Оценка репликации генома | Калькулятор числа копий ДНК

Рассчитайте число копий ДНК, введя данные последовательности, целевую последовательность, концентрацию и объем. Простой и точный расчет репликации генома без сложных настроек или интеграций API.

Оценщик репликации генома

ДНК последовательность*

Введите полную ДНК последовательность, которую вы хотите проанализировать

Целевая последовательность*

Введите конкретную ДНК последовательность, количество вхождений которой вы хотите подсчитать

Концентрация ДНК*

ng/μL

Объем образца*

μL

Результаты

Оценочное количество копий

Копия

Метод расчета

Количество копий рассчитывается на основе числа вхождений целевой последовательности, концентрации ДНК, объема образца и молекулярных свойств ДНК.

Количество копий = (Вхождения × Концентрация × Объем × 6.022×10²³) ÷ (Длина ДНК × 660 × 10⁹)

Визуализация

Введите действительные ДНК последовательности и параметры для отображения визуализации

📚

Документация

Калькулятор числа копий геномной ДНК

Введение в анализ числа копий ДНК

Калькулятор числа копий геномной ДНК — это мощный инструмент, предназначенный для оценки числа копий определенной ДНК последовательности, присутствующей в геномной пробе. Анализ числа копий ДНК — это фундаментальная техника в молекулярной биологии, генетике и клинической диагностике, которая помогает исследователям и клиницистам количественно оценивать количество определенных ДНК последовательностей. Этот расчет необходим для различных приложений, включая исследования экспрессии генов, обнаружение патогенов, количественную оценку трансгенов и диагностику генетических заболеваний, характеризующихся вариациями числа копий (CNVs).

Наш Оценщик геномной репликации предоставляет простой способ расчета числа копий ДНК без необходимости сложных конфигураций или интеграций API. Введя данные о вашей ДНК последовательности и целевой последовательности, а также параметры концентрации, вы можете быстро определить число копий конкретных ДНК последовательностей в вашей пробе. Эта информация имеет решающее значение для понимания генетических вариаций, механизмов заболеваний и оптимизации экспериментальных протоколов в исследованиях молекулярной биологии.

Научные основы расчета числа копий ДНК

Понимание числа копий ДНК

Число копий ДНК относится к количеству раз, которое определенная ДНК последовательность появляется в геноме или пробе. В нормальном человеческом геноме большинство генов существует в двух копиях (по одной от каждого родителя). Однако различные биологические процессы и генетические состояния могут привести к отклонениям от этого стандарта:

Увеличения: Увеличенное число копий (более двух копий)
Удаления: Уменьшенное число копий (меньше двух копий)
Дубликации: Определенные сегменты, дублированные в геноме
Вариации числа копий (CNVs): Структурные вариации, связанные с изменениями в числе копий

Точный расчет числа копий ДНК помогает ученым понять эти вариации и их последствия для здоровья и заболеваний.

Математическая формула для расчета числа копий ДНК

Число копий конкретной ДНК последовательности можно рассчитать с помощью следующей формулы:

$\text{Число копий} = \frac{\text{Количество} \times \text{Концентрация} \times \text{Объем} \times N_A}{\text{Длина ДНК} \times \text{Средний вес пары оснований} \times 10^9}$

Где:

Количество: Количество раз, которое целевая последовательность появляется в ДНК пробе
Концентрация: Концентрация ДНК в нг/мкл
Объем: Объем пробы в мкл
$N_A$ : Число Авогадро (6.022 × 10²³ молекул/моль)
Длина ДНК: Длина ДНК последовательности в парах оснований
Средний вес пары оснований: Средний молекулярный вес пары оснований ДНК (660 г/моль)
10^9: Коэффициент преобразования из нг в г

Эта формула учитывает молекулярные свойства ДНК и предоставляет оценку абсолютного числа копий в вашей пробе.

Объяснение переменных

Количество: Это определяется путем подсчета того, сколько раз целевая последовательность появляется в полной ДНК последовательности. Например, если ваша целевая последовательность "ATCG" появляется 5 раз в вашей ДНК пробе, значение количества будет 5.
Концентрация ДНК: Обычно измеряется в нг/мкл (нанограммах на микролитр), это представляет собой количество ДНК, присутствующее в вашем растворе. Это значение обычно определяется с помощью спектрофотометрических методов, таких как NanoDrop, или флуорометрических анализов, таких как Qubit.
Объем пробы: Общий объем вашей ДНК пробы в микролитрах (мкл).
Число Авогадро: Эта фундаментальная константа (6.022 × 10²³) представляет собой количество молекул в одном моле вещества.
Длина ДНК: Общая длина вашей ДНК последовательности в парах оснований.
Средний вес пары оснований: Средний молекулярный вес пары оснований ДНК составляет примерно 660 г/моль. Это значение учитывает средний вес нуклеотидов и фосфодиэфирные связи в ДНК.

Как использовать Оценщик геномной репликации

Наш Оценщик геномной репликации предоставляет удобный интерфейс для быстрого и точного расчета числа копий ДНК. Следуйте этим шагам, чтобы получить точные результаты:

Шаг 1: Введите вашу ДНК последовательность

В первом поле ввода введите полную ДНК последовательность, которую вы хотите проанализировать. Это должна быть полная последовательность, в которой вы хотите подсчитать количество вхождений вашей целевой последовательности.

Важные примечания:

Принимаются только стандартные ДНК основания (A, T, C, G)
Последовательность нечувствительна к регистру (как "ATCG", так и "atcg" обрабатываются одинаково)
Удалите любые пробелы, цифры или специальные символы из вашей последовательности

Пример допустимой ДНК последовательности:

1ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAG
2

Шаг 2: Введите вашу целевую последовательность

Во втором поле ввода введите конкретную ДНК последовательность, которую вы хотите подсчитать. Это целевая последовательность, число копий которой вы хотите определить.

Требования:

Целевая последовательность должна содержать только стандартные ДНК основания (A, T, C, G)
Целевая последовательность должна быть короче или равна основной ДНК последовательности
Для точных результатов целевая последовательность должна представлять собой конкретный генетический элемент интереса

Пример допустимой целевой последовательности:

1ATCG
2

Шаг 3: Укажите концентрацию ДНК и объем пробы

Введите концентрацию вашей ДНК пробы в нг/мкл (нанограммах на микролитр) и объем в мкл (микролитрах).

Типичные значения:

Концентрация ДНК: 1-100 нг/мкл
Объем пробы: 1-100 мкл

Шаг 4: Просмотрите ваши результаты

После ввода всей необходимой информации калькулятор автоматически вычислит число копий вашей целевой последовательности. Результат представляет собой оценочное количество копий вашей целевой последовательности в всей пробе.

Раздел результатов также включает:

Визуализацию числа копий
Возможность скопировать результат в буфер обмена
Подробное объяснение того, как был выполнен расчет

Проверка и обработка ошибок

Оценщик геномной репликации включает несколько проверок валидации для обеспечения точности результатов:

Валидация ДНК последовательности: Обеспечивает, чтобы ввод содержал только действительные ДНК основания (A, T, C, G).
- Сообщение об ошибке: "ДНК последовательность должна содержать только символы A, T, C, G"
Валидация целевой последовательности: Проверяет, что целевая последовательность содержит только действительные ДНК основания и не длиннее основной ДНК последовательности.
- Сообщения об ошибках:
  - "Целевая последовательность должна содержать только символы A, T, C, G"
  - "Целевая последовательность не может быть длиннее ДНК последовательности"
Валидация концентрации и объема: Проверяет, что эти значения являются положительными числами.
- Сообщения об ошибках:
  - "Концентрация должна быть больше 0"
  - "Объем должен быть больше 0"

Приложения и случаи использования

Анализ числа копий ДНК имеет множество приложений в различных областях биологии и медицины:

Научные приложения

Исследования экспрессии генов: Количественная оценка числа копий гена может помочь понять его уровень экспрессии и функцию.
Анализ трансгенных организмов: Определение числа копий вставленных генов в генетически модифицированных организмах для оценки эффективности интеграции.
Количественная оценка микробов: Измерение количества определенных микробных последовательностей в экологических или клинических образцах.
Тестирование вирусной нагрузки: Количественная оценка вирусных геномов в образцах пациентов для мониторинга прогрессирования инфекции и эффективности лечения.

Клинические приложения

Диагностика рака: Выявление увеличений или удалений онкогенов и генов-супрессоров опухолей.
Диагностика генетических заболеваний: Обнаружение вариаций числа копий, связанных с генетическими расстройствами, такими как мышечная дистрофия Дюшена или болезнь Шарко-Мари-Тута.
Фармакогеномика: Понимание того, как число копий гена влияет на метаболизм и реакцию на лекарства.
Пренатальное тестирование: Выявление хромосомных аномалий, таких как трисомии или микроудаления.

Пример из реальной жизни

Исследовательская группа, изучающая рак груди, может использовать Оценщик геномной репликации для определения числа копий гена HER2 в образцах опухолей. Увеличение числа копий HER2 (увеличенное число копий) связано с агрессивным раком груди и влияет на решения о лечении. Рассчитав точное число копий, исследователи могут:

Классифицировать опухоли на основе статуса HER2
Коррелировать число копий с исходами пациентов
Мониторить изменения в числе копий во время лечения
Разрабатывать более точные диагностические критерии

Альтернативы расчету числа копий

Хотя наш калькулятор предоставляет простой метод для оценки числа копий ДНК, в исследованиях и клинических условиях также используются другие методы:

Количественная ПЦР (qPCR): Измеряет амплификацию ДНК в реальном времени для определения начального числа копий.
Цифровая ПЦР (dPCR): Разделяет образец на тысячи отдельных реакций для предоставления абсолютной количественной оценки без стандартных кривых.
Флуоресцентная гибридизация in situ (FISH): Визуализирует и подсчитывает конкретные ДНК последовательности непосредственно в клетках или хромосомах.
Сравнительная геномная гибридизация (CGH): Сравнивает число копий ДНК последовательностей между тестовой и контрольной пробами.
Секвенирование следующего поколения (NGS): Предоставляет профилирование числа копий по всему геному с высокой разрешающей способностью.

Каждый метод имеет свои преимущества и ограничения с точки зрения точности, стоимости, производительности и разрешения. Наш калькулятор предлагает быстрый и доступный подход для начальных оценок или когда специализированное оборудование недоступно.

История анализа числа копий ДНК

Концепция числа копий ДНК и ее важность в генетике значительно эволюционировали на протяжении десятилетий:

Ранние открытия (1950-е - 1970-е)

Основы для анализа числа копий ДНК были заложены с открытием структуры ДНК Уотсоном и Криком в 1953 году. Однако возможность обнаружения вариаций числа копий оставалась ограниченной до разработки молекулярно-биологических техник в 1970-х годах.

Появление молекулярных техник (1980-е)

1980-е годы стали свидетелями разработки методов блоттинга и гибридизации in situ, которые позволили ученым обнаруживать крупномасштабные изменения числа копий. Эти методы предоставили первые представления о том, как вариации числа копий могут влиять на экспрессию генов и фенотип.

Революция ПЦР (1990-е)

Изобретение и усовершенствование Полимеразной цепной реакции (ПЦР) Кэри Маллисом произвели революцию в анализе ДНК. Разработка количественной ПЦР (qPCR) в 1990-х годах позволила более точно измерять числа копий ДНК и стала золотым стандартом для многих приложений.

Геномная эпоха (2000-е - настоящее время)

Завершение проекта «Геном человека» в 2003 году и появление технологий микромасштабирования и секвенирования следующего поколения значительно расширили наши возможности по обнаружению и анализу вариаций числа копий по всему геному. Эти технологии показали, что вариации числа копий гораздо более распространены и значимы, чем считалось ранее, и вносят вклад как в нормальное генетическое разнообразие, так и в заболевания.

Сегодня вычислительные методы и инструменты биоинформатики еще больше улучшили нашу способность точно рассчитывать и интерпретировать числа копий ДНК, делая этот анализ доступным для исследователей и клиницистов по всему миру.

Примеры кода для расчета числа копий ДНК

Вот реализации расчета числа копий ДНК на различных языках программирования:

Реализация на Python

1def calculate_dna_copy_number(dna_sequence, target_sequence, concentration, volume):
2    """
3    Calculate the copy number of a target DNA sequence.
4    
5    Parameters:
6    dna_sequence (str): The complete DNA sequence
7    target_sequence (str): The target sequence to count
8    concentration (float): DNA concentration in ng/μL
9    volume (float): Sample volume in μL
10    
11    Returns:
12    int: Estimated copy number
13    """
14    # Clean and validate sequences
15    dna_sequence = dna_sequence.upper().replace(" ", "")
16    target_sequence = target_sequence.upper().replace(" ", "")
17    
18    if not all(base in "ATCG" for base in dna_sequence):
19        raise ValueError("DNA sequence must contain only A, T, C, G characters")
20    
21    if not all(base in "ATCG" for base in target_sequence):
22        raise ValueError("Target sequence must contain only A, T, C, G characters")
23    
24    if len(target_sequence) > len(dna_sequence):
25        raise ValueError("Target sequence cannot be longer than DNA sequence")
26    
27    if concentration <= 0 or volume <= 0:
28        raise ValueError("Concentration and volume must be greater than 0")
29    
30    # Count occurrences of target sequence
31    count = 0
32    pos = 0
33    while True:
34        pos = dna_sequence.find(target_sequence, pos)
35        if pos == -1:
36            break
37        count += 1
38        pos += 1
39    
40    # Constants
41    avogadro = 6.022e23  # molecules/mol
42    avg_base_pair_weight = 660  # g/mol
43    
44    # Calculate copy number
45    total_dna_ng = concentration * volume
46    total_dna_g = total_dna_ng / 1e9
47    moles_dna = total_dna_g / (len(dna_sequence) * avg_base_pair_weight)
48    total_copies = moles_dna * avogadro
49    copy_number = count * total_copies
50    
51    return round(copy_number)
52
53# Example usage
54dna_seq = "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG"
55target_seq = "ATCG"
56conc = 10  # ng/μL
57vol = 20   # μL
58
59try:
60    result = calculate_dna_copy_number(dna_seq, target_seq, conc, vol)
61    print(f"Estimated copy number: {result:,}")
62except ValueError as e:
63    print(f"Error: {e}")
64

Реализация на JavaScript

1function calculateDnaCopyNumber(dnaSequence, targetSequence, concentration, volume) {
2  // Clean and validate sequences
3  dnaSequence = dnaSequence.toUpperCase().replace(/\s+/g, '');
4  targetSequence = targetSequence.toUpperCase().replace(/\s+/g, '');
5  
6  // Validate DNA sequence
7  if (!/^[ATCG]+$/.test(dnaSequence)) {
8    throw new Error("DNA sequence must contain only A, T, C, G characters");
9  }
10  
11  // Validate target sequence
12  if (!/^[ATCG]+$/.test(targetSequence)) {
13    throw new Error("Target sequence must contain only A, T, C, G characters");
14  }
15  
16  if (targetSequence.length > dnaSequence.length) {
17    throw new Error("Target sequence cannot be longer than DNA sequence");
18  }
19  
20  if (concentration <= 0 || volume <= 0) {
21    throw new Error("Concentration and volume must be greater than 0");
22  }
23  
24  // Count occurrences of target sequence
25  let count = 0;
26  let pos = 0;
27  
28  while (true) {
29    pos = dnaSequence.indexOf(targetSequence, pos);
30    if (pos === -1) break;
31    count++;
32    pos++;
33  }
34  
35  // Constants
36  const avogadro = 6.022e23; // molecules/mol
37  const avgBasePairWeight = 660; // g/mol
38  
39  // Calculate copy number
40  const totalDnaNg = concentration * volume;
41  const totalDnaG = totalDnaNg / 1e9;
42  const molesDna = totalDnaG / (dnaSequence.length * avgBasePairWeight);
43  const totalCopies = molesDna * avogadro;
44  const copyNumber = count * totalCopies;
45  
46  return Math.round(copyNumber);
47}
48
49// Example usage
50try {
51  const dnaSeq = "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG";
52  const targetSeq = "ATCG";
53  const conc = 10; // ng/μL
54  const vol = 20;  // μL
55  
56  const result = calculateDnaCopyNumber(dnaSeq, targetSeq, conc, vol);
57  console.log(`Estimated copy number: ${result.toLocaleString()}`);
58} catch (error) {
59  console.error(`Error: ${error.message}`);
60}
61

Реализация на R

1calculate_dna_copy_number <- function(dna_sequence, target_sequence, concentration, volume) {
2  # Clean and validate sequences
3  dna_sequence <- gsub("\\s+", "", toupper(dna_sequence))
4  target_sequence <- gsub("\\s+", "", toupper(target_sequence))
5  
6  # Validate DNA sequence
7  if (!grepl("^[ATCG]+$", dna_sequence)) {
8    stop("DNA sequence must contain only A, T, C, G characters")
9  }
10  
11  # Validate target sequence
12  if (!grepl("^[ATCG]+$", target_sequence)) {
13    stop("Target sequence must contain only A, T, C, G characters")
14  }
15  
16  if (nchar(target_sequence) > nchar(dna_sequence)) {
17    stop("Target sequence cannot be longer than DNA sequence")
18  }
19  
20  if (concentration <= 0 || volume <= 0) {
21    stop("Concentration and volume must be greater than 0")
22  }
23  
24  # Count occurrences of target sequence
25  count <- 0
26  pos <- 1
27  
28  while (TRUE) {
29    pos <- regexpr(target_sequence, substr(dna_sequence, pos, nchar(dna_sequence)))
30    if (pos == -1) break
31    count <- count + 1
32    pos <- pos + 1
33  }
34  
35  # Constants
36  avogadro <- 6.022e23  # molecules/mol
37  avg_base_pair_weight <- 660  # g/mol
38  
39  # Calculate copy number
40  total_dna_ng <- concentration * volume
41  total_dna_g <- total_dna_ng / 1e9
42  moles_dna <- total_dna_g / (nchar(dna_sequence) * avg_base_pair_weight)
43  total_copies <- moles_dna * avogadro
44  copy_number <- count * total_copies
45  
46  return(round(copy_number))
47}
48
49# Example usage
50tryCatch({
51  dna_seq <- "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG"
52  target_seq <- "ATCG"
53  conc <- 10  # ng/μL
54  vol <- 20   # μL
55  
56  result <- calculate_dna_copy_number(dna_seq, target_seq, conc, vol)
57  cat(sprintf("Estimated copy number: %s\n", format(result, big.mark=",")))
58}, error = function(e) {
59  cat(sprintf("Error: %s\n", e$message))
60})
61

Часто задаваемые вопросы (FAQ)

Что такое число копий ДНК?

Число копий ДНК относится к количеству раз, которое определенная ДНК последовательность появляется в геноме или пробе. В человеческом организме большинство генов существует в двух копиях (по одной от каждого родителя), но это число может варьироваться из-за генетических вариаций, мутаций или процессов заболеваний. Расчет числа копий важен для понимания генетических заболеваний, развития рака и нормального генетического разнообразия.

Насколько точен Оценщик геномной репликации?

Оценщик геномной репликации предоставляет теоретический расчет на основе молекулярных принципов и входных параметров, которые вы предоставляете. Его точность зависит от нескольких факторов:

Точности измерения концентрации вашей ДНК
Чистоты вашей ДНК пробы
Специфичности вашей целевой последовательности
Точности измерения объема

Для исследований, требующих крайне точной количественной оценки, такие методы, как цифровая ПЦР, могут обеспечить более высокую точность, но наш калькулятор предлагает хорошую оценку для многих приложений.

Могу ли я использовать этот калькулятор для РНК последовательностей?

Нет, этот калькулятор специально предназначен для ДНК последовательностей и использует специфические для ДНК молекулярные веса в своих расчетах. РНК имеет другие молекулярные свойства (содержит урацил вместо тимина и имеет другой молекулярный вес). Для количественной оценки РНК следует использовать специализированные калькуляторы числа копий РНК.

Какой диапазон концентрации ДНК лучше всего подходит для этого калькулятора?

Калькулятор работает с любыми положительными значениями концентрации ДНК. Однако для большинства биологических образцов концентрации ДНК обычно колеблются от 1 до 100 нг/мкл. Очень низкие концентрации (ниже 1 нг/мкл) могут ввести больше неопределенности в расчет из-за ограничений измерения.

Как калькулятор обрабатывает перекрывающиеся последовательности?

Калькулятор подсчитывает каждое вхождение целевой последовательности, даже если они перекрываются. Например, в последовательности "ATATAT" целевая последовательность "ATA" будет подсчитана дважды (позиции 1-3 и 3-5). Этот подход согласуется с тем, как многие молекулярно-биологические методы обнаруживают последовательности.

Могу ли я использовать этот инструмент для количественной оценки числа копий плазмид?

Да, вы можете использовать этот калькулятор для оценки числа копий плазмид. Просто введите полную последовательность плазмиды в качестве вашей ДНК последовательности и конкретную область интереса в качестве вашей целевой последовательности. Убедитесь, что вы точно измерили концентрацию ДНК плазмиды для надежных результатов.

Что мне делать, если моя ДНК последовательность содержит неоднозначные основания (N, R, Y и т.д.)?

Этот калькулятор принимает только стандартные ДНК основания (A, T, C, G). Если ваша последовательность содержит неоднозначные основания, вам нужно либо заменить их конкретными основаниями на основе вашего лучшего знания, либо удалить эти участки перед использованием калькулятора.

Как калькулятор обрабатывает очень большие числа копий?

Калькулятор может обрабатывать очень большие числа копий и будет отображать их в удобочитаемом формате. Для крайне больших значений может использоваться научная нотация. Основной расчет сохраняет полную точность независимо от величины результата.

Могу ли я использовать этот инструмент для количественной оценки экспрессии генов?

Хотя этот инструмент рассчитывает числа копий ДНК, экспрессия генов обычно измеряется на уровне РНК. Для анализа экспрессии генов более подходящими являются такие методы, как RT-qPCR, RNA-seq или микромасштабирование. Тем не менее, число копий ДНК может влиять на экспрессию генов, поэтому эти анализы часто дополняют друг друга.

Как концентрация ДНК влияет на расчет числа копий?

Концентрация ДНК имеет прямую линейную зависимость от рассчитанного числа копий. Удвоение концентрации удвоит оценочное число копий, при условии, что все остальные параметры остаются постоянными. Это подчеркивает важность точного измерения концентрации для надежных результатов.

Ссылки

Bustin, S. A., Benes, V., Garson, J. A., Hellemans, J., Huggett, J., Kubista, M., ... & Wittwer, C. T. (2009). The MIQE guidelines: minimum information for publication of quantitative real-time PCR experiments. Clinical chemistry, 55(4), 611-622.
D'haene, B., Vandesompele, J., & Hellemans, J. (2010). Accurate and objective copy number profiling using real-time quantitative PCR. Methods, 50(4), 262-270.
Hindson, B. J., Ness, K. D., Masquelier, D. A., Belgrader, P., Heredia, N. J., Makarewicz, A. J., ... & Colston, B. W. (2011). High-throughput droplet digital PCR system for absolute quantitation of DNA copy number. Analytical chemistry, 83(22), 8604-8610.
Zhao, M., Wang, Q., Wang, Q., Jia, P., & Zhao, Z. (2013). Computational tools for copy number variation (CNV) detection using next-generation sequencing data: features and perspectives. BMC bioinformatics, 14(11), 1-16.
Redon, R., Ishikawa, S., Fitch, K. R., Feuk, L., Perry, G. H., Andrews, T. D., ... & Hurles, M. E. (2006). Global variation in copy number in the human genome. Nature, 444(7118), 444-454.
Zarrei, M., MacDonald, J. R., Merico, D., & Scherer, S. W. (2015). A copy number variation map of the human genome. Nature reviews genetics, 16(3), 172-183.
Stranger, B. E., Forrest, M. S., Dunning, M., Ingle, C. E., Beazley, C., Thorne, N., ... & Dermitzakis, E. T. (2007). Relative impact of nucleotide and copy number variation on gene expression phenotypes. Science, 315(5813), 848-622.
Alkan, C., Coe, B. P., & Eichler, E. E. (2011). Genome structural variation discovery and genotyping. Nature reviews genetics, 12(5), 363-376.

Заключение

Калькулятор числа копий геномной ДНК предоставляет мощный, но доступный способ оценки числа копий конкретных ДНК последовательностей в ваших образцах. Объединив молекулярные принципы с удобным дизайном, этот инструмент помогает исследователям, студентам и профессионалам быстро получать ценные количественные данные без специализированного оборудования или сложных протоколов.

Понимание числа копий ДНК имеет решающее значение для множества приложений в генетике, молекулярной биологии и медицине. Независимо от того, изучаете ли вы увеличение числа копий в раке, количественно оцениваете интеграцию трансгенов или исследуете вариации числа копий в генетических заболеваниях, наш калькулятор предлагает простой подход для получения необходимой информации.

Мы призываем вас попробовать Оценщик геномной репликации с вашими собственными ДНК последовательностями и исследовать, как изменения в концентрации, объеме и целевых последовательностях влияют на рассчитанные числа копий. Этот практический опыт углубит ваше понимание принципов молекулярной количественной оценки и поможет вам применить эти концепции к вашим конкретным исследовательским вопросам.

Если у вас есть вопросы или отзывы о калькуляторе, пожалуйста, обратитесь к разделу FAQ или свяжитесь с нашей службой поддержки.

💬

Обратная связь

💬

Нажмите на всплывающее окно обратной связи, чтобы начать давать обратную связь об этом инструменте

🔗

Связанные инструменты

Откройте больше инструментов, которые могут быть полезны для вашего рабочего процесса

Решатель квадратов Пуннета: прогнозирование генетических наследственных паттернов

Попробуйте этот инструмент

Решатель дихибридных скрещиваний: Калькулятор квадратов Пуннета в генетике

Попробуйте этот инструмент

Калькулятор разведения клеток для подготовки лабораторных образцов

Попробуйте этот инструмент

Калькулятор тригибридного скрещивания и генератор квадратов Пуннета

Попробуйте этот инструмент

Оценка репликации генома | Калькулятор числа копий ДНК

Оценщик репликации генома

Результаты

Метод расчета

Визуализация

Документация

Калькулятор числа копий геномной ДНК

Введение в анализ числа копий ДНК

Научные основы расчета числа копий ДНК

Понимание числа копий ДНК

Математическая формула для расчета числа копий ДНК

Объяснение переменных

Как использовать Оценщик геномной репликации

Шаг 1: Введите вашу ДНК последовательность

Шаг 2: Введите вашу целевую последовательность

Шаг 3: Укажите концентрацию ДНК и объем пробы

Шаг 4: Просмотрите ваши результаты

Проверка и обработка ошибок

Приложения и случаи использования

Научные приложения

Клинические приложения

Пример из реальной жизни

Альтернативы расчету числа копий

История анализа числа копий ДНК

Ранние открытия (1950-е - 1970-е)

Появление молекулярных техник (1980-е)

Революция ПЦР (1990-е)

Геномная эпоха (2000-е - настоящее время)

Примеры кода для расчета числа копий ДНК

Реализация на Python

Реализация на JavaScript

Реализация на R

Часто задаваемые вопросы (FAQ)

Что такое число копий ДНК?

Насколько точен Оценщик геномной репликации?

Могу ли я использовать этот калькулятор для РНК последовательностей?

Какой диапазон концентрации ДНК лучше всего подходит для этого калькулятора?

Как калькулятор обрабатывает перекрывающиеся последовательности?

Могу ли я использовать этот инструмент для количественной оценки числа копий плазмид?

Что мне делать, если моя ДНК последовательность содержит неоднозначные основания (N, R, Y и т.д.)?

Как калькулятор обрабатывает очень большие числа копий?

Могу ли я использовать этот инструмент для количественной оценки экспрессии генов?

Как концентрация ДНК влияет на расчет числа копий?

Ссылки

Заключение

Обратная связь

Связанные инструменты

Калькулятор концентрации ДНК: Преобразование A260 в нг/μL

Калькулятор лигирования ДНК для экспериментов по молекулярному клонированию

Трекер генетических вариаций: Рассчитайте частоты аллелей в популяциях

Калькулятор гамма-распределения для статистического анализа

Калькулятор времени удвоения клеток: Измерьте скорость роста клеток

Калькулятор температуры отжига ДНК для проектирования ПЦР праймеров

Решатель квадратов Пуннета: прогнозирование генетических наследственных паттернов

Решатель дихибридных скрещиваний: Калькулятор квадратов Пуннета в генетике

Калькулятор разведения клеток для подготовки лабораторных образцов

Калькулятор тригибридного скрещивания и генератор квадратов Пуннета