Odhadovač genomové replikace | Kalkulátor počtu kopií DNA

Vypočítejte počty kopií DNA zadáním dat sekvence, cílové sekvence, koncentrace a objemu. Jednoduché, přesné odhady genomové replikace bez složitých konfigurací nebo integrací API.

Odhadovač replikace genomu

DNA sekvence*

Zadejte celou DNA sekvenci, kterou chcete analyzovat

Cílová sekvence*

Zadejte konkrétní DNA sekvenci, jejíž výskyty chcete počítat

Koncentrace DNA*

ng/μL

Objem vzorku*

μL

Výsledky

Odhadovaný počet kopií

Kopie

Metoda výpočtu

Počet kopií se vypočítává na základě počtu výskytů cílové sekvence, koncentrace DNA, objemu vzorku a molekulárních vlastností DNA.

Počet kopií = (Výskyty × Koncentrace × Objem × 6.022×10²³) ÷ (Délka DNA × 660 × 10⁹)

Vizualizace

Zadejte platné DNA sekvence a parametry pro zobrazení vizualizace

📚

Dokumentace

Kalkulátor počtu kopií genomové DNA

Úvod do analýzy počtu kopií DNA

Kalkulátor počtu kopií genomové DNA je mocný nástroj navržený k odhadu počtu kopií konkrétní DNA sekvence přítomné v genomovém vzorku. Analýza počtu kopií DNA je základní technikou v molekulární biologii, genetice a klinické diagnostice, která pomáhá výzkumníkům a klinikům kvantifikovat hojnost konkrétních DNA sekvencí. Tento výpočet je nezbytný pro různé aplikace, včetně studií exprese genů, detekce patogenů, kvantifikace transgenu a diagnostiky genetických poruch charakterizovaných variacemi počtu kopií (CNV).

Náš Odhadovač genomové replikace poskytuje jednoduchý přístup k výpočtu počtu kopií DNA bez nutnosti složitých konfigurací nebo integrací API. Zadaním vašich dat o DNA sekvencích a cílové sekvenci spolu s parametry koncentrace můžete rychle určit počet kopií konkrétních DNA sekvencí ve vašem vzorku. Tyto informace jsou zásadní pro pochopení genetických variací, mechanismů onemocnění a optimalizaci experimentálních protokolů v molekulárně biologickém výzkumu.

Věda za výpočtem počtu kopií DNA

Porozumění počtu kopií DNA

Počet kopií DNA se vztahuje k počtu, kolikrát se konkrétní DNA sekvence objevuje v genomu nebo vzorku. V normálním lidském genomu většina genů existuje ve dvou kopiích (jedna od každého rodiče). Nicméně různé biologické procesy a genetické podmínky mohou vést k odchylkám od tohoto standardu:

Amplifikace: Zvýšený počet kopií (více než dvě kopie)
Delece: Snížený počet kopií (méně než dvě kopie)
Duplikace: Specifické segmenty duplikované v genomu
Variace počtu kopií (CNV): Strukturální variace zahrnující změny v počtu kopií

Přesné výpočty počtu kopií DNA pomáhají vědcům pochopit tyto variace a jejich důsledky pro zdraví a nemoc.

Matematický vzorec pro výpočet počtu kopií DNA

Počet kopií konkrétní DNA sekvence lze vypočítat pomocí následujícího vzorce:

$\text{Počet kopií} = \frac{\text{Výskyty} \times \text{Koncentrace} \times \text{Objem} \times N_A}{\text{Délka DNA} \times \text{Průměrná hmotnost páru bází} \times 10^9}$

Kde:

Výskyty: Počet, kolikrát se cílová sekvence objevuje v DNA vzorku
Koncentrace: Koncentrace DNA v ng/μL
Objem: Objem vzorku v μL
$N_A$ : Avogadrovo číslo (6.022 × 10²³ molekul/mol)
Délka DNA: Délka DNA sekvence v párech bází
Průměrná hmotnost páru bází: Průměrná molekulová hmotnost páru bází DNA (660 g/mol)
10^9: Převodní faktor z ng na g

Tento vzorec zohledňuje molekulární vlastnosti DNA a poskytuje odhad absolutního počtu kopií ve vašem vzorku.

Vysvětlení proměnných

Výskyty: Toto je určeno počítáním, kolikrát se cílová sekvence objevuje v celé DNA sekvenci. Například, pokud se vaše cílová sekvence "ATCG" objevuje 5krát ve vašem DNA vzorku, hodnota výskytů by byla 5.
Koncentrace DNA: Obvykle měřená v ng/μL (nanogramy na mikrolitr), toto představuje množství DNA přítomné ve vašem roztoku. Tato hodnota je obvykle určena pomocí spektrofotometrických metod, jako je NanoDrop, nebo fluorometrických testů, jako je Qubit.
Objem vzorku: Celkový objem vašeho DNA vzorku v mikrolitrech (μL).
Avogadrovo číslo: Tento základní konstant (6.022 × 10²³) představuje počet molekul v jednom mole látky.
Délka DNA: Celková délka vaší DNA sekvence v párech bází.
Průměrná hmotnost páru bází: Průměrná molekulová hmotnost páru bází DNA je přibližně 660 g/mol. Tato hodnota zohledňuje průměrnou hmotnost nukleotidů a fosfodiesterových vazeb v DNA.

Jak používat Odhadovač genomové replikace

Náš Odhadovač genomové replikace poskytuje uživatelsky přívětivé rozhraní pro rychlé a přesné výpočty počtu kopií DNA. Postupujte podle těchto kroků, abyste získali přesné výsledky:

Krok 1: Zadejte svou DNA sekvenci

V prvním vstupním poli zadejte úplnou DNA sekvenci, kterou chcete analyzovat. Toto by měla být celá sekvence, ve které chcete počítat výskyty vaší cílové sekvence.

Důležité poznámky:

Akceptovány jsou pouze standardní báze DNA (A, T, C, G)
Sekvence není citlivá na velikost písmen (jak "ATCG", tak "atcg" jsou považovány za stejné)
Odstraňte jakékoliv mezery, čísla nebo speciální znaky ze své sekvence

Příklad platné DNA sekvence:

1ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAG
2

Krok 2: Zadejte svou cílovou sekvenci

Ve druhém vstupním poli zadejte konkrétní DNA sekvenci, kterou chcete počítat. Toto je cílová sekvence, jejíž počet kopií chcete určit.

Požadavky:

Cílová sekvence musí obsahovat pouze standardní báze DNA (A, T, C, G)
Cílová sekvence musí být kratší nebo rovna hlavní DNA sekvenci
Pro přesné výsledky by cílová sekvence měla představovat konkrétní genetický prvek zájmu

Příklad platné cílové sekvence:

1ATCG
2

Krok 3: Specifikujte koncentraci DNA a objem vzorku

Zadejte koncentraci vašeho DNA vzorku v ng/μL (nanogramy na mikrolitr) a objem v μL (mikrolitrech).

Typické hodnoty:

Koncentrace DNA: 1-100 ng/μL
Objem vzorku: 1-100 μL

Krok 4: Zobrazte své výsledky

Po zadání všech požadovaných informací kalkulátor automaticky vypočítá počet kopií vaší cílové sekvence. Výsledek představuje odhadovaný počet kopií vaší cílové sekvence v celém vzorku.

Sekce výsledků také zahrnuje:

Vizualizaci počtu kopií
Možnost zkopírovat výsledek do schránky
Podrobný popis, jak byl výpočet proveden

Ověření a zpracování chyb

Odhadovač genomové replikace zahrnuje několik validačních kontrol, aby zajistil přesné výsledky:

Ověření DNA sekvence: Zajišťuje, že vstup obsahuje pouze platné báze DNA (A, T, C, G).
- Chybová zpráva: "DNA sekvence musí obsahovat pouze znaky A, T, C, G"
Ověření cílové sekvence: Kontroluje, že cílová sekvence obsahuje pouze platné báze DNA a není delší než hlavní DNA sekvence.
- Chybové zprávy:
  - "Cílová sekvence musí obsahovat pouze znaky A, T, C, G"
  - "Cílová sekvence nemůže být delší než DNA sekvence"
Ověření koncentrace a objemu: Ověřuje, že tyto hodnoty jsou kladná čísla.
- Chybové zprávy:
  - "Koncentrace musí být větší než 0"
  - "Objem musí být větší než 0"

Aplikace a případy použití

Analýza počtu kopií DNA má nespočet aplikací napříč různými oblastmi biologie a medicíny:

Výzkumné aplikace

Studie exprese genů: Kvantifikace počtu kopií genu může pomoci pochopit jeho úroveň exprese a funkci.
Analýza transgenních organismů: Určení počtu kopií vložených genů v geneticky modifikovaných organismech k posouzení efektivity integrace.
Kvantifikace mikroorganismů: Měření hojnosti specifických mikrobiálních sekvencí v environmentálních nebo klinických vzorcích.
Testování virové zátěže: Kvantifikace virových genomů v pacientech k monitorování progrese infekce a účinnosti léčby.

Klinické aplikace

Diagnostika rakoviny: Identifikace amplifikací nebo delecí onkogenů a genů supresorů nádorů.
Diagnóza genetických onemocnění: Detekce variací počtu kopií spojených s genetickými poruchami, jako je Duchennova svalová dystrofie nebo nemoc Charcot-Marie-Tooth.
Farmakogenomika: Pochopení toho, jak počet kopií ovlivňuje metabolismus a reakci na léky.
Prenatální testování: Identifikace chromozomálních abnormalit, jako jsou trisomie nebo mikrodelece.

Příklad ze skutečného světa

Výzkumný tým studující rakovinu prsu by mohl použít Odhadovač genomové replikace k určení počtu kopií genu HER2 v nádorových vzorcích. Amplifikace HER2 (zvýšený počet kopií) je spojena s agresivní rakovinou prsu a ovlivňuje rozhodnutí o léčbě. Vypočítáním přesného počtu kopií mohou vědci:

Klasifikovat nádory podle stavu HER2
Korelovat počet kopií s výsledky pacientů
Monitorovat změny v počtu kopií během léčby
Vyvinout přesnější diagnostická kritéria

Alternativy k výpočtu počtu kopií

Ačkoli náš kalkulátor poskytuje jednoduchou metodu pro odhad počtu kopií DNA, v oblasti výzkumu a klinických nastavení se také používají další techniky:

Kvantitativní PCR (qPCR): Měří amplifikaci DNA v reálném čase k určení počátečního počtu kopií.
Digitální PCR (dPCR): Rozděluje vzorek na tisíce jednotlivých reakcí, aby poskytla absolutní kvantifikaci bez standardních křivek.
Fluorescenční in situ hybridizace (FISH): Vizualizuje a počítá specifické DNA sekvence přímo v buňkách nebo chromozomech.
Porovnávací genomová hybridizace (CGH): Porovnává počet kopií DNA sekvencí mezi testovacím a referenčním vzorkem.
Sekvenování nové generace (NGS): Poskytuje profilování počtu kopií po celém genomu s vysokým rozlišením.

Každá metoda má své výhody a omezení z hlediska přesnosti, nákladů, propustnosti a rozlišení. Náš kalkulátor nabízí rychlý a přístupný přístup k počátečním odhadům nebo když není k dispozici specializované vybavení.

Historie analýzy počtu kopií DNA

Koncept počtu kopií DNA a jeho význam v genetice se v průběhu desetiletí výrazně vyvinul:

Rané objevy (1950-1970)

Základy pro analýzu počtu kopií DNA byly položeny objevem struktury DNA Watsonem a Crickem v roce 1953. Nicméně schopnost detekovat variace v počtu kopií zůstávala omezená až do vývoje technik molekulární biologie v 70. letech.

Vznik molekulárních technik (1980)

léta přinesla vývoj Southern blotting a technik in situ hybridizace, které umožnily vědcům detekovat velké změny počtu kopií. Tyto metody poskytly první pohledy na to, jak mohou variace počtu kopií ovlivnit expresi genů a fenotyp.

Revoluce PCR (1990)

Vynález a zdokonalení Polymerázové řetězové reakce (PCR) Karym Mullisem revolucionalizovalo analýzu DNA. Vývoj kvantitativní PCR (qPCR) v 90. letech umožnil přesnější měření počtu kopií DNA a stal se zlatým standardem pro mnoho aplikací.

Genomová éra (2000-dosud)

Dokončení projektu lidského genomu v roce 2003 a nástup technologií mikroarray a sekvenování nové generace dramaticky rozšířily naši schopnost detekovat a analyzovat variace počtu kopií v celém genomu. Tyto technologie odhalily, že variace počtu kopií jsou mnohem běžnější a významnější, než se dříve myslelo, a přispívají jak k normální genetické rozmanitosti, tak k onemocnění.

Dnes, výpočetní metody a bioinformatické nástroje dále zlepšily naši schopnost přesně vypočítat a interpretovat počty kopií DNA, což činí tuto analýzu přístupnou pro výzkumníky a kliniky po celém světě.

Příklady kódu pro výpočet počtu kopií DNA

Zde jsou implementace výpočtu počtu kopií DNA v různých programovacích jazycích:

Implementace v Pythonu

1def calculate_dna_copy_number(dna_sequence, target_sequence, concentration, volume):
2    """
3    Vypočítat počet kopií cílové DNA sekvence.
4    
5    Parametry:
6    dna_sequence (str): Úplná DNA sekvence
7    target_sequence (str): Cílová sekvence k počítání
8    concentration (float): Koncentrace DNA v ng/μL
9    volume (float): Objem vzorku v μL
10    
11    Návratová hodnota:
12    int: Odhadovaný počet kopií
13    """
14    # Čistění a validace sekvencí
15    dna_sequence = dna_sequence.upper().replace(" ", "")
16    target_sequence = target_sequence.upper().replace(" ", "")
17    
18    if not all(base in "ATCG" for base in dna_sequence):
19        raise ValueError("DNA sekvence musí obsahovat pouze znaky A, T, C, G")
20    
21    if not all(base in "ATCG" for base in target_sequence):
22        raise ValueError("Cílová sekvence musí obsahovat pouze znaky A, T, C, G")
23    
24    if len(target_sequence) > len(dna_sequence):
25        raise ValueError("Cílová sekvence nemůže být delší než DNA sekvence")
26    
27    if concentration <= 0 or volume <= 0:
28        raise ValueError("Koncentrace a objem musí být větší než 0")
29    
30    # Počítání výskytů cílové sekvence
31    count = 0
32    pos = 0
33    while True:
34        pos = dna_sequence.find(target_sequence, pos)
35        if pos == -1:
36            break
37        count += 1
38        pos += 1
39    
40    # Konstanty
41    avogadro = 6.022e23  # molekul/mol
42    avg_base_pair_weight = 660  # g/mol
43    
44    # Výpočet počtu kopií
45    total_dna_ng = concentration * volume
46    total_dna_g = total_dna_ng / 1e9
47    moles_dna = total_dna_g / (len(dna_sequence) * avg_base_pair_weight)
48    total_copies = moles_dna * avogadro
49    copy_number = count * total_copies
50    
51    return round(copy_number)
52
53# Příklad použití
54dna_seq = "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG"
55target_seq = "ATCG"
56conc = 10  # ng/μL
57vol = 20   # μL
58
59try:
60    result = calculate_dna_copy_number(dna_seq, target_seq, conc, vol)
61    print(f"Odhadovaný počet kopií: {result:,}")
62except ValueError as e:
63    print(f"Chyba: {e}")
64

Implementace v JavaScriptu

1function calculateDnaCopyNumber(dnaSequence, targetSequence, concentration, volume) {
2  // Čistění a validace sekvencí
3  dnaSequence = dnaSequence.toUpperCase().replace(/\s+/g, '');
4  targetSequence = targetSequence.toUpperCase().replace(/\s+/g, '');
5  
6  // Ověření DNA sekvence
7  if (!/^[ATCG]+$/.test(dnaSequence)) {
8    throw new Error("DNA sekvence musí obsahovat pouze znaky A, T, C, G");
9  }
10  
11  // Ověření cílové sekvence
12  if (!/^[ATCG]+$/.test(targetSequence)) {
13    throw new Error("Cílová sekvence musí obsahovat pouze znaky A, T, C, G");
14  }
15  
16  if (targetSequence.length > dnaSequence.length) {
17    throw new Error("Cílová sekvence nemůže být delší než DNA sekvence");
18  }
19  
20  if (concentration <= 0 || volume <= 0) {
21    throw new Error("Koncentrace a objem musí být větší než 0");
22  }
23  
24  // Počítání výskytů cílové sekvence
25  let count = 0;
26  let pos = 0;
27  
28  while (true) {
29    pos = dnaSequence.indexOf(targetSequence, pos);
30    if (pos === -1) break;
31    count++;
32    pos++;
33  }
34  
35  // Konstanty
36  const avogadro = 6.022e23; // molekul/mol
37  const avgBasePairWeight = 660; // g/mol
38  
39  // Výpočet počtu kopií
40  const totalDnaNg = concentration * volume;
41  const totalDnaG = totalDnaNg / 1e9;
42  const molesDna = totalDnaG / (dnaSequence.length * avgBasePairWeight);
43  const totalCopies = molesDna * avogadro;
44  const copyNumber = count * totalCopies;
45  
46  return Math.round(copyNumber);
47}
48
49// Příklad použití
50try {
51  const dnaSeq = "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG";
52  const targetSeq = "ATCG";
53  const conc = 10; // ng/μL
54  const vol = 20;  // μL
55  
56  const result = calculateDnaCopyNumber(dnaSeq, targetSeq, conc, vol);
57  console.log(`Odhadovaný počet kopií: ${result.toLocaleString()}`);
58} catch (error) {
59  console.error(`Chyba: ${error.message}`);
60}
61

Implementace v R

1calculate_dna_copy_number <- function(dna_sequence, target_sequence, concentration, volume) {
2  # Čistění a validace sekvencí
3  dna_sequence <- gsub("\\s+", "", toupper(dna_sequence))
4  target_sequence <- gsub("\\s+", "", toupper(target_sequence))
5  
6  # Ověření DNA sekvence
7  if (!grepl("^[ATCG]+$", dna_sequence)) {
8    stop("DNA sekvence musí obsahovat pouze znaky A, T, C, G")
9  }
10  
11  # Ověření cílové sekvence
12  if (!grepl("^[ATCG]+$", target_sequence)) {
13    stop("Cílová sekvence musí obsahovat pouze znaky A, T, C, G")
14  }
15  
16  if (nchar(target_sequence) > nchar(dna_sequence)) {
17    stop("Cílová sekvence nemůže být delší než DNA sekvence")
18  }
19  
20  if (concentration <= 0 || volume <= 0) {
21    stop("Koncentrace a objem musí být větší než 0")
22  }
23  
24  # Počítání výskytů cílové sekvence
25  count <- 0
26  pos <- 1
27  
28  while (TRUE) {
29    pos <- regexpr(target_sequence, substr(dna_sequence, pos, nchar(dna_sequence)))
30    if (pos == -1) break
31    count <- count + 1
32    pos <- pos + 1
33  }
34  
35  # Konstanty
36  avogadro <- 6.022e23  # molekul/mol
37  avg_base_pair_weight <- 660  # g/mol
38  
39  # Výpočet počtu kopií
40  total_dna_ng <- concentration * volume
41  total_dna_g <- total_dna_ng / 1e9
42  moles_dna <- total_dna_g / (nchar(dna_sequence) * avg_base_pair_weight)
43  total_copies <- moles_dna * avogadro
44  copy_number <- count * total_copies
45  
46  return(round(copy_number))
47}
48
49# Příklad použití
50tryCatch({
51  dna_seq <- "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG"
52  target_seq <- "ATCG"
53  conc <- 10  # ng/μL
54  vol <- 20   # μL
55  
56  result <- calculate_dna_copy_number(dna_seq, target_seq, conc, vol)
57  cat(sprintf("Odhadovaný počet kopií: %s\n", format(result, big.mark=",")))
58}, error = function(e) {
59  cat(sprintf("Chyba: %s\n", e$message))
60})
61

Často kladené otázky (FAQ)

Co je to počet kopií DNA?

Počet kopií DNA se vztahuje k počtu, kolikrát se konkrétní DNA sekvence objevuje v genomu nebo vzorku. U lidí většina genů existuje ve dvou kopiích (jedna od každého rodiče), ale tento počet se může lišit v důsledku genetických variací, mutací nebo procesů onemocnění. Výpočet počtu kopií je důležitý pro pochopení genetických poruch, vývoje rakoviny a normální genetické variace.

Jak přesný je Odhadovač genomové replikace?

Odhadovač genomové replikace poskytuje teoretický výpočet založený na molekulárních principech a zadaných parametrech. Jeho přesnost závisí na několika faktorech:

Přesnost měření koncentrace vaší DNA
Čistota vašeho DNA vzorku
Specifičnost vaší cílové sekvence
Přesnost měření objemu

Pro výzkum vyžadující extrémně přesnou kvantifikaci mohou techniky, jako je digitální PCR, poskytnout vyšší přesnost, ale náš kalkulátor nabízí dobrý odhad pro mnoho aplikací.

Mohu tento kalkulátor použít pro RNA sekvence?

Ne, tento kalkulátor je specificky navržen pro DNA sekvence a používá molekulově specifické hmotnosti v jeho výpočtech. RNA má jiné molekulární vlastnosti (obsahující uracil místo thyminu a má jinou hmotnost). Pro kvantifikaci RNA by měly být použity specializované kalkulátory počtu kopií RNA.

Jaký rozsah koncentrace DNA funguje nejlépe s tímto kalkulátorem?

Kalkulátor funguje s jakoukoli kladnou hodnotou koncentrace DNA. Nicméně pro většinu biologických vzorků se koncentrace DNA obvykle pohybuje od 1 do 100 ng/μL. Velmi nízké koncentrace (pod 1 ng/μL) mohou zavést větší nejistotu do výpočtu kvůli omezením měření.

Jak kalkulátor zachází s překrývajícími se sekvencemi?

Kalkulátor počítá každý výskyt cílové sekvence, i když se překrývá. Například v sekvenci "ATATAT" by cílová sekvence "ATA" byla počítána dvakrát (pozice 1-3 a 3-5). Tento přístup je konzistentní s tím, jak mnoho technik molekulární biologie detekuje sekvence.

Mohu tento nástroj použít pro kvantifikaci exprese genů?

Ačkoli tento nástroj počítá počty kopií DNA, exprese genů se obvykle měří na úrovni RNA. Pro analýzu exprese genů jsou vhodnější techniky jako RT-qPCR, RNA-seq nebo mikroarray. Nicméně počet kopií DNA může ovlivnit expresi genů, takže tyto analýzy jsou často doplňkové.

Co mám dělat, pokud moje DNA sekvence obsahuje nejednoznačné báze (N, R, Y atd.)?

Tento kalkulátor akceptuje pouze standardní báze DNA (A, T, C, G). Pokud vaše sekvence obsahuje nejednoznačné báze, budete muset buď nahradit je konkrétními bázemi na základě vašich nejlepších znalostí, nebo odstranit tyto části před použitím kalkulátoru.

Jak kalkulátor zachází s velmi velkými počty kopií?

Kalkulátor může zpracovat velmi velké počty kopií a zobrazí je ve čitelné podobě. Pro extrémně velké hodnoty může být použita vědecká notace. Podkladový výpočet udržuje plnou přesnost bez ohledu na velikost výsledku.

Může tento nástroj kvantifikovat expresi genů?

Ne, tento nástroj je určen pro výpočet počtu kopií DNA. Pro analýzu exprese genů by měly být použity techniky jako RT-qPCR, RNA-seq nebo mikroarray. Nicméně, analýza počtu kopií může poskytnout důležité informace o potenciálním vlivu na expresi genů.

Jak ovlivňuje koncentrace DNA výpočet počtu kopií?

Koncentrace DNA má přímý lineární vztah s vypočítaným počtem kopií. Zdvojení koncentrace zdvojnásobí odhadovaný počet kopií, za předpokladu, že všechny ostatní parametry zůstávají konstantní. To zdůrazňuje důležitost přesného měření koncentrace pro spolehlivé výsledky.

Odkazy

Bustin, S. A., Benes, V., Garson, J. A., Hellemans, J., Huggett, J., Kubista, M., ... & Wittwer, C. T. (2009). Směrnice MIQE: minimální informace pro publikaci experimentů s kvantitativní PCR. Klinická chemie, 55(4), 611-622.
D'haene, B., Vandesompele, J., & Hellemans, J. (2010). Přesné a objektivní profilování počtu kopií pomocí reálného času kvantitativní PCR. Metody, 50(4), 262-270.
Hindson, B. J., Ness, K. D., Masquelier, D. A., Belgrader, P., Heredia, N. J., Makarewicz, A. J., ... & Colston, B. W. (2011). Systém digitální PCR s vysokou propustností pro absolutní kvantifikaci počtu kopií DNA. Analytická chemie, 83(22), 8604-8610.
Zhao, M., Wang, Q., Wang, Q., Jia, P., & Zhao, Z. (2013). Výpočetní nástroje pro detekci variací počtu kopií (CNV) pomocí dat sekvenování nové generace: vlastnosti a perspektivy. BMC bioinformatika, 14(11), 1-16.
Redon, R., Ishikawa, S., Fitch, K. R., Feuk, L., Perry, G. H., Andrews, T. D., ... & Hurles, M. E. (2006). Globální variace v počtu kopií v lidském genomu. Příroda, 444(7118), 444-454.
Zarrei, M., MacDonald, J. R., Merico, D., & Scherer, S. W. (2015). Mapa variací počtu kopií lidského genomu. Přehledy přírody, genetika, 16(3), 172-183.
Stranger, B. E., Forrest, M. S., Dunning, M., Ingle, C. E., Beazley, C., Thorne, N., ... & Dermitzakis, E. T. (2007). Relativní dopad nukleotidových a variací počtu kopií na fenotypy exprese genů. Věda, 315(5813), 848-853.
Alkan, C., Coe, B. P., & Eichler, E. E. (2011). Objevování strukturálních variací genomu a genotypizace. Přehledy přírody, genetika, 12(5), 363-376.

Závěr

Kalkulátor počtu kopií genomové DNA poskytuje mocný, přesto přístupný způsob, jak odhadnout počet kopií konkrétních DNA sekvencí ve vašich vzorcích. Kombinováním molekulárních principů s uživatelsky přívětivým designem tento nástroj pomáhá výzkumníkům, studentům a profesionálům rychle získat cenná kvantitativní data bez potřeby specializovaného vybavení nebo složitých protokolů.

Pochopení počtu kopií DNA je zásadní pro nespočet aplikací v genetice, molekulární biologii a medicíně. Ať už studujete amplifikaci genů u rakoviny, kvantifikujete integraci transgenu nebo zkoumáte variace počtu kopií u genetických poruch, náš kalkulátor nabízí jednoduchý přístup k získání potřebných informací.

Doporučujeme vám vyzkoušet Odhadovač genomové replikace s vašimi vlastními DNA sekvencemi a prozkoumat, jak změny v koncentraci, objemu a cílových sekvencích ovlivňují vypočítané počty kopií. Tato praktická zkušenost prohloubí vaše porozumění principům molekulární kvantifikace a pomůže vám aplikovat tyto koncepty na vaše konkrétní výzkumné otázky.

Pokud máte jakékoliv dotazy nebo zpětnou vazbu ohledně kalkulátoru, prosím, odkazujte na sekci FAQ nebo kontaktujte náš podpůrný tým.

💬

Zpětná vazba

💬

Kliknutím na zpětnou vazbu spustíte poskytování zpětné vazby o tomto nástroji.

🔗

Související nástroje

Objevte další nástroje, které by mohly být užitečné pro vaši pracovní postup.