de Replicació Genòmica

Seqüència d'ADN*

Introdueix la seqüència d'ADN completa que vols analitzar

Seqüència Objectiu*

Introdueix la seqüència d'ADN específica que vols comptar les ocurrències

Concentració d'ADN*

ng/μL

Volum de Mostra*

μL

Resultats

Nombre de Còpies Estimat

Còpia

Mètode de Càlcul

El nombre de còpies es calcula en funció del nombre d'ocurrències de la seqüència objectiu, la concentració d'ADN, el volum de mostra i les propietats moleculars de l'ADN.

Nombre de Còpies = (Ocurrències × Concentració × Volum × 6.022×10²³) ÷ (Longitud de l'ADN × 660 × 10⁹)

Visualització

Introdueix seqüències d'ADN i paràmetres vàlids per veure la visualització

📚

Documentació

Calculadora de Nombre de Còpies de DNA Genòmic

Introducció a l'Anàlisi del Nombre de Còpies de DNA

La Calculadora de Nombre de Còpies de DNA Genòmic és una eina poderosa dissenyada per estimar el nombre de còpies d'una seqüència específica de DNA present en una mostra genòmica. L'anàlisi del nombre de còpies de DNA és una tècnica fonamental en biologia molecular, genètica i diagnòstic clínic que ajuda investigadors i clínics a quantificar l'abundància de seqüències de DNA particulars. Aquest càlcul és essencial per a diverses aplicacions, incloent estudis d'expressió gènica, detecció de patògens, quantificació de transgènes i diagnòstic de trastorns genètics caracteritzats per variacions en el nombre de còpies (CNVs).

El nostre Estimador de Replicació Genòmica proporciona un enfocament senzill per calcular nombres de còpies de DNA sense requerir configuracions complexes ni integracions d'API. Introduint les teves dades de seqüència de DNA i la seqüència objectiu, juntament amb paràmetres de concentració, pots determinar ràpidament el nombre de còpies de seqüències de DNA específiques a la teva mostra. Aquesta informació és crucial per entendre variacions genètiques, mecanismes de malaltia i optimitzar protocols experimentals en investigació de biologia molecular.

La Ciència Darrere del Càlcul del Nombre de Còpies de DNA

Entenent el Nombre de Còpies de DNA

El nombre de còpies de DNA es refereix al nombre de vegades que apareix una seqüència específica de DNA en un genoma o mostra. En un genoma humà normal, la majoria dels gens existeixen en dues còpies (una de cada progenitor). No obstant això, diversos processos biològics i condicions genètiques poden portar a desviacions d'aquest estàndard:

Amplificacions: Nombre de còpies augmentat (més de dues còpies)
Eliminacions: Nombre de còpies disminuït (menys de dues còpies)
Duplicacions: Segments específics duplicats dins del genoma
Variacions en el Nombre de Còpies (CNVs): Variacions estructurals que impliquen canvis en el nombre de còpies

Calcular amb precisió els nombres de còpies de DNA ajuda els científics a entendre aquestes variacions i les seves implicacions per a la salut i la malaltia.

Fórmula Matemàtica per al Càlcul del Nombre de Còpies de DNA

El nombre de còpies d'una seqüència específica de DNA es pot calcular mitjançant la següent fórmula:

$\text{Nombre de Còpies} = \frac{\text{Ocurrències} \times \text{Concentració} \times \text{Volum} \times N_A}{\text{Longitud del DNA} \times \text{Pes Mitjà de Parell de Bases} \times 10^9}$

On:

Ocurrències: Nombre de vegades que apareix la seqüència objectiu a la mostra de DNA
Concentració: Concentració de DNA en ng/μL
Volum: Volum de la mostra en μL
$N_A$ : Nombre d'Avogadro (6.022 × 10²³ molècules/mol)
Longitud del DNA: Longitud de la seqüència de DNA en parells de bases
Pes Mitjà de Parell de Bases: Pes molecular mitjà d'un parell de bases de DNA (660 g/mol)
10^9: Factor de conversió de ng a g

Aquesta fórmula té en compte les propietats moleculars del DNA i proporciona una estimació del nombre absolut de còpies a la teva mostra.

Variables Explicades

Ocurrències: Això es determina comptant quantes vegades apareix la seqüència objectiu dins de la seqüència completa de DNA. Per exemple, si la teva seqüència objectiu és "ATCG" i apareix 5 vegades a la teva mostra de DNA, el valor d'ocurrències seria 5.
Concentració de DNA: Normalment mesurada en ng/μL (nanograms per microlitre), aquest valor representa la quantitat de DNA present a la teva solució. Aquest valor es determina habitualment mitjançant mètodes espectrofotomètrics com NanoDrop o assaigs fluoromètrics com Qubit.
Volum de Mostra: El volum total de la teva mostra de DNA en microlitres (μL).
Nombre d'Avogadro: Aquesta constant fonamental (6.022 × 10²³) representa el nombre de molècules en un mol d'una substància.
Longitud del DNA: La longitud total de la teva seqüència de DNA en parells de bases.
Pes Mitjà de Parell de Bases: El pes molecular mitjà d'un parell de bases de DNA és aproximadament 660 g/mol. Aquest valor té en compte el pes mitjà dels nucleòtids i els enllaços fosfodièster al DNA.

Com Utilitzar l'Estimator de Replicació Genòmica

El nostre Estimator de Replicació Genòmica proporciona una interfície amigable per calcular ràpidament i amb precisió els nombres de còpies de DNA. Segueix aquests passos per obtenir resultats precisos:

Pas 1: Introdueix la Teva Seqüència de DNA

Al primer camp d'entrada, introdueix la seqüència completa de DNA que vols analitzar. Aquesta ha de ser la seqüència completa en la qual vols comptar les ocurrències de la teva seqüència objectiu.

Notes importants:

Només s'accepten bases de DNA estàndard (A, T, C, G)
La seqüència no és sensible a majúscules (tant "ATCG" com "atcg" es tracten igual)
Elimina qualsevol espai, número o caràcter especial de la teva seqüència

Exemple d'una seqüència de DNA vàlida:

1ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAG
2

Pas 2: Introdueix la Teva Seqüència Objectiu

Al segon camp d'entrada, introdueix la seqüència específica de DNA que vols comptar. Aquesta és la seqüència objectiu del qual vols determinar el nombre de còpies.

Requisits:

La seqüència objectiu només ha de contenir bases de DNA estàndard (A, T, C, G)
La seqüència objectiu ha de ser més curta o igual que la seqüència principal de DNA
Per obtenir resultats precisos, la seqüència objectiu ha de representar un element genètic d'interès específic

Exemple d'una seqüència objectiu vàlida:

1ATCG
2

Pas 3: Especifica la Concentració de DNA i el Volum de Mostra

Introdueix la concentració de la teva mostra de DNA en ng/μL (nanograms per microlitre) i el volum en μL (microlitres).

Valors típics:

Concentració de DNA: 1-100 ng/μL
Volum de mostra: 1-100 μL

Pas 4: Visualitza els Teus Resultats

Després d'introduir tota la informació requerida, la calculadora calcularà automàticament el nombre de còpies de la teva seqüència objectiu. El resultat representa el nombre estimat de còpies de la teva seqüència objectiu a tota la mostra.

La secció de resultats també inclou:

Una visualització del nombre de còpies
L'opció de copiar el resultat al teu portapapers
Una explicació detallada de com es va realitzar el càlcul

Validació i Maneig d'Errors

L'Estimator de Replicació Genòmica inclou diversos controls de validació per assegurar resultats precisos:

Validació de la Seqüència de DNA: Assegura que l'entrada contingui només bases de DNA vàlides (A, T, C, G).
- Missatge d'error: "La seqüència de DNA ha de contenir només caràcters A, T, C, G"
Validació de la Seqüència Objectiu: Comprova que la seqüència objectiu contingui només bases de DNA vàlides i no sigui més llarga que la seqüència principal de DNA.
- Missatges d'error:
  - "La seqüència objectiu ha de contenir només caràcters A, T, C, G"
  - "La seqüència objectiu no pot ser més llarga que la seqüència de DNA"
Validació de la Concentració i del Volum: Verifica que aquests valors siguin números positius.
- Missatges d'error:
  - "La concentració ha de ser superior a 0"
  - "El volum ha de ser superior a 0"

Aplicacions i Casos d'Ús

L'anàlisi del nombre de còpies de DNA té nombroses aplicacions en diversos camps de la biologia i la medicina:

Aplicacions en Investigació

Estudis d'Expressió Gènica: Quantificar el nombre de còpies d'un gen pot ajudar a entendre el seu nivell d'expressió i funció.
Anàlisi d'Organismes Transgènics: Determinar el nombre de còpies de gens inserits en organismes modificats genèticament per avaluar l'eficiència de la integració.
Quantificació Microbiana: Mesurar l'abundància de seqüències microbianes específiques en mostres ambientals o clíniques.
Proves de Càrrega Viral: Quantificar genomes virals en mostres de pacients per monitoritzar el progrés de la infecció i l'eficàcia del tractament.

Aplicacions Clínicas

Diagnòstic del Càncer: Identificar amplificacions o eliminacions de oncogènes i gens supressors de tumors.
Diagnòstic de Malalties Genètiques: Detectar variacions en el nombre de còpies associades a trastorns genètics com la distrofia muscular de Duchenne o la malaltia de Charcot-Marie-Tooth.
Farmacogenòmica: Entendre com el nombre de còpies de gens afecta el metabolisme i la resposta als medicaments.
Proves Prenatals: Identificar anomalies cromosòmiques com trisomies o microeliminacions.

Exemple del Món Real

Un equip de recerca que estudia el càncer de mama podria utilitzar l'Estimator de Replicació Genòmica per determinar el nombre de còpies del gen HER2 en mostres de tumors. L'amplificació de HER2 (nombre de còpies augmentat) està associada amb un càncer de mama agressiu i influeix en les decisions de tractament. Calculant el nombre de còpies exacte, els investigadors poden:

Classificar tumors segons l'estat de HER2
Correlacionar el nombre de còpies amb els resultats dels pacients
Monitoritzar canvis en el nombre de còpies durant el tractament
Desenvolupar criteris diagnòstics més precisos

Alternatives al Càlcul del Nombre de Còpies

Si bé la nostra calculadora proporciona un mètode senzill per estimar nombres de còpies de DNA, també s'utilitzen altres tècniques en investigació i entorns clínics:

PCR Quantitativa (qPCR): Mesura l'amplificació de DNA en temps real per determinar el nombre de còpies inicial.
PCR Digital (dPCR): Partitiona la mostra en milers de reaccions individuals per proporcionar quantificació absoluta sense corbes estàndard.
Hibridació in situ per Fluorescència (FISH): Visualitza i compta seqüències de DNA específiques directament en cèl·lules o cromosomes.
Hibridació Genòmica Comparativa (CGH): Compara el nombre de còpies de seqüències de DNA entre una mostra de prova i una de referència.
Seqüenciació de Nova Generació (NGS): Proporciona un perfilatge del nombre de còpies a nivell genòmic amb alta resolució.

Cada mètode té les seves avantatges i limitacions pel que fa a precisió, cost, capacitat de processament i resolució. La nostra calculadora ofereix un enfocament ràpid i accessible per a estimacions inicials o quan no es disposa d'equips especialitzats.

Història de l'Anàlisi del Nombre de Còpies de DNA

El concepte de nombre de còpies de DNA i la seva importància en genètica ha evolucionat significativament al llarg de les dècades:

Primeres Descobriments (1950-1970)

La base per a l'anàlisi del nombre de còpies de DNA es va establir amb el descobriment de l'estructura del DNA per Watson i Crick el 1953. No obstant això, la capacitat de detectar variacions en el nombre de còpies va romandre limitada fins al desenvolupament de tècniques de biologia molecular als anys 70.

Emergència de Tècniques Moleculars (1980)

Els anys 80 van veure el desenvolupament de tècniques de blotting de Southern i hibridació in situ que van permetre als científics detectar canvis a gran escala en el nombre de còpies. Aquestes tècniques van proporcionar les primeres pistes sobre com les variacions en el nombre de còpies podrien afectar l'expressió gènica i el fenotip.

Revolució de la PCR (1990)

La invenció i refinament de la Reacció en Cadena de la Polimerasa (PCR) per Kary Mullis va revolucionar l'anàlisi de DNA. El desenvolupament de la PCR quantitativa (qPCR) als anys 90 va permetre una mesura més precisa dels nombres de còpies de DNA i es va convertir en l'estàndard d'or per a moltes aplicacions.

Era Genòmica (2000-Actualitat)

La finalització del Projecte Genoma Humà el 2003 i l'aparició de tecnologies de microarray i seqüenciació de nova generació han ampliat dràsticament la nostra capacitat per detectar i analitzar variacions en el nombre de còpies a través de tot el genoma. Aquestes tecnologies han revelat que les variacions en el nombre de còpies són molt més comunes i significatives del que es pensava anteriorment, contribuint tant a la diversitat genètica normal com a la malaltia.

Avui dia, els mètodes computacionals i les eines de bioinformàtica han millorat encara més la nostra capacitat per calcular i interpretar amb precisió els nombres de còpies de DNA, fent que aquesta anàlisi sigui accessible per a investigadors i clínics de tot el món.

Exemples de Codi per al Càlcul del Nombre de Còpies de DNA

Aquí hi ha implementacions del càlcul del nombre de còpies de DNA en diversos llenguatges de programació:

Implementació en Python

1def calculate_dna_copy_number(dna_sequence, target_sequence, concentration, volume):
2    """
3    Calcular el nombre de còpies d'una seqüència de DNA objectiu.
4    
5    Paràmetres:
6    dna_sequence (str): La seqüència completa de DNA
7    target_sequence (str): La seqüència objectiu a comptar
8    concentration (float): Concentració de DNA en ng/μL
9    volume (float): Volum de mostra en μL
10    
11    Retorna:
12    int: Nombre de còpies estimat
13    """
14    # Netejar i validar seqüències
15    dna_sequence = dna_sequence.upper().replace(" ", "")
16    target_sequence = target_sequence.upper().replace(" ", "")
17    
18    if not all(base in "ATCG" for base in dna_sequence):
19        raise ValueError("La seqüència de DNA ha de contenir només caràcters A, T, C, G")
20    
21    if not all(base in "ATCG" for base in target_sequence):
22        raise ValueError("La seqüència objectiu ha de contenir només caràcters A, T, C, G")
23    
24    if len(target_sequence) > len(dna_sequence):
25        raise ValueError("La seqüència objectiu no pot ser més llarga que la seqüència de DNA")
26    
27    if concentration <= 0 or volume <= 0:
28        raise ValueError("La concentració i el volum han de ser superiors a 0")
29    
30    # Comptar ocurrències de la seqüència objectiu
31    count = 0
32    pos = 0
33    while True:
34        pos = dna_sequence.find(target_sequence, pos)
35        if pos == -1:
36            break
37        count += 1
38        pos += 1
39    
40    # Constants
41    avogadro = 6.022e23  # molècules/mol
42    avg_base_pair_weight = 660  # g/mol
43    
44    # Calcular nombre de còpies
45    total_dna_ng = concentration * volume
46    total_dna_g = total_dna_ng / 1e9
47    moles_dna = total_dna_g / (len(dna_sequence) * avg_base_pair_weight)
48    total_copies = moles_dna * avogadro
49    copy_number = count * total_copies
50    
51    return round(copy_number)
52
53# Exemple d'ús
54dna_seq = "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG"
55target_seq = "ATCG"
56conc = 10  # ng/μL
57vol = 20   # μL
58
59try:
60    result = calculate_dna_copy_number(dna_seq, target_seq, conc, vol)
61    print(f"Nombre de còpies estimat: {result:,}")
62except ValueError as e:
63    print(f"Error: {e}")
64

Implementació en JavaScript

1function calculateDnaCopyNumber(dnaSequence, targetSequence, concentration, volume) {
2  // Netejar i validar seqüències
3  dnaSequence = dnaSequence.toUpperCase().replace(/\s+/g, '');
4  targetSequence = targetSequence.toUpperCase().replace(/\s+/g, '');
5  
6  // Validar seqüència de DNA
7  if (!/^[ATCG]+$/.test(dnaSequence)) {
8    throw new Error("La seqüència de DNA ha de contenir només caràcters A, T, C, G");
9  }
10  
11  // Validar seqüència objectiu
12  if (!/^[ATCG]+$/.test(targetSequence)) {
13    throw new Error("La seqüència objectiu ha de contenir només caràcters A, T, C, G");
14  }
15  
16  if (targetSequence.length > dnaSequence.length) {
17    throw new Error("La seqüència objectiu no pot ser més llarga que la seqüència de DNA");
18  }
19  
20  if (concentration <= 0 || volume <= 0) {
21    throw new Error("La concentració i el volum han de ser superiors a 0");
22  }
23  
24  // Comptar ocurrències de la seqüència objectiu
25  let count = 0;
26  let pos = 0;
27  
28  while (true) {
29    pos = dnaSequence.indexOf(targetSequence, pos);
30    if (pos === -1) break;
31    count++;
32    pos++;
33  }
34  
35  // Constants
36  const avogadro = 6.022e23; // molècules/mol
37  const avgBasePairWeight = 660; // g/mol
38  
39  // Calcular nombre de còpies
40  const totalDnaNg = concentration * volume;
41  const totalDnaG = totalDnaNg / 1e9;
42  const molesDna = totalDnaG / (dnaSequence.length * avgBasePairWeight);
43  const totalCopies = molesDna * avogadro;
44  const copyNumber = count * totalCopies;
45  
46  return Math.round(copyNumber);
47}
48
49// Exemple d'ús
50try {
51  const dnaSeq = "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG";
52  const targetSeq = "ATCG";
53  const conc = 10; // ng/μL
54  const vol = 20;  // μL
55  
56  const result = calculateDnaCopyNumber(dnaSeq, targetSeq, conc, vol);
57  console.log(`Nombre de còpies estimat: ${result.toLocaleString()}`);
58} catch (error) {
59  console.error(`Error: ${error.message}`);
60}
61

Implementació en R

1calculate_dna_copy_number <- function(dna_sequence, target_sequence, concentration, volume) {
2  # Netejar i validar seqüències
3  dna_sequence <- gsub("\\s+", "", toupper(dna_sequence))
4  target_sequence <- gsub("\\s+", "", toupper(target_sequence))
5  
6  # Validar seqüència de DNA
7  if (!grepl("^[ATCG]+$", dna_sequence)) {
8    stop("La seqüència de DNA ha de contenir només caràcters A, T, C, G")
9  }
10  
11  # Validar seqüència objectiu
12  if (!grepl("^[ATCG]+$", target_sequence)) {
13    stop("La seqüència objectiu ha de contenir només caràcters A, T, C, G")
14  }
15  
16  if (nchar(target_sequence) > nchar(dna_sequence)) {
17    stop("La seqüència objectiu no pot ser més llarga que la seqüència de DNA")
18  }
19  
20  if (concentration <= 0 || volume <= 0) {
21    stop("La concentració i el volum han de ser superiors a 0")
22  }
23  
24  # Comptar ocurrències de la seqüència objectiu
25  count <- 0
26  pos <- 1
27  
28  while (TRUE) {
29    pos <- regexpr(target_sequence, substr(dna_sequence, pos, nchar(dna_sequence)))
30    if (pos == -1) break
31    count <- count + 1
32    pos <- pos + 1
33  }
34  
35  # Constants
36  avogadro <- 6.022e23  # molècules/mol
37  avg_base_pair_weight <- 660  # g/mol
38  
39  # Calcular nombre de còpies
40  total_dna_ng <- concentration * volume
41  total_dna_g <- total_dna_ng / 1e9
42  moles_dna <- total_dna_g / (nchar(dna_sequence) * avg_base_pair_weight)
43  total_copies <- moles_dna * avogadro
44  copy_number <- count * total_copies
45  
46  return(round(copy_number))
47}
48
49# Exemple d'ús
50tryCatch({
51  dna_seq <- "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG"
52  target_seq <- "ATCG"
53  conc <- 10  # ng/μL
54  vol <- 20   # μL
55  
56  result <- calculate_dna_copy_number(dna_seq, target_seq, conc, vol)
57  cat(sprintf("Nombre de còpies estimat: %s\n", format(result, big.mark=",")))
58}, error = function(e) {
59  cat(sprintf("Error: %s\n", e$message))
60})
61

Preguntes Freqüents (FAQ)

Què és el nombre de còpies de DNA?

El nombre de còpies de DNA es refereix al nombre de vegades que apareix una seqüència específica de DNA en un genoma o mostra. En humans, la majoria dels gens existeixen en dues còpies (una de cada progenitor), però aquest nombre pot variar a causa de variacions genètiques, mutacions o processos de malaltia. Calcular el nombre de còpies és important per entendre trastorns genètics, el desenvolupament del càncer i la variació genètica normal.

Quina precisió té l'Estimator de Replicació Genòmica?

L'Estimator de Replicació Genòmica proporciona un càlcul teòric basat en principis moleculars i els paràmetres d'entrada que proporciones. La seva precisió depèn de diversos factors:

La precisió de la teva mesura de concentració de DNA
La puresa de la teva mostra de DNA
La especificitat de la teva seqüència objectiu
La precisió de la teva mesura de volum

Per a la recerca que requereix una quantificació extremadament precisa, tècniques com la PCR digital poden proporcionar una major precisió, però la nostra calculadora ofereix una bona estimació per a moltes aplicacions.

Puc utilitzar aquesta calculadora per seqüències de RNA?

No, aquesta calculadora està dissenyada específicament per seqüències de DNA i utilitza pesos moleculars específics de DNA en els seus càlculs. El RNA té propietats moleculars diferents (conté uracil en lloc de timina i té un pes molecular diferent). Per a la quantificació de RNA, s'han d'utilitzar calculadores de nombre de còpies especialitzades.

Quin rang de concentració de DNA funciona millor amb aquesta calculadora?

La calculadora funciona amb qualsevol valor de concentració de DNA positiu. No obstant això, per a la majoria de les mostres biològiques, les concentracions de DNA solen variar entre 1 i 100 ng/μL. Concentracions molt baixes (per sota de 1 ng/μL) poden introduir més incertesa en el càlcul a causa de limitacions de mesura.

Com maneja la calculadora les seqüències que es superposen?

La calculadora compta cada ocurrència de la seqüència objectiu, fins i tot si es superposen. Per exemple, en la seqüència "ATATAT", la seqüència objectiu "ATA" es comptaria dues vegades (posicions 1-3 i 3-5). Aquest enfocament és consistent amb com moltes tècniques de biologia molecular detecten seqüències.

Puc utilitzar aquesta eina per quantificar l'expressió gènica?

Si bé aquesta eina calcula nombres de còpies de DNA, l'expressió gènica es mesura normalment a nivell de RNA. Per a l'anàlisi de l'expressió gènica, tècniques com RT-qPCR, RNA-seq o microarrays són més adequades. No obstant això, el nombre de còpies de DNA pot influir en l'expressió gènica, de manera que aquestes anàlisis són sovint complementàries.

Què he de fer si la meva seqüència de DNA conté bases amb ambigüitat (N, R, Y, etc.)?

Aquesta calculadora només accepta bases de DNA estàndard (A, T, C, G). Si la teva seqüència conté bases amb ambigüitat, hauràs de substituir-les per bases específiques segons el teu millor coneixement o eliminar aquelles seccions abans d'utilitzar la calculadora.

Com maneja la calculadora nombres de còpies molt grans?

La calculadora pot manejar nombres de còpies molt grans i mostrarà els resultats en un format llegible. Per a valors extremadament grans, es pot utilitzar la notació científica. El càlcul subjacents manté la precisió completa independentment de la magnitud del resultat.

Com afecta la concentració de DNA el càlcul del nombre de còpies?

La concentració de DNA té una relació directa lineal amb el nombre de còpies calculat. Doblar la concentració duplicarà el nombre de còpies estimat, suposant que tots els altres paràmetres es mantinguin constants. Això destaca la importància de la mesura precisa de concentració per obtenir resultats fiables.

Referències

Bustin, S. A., Benes, V., Garson, J. A., Hellemans, J., Huggett, J., Kubista, M., ... & Wittwer, C. T. (2009). The MIQE guidelines: minimum information for publication of quantitative real-time PCR experiments. Clinical chemistry, 55(4), 611-622.
D'haene, B., Vandesompele, J., & Hellemans, J. (2010). Accurate and objective copy number profiling using real-time quantitative PCR. Methods, 50(4), 262-270.
Hindson, B. J., Ness, K. D., Masquelier, D. A., Belgrader, P., Heredia, N. J., Makarewicz, A. J., ... & Colston, B. W. (2011). High-throughput droplet digital PCR system for absolute quantitation of DNA copy number. Analytical chemistry, 83(22), 8604-8610.
Zhao, M., Wang, Q., Wang, Q., Jia, P., & Zhao, Z. (2013). Computational tools for copy number variation (CNV) detection using next-generation sequencing data: features and perspectives. BMC bioinformatics, 14(11), 1-16.
Redon, R., Ishikawa, S., Fitch, K. R., Feuk, L., Perry, G. H., Andrews, T. D., ... & Hurles, M. E. (2006). Global variation in copy number in the human genome. Nature, 444(7118), 444-454.
Zarrei, M., MacDonald, J. R., Merico, D., & Scherer, S. W. (2015). A copy number variation map of the human genome. Nature reviews genetics, 16(3), 172-183.
Stranger, B. E., Forrest, M. S., Dunning, M., Ingle, C. E., Beazley, C., Thorne, N., ... & Dermitzakis, E. T. (2007). Relative impact of nucleotide and copy number variation on gene expression phenotypes. Science, 315(5813), 848-622.
Alkan, C., Coe, B. P., & Eichler, E. E. (2011). Genome structural variation discovery and genotyping. Nature reviews genetics, 12(5), 363-376.

Conclusió

La Calculadora de Nombre de Còpies de DNA Genòmic proporciona una manera poderosa però accessible d'estimar el nombre de còpies de seqüències de DNA específiques a les teves mostres. Combinant principis moleculars amb un disseny amigable, aquesta eina ajuda investigadors, estudiants i professionals a obtenir ràpidament dades quantitatives valuoses sense equips especialitzats o protocols complexos.

Entendre el nombre de còpies de DNA és essencial per a nombroses aplicacions en genètica, biologia molecular i medicina. Tant si estudies l'amplificació gènica en el càncer, quantifiques la integració de transgènes o investigues variacions en el nombre de còpies en trastorns genètics, la nostra calculadora ofereix un enfocament senzill per obtenir la informació que necessites.

T'animem a provar l'Estimator de Replicació Genòmica amb les teves pròpies seqüències de DNA i explorar com els canvis en la concentració, el volum i les seqüències objectiu afecten els nombres de còpies calculats. Aquesta experiència pràctica aprofundirà la teva comprensió dels principis de quantificació molecular i t'ajudarà a aplicar aquests conceptes a les teves preguntes de recerca específiques.

Per a qualsevol pregunta o comentari sobre la calculadora, si us plau, consulta la secció de FAQ o contacta amb el nostre equip de suport.

💬

Retroalimentació

💬

Feu clic al toast de feedback per començar a donar feedback sobre aquesta eina

🔗

Eines Relacionades

Descobreix més eines que podrien ser útils per al teu flux de treball

Calculadora de concentració d'ADN: Converteix A260 a ng/μL

Prova aquesta eina

Calculadora de Lligadura de DNA per a Experiments de Clonació Molecular

Prova aquesta eina

Seguiment de la Variació Genètica: Calcula les Frequències d'Alels en les Poblacions

Prova aquesta eina

Calculadora de Distribució Gamma per a Anàlisi Estadística

Prova aquesta eina

Calculadora del temps de duplicació cel·lular: Mesura la taxa de creixement cel·lular

Prova aquesta eina

Calculadora de dilució de cèl·lules per a la preparació de mostres de laboratori

Prova aquesta eina

Calculadora de creu trihíbrida i generador de quadrats de Punnett

Prova aquesta eina

Estimador de replicació genòmica | Calculadora de nombre de còpies d'ADN

Estimador de Replicació Genòmica

Resultats

Mètode de Càlcul

Visualització

Documentació

Calculadora de Nombre de Còpies de DNA Genòmic

Introducció a l'Anàlisi del Nombre de Còpies de DNA

La Ciència Darrere del Càlcul del Nombre de Còpies de DNA

Entenent el Nombre de Còpies de DNA

Fórmula Matemàtica per al Càlcul del Nombre de Còpies de DNA

Variables Explicades

Com Utilitzar l'Estimator de Replicació Genòmica

Pas 1: Introdueix la Teva Seqüència de DNA

Pas 2: Introdueix la Teva Seqüència Objectiu

Pas 3: Especifica la Concentració de DNA i el Volum de Mostra

Pas 4: Visualitza els Teus Resultats

Validació i Maneig d'Errors

Aplicacions i Casos d'Ús

Aplicacions en Investigació

Aplicacions Clínicas

Exemple del Món Real

Alternatives al Càlcul del Nombre de Còpies

Història de l'Anàlisi del Nombre de Còpies de DNA

Primeres Descobriments (1950-1970)

Emergència de Tècniques Moleculars (1980)

Revolució de la PCR (1990)

Era Genòmica (2000-Actualitat)

Exemples de Codi per al Càlcul del Nombre de Còpies de DNA

Implementació en Python

Implementació en JavaScript

Implementació en R

Preguntes Freqüents (FAQ)

Què és el nombre de còpies de DNA?

Quina precisió té l'Estimator de Replicació Genòmica?

Puc utilitzar aquesta calculadora per seqüències de RNA?

Quin rang de concentració de DNA funciona millor amb aquesta calculadora?

Com maneja la calculadora les seqüències que es superposen?

Puc utilitzar aquesta eina per quantificar l'expressió gènica?

Què he de fer si la meva seqüència de DNA conté bases amb ambigüitat (N, R, Y, etc.)?

Com maneja la calculadora nombres de còpies molt grans?

Com afecta la concentració de DNA el càlcul del nombre de còpies?

Referències

Conclusió

Retroalimentació

Eines Relacionades

Calculadora de concentració d'ADN: Converteix A260 a ng/μL

Calculadora de Lligadura de DNA per a Experiments de Clonació Molecular

Seguiment de la Variació Genètica: Calcula les Frequències d'Alels en les Poblacions

Calculadora de Distribució Gamma per a Anàlisi Estadística

Calculadora del temps de duplicació cel·lular: Mesura la taxa de creixement cel·lular

Calculadora de Temperatura d'Anellament de DNA per al Disseny de Primers PCR

Resolutor de quadrats de Punnett: Predicció dels patrons d'herència genètica

Calculadora de creu dihíbrida: Calculadora de quadrats de Punnett de genètica

Calculadora de dilució de cèl·lules per a la preparació de mostres de laboratori

Calculadora de creu trihíbrida i generador de quadrats de Punnett