Penaksir Replikasi Genom | Pengira Bilangan Salinan DNA

Kira bilangan salinan DNA dengan memasukkan data urutan, urutan sasaran, kepekatan, dan isipadu. Anggaran replikasi genom yang mudah dan tepat tanpa konfigurasi kompleks atau integrasi API.

Penilai Replikasi Genom

Urutan DNA*

Masukkan urutan DNA penuh yang ingin anda analisis

Urutan Sasaran*

Masukkan urutan DNA spesifik yang ingin anda hitung kemunculannya

Konsentrasi DNA*

ng/μL

Volume Sampel*

μL

Keputusan

Anggaran Bilangan Salinan

Salinan

Kaedah Pengiraan

Bilangan salinan dikira berdasarkan bilangan kemunculan urutan sasaran, konsentrasi DNA, volume sampel, dan sifat molekul DNA.

Bilangan Salinan = (Kemunculan × Konsentrasi × Volume × 6.022×10²³) ÷ (Panjang DNA × 660 × 10⁹)

Visualisasi

Masukkan urutan DNA dan parameter yang sah untuk melihat visualisasi

📚

Dokumentasi

Pengira Bilangan Salinan DNA Genomik

Pengenalan kepada Analisis Bilangan Salinan DNA

Pengira Bilangan Salinan DNA Genomik adalah alat yang berkuasa yang direka untuk menganggarkan jumlah salinan urutan DNA tertentu yang terdapat dalam sampel genomik. Analisis bilangan salinan DNA adalah teknik asas dalam biologi molekul, genetik, dan diagnostik klinikal yang membantu penyelidik dan klinik mengkuantifikasi kelimpahan urutan DNA tertentu. Pengiraan ini adalah penting untuk pelbagai aplikasi, termasuk kajian ekspresi gen, pengesanan patogen, pengkuantitian transgene, dan mendiagnosis gangguan genetik yang dicirikan oleh variasi bilangan salinan (CNV).

Pengira Replikasi Genomik kami menyediakan pendekatan yang mudah untuk mengira bilangan salinan DNA tanpa memerlukan konfigurasi yang kompleks atau integrasi API. Dengan memasukkan data urutan DNA anda dan urutan sasaran, bersama dengan parameter kepekatan, anda boleh dengan cepat menentukan bilangan salinan urutan DNA tertentu dalam sampel anda. Maklumat ini adalah penting untuk memahami variasi genetik, mekanisme penyakit, dan mengoptimumkan protokol eksperimen dalam penyelidikan biologi molekul.

Sains di Sebalik Pengiraan Bilangan Salinan DNA

Memahami Bilangan Salinan DNA

Bilangan salinan DNA merujuk kepada jumlah kali urutan DNA tertentu muncul dalam genom atau sampel. Dalam genom manusia yang normal, kebanyakan gen wujud dalam dua salinan (satu dari setiap ibu bapa). Walau bagaimanapun, pelbagai proses biologi dan keadaan genetik boleh menyebabkan penyimpangan dari standard ini:

Peningkatan: Bilangan salinan meningkat (lebih daripada dua salinan)
Penghapusan: Bilangan salinan menurun (kurang daripada dua salinan)
Duplikasi: Segmen tertentu diduplikasi dalam genom
Variasi Bilangan Salinan (CNV): Variasi struktur yang melibatkan perubahan dalam jumlah salinan

Mengira bilangan salinan DNA dengan tepat membantu saintis memahami variasi ini dan implikasinya terhadap kesihatan dan penyakit.

Formula Matematik untuk Pengiraan Bilangan Salinan DNA

Bilangan salinan urutan DNA tertentu boleh dikira menggunakan formula berikut:

$\text{Bilangan Salinan} = \frac{\text{Kejadian} \times \text{Kepekatan} \times \text{Jumlah} \times N_A}{\text{Panjang DNA} \times \text{Berat Purata Pasangan Asas} \times 10^9}$

Di mana:

Kejadian: Bilangan kali urutan sasaran muncul dalam sampel DNA
Kepekatan: Kepekatan DNA dalam ng/μL
Jumlah: Jumlah sampel dalam μL
$N_A$ : Nombor Avogadro (6.022 × 10²³ molekul/mol)
Panjang DNA: Panjang urutan DNA dalam pasangan asas
Berat Purata Pasangan Asas: Berat molekul purata pasangan asas DNA (660 g/mol)
10^9: Faktor penukaran dari ng ke g

Formula ini mengambil kira sifat molekul DNA dan memberikan anggaran bilangan salinan mutlak dalam sampel anda.

Penerangan Pembolehubah

Kejadian: Ini ditentukan dengan mengira berapa kali urutan sasaran muncul dalam urutan DNA penuh. Sebagai contoh, jika urutan sasaran anda adalah "ATCG" dan ia muncul 5 kali dalam sampel DNA anda, nilai kejadian adalah 5.
Kepekatan DNA: Diukur dalam ng/μL (nanogram per mikroliter), ini mewakili jumlah DNA yang terdapat dalam penyelesaian anda. Nilai ini biasanya ditentukan menggunakan kaedah spektrofotometrik seperti NanoDrop atau ujian fluorometrik seperti Qubit.
Jumlah Sampel: Jumlah keseluruhan sampel DNA anda dalam mikroliter (μL).
Nombor Avogadro: Pemalar asas ini (6.022 × 10²³) mewakili jumlah molekul dalam satu mol bahan.
Panjang DNA: Panjang keseluruhan urutan DNA anda dalam pasangan asas.
Berat Purata Pasangan Asas: Berat molekul purata pasangan asas DNA adalah kira-kira 660 g/mol. Nilai ini mengambil kira berat purata nukleotida dan ikatan fosfodiester dalam DNA.

Cara Menggunakan Pengira Replikasi Genomik

Pengira Replikasi Genomik kami menyediakan antara muka mesra pengguna untuk mengira bilangan salinan DNA dengan cepat dan tepat. Ikuti langkah-langkah ini untuk mendapatkan hasil yang tepat:

Langkah 1: Masukkan Urutan DNA Anda

Dalam medan input pertama, masukkan urutan DNA lengkap yang ingin anda analisis. Ini harus merupakan urutan penuh di mana anda ingin mengira kejadian urutan sasaran anda.

Nota penting:

Hanya asas DNA standard (A, T, C, G) diterima
Urutan tidak peka huruf (baik "ATCG" dan "atcg" dianggap sama)
Buang sebarang ruang, nombor, atau watak khas dari urutan anda

Contoh urutan DNA yang sah:

1ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAG
2

Langkah 2: Masukkan Urutan Sasaran Anda

Dalam medan input kedua, masukkan urutan DNA tertentu yang ingin anda kira. Ini adalah urutan sasaran yang bilangan salinannya ingin anda tentukan.

Keperluan:

Urutan sasaran mesti hanya mengandungi asas DNA standard (A, T, C, G)
Urutan sasaran mesti lebih pendek atau sama dengan urutan DNA utama
Untuk hasil yang tepat, urutan sasaran harus mewakili elemen genetik tertentu yang menarik

Contoh urutan sasaran yang sah:

1ATCG
2

Langkah 3: Nyatakan Kepekatan DNA dan Jumlah Sampel

Masukkan kepekatan sampel DNA anda dalam ng/μL (nanogram per mikroliter) dan jumlah dalam μL (mikroliter).

Nilai tipikal:

Kepekatan DNA: 1-100 ng/μL
Jumlah sampel: 1-100 μL

Langkah 4: Lihat Hasil Anda

Selepas memasukkan semua maklumat yang diperlukan, kalkulator akan secara automatik mengira bilangan salinan urutan sasaran anda. Hasilnya mewakili anggaran bilangan salinan urutan sasaran anda dalam keseluruhan sampel.

Bahagian hasil juga termasuk:

Visualisasi bilangan salinan
Pilihan untuk menyalin hasil ke papan klip anda
Penjelasan terperinci tentang cara pengiraan dilakukan

Pengesahan dan Pengendalian Ralat

Pengira Replikasi Genomik termasuk beberapa pemeriksaan pengesahan untuk memastikan hasil yang tepat:

Pengesahan Urutan DNA: Memastikan input hanya mengandungi asas DNA yang sah (A, T, C, G).
- Mesej ralat: "Urutan DNA mesti mengandungi hanya watak A, T, C, G"
Pengesahan Urutan Sasaran: Memeriksa bahawa urutan sasaran mengandungi hanya asas DNA yang sah dan tidak lebih panjang daripada urutan DNA utama.
- Mesej ralat:
  - "Urutan sasaran mesti mengandungi hanya watak A, T, C, G"
  - "Urutan sasaran tidak boleh lebih panjang daripada urutan DNA"
Pengesahan Kepekatan dan Jumlah: Memastikan bahawa nilai ini adalah nombor positif.
- Mesej ralat:
  - "Kepekatan mesti lebih besar daripada 0"
  - "Jumlah mesti lebih besar daripada 0"

Aplikasi dan Kes Penggunaan

Analisis bilangan salinan DNA mempunyai pelbagai aplikasi di pelbagai bidang biologi dan perubatan:

Aplikasi Penyelidikan

Kajian Ekspresi Gen: Mengkuantifikasi jumlah salinan gen boleh membantu memahami tahap ekspresinya dan fungsinya.
Analisis Organisma Transgenik: Menentukan bilangan salinan gen yang dimasukkan dalam organisma yang diubah genetik untuk menilai keberkesanan integrasi.
Pengkuantitian Mikrob: Mengukur kelimpahan urutan mikroba tertentu dalam sampel persekitaran atau klinikal.
Ujian Beban Virus: Mengkuantifikasi genom virus dalam sampel pesakit untuk memantau kemajuan jangkitan dan keberkesanan rawatan.

Aplikasi Klinikal

Diagnostik Kanser: Mengenal pasti peningkatan atau penghapusan gen onkogen dan gen penekan tumor.
Diagnosis Penyakit Genetik: Mengesan variasi bilangan salinan yang berkaitan dengan gangguan genetik seperti distrofi otot Duchenne atau penyakit Charcot-Marie-Tooth.
Farmakogenomik: Memahami bagaimana bilangan salinan gen mempengaruhi metabolisme dan respons ubat.
Ujian Pranatal: Mengenal pasti kelainan kromosom seperti trisomi atau mikro-penghapusan.

Contoh Dunia Nyata

Sebuah pasukan penyelidikan yang mengkaji kanser payudara mungkin menggunakan Pengira Replikasi Genomik untuk menentukan bilangan salinan gen HER2 dalam sampel tumor. Peningkatan HER2 (bilangan salinan yang meningkat) dikaitkan dengan kanser payudara yang agresif dan mempengaruhi keputusan rawatan. Dengan mengira bilangan salinan yang tepat, penyelidik boleh:

Mengklasifikasikan tumor berdasarkan status HER2
Mengaitkan bilangan salinan dengan hasil pesakit
Memantau perubahan dalam bilangan salinan semasa rawatan
Membangunkan kriteria diagnostik yang lebih tepat

Alternatif kepada Pengiraan Bilangan Salinan

Walaupun kalkulator kami menyediakan kaedah yang mudah untuk menganggarkan bilangan salinan DNA, teknik lain juga digunakan dalam penyelidikan dan tetapan klinikal:

PCR Kuantitatif (qPCR): Mengukur penguatan DNA secara masa nyata untuk menentukan bilangan salinan awal.
PCR Digital (dPCR): Mempartisi sampel kepada ribuan reaksi individu untuk memberikan pengkuantitian mutlak tanpa lengkung standard.
Hibridisasi Fluoresensi Dalam Situ (FISH): Memvisualisasikan dan mengira urutan DNA tertentu secara langsung dalam sel atau kromosom.
Hibridisasi Genomik Perbandingan (CGH): Membandingkan bilangan salinan urutan DNA antara sampel ujian dan rujukan.
Pengurutan Generasi Seterusnya (NGS): Menyediakan profil bilangan salinan seluruh genom dengan resolusi tinggi.

Setiap kaedah mempunyai kelebihan dan keterbatasan dari segi ketepatan, kos, throughput, dan resolusi. Kalkulator kami menawarkan pendekatan cepat dan mudah untuk anggaran awal atau apabila peralatan khusus tidak tersedia.

Sejarah Analisis Bilangan Salinan DNA

Konsep bilangan salinan DNA dan kepentingannya dalam genetik telah berkembang dengan ketara sepanjang dekad:

Penemuan Awal (1950-an-1970-an)

Asas untuk analisis bilangan salinan DNA telah diletakkan dengan penemuan struktur DNA oleh Watson dan Crick pada tahun 1953. Walau bagaimanapun, kemampuan untuk mengesan variasi dalam bilangan salinan kekal terhad sehingga pembangunan teknik biologi molekul pada tahun 1970-an.

Kemunculan Teknik Molekul (1980-an)

Tahun 1980-an menyaksikan pembangunan teknik blotting Southern dan hibridisasi dalam situ yang membolehkan saintis mengesan perubahan bilangan salinan berskala besar. Kaedah ini memberikan pandangan pertama tentang bagaimana variasi bilangan salinan boleh mempengaruhi ekspresi gen dan fenotip.

Revolusi PCR (1990-an)

Penciptaan dan penambahbaikan Polymerase Chain Reaction (PCR) oleh Kary Mullis merevolusikan analisis DNA. Pembangunan PCR kuantitatif (qPCR) pada tahun 1990-an membolehkan pengukuran bilangan salinan DNA yang lebih tepat dan menjadi standard emas untuk banyak aplikasi.

Era Genomik (2000-an-Sekarang)

Penyelesaian Projek Genom Manusia pada tahun 2003 dan kemunculan teknologi mikroarray dan pengurutan generasi seterusnya telah secara dramatik memperluas kemampuan kita untuk mengesan dan menganalisis variasi bilangan salinan di seluruh genom. Teknologi ini telah mendedahkan bahawa variasi bilangan salinan adalah jauh lebih biasa dan signifikan daripada yang difikirkan sebelumnya, menyumbang kepada kedua-dua kepelbagaian genetik normal dan penyakit.

Hari ini, kaedah pengiraan dan alat bioinformatik telah meningkatkan lagi kemampuan kita untuk mengira dan mentafsir bilangan salinan DNA dengan tepat, menjadikan analisis ini dapat diakses oleh penyelidik dan klinik di seluruh dunia.

Contoh Kod untuk Pengiraan Bilangan Salinan DNA

Berikut adalah pelaksanaan pengiraan bilangan salinan DNA dalam pelbagai bahasa pengaturcaraan:

Pelaksanaan Python

1def calculate_dna_copy_number(dna_sequence, target_sequence, concentration, volume):
2    """
3    Mengira bilangan salinan urutan DNA sasaran.
4    
5    Parameter:
6    dna_sequence (str): Urutan DNA lengkap
7    target_sequence (str): Urutan sasaran untuk dikira
8    concentration (float): Kepekatan DNA dalam ng/μL
9    volume (float): Jumlah sampel dalam μL
10    
11    Mengembalikan:
12    int: Anggaran bilangan salinan
13    """
14    # Bersihkan dan sahkan urutan
15    dna_sequence = dna_sequence.upper().replace(" ", "")
16    target_sequence = target_sequence.upper().replace(" ", "")
17    
18    if not all(base in "ATCG" for base in dna_sequence):
19        raise ValueError("Urutan DNA mesti mengandungi hanya watak A, T, C, G")
20    
21    if not all(base in "ATCG" for base in target_sequence):
22        raise ValueError("Urutan sasaran mesti mengandungi hanya watak A, T, C, G")
23    
24    if len(target_sequence) > len(dna_sequence):
25        raise ValueError("Urutan sasaran tidak boleh lebih panjang daripada urutan DNA")
26    
27    if concentration <= 0 or volume <= 0:
28        raise ValueError("Kepekatan dan jumlah mesti lebih besar daripada 0")
29    
30    # Kira kejadian urutan sasaran
31    count = 0
32    pos = 0
33    while True:
34        pos = dna_sequence.find(target_sequence, pos)
35        if pos == -1:
36            break
37        count += 1
38        pos += 1
39    
40    # Pemalar
41    avogadro = 6.022e23  # molekul/mol
42    avg_base_pair_weight = 660  # g/mol
43    
44    # Kira bilangan salinan
45    total_dna_ng = concentration * volume
46    total_dna_g = total_dna_ng / 1e9
47    moles_dna = total_dna_g / (len(dna_sequence) * avg_base_pair_weight)
48    total_copies = moles_dna * avogadro
49    copy_number = count * total_copies
50    
51    return round(copy_number)
52
53# Contoh penggunaan
54dna_seq = "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG"
55target_seq = "ATCG"
56conc = 10  # ng/μL
57vol = 20   # μL
58
59try:
60    result = calculate_dna_copy_number(dna_seq, target_seq, conc, vol)
61    print(f"Anggaran bilangan salinan: {result:,}")
62except ValueError as e:
63    print(f"Ralat: {e}")
64

Pelaksanaan JavaScript

1function calculateDnaCopyNumber(dnaSequence, targetSequence, concentration, volume) {
2  // Bersihkan dan sahkan urutan
3  dnaSequence = dnaSequence.toUpperCase().replace(/\s+/g, '');
4  targetSequence = targetSequence.toUpperCase().replace(/\s+/g, '');
5  
6  // Sahkan urutan DNA
7  if (!/^[ATCG]+$/.test(dnaSequence)) {
8    throw new Error("Urutan DNA mesti mengandungi hanya watak A, T, C, G");
9  }
10  
11  // Sahkan urutan sasaran
12  if (!/^[ATCG]+$/.test(targetSequence)) {
13    throw new Error("Urutan sasaran mesti mengandungi hanya watak A, T, C, G");
14  }
15  
16  if (targetSequence.length > dnaSequence.length) {
17    throw new Error("Urutan sasaran tidak boleh lebih panjang daripada urutan DNA");
18  }
19  
20  if (concentration <= 0 || volume <= 0) {
21    throw new Error("Kepekatan dan jumlah mesti lebih besar daripada 0");
22  }
23  
24  // Kira kejadian urutan sasaran
25  let count = 0;
26  let pos = 0;
27  
28  while (true) {
29    pos = dnaSequence.indexOf(targetSequence, pos);
30    if (pos === -1) break;
31    count++;
32    pos++;
33  }
34  
35  // Pemalar
36  const avogadro = 6.022e23; // molekul/mol
37  const avgBasePairWeight = 660; // g/mol
38  
39  // Kira bilangan salinan
40  const totalDnaNg = concentration * volume;
41  const totalDnaG = totalDnaNg / 1e9;
42  const molesDna = totalDnaG / (dnaSequence.length * avgBasePairWeight);
43  const totalCopies = molesDna * avogadro;
44  const copyNumber = count * totalCopies;
45  
46  return Math.round(copyNumber);
47}
48
49// Contoh penggunaan
50try {
51  const dnaSeq = "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG";
52  const targetSeq = "ATCG";
53  const conc = 10; // ng/μL
54  const vol = 20;  // μL
55  
56  const result = calculateDnaCopyNumber(dnaSeq, targetSeq, conc, vol);
57  console.log(`Anggaran bilangan salinan: ${result.toLocaleString()}`);
58} catch (error) {
59  console.error(`Ralat: ${error.message}`);
60}
61

Pelaksanaan R

1calculate_dna_copy_number <- function(dna_sequence, target_sequence, concentration, volume) {
2  # Bersihkan dan sahkan urutan
3  dna_sequence <- gsub("\\s+", "", toupper(dna_sequence))
4  target_sequence <- gsub("\\s+", "", toupper(target_sequence))
5  
6  # Sahkan urutan DNA
7  if (!grepl("^[ATCG]+$", dna_sequence)) {
8    stop("Urutan DNA mesti mengandungi hanya watak A, T, C, G")
9  }
10  
11  # Sahkan urutan sasaran
12  if (!grepl("^[ATCG]+$", target_sequence)) {
13    stop("Urutan sasaran mesti mengandungi hanya watak A, T, C, G")
14  }
15  
16  if (nchar(target_sequence) > nchar(dna_sequence)) {
17    stop("Urutan sasaran tidak boleh lebih panjang daripada urutan DNA")
18  }
19  
20  if (concentration <= 0 || volume <= 0) {
21    stop("Kepekatan dan jumlah mesti lebih besar daripada 0")
22  }
23  
24  # Kira kejadian urutan sasaran
25  count <- 0
26  pos <- 1
27  
28  while (TRUE) {
29    pos <- regexpr(target_sequence, substr(dna_sequence, pos, nchar(dna_sequence)))
30    if (pos == -1) break
31    count <- count + 1
32    pos <- pos + 1
33  }
34  
35  # Pemalar
36  avogadro <- 6.022e23  # molekul/mol
37  avg_base_pair_weight <- 660  # g/mol
38  
39  # Kira bilangan salinan
40  total_dna_ng <- concentration * volume
41  total_dna_g <- total_dna_ng / 1e9
42  moles_dna <- total_dna_g / (nchar(dna_sequence) * avg_base_pair_weight)
43  total_copies <- moles_dna * avogadro
44  copy_number <- count * total_copies
45  
46  return(round(copy_number))
47}
48
49# Contoh penggunaan
50tryCatch({
51  dna_seq <- "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG"
52  target_seq <- "ATCG"
53  conc <- 10  # ng/μL
54  vol <- 20   # μL
55  
56  result <- calculate_dna_copy_number(dna_seq, target_seq, conc, vol)
57  cat(sprintf("Anggaran bilangan salinan: %s\n", format(result, big.mark=",")))
58}, error = function(e) {
59  cat(sprintf("Ralat: %s\n", e$message))
60})
61

Soalan Lazim (FAQ)

Apakah bilangan salinan DNA?

Bilangan salinan DNA merujuk kepada jumlah kali urutan DNA tertentu muncul dalam genom atau sampel. Dalam manusia, kebanyakan gen wujud dalam dua salinan (satu dari setiap ibu bapa), tetapi nombor ini boleh bervariasi disebabkan oleh variasi genetik, mutasi, atau proses penyakit. Mengira bilangan salinan adalah penting untuk memahami gangguan genetik, perkembangan kanser, dan variasi genetik normal.

Sejauh mana ketepatan Pengira Replikasi Genomik?

Pengira Replikasi Genomik memberikan pengiraan teoritis berdasarkan prinsip molekul dan parameter input yang anda berikan. Ketepatannya bergantung kepada beberapa faktor:

Ketepatan pengukuran kepekatan DNA anda
Kesucian sampel DNA anda
Spesifisiti urutan sasaran anda
Ketepatan pengukuran jumlah anda

Untuk penyelidikan yang memerlukan pengkuantitian yang sangat tepat, teknik seperti PCR digital mungkin memberikan ketepatan yang lebih tinggi, tetapi kalkulator kami menawarkan anggaran yang baik untuk banyak aplikasi.

Bolehkah saya menggunakan kalkulator ini untuk urutan RNA?

Tidak, kalkulator ini direka khusus untuk urutan DNA dan menggunakan berat molekul DNA yang khusus dalam pengiraannya. RNA mempunyai sifat molekul yang berbeza (mengandungi urasil sebagai ganti timin dan mempunyai berat molekul yang berbeza). Untuk pengkuantitian RNA, kalkulator bilangan salinan RNA khusus harus digunakan.

Apakah julat kepekatan DNA yang terbaik untuk kalkulator ini?

Kalkulator ini berfungsi dengan sebarang nilai kepekatan DNA positif. Walau bagaimanapun, untuk kebanyakan sampel biologi, kepekatan DNA biasanya berada dalam julat 1 hingga 100 ng/μL. Kepekatan yang sangat rendah (di bawah 1 ng/μL) mungkin memperkenalkan lebih banyak ketidakpastian dalam pengiraan disebabkan oleh had pengukuran.

Bagaimana kalkulator ini menangani urutan yang bertindih?

Kalkulator ini mengira setiap kejadian urutan sasaran, walaupun mereka bertindih. Sebagai contoh, dalam urutan "ATATAT", sasaran "ATA" akan dikira dua kali (posisi 1-3 dan 3-5). Pendekatan ini konsisten dengan cara banyak teknik biologi molekul mengesan urutan.

Bolehkah saya menggunakan alat ini untuk menentukan bilangan salinan plasmid?

Ya, anda boleh menggunakan kalkulator ini untuk menganggarkan bilangan salinan plasmid. Cukup masukkan urutan penuh plasmid sebagai urutan DNA anda dan kawasan tertentu yang menarik sebagai urutan sasaran anda. Pastikan untuk mengukur kepekatan DNA plasmid dengan tepat untuk hasil yang boleh dipercayai.

Apa yang perlu saya lakukan jika urutan DNA saya mengandungi asas yang tidak jelas (N, R, Y, dll.)?

Kalkulator ini hanya menerima asas DNA standard (A, T, C, G). Jika urutan anda mengandungi asas yang tidak jelas, anda perlu sama ada menggantikannya dengan asas tertentu berdasarkan pengetahuan terbaik anda atau membuang bahagian tersebut sebelum menggunakan kalkulator.

Bagaimana kalkulator ini menangani bilangan salinan yang sangat besar?

Kalkulator ini boleh menangani bilangan salinan yang sangat besar dan akan memaparkannya dalam format yang boleh dibaca. Untuk nilai yang sangat besar, notasi saintifik mungkin digunakan. Pengiraan asas mengekalkan ketepatan penuh tanpa mengira magnitud hasilnya.

Bolehkah saya menggunakan alat ini untuk mengukur ekspresi gen?

Walaupun alat ini mengira bilangan salinan DNA, ekspresi gen biasanya diukur pada tahap RNA. Untuk analisis ekspresi gen, teknik seperti RT-qPCR, RNA-seq, atau mikroarray lebih sesuai. Walau bagaimanapun, bilangan salinan DNA boleh mempengaruhi ekspresi gen, jadi analisis ini sering saling melengkapi.

Bagaimana kepekatan DNA mempengaruhi pengiraan bilangan salinan?

Kepekatan DNA mempunyai hubungan linear langsung dengan bilangan salinan yang dikira. Menggandakan kepekatan akan menggandakan bilangan salinan yang dianggarkan, dengan syarat semua parameter lain kekal tetap. Ini menekankan kepentingan pengukuran kepekatan yang tepat untuk hasil yang boleh dipercayai.

Rujukan

Bustin, S. A., Benes, V., Garson, J. A., Hellemans, J., Huggett, J., Kubista, M., ... & Wittwer, C. T. (2009). Garis panduan MIQE: maklumat minimum untuk penerbitan eksperimen PCR kuantitatif masa nyata. Kimia klinikal, 55(4), 611-622.
D'haene, B., Vandesompele, J., & Hellemans, J. (2010). Profil bilangan salinan yang tepat dan objektif menggunakan PCR kuantitatif masa nyata. Kaedah, 50(4), 262-270.
Hindson, B. J., Ness, K. D., Masquelier, D. A., Belgrader, P., Heredia, N. J., Makarewicz, A. J., ... & Colston, B. W. (2011). Sistem PCR digital yang tinggi untuk pengkuantitian mutlak bilangan salinan DNA. Kimia analitikal, 83(22), 8604-8610.
Zhao, M., Wang, Q., Wang, Q., Jia, P., & Zhao, Z. (2013). Alat pengiraan untuk pengesanan variasi bilangan salinan (CNV) menggunakan data pengurutan generasi seterusnya: ciri dan perspektif. BMC bioinformatik, 14(11), 1-16.
Redon, R., Ishikawa, S., Fitch, K. R., Feuk, L., Perry, G. H., Andrews, T. D., ... & Hurles, M. E. (2006). Variasi global dalam bilangan salinan dalam genom manusia. Alam, 444(7118), 444-454.
Zarrei, M., MacDonald, J. R., Merico, D., & Scherer, S. W. (2015). Peta variasi bilangan salinan genom manusia. Ulasan alam genetik, 16(3), 172-183.
Stranger, B. E., Forrest, M. S., Dunning, M., Ingle, C. E., Beazley, C., Thorne, N., ... & Dermitzakis, E. T. (2007). Kesan relatif variasi nukleotida dan bilangan salinan terhadap fenotip ekspresi gen. Sains, 315(5813), 848-622.
Alkan, C., Coe, B. P., & Eichler, E. E. (2011). Penemuan dan genotip variasi struktur genom. Ulasan alam genetik, 12(5), 363-376.

Kesimpulan

Pengira Bilangan Salinan DNA Genomik menyediakan cara yang berkuasa tetapi mudah untuk menganggarkan jumlah salinan urutan DNA tertentu dalam sampel anda. Dengan menggabungkan prinsip molekul dengan reka bentuk mesra pengguna, alat ini membantu penyelidik, pelajar, dan profesional dengan cepat mendapatkan data kuantitatif yang berharga tanpa peralatan khusus atau protokol yang kompleks.

Memahami bilangan salinan DNA adalah penting untuk pelbagai aplikasi dalam genetik, biologi molekul, dan perubatan. Sama ada anda mengkaji peningkatan gen dalam kanser, mengkuantifikasi integrasi transgene, atau menyiasat variasi bilangan salinan dalam gangguan genetik, kalkulator kami menawarkan pendekatan yang mudah untuk mendapatkan maklumat yang anda perlukan.

Kami menggalakkan anda untuk mencuba Pengira Replikasi Genomik dengan urutan DNA anda sendiri dan meneroka bagaimana perubahan dalam kepekatan, jumlah, dan urutan sasaran mempengaruhi bilangan salinan yang dikira. Pengalaman praktikal ini akan memperdalam pemahaman anda tentang prinsip pengkuantitian molekul dan membantu anda menerapkan konsep ini kepada soalan penyelidikan khusus anda.

Untuk sebarang pertanyaan atau maklum balas mengenai kalkulator, sila rujuk kepada bahagian FAQ atau hubungi pasukan sokongan kami.

💬

Maklum balas

💬

Klik toast maklum balas untuk mula memberi maklum balas tentang alat ini

🔗

Alat Berkaitan

Temui lebih banyak alat yang mungkin berguna untuk aliran kerja anda