Ocenjevalnik genomske replikacije | Kalkulator števila kopij DNA

Izračunajte število kopij DNA tako, da vnesete podatke o zaporedju, ciljno zaporedje, koncentracijo in volumen. Preprosto, natančno ocenjevanje genomske replikacije brez zapletenih konfiguracij ali integracij API.

Ocenjevalnik genomske replikacije

DNA sekvenca*

Vnesite celotno DNA sekvenco, ki jo želite analizirati

Ciljna sekvenca*

Vnesite specifično DNA sekvenco, katere pojavitve želite prešteti

Koncentracija DNA*

ng/μL

Volumen vzorca*

μL

Rezultati

Ocenjeno število kopij

Kopija

Metoda izračuna

Število kopij se izračuna na podlagi števila pojavitev ciljne sekvence, koncentracije DNA, volumna vzorca in molekularnih lastnosti DNA.

Število kopij = (Pojavitve × Koncentracija × Volumen × 6.022×10²³) ÷ (Dolžina DNA × 660 × 10⁹)

Vizualizacija

Vnesite veljavne DNA sekvence in parametre, da vidite vizualizacijo

📚

Dokumentacija

Genomska DNA Kopija Števec

Uvod u analizo kopij DNA

Genomski DNA Kopija Števec je močno orodje, zasnovano za oceno števila kopij specifične DNA sekvence, prisotne v genomski vzorci. Analiza kopij DNA je temeljna tehnika v molekularni biologiji, genetiki in klinični diagnostiki, ki raziskovalcem in zdravnikom pomaga kvantificirati obilo določenih DNA sekvenc. Ta izračun je bistven za različne aplikacije, vključno s študijami izražanja genov, odkrivanjem patogenov, kvantifikacijo transgenov in diagnosticiranjem genetskih motenj, ki jih zaznamujejo variacije v številu kopij (CNV).

Naš Ocenjevalec genomske replikacije ponuja enostaven pristop za izračun števila kopij DNA brez potrebe po zapletenih konfiguracijah ali integracijah API. S vnosom vaših podatkov o DNA sekvencah in ciljni sekvenci, skupaj s parametri koncentracije, lahko hitro določite število kopij specifičnih DNA sekvenc v vašem vzorcu. Te informacije so ključne za razumevanje genetskih variacij, mehanizmov bolezni in optimizacijo eksperimentalnih protokolov v raziskavah molekularne biologije.

Znanost za izračunom kopij DNA

Razumevanje kopij DNA

Kopija DNA se nanaša na število, kolikokrat se specifična DNA sekvenca pojavi v genomu ali vzorcu. V normalnem človeškem genomu večina genov obstaja v dveh kopijah (ena od vsakega starša). Vendar pa lahko različni biološki procesi in genetske razmere privedejo do odstopanj od tega standarda:

Povečanja: Povečano število kopij (več kot dve kopiji)
Izbire: Zmanjšano število kopij (manj kot dve kopiji)
Podvojitve: Specifični segmenti, podvojeni znotraj genoma
Variacije v številu kopij (CNV): Strukturne variacije, ki vključujejo spremembe v številu kopij

Natančno izračunavanje števila kopij DNA pomaga znanstvenikom razumeti te variacije in njihove posledice za zdravje in bolezen.

Matematična formula za izračun kopij DNA

Število kopij specifične DNA sekvence lahko izračunamo z naslednjo formulo:

$\text{Število kopij} = \frac{\text{Pojavitve} \times \text{Koncentracija} \times \text{Volumen} \times N_A}{\text{Dolžina DNA} \times \text{Povprečna teža baze} \times 10^9}$

Kjer:

Pojavitve: Število, kolikokrat se ciljna sekvenca pojavi v vzorcu DNA
Koncentracija: Koncentracija DNA v ng/μL
Volumen: Volumen vzorca v μL
$N_A$ : Avogadrova številka (6.022 × 10²³ molekul/mol)
Dolžina DNA: Dolžina DNA sekvence v baznih parih
Povprečna teža baze: Povprečna molekulska teža DNA baznega para (660 g/mol)
10^9: Pretvornik iz ng v g

Ta formula upošteva molekulske lastnosti DNA in zagotavlja oceno absolutnega števila kopij v vašem vzorcu.

Razložene spremenljivke

Pojavitve: To se določi z štetjem, kolikokrat se ciljna sekvenca pojavi v celotni DNA sekvenci. Na primer, če se vaša ciljna sekvenca "ATCG" pojavi 5-krat v vašem vzorcu DNA, bo vrednost pojavitev 5.
Koncentracija DNA: Običajno se meri v ng/μL (nanogrami na mikroliter), to predstavlja količino DNA, prisotne v vaši raztopini. To vrednost običajno določimo z spektrofotometričnimi metodami, kot je NanoDrop, ali fluorometričnimi testi, kot je Qubit.
Volumen vzorca: Skupni volumen vašega vzorca DNA v mikrolitrih (μL).
Avogadrova številka: Ta temeljna konstanta (6.022 × 10²³) predstavlja število molekul v enem molu snovi.
Dolžina DNA: Skupna dolžina vaše DNA sekvence v baznih parih.
Povprečna teža baze: Povprečna molekulska teža DNA baznega para je približno 660 g/mol. Ta vrednost upošteva povprečno težo nukleotidov in fosfodiesterske vezi v DNA.

Kako uporabljati Ocenjevalec genomske replikacije

Naš Ocenjevalec genomske replikacije ponuja uporabniku prijazen vmesnik za hitro in natančno izračunavanje števila kopij DNA. Sledite tem korakom, da pridobite natančne rezultate:

Korak 1: Vnesite svojo DNA sekvenco

V prvem vhodnem polju vnesite popolno DNA sekvenco, ki jo želite analizirati. To bi morala biti celotna sekvenca, v kateri želite prešteti pojavitve vaše ciljne sekvence.

Pomembne opombe:

Sprejete so samo standardne DNA baze (A, T, C, G)
Sekvenca ni občutljiva na velike in male črke (tako "ATCG" kot "atcg" se obravnavata enako)
Odstranite vse praznine, številke ali posebne znake iz vaše sekvence

Primer veljavne DNA sekvence:

1ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAG
2

Korak 2: Vnesite svojo ciljno sekvenco

V drugem vhodnem polju vnesite specifično DNA sekvenco, ki jo želite prešteti. To je ciljna sekvenca, katere število kopij želite določiti.

Zahteve:

Ciljna sekvenca mora vsebovati samo standardne DNA baze (A, T, C, G)
Ciljna sekvenca mora biti krajša ali enaka glavni DNA sekvenci
Za natančne rezultate naj ciljna sekvenca predstavlja specifičen genetski element, ki vas zanima

Primer veljavne ciljne sekvence:

1ATCG
2

Korak 3: Določite koncentracijo DNA in volumen vzorca

Vnesite koncentracijo vašega vzorca DNA v ng/μL (nanogrami na mikroliter) in volumen v μL (mikrolitri).

Tipične vrednosti:

Koncentracija DNA: 1-100 ng/μL
Volumen vzorca: 1-100 μL

Korak 4: Oglejte si svoje rezultate

Po vnosu vseh zahtevanih informacij bo kalkulator samodejno izračunal število kopij vaše ciljne sekvence. Rezultat predstavlja ocenjeno število kopij vaše ciljne sekvence v celotnem vzorcu.

Oddelek z rezultati vključuje tudi:

Vizualizacijo števila kopij
Možnost kopiranja rezultata v odložišče
Podroben opis, kako je bil izračun opravljen

Validacija in obravnava napak

Ocenjevalec genomske replikacije vključuje več validacijskih preverjanj za zagotovitev natančnih rezultatov:

Validacija DNA sekvence: Preveri, ali vhod vsebuje samo veljavne DNA baze (A, T, C, G).
- Sporočilo o napaki: "DNA sekvenca mora vsebovati samo znake A, T, C, G"
Validacija ciljne sekvence: Preveri, ali ciljna sekvenca vsebuje samo veljavne DNA baze in ni daljša od glavne DNA sekvence.
- Sporočila o napaki:
  - "Ciljna sekvenca mora vsebovati samo znake A, T, C, G"
  - "Ciljna sekvenca ne more biti daljša od DNA sekvence"
Validacija koncentracije in volumna: Preveri, ali sta ti vrednosti pozitivni številki.
- Sporočila o napaki:
  - "Koncentracija mora biti večja od 0"
  - "Volumen mora biti večji od 0"

Aplikacije in uporabe

Analiza kopij DNA ima številne aplikacije v različnih področjih biologije in medicine:

Raziskovalne aplikacije

Študije izražanja genov: Kvantificiranje števila kopij gena lahko pomaga razumeti njegovo raven izražanja in funkcijo.
Analiza transgenih organizmov: Določanje števila kopij vstavljenih genov v gensko spremenjenih organizmih za oceno učinkovitosti integracije.
Kvantifikacija mikroorganizmov: Merjenje obilo specifičnih mikrobioloških sekvenc v okoljskih ali kliničnih vzorcih.
Testiranje virusne obremenitve: Kvantificiranje virusnih genomov v vzorcih pacientov za spremljanje napredovanja okužbe in učinkovitosti zdravljenja.

Klinične aplikacije

Diagnostika raka: Prepoznavanje povečanj ali izbrisanih onkogenov in genov supresorjev tumorjev.
Diagnostika genetskih bolezni: Odkrivanje variacij v številu kopij, povezanih z genetskimi motnjami, kot sta Duchennejeva mišična distrofija ali bolezen Charcot-Marie-Tooth.
Farmakogenomika: Razumevanje, kako število kopij genov vpliva na presnovo zdravil in odgovor nanje.
Predporodne teste: Prepoznavanje kromosomskih nepravilnosti, kot so trisomije ali mikroizbire.

Primer iz resničnega sveta

Raziskovalna ekipa, ki preučuje rak dojke, bi lahko uporabila Ocenjevalec genomske replikacije za določitev števila kopij gena HER2 v vzorcih tumorjev. Povečanje HER2 (povečano število kopij) je povezano z agresivnim rakom dojke in vpliva na odločitve o zdravljenju. Z izračunom natančnega števila kopij lahko raziskovalci:

Razvrstijo tumorje na podlagi statusa HER2
Korelirajo število kopij s pacientovimi izidi
Spremljajo spremembe v številu kopij med zdravljenjem
Razvijejo natančnejše diagnostične kriterije

Alternativne metode za izračun števila kopij

Medtem ko naše orodje ponuja enostavno metodo za oceno števila kopij DNA, se v raziskovalnih in kliničnih nastavitvah uporabljajo tudi druge tehnike:

Kvantitativna PCR (qPCR): Meri amplifikacijo DNA v realnem času za določitev začetnega števila kopij.
Digitalna PCR (dPCR): Delitev vzorca na tisoče posameznih reakcij za zagotavljanje absolutne kvantifikacije brez standardnih krivulj.
Fluorescenčna in situ hibridizacija (FISH): Vizualizacija in štetje specifičnih DNA sekvenc neposredno v celicah ali kromosomih.
Primerjalna genomska hibridizacija (CGH): Primerjava števila kopij DNA sekvenc med testnim in referenčnim vzorcem.
Sekvenciranje naslednje generacije (NGS): Ponuja profiliranje števila kopij po celotnem genomu z visoko ločljivostjo.

Vsaka metoda ima svoje prednosti in omejitve glede natančnosti, stroškov, pretoka in ločljivosti. Naš kalkulator ponuja hitro in dostopno metodo za začetne ocene ali kadar specializirana oprema ni na voljo.

Zgodovina analize kopij DNA

Koncept števila kopij DNA in njegovega pomena v genetiki se je skozi desetletja znatno razvil:

Zgodnje odkritja (1950-1970)

Osnova za analizo števila kopij DNA je bila postavljena z odkritjem strukture DNA s strani Watsona in Cricka leta 1953. Vendar pa je bila sposobnost odkrivanja variacij v številu kopij omejena, dokler niso bile razvite tehnike molekularne biologije v 1970-ih.

Pojav molekularnih tehnik (1980)

V 1980-ih so se razvile tehnike Southern blota in in situ hibridizacije, ki so znanstvenikom omogočile odkrivanje sprememb v številu kopij na veliki ravni. Te metode so omogočile prve vpoglede v to, kako lahko variacije v številu kopij vplivajo na izražanje genov in fenotip.

Revolucija PCR (1990)

Izum in izboljšave Polimerazne verižne reakcije (PCR) s strani Karyja Mullisa so revolucionirale analizo DNA. Razvoj kvantitativne PCR (qPCR) v 1990-ih je omogočil natančnejše merjenje števila kopij DNA in postal zlati standard za mnoge aplikacije.

Genomska doba (2000-danes)

Zaključek človeškega genoma leta 2003 in pojav mikroarray in tehnologij sekvenciranja naslednje generacije so drastično razširili naše sposobnosti odkrivanja in analize variacij v številu kopij po celotnem genomu. Tehnologije so razkrile, da so variacije v številu kopij veliko pogostejše in pomembnejše, kot je bilo prej mišljeno, kar prispeva tako k normalni genetski raznolikosti kot tudi k boleznim.

Danes so računalniške metode in bioinformacijska orodja še dodatno izboljšala naše sposobnosti natančnega izračunavanja in interpretacije števila kopij DNA, kar to analizo naredi dostopno raziskovalcem in zdravnikom po vsem svetu.

Kode za izračun števila kopij DNA

Tukaj so implementacije izračuna števila kopij DNA v različnih programskih jezikih:

Python implementacija

1def calculate_dna_copy_number(dna_sequence, target_sequence, concentration, volume):
2    """
3    Izračunajte število kopij ciljne DNA sekvence.
4    
5    Parametri:
6    dna_sequence (str): Popolna DNA sekvenca
7    target_sequence (str): Ciljna sekvenca za štetje
8    concentration (float): Koncentracija DNA v ng/μL
9    volume (float): Volumen vzorca v μL
10    
11    Vrnitev:
12    int: Ocenjeno število kopij
13    """
14    # Očistite in validirajte sekvence
15    dna_sequence = dna_sequence.upper().replace(" ", "")
16    target_sequence = target_sequence.upper().replace(" ", "")
17    
18    if not all(base in "ATCG" for base in dna_sequence):
19        raise ValueError("DNA sekvenca mora vsebovati samo znake A, T, C, G")
20    
21    if not all(base in "ATCG" for base in target_sequence):
22        raise ValueError("Ciljna sekvenca mora vsebovati samo znake A, T, C, G")
23    
24    if len(target_sequence) > len(dna_sequence):
25        raise ValueError("Ciljna sekvenca ne more biti daljša od DNA sekvence")
26    
27    if concentration <= 0 or volume <= 0:
28        raise ValueError("Koncentracija in volumen morata biti večja od 0")
29    
30    # Štetje pojavitev ciljne sekvence
31    count = 0
32    pos = 0
33    while True:
34        pos = dna_sequence.find(target_sequence, pos)
35        if pos == -1:
36            break
37        count += 1
38        pos += 1
39    
40    # Konstantne vrednosti
41    avogadro = 6.022e23  # molekuli/mol
42    avg_base_pair_weight = 660  # g/mol
43    
44    # Izračunajte število kopij
45    total_dna_ng = concentration * volume
46    total_dna_g = total_dna_ng / 1e9
47    moles_dna = total_dna_g / (len(dna_sequence) * avg_base_pair_weight)
48    total_copies = moles_dna * avogadro
49    copy_number = count * total_copies
50    
51    return round(copy_number)
52
53# Primer uporabe
54dna_seq = "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG"
55target_seq = "ATCG"
56conc = 10  # ng/μL
57vol = 20   # μL
58
59try:
60    result = calculate_dna_copy_number(dna_seq, target_seq, conc, vol)
61    print(f"Ocenjeno število kopij: {result:,}")
62except ValueError as e:
63    print(f"Napaka: {e}")
64

JavaScript implementacija

1function calculateDnaCopyNumber(dnaSequence, targetSequence, concentration, volume) {
2  // Očistite in validirajte sekvence
3  dnaSequence = dnaSequence.toUpperCase().replace(/\s+/g, '');
4  targetSequence = targetSequence.toUpperCase().replace(/\s+/g, '');
5  
6  // Validacija DNA sekvence
7  if (!/^[ATCG]+$/.test(dnaSequence)) {
8    throw new Error("DNA sekvenca mora vsebovati samo znake A, T, C, G");
9  }
10  
11  // Validacija ciljne sekvence
12  if (!/^[ATCG]+$/.test(targetSequence)) {
13    throw new Error("Ciljna sekvenca mora vsebovati samo znake A, T, C, G");
14  }
15  
16  if (targetSequence.length > dnaSequence.length) {
17    throw new Error("Ciljna sekvenca ne more biti daljša od DNA sekvence");
18  }
19  
20  if (concentration <= 0 || volume <= 0) {
21    throw new Error("Koncentracija in volumen morata biti večja od 0");
22  }
23  
24  // Štetje pojavitev ciljne sekvence
25  let count = 0;
26  let pos = 0;
27  
28  while (true) {
29    pos = dnaSequence.indexOf(targetSequence, pos);
30    if (pos === -1) break;
31    count++;
32    pos++;
33  }
34  
35  // Konstantne vrednosti
36  const avogadro = 6.022e23; // molekuli/mol
37  const avgBasePairWeight = 660; // g/mol
38  
39  // Izračunajte število kopij
40  const totalDnaNg = concentration * volume;
41  const totalDnaG = totalDnaNg / 1e9;
42  const molesDna = totalDnaG / (dnaSequence.length * avgBasePairWeight);
43  const totalCopies = molesDna * avogadro;
44  const copyNumber = count * totalCopies;
45  
46  return Math.round(copyNumber);
47}
48
49// Primer uporabe
50try {
51  const dnaSeq = "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG";
52  const targetSeq = "ATCG";
53  const conc = 10; // ng/μL
54  const vol = 20;  // μL
55  
56  const result = calculateDnaCopyNumber(dnaSeq, targetSeq, conc, vol);
57  console.log(`Ocenjeno število kopij: ${result.toLocaleString()}`);
58} catch (error) {
59  console.error(`Napaka: ${error.message}`);
60}
61

R implementacija

1calculate_dna_copy_number <- function(dna_sequence, target_sequence, concentration, volume) {
2  # Očistite in validirajte sekvence
3  dna_sequence <- gsub("\\s+", "", toupper(dna_sequence))
4  target_sequence <- gsub("\\s+", "", toupper(target_sequence))
5  
6  # Validacija DNA sekvence
7  if (!grepl("^[ATCG]+$", dna_sequence)) {
8    stop("DNA sekvenca mora vsebovati samo znake A, T, C, G")
9  }
10  
11  # Validacija ciljne sekvence
12  if (!grepl("^[ATCG]+$", target_sequence)) {
13    stop("Ciljna sekvenca mora vsebovati samo znake A, T, C, G")
14  }
15  
16  if (nchar(target_sequence) > nchar(dna_sequence)) {
17    stop("Ciljna sekvenca ne more biti daljša od DNA sekvence")
18  }
19  
20  if (concentration <= 0 || volume <= 0) {
21    stop("Koncentracija in volumen morata biti večja od 0")
22  }
23  
24  # Štetje pojavitev ciljne sekvence
25  count <- 0
26  pos <- 1
27  
28  while (TRUE) {
29    pos <- regexpr(target_sequence, substr(dna_sequence, pos, nchar(dna_sequence)))
30    if (pos == -1) break
31    count <- count + 1
32    pos <- pos + 1
33  }
34  
35  # Konstantne vrednosti
36  avogadro <- 6.022e23  # molekuli/mol
37  avg_base_pair_weight <- 660  # g/mol
38  
39  # Izračunajte število kopij
40  total_dna_ng <- concentration * volume
41  total_dna_g <- total_dna_ng / 1e9
42  moles_dna <- total_dna_g / (nchar(dna_sequence) * avg_base_pair_weight)
43  total_copies <- moles_dna * avogadro
44  copy_number <- count * total_copies
45  
46  return(round(copy_number))
47}
48
49# Primer uporabe
50tryCatch({
51  dna_seq <- "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG"
52  target_seq <- "ATCG"
53  conc <- 10  # ng/μL
54  vol <- 20   # μL
55  
56  result <- calculate_dna_copy_number(dna_seq, target_seq, conc, vol)
57  cat(sprintf("Ocenjeno število kopij: %s\n", format(result, big.mark=",")))
58}, error = function(e) {
59  cat(sprintf("Napaka: %s\n", e$message))
60})
61

Pogosto zastavljena vprašanja (FAQ)

Kaj je kopija DNA?

Kopija DNA se nanaša na število, kolikokrat se specifična DNA sekvenca pojavi v genomu ali vzorcu. Pri ljudeh večina genov obstaja v dveh kopijah (ena od vsakega starša), vendar se lahko to število razlikuje zaradi genetskih variacij, mutacij ali procesov bolezni. Izračunavanje števila kopij je pomembno za razumevanje genetskih motenj, razvoja raka in normalne genetske variacije.

Kako natančen je Ocenjevalec genomske replikacije?

Ocenjevalec genomske replikacije ponuja teoretični izračun, ki temelji na molekularnih načelih in vhodnih parametrih, ki jih zagotovite. Njegova natančnost je odvisna od več dejavnikov:

Natančnost vaše meritve koncentracije DNA
Čistost vašega vzorca DNA
Specifičnost vaše ciljne sekvence
Natančnost vaše meritve volumna

Za raziskave, ki zahtevajo izjemno natančno kvantifikacijo, lahko tehnike, kot je digitalna PCR, nudijo višjo natančnost, vendar naš kalkulator ponuja dobro oceno za mnoge aplikacije.

Ali lahko to orodje uporabim za kvantifikacijo RNA sekvenc?

Ne, ta kalkulator je posebej zasnovan za DNA sekvence in uporablja specifične molekulske teže DNA v svojih izračunih. RNA ima različne molekulske lastnosti (vsebuje uracil namesto timina in ima drugačno molekulsko težo). Za kvantifikacijo RNA bi morali uporabiti specializirane kalkulatorje za število kopij RNA.

Kakšen razpon koncentracije DNA najbolje deluje s tem kalkulatorjem?

Kalkulator deluje z vsemi pozitivnimi vrednostmi koncentracije DNA. Vendar pa za večino bioloških vzorcev običajno koncentracije DNA segajo od 1 do 100 ng/μL. Zelo nizke koncentracije (pod 1 ng/μL) lahko uvedejo več negotovosti v izračun zaradi omejitev merjenja.

Kako kalkulator obravnava prekrivajoče se sekvence?

Kalkulator šteje vsako pojavitev ciljne sekvence, tudi če se prekrivajo. Na primer, v sekvenci "ATATAT" bi bila ciljna "ATA" prešteta dvakrat (položaja 1-3 in 3-5). Ta pristop je skladen s tem, kako mnoge tehnike molekularne biologije odkrivajo sekvence.

Ali lahko to orodje uporabim za določanje števila kopij plazmidov?

Da, lahko uporabite ta kalkulator za oceno števila kopij plazmidov. Preprosto vnesite celotno sekvenco plazmida kot vašo DNA sekvenco in specifično območje interesa kot vašo ciljno sekvenco. Prepričajte se, da natančno izmerite plazmidno DNA za zanesljive rezultate.

Kaj naj storim, če moja DNA sekvenca vsebuje nejasne baze (N, R, Y itd.)?

Ta kalkulator sprejema samo standardne DNA baze (A, T, C, G). Če vaša sekvenca vsebuje nejasne baze, jih boste morali bodisi zamenjati s specifičnimi bazami na podlagi vašega najboljšega znanja bodisi odstraniti ta področja pred uporabo kalkulatorja.

Kako kalkulator obravnava zelo velika števila kopij?

Kalkulator lahko obravnava zelo velika števila kopij in jih prikaže v berljivi obliki. Za izjemno velike vrednosti se lahko uporabi znanstvena notacija. Osnovni izračun ohranja polno natančnost ne glede na velikost rezultata.

Ali lahko to orodje uporabim za kvantifikacijo izražanja genov?

Medtem ko to orodje izračunava števila kopij DNA, se izražanje genov običajno meri na ravni RNA. Za analizo izražanja genov so bolj primerne tehnike, kot so RT-qPCR, RNA-seq ali mikroarray. Vendar pa lahko število kopij DNA vpliva na izražanje genov, tako da so te analize pogosto dopolnilne.

Kako koncentracija DNA vpliva na izračun števila kopij?

Koncentracija DNA ima neposredno linearno razmerje s kalkuliranim številom kopij. Podvojitev koncentracije bo podvojila ocenjene število kopij, če ostanejo vse druge parametre nespremenjene. To poudarja pomen natančnega merjenja koncentracije za zanesljive rezultate.

Reference

Bustin, S. A., Benes, V., Garson, J. A., Hellemans, J., Huggett, J., Kubista, M., ... & Wittwer, C. T. (2009). MIQE smernice: minimalne informacije za objavo eksperimentov kvantitativne realnočasovne PCR. Klinična kemija, 55(4), 611-622.
D'haene, B., Vandesompele, J., & Hellemans, J. (2010). Natančna in objektivna profiliranja števila kopij z uporabo realnočasne kvantitativne PCR. Metode, 50(4), 262-270.
Hindson, B. J., Ness, K. D., Masquelier, D. A., Belgrader, P., Heredia, N. J., Makarewicz, A. J., ... & Colston, B. W. (2011). Visoko-pretočni droplet digitalni PCR sistem za absolutno kvantifikacijo števila kopij DNA. Analitična kemija, 83(22), 8604-8610.
Zhao, M., Wang, Q., Wang, Q., Jia, P., & Zhao, Z. (2013). Računalniška orodja za odkrivanje variacij v številu kopij (CNV) z uporabo podatkov naslednje generacije sekvenciranja: lastnosti in perspektive. BMC bioinformatika, 14(11), 1-16.
Redon, R., Ishikawa, S., Fitch, K. R., Feuk, L., Perry, G. H., Andrews, T. D., ... & Hurles, M. E. (2006). Globalna variacija v številu kopij v človeškem genomu. Narava, 444(7118), 444-454.
Zarrei, M., MacDonald, J. R., Merico, D., & Scherer, S. W. (2015). Zemljevid variacij v številu kopij človeškega genoma. Naravne revije genetike, 16(3), 172-183.
Stranger, B. E., Forrest, M. S., Dunning, M., Ingle, C. E., Beazley, C., Thorne, N., ... & Dermitzakis, E. T. (2007). Relativni vpliv nukleotidnih in variacij v številu kopij na fenotipe izražanja genov. Znanost, 315(5813), 848-852.
Alkan, C., Coe, B. P., & Eichler, E. E. (2011). Odkritje in genotipizacija strukturnih variacij genoma. Naravne revije genetike, 12(5), 363-376.

Zaključek

Ocenjevalec genomske DNA Kopija Števec ponuja močan, a dostopen način za oceno števila kopij specifičnih DNA sekvenc v vaših vzorcih. S kombiniranjem molekularnih načel z uporabniku prijaznim oblikovanjem to orodje pomaga raziskovalcem, študentom in strokovnjakom hitro pridobiti dragocene kvantitativne podatke brez specializirane opreme ali zapletenih protokolov.

Razumevanje števila kopij DNA je bistveno za številne aplikacije v genetiki, molekularni biologiji in medicini. Ne glede na to, ali preučujete amplifikacijo genov pri raku, kvantificirate integracijo transgenov ali raziskujete variacije v številu kopij pri genetskih motnjah, naš kalkulator ponuja enostaven pristop za pridobitev informacij, ki jih potrebujete.

Spodbujamo vas, da preizkusite Ocenjevalec genomske replikacije s svojimi lastnimi DNA sekvencami in raziskujete, kako spremembe v koncentraciji, volumnu in ciljnih sekvencah vplivajo na izračunana števila kopij. Ta praktična izkušnja bo poglobila vaše razumevanje načel molekularne kvantifikacije in vam pomagala uporabiti te koncepte za vaša specifična raziskovalna vprašanja.

Za morebitna vprašanja ali povratne informacije o kalkulatorju se prosimo sklicujte na razdelek FAQ ali kontaktirajte našo podporno ekipo.

💬

Povratne informacije

💬

Kliknite na povratno informacijo, da začnete dajati povratne informacije o tem orodju

🔗

Povezana orodja

Odkrijte več orodij, ki bi lahko bila koristna za vaš delovni proces