ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅಣು ತೂಕ ಕ್ಯಾಲ್ಕುಲೇಟರ್ | ಉಚಿತ MW ಉಪಕರಣ

ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅಣುಕ್ಕೆ ತೂಕ ಕ್ಯಾಲ್ಕುಲೇಟರ್

ಪರಿಚಯ

ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ ಕೆಲಸ ಮಾಡಲು ನೀವು ಯಾವಾಗಲೂ ಅಣುಕ್ಯ ತೂಕವನ್ನು ಕಲಿಸಬೇಕಾಗಿರುತ್ತದೆ. SDS-PAGE ಸಿದ್ಧಪಡಿಸುವ, ಜೆಲ್ ಫಿಲ್ಟ್ರೇಶನ್ ಹೊಂದಿಸುವ ಅಥವಾ ಮಾಸ್ ಸ್ಪೆಕ್ ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ಅರ್ಥಮಾಡಿಕೊಳ್ಳುವ ಸಮಯದಲ್ಲಿ, ನಿಮ್ಮ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನುಕ್ರಮಣೆಯ ಸೈದ್ಧಾಂತಿಕ ತೂಕವನ್ನು ಬಲ್ಲಿರುವುದು ಮೂಲಭೂತ.

ಈ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅಣುಕ್ಯ ತೂಕ ಕಲಿಕಾರಕ ನಿಮಗೆ ಅಮಿನೋ ಆಮ್ಲ ಅನುಕ್ರಮಣೆಯಿಂದ ಕೂಡಲೇ ನಿಖರ ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ. ಮಾನಕ ಒಂದು-ಅಕ್ಷರ ಕೋಡ್‌ಗಳನ್ನು (MVKMDVYKGSSIGDSMSRSM ಹಾಗೆ) ಬಳಸಿ ನಿಮ್ಮ ಅನುಕ್ರಮಣೆಯನ್ನು ಇನ್‌ಪುಟ್ ಮಾಡಿ, ಮತ್ತು ನೀವು ಡಾಲ್ಟನ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಅಣುಕ್ಯ ತೂಕ ಹಾಗೂ ಅಮಿನೋ ಆಮ್ಲ ಸಂಯೋಜನೆಯ ವಿವರಣೆಯನ್ನು ಪಡೆಯುವಿರಿ. ಇದನ್ನು ವ್ಯಾವಹಾರಿಕವಾಗಿ ಉಪಯೋಗಿಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುವ ಅಂಶ ಎಂದರೆ ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತ ಮಾನ್ಯೀಕರಣ—ಇದು ಅಮಿನೋ ಆಮ್ಲ ಕೋಡ್‌ಗಳ ಅಮಾನ್ಯತೆಯನ್ನು ಸೆಳೆಯುವ ಮೊದಲೇ ಹಿಡಿಯುತ್ತದೆ.

ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅಣುಕ್ಯ ತೂಕವು ವ್ಯಕ್ತಿಗತ ಅಮಿನೋ ಆಮ್ಲ ತೂಕಗಳ ಸಮೂಹ, ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಬಂಧ ರಚನೆಯ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಕಳೆದ ನೀರಿನ ಅಣುಗಳನ್ನು ಕಳೆದ ಬಳಿಕ ಪ್ರಾಪ್ತವಾಗುತ್ತದೆ. ಇದನ್ನು ಡಾಲ್ಟನ್‌ಗಳ (Da) ಅಥವಾ ಕಿಲೋಡಾಲ್ಟನ್‌ಗಳ (kDa) ರೂಪದಲ್ಲಿ ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇಲ್ಲಿ 1 kDa = 1,000 Da. ಇಲ್ಲಿ ಒಂದು ವಿಷಯ ಗಮನಿಸಬೇಕಾಗಿದೆ: ಈ ಕಲಿಕೆಯು ಕೇವಲ ಅನುಕ್ರಮಣೆಯ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಸೈದ್ಧಾಂತಿಕ ಅಣುಕ್ಯ ತೂಕವನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ. ವಾಸ್ತವಿಕ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳು ಅಕ್ಸರ ಬೇರೆಯಾಗಿರಬಹುದು ಏಕೆಂದರೆ ಅನಂತರ-ಅನುವಾದ ಮಾಪಾಂಕಗಳು, ಇವು ಕೆಲವೇ ಡಾಲ್ಟನ್‌ಗಳಿಂದ (ಫಾಸ್ಫೋರಿಲೇಷನ್) ಹಲವಾರು ಕಿಲೋಡಾಲ್ಟನ್‌ಗಳವರೆಗೆ (ಗ್ಲೈಕೋಸಿಲೇಷನ್) ಸೇರಿಕೊಳ್ಳಬಹುದು.

ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅಣುಶಕ್ತಿ ಎಷ್ಟು ಎಂಬುದನ್ನು ಹೇಗೆ ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ

ಮೂಲಭೂತ ಸೂತ್ರ

ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅಣುಶಕ್ತಿಯನ್ನು ಈ ಕೆಳಗಿನ ಸೂತ್ರದಿಂದ ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ:

$MW_{protein} = \sum_{i=1}^{n} MW_{amino acid_i} - (n-1) \times MW_{water} + MW_{water}$

ಎಲ್ಲಿ:

• $MW_{protein}$ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಂಪೂರ್ಣ ಅಣುಶಕ್ತಿ ಡಾಲ್ಟನ್ (Da) ನಲ್ಲಿ
• $\sum_{i=1}^{n} MW_{amino acid_i}$ ಎಲ್ಲಾ ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಅಮಿನೋ ಆಮ್ಲಗಳ ಅಣುಶಕ್ತಿಯ ಸಮೂಹ
• $n$ ಅಮಿನೋ ಆಮ್ಲಗಳ ಸಂಖ್ಯೆ
• $MW_{water}$ ನೀರಿನ ಅಣುಶಕ್ತಿ (18.01528 Da)
• $(n-1)$ ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಬಂಧಗಳ ಸಂಖ್ಯೆ
• ಕೊನೆಯ $+ MW_{water}$ ಟರ್ಮಿನಲ್ ಗುಂಪುಗಳನ್ನು ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ (H ಮತ್ತು OH)

ಅಮಿನೋ ಆಮ್ಲ ಅಣುಶಕ್ತಿಗಳು

ಲೆಕ್ಕಾಚಾರಕ್ಕಾಗಿ 20 ಸಾಮಾನ್ಯ ಅಮಿನೋ ಆಮ್ಲಗಳ ಮಾನಕ ಅಣುಶಕ್ತಿಗಳನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ:

ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಬಂಧ ರಚನೆಯಲ್ಲಿ ನೀರಿನ ಹೊರಹೋಗಿಕೆ

ಅಮಿನೋ ಆಮ್ಲಗಳು ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚಿಸಲು ಸೇರಿಕೊಳ್ಳುವಾಗ, ಪ್ರತಿ ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಬಂಧ ಒಂದು ನೀರಿನ ಅಣು (H₂O) ಬಿಡುಗಡೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಇದನ್ನು ಸಂಘನನ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆ ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ—ಒಂದು ಅಮಿನೋ ಆಮ್ಲದ ಕಾರ್ಬಾಕ್ಸಿಲ್ ಗುಂಪು ಮತ್ತೊಂದು ಅಮಿನೋ ಆಮ್ಲದ ಅಮಿನೋ ಗುಂಪಿಗೆ ಸಂಯೋಜಿಸಿ, ನೀರಿನ ಅಣುವನ್ನು ಬಿಡುಗಡೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ.

ಉದಾಹರಣಾ ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ

ಒಂದು ಸರಳ ಟ್ರಿಪೆಪ್ಟೈಡ್: ಅಲಾ-ಗ್ಲೈ-ಸೆರ್ (AGS) ಅಣುಶಕ್ತಿಯನ್ನು ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ ಮಾಡೋಣ

1. ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಅಮಿನೋ ಆಮ್ಲಗಳ ಅಣುಶಕ್ತಿಯನ್ನು ಸೇರಿಸಿ:

   • ಅಲಾನಿನ್ (A): 71.03711 Da
   • ಗ್ಲೈಸಿನ್ (G): 57.02146 Da
   • ಸೆರಿನ್ (S): 87.03203 Da
   • ಒಟ್ಟು: 215.0906 Da

2. ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಬಂಧಗಳಿಂದ ನೀರಿನ ಹೊರಹೋಗಿಕೆಯನ್ನು ಕಳೆಯಿರಿ:

   • ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಬಂಧಗಳ ಸಂಖ್ಯೆ = 3-1 = 2
   • ನೀರಿನ ಅಣುಶಕ್ತಿ = 18.01528 Da
   • ಒಟ್ಟು ನೀರಿನ ಹೊರಹೋಗಿಕೆ = 2 × 18.01528 = 36.03056 Da

3. ಟರ್ಮಿನಲ್ ಗುಂಪುಗಳಿಗಾಗಿ ಒಂದು ನೀರಿನ ಅಣುವನ್ನು ಮರಳಿ ಸೇರಿಸಿ:

   • 18.01528 Da

4. ಕೊನೆಯ ಅಣುಶಕ್ತಿ:

   • 215.0906 - 36.03056 + 18.01528 = 197.07532 Da

ಪ್ರೋಟೀನ್ ಮಾಲೆಕ್ಯೂಲರ್ ತೂಕ ಕ್ಯಾಲ್ಕುಲೇಟರ್ ಬಳಸುವ ವಿಧಾನ

ಈ ಕ್ಯಾಲ್ಕುಲೇಟರ್ ಬಳಸಲು ಕೆಲವೇ ಕ್ಷಣಗಳು ಬೇಕಾಗುತ್ತವೆ:

1. ನಿಮ್ಮ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ಪಠ್ಯ ಬಾಕ್ಸ್‌ನಲ್ಲಿ ಅಂಟಿಸಿ. ಮಾನ್ಯ ಒಂದು-ಅಕ್ಷರ ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲ ಕೋಡ್‌ಗಳನ್ನು (A, R, N, D, C, E, Q, G, H, I, L, K, M, F, P, S, T, W, Y, V) ಬಳಸಿ. ದೊಡ್ಡ ಮತ್ತು ಸಣ್ಣ ಅಕ್ಷರಗಳೆರಡೂ ಸರಿಯಾಗಿ ಕೆಲಸ ಮಾಡುತ್ತವೆ.

2. ಮಾನ್ಯೀಕರಣ ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತವಾಗಿ ನಡೆಯುತ್ತದೆ—ನಿಮ್ಮ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್‌ನಲ್ಲಿ ಅಮಾನ್ಯ ಅಕ್ಷರಗಳಿವೆಯೇ ಎಂಬುದನ್ನು ಕೂಡಲೇ ನೋಡಬಹುದು. ಇದು ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಸಂಖ್ಯೆಗಳನ್ನು ಅಥವಾ FASTA ಶೀರ್ಷಿಕೆಗಳನ್ನು ಅಕಸ್ಮಾತ್ ಸೇರಿಸಿಕೊಂಡಿರುವ ಸಾಮಾನ್ಯ ದೋಷಗಳನ್ನು ಹಿಡಿಯುತ್ತದೆ.

3. ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಕೂಡಲೇ ಕಾಣಿಸಿಕೊಳ್ಳುತ್ತವೆ ಇಲ್ಲಿ ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ:

   • ಡಾಲ್ಟನ್ಸ್ (Da) ನಲ್ಲಿ ಮಾಲೆಕ್ಯೂಲರ್ ತೂಕ
   • ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಉದ್ದ (ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲ ಎಣಿಕೆ)
   • ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲ ಸಂಯೋಜನೆ ವಿವರಣೆ
   • ಬಳಸಿದ ಕ್ಯಾಲ್ಕುಲೇಷನ್ ವಿಧಾನ

4. ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ಒಂದೇ ಕ್ಲಿಕ್‌ನಲ್ಲಿ ಕ್ಲಿಪ್‌ಬೋರ್ಡ್‌ಗೆ ಕಾಪಿ ಮಾಡಿ ಲ್ಯಾಬ್ ನೋಟ್‌ಗಳಿಗೆ, ವರದಿಗಳಿಗೆ ಅಥವಾ ಮುಂಬಿನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಬಳಸಿ.

ಸಾಮಾನ್ಯ ಕಾರ್ಯಪ್ರವಾಹ: UniProt ಅಥವಾ ನಿಮ್ಮ ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್‌ನಿಂದ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಕಾಪಿ ಮಾಡಿ, ಇಲ್ಲಿ ಅಂಟಿಸಿ, ಮಾಲೆಕ್ಯೂಲರ್ ತೂಕ ಪಡೆಯಿರಿ, ನಂತರ ಆ ಮೌಲ್ಯವನ್ನು ನಿಮ್ಮ ಜೆಲ್ ಫಿಲ್ಟ್ರೇಷನ್ ಕಾಲಂ ಸೆಟ್ ಮಾಡಲು ಅಥವಾ ನಿಮ್ಮ ವೆಸ್ಟರ್ನ್ ಬ್ಲಾಟ್‌ನಲ್ಲಿ ನಿರೀಕ್ಷಿತ ಬ್ಯಾಂಡ್ ಸ್ಥಾನ ಕ್ಯಾಲ್ಕುಲೇಟ್ ಮಾಡಲು ಬಳಸಿ.

ನಖರವಾದ ಫಲಿತಾಂಶಗಳಿಗಾಗಿ ಇನ್‌ಪುಟ್ ಮಾರ್ಗಸೂಚಿಗಳು

ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್‌ಗಳನ್ನು ನಮೂದಿಸಲು ಈ ಸಲಹೆಗಳನ್ನು ಗಮನದಲ್ಲಿಟ್ಟುಕೊಳ್ಳಿ:

• ಕೇವಲ ಮಾನ್ಯ ಒಂದು-ಅಕ್ಷರ ಕೋಡ್‌ಗಳನ್ನು ಮಾತ್ರ ಬಳಸಿ (ದೊಡ್ಡ ಅಥವಾ ಸಣ್ಣ ಅಕ್ಷರಗಳೆರಡೂ ಸರಿ)
• FASTA ಶೀರ್ಷಿಕೆಗಳನ್ನು ತೆಗೆಯಿರಿ — ಸಾಮಾನ್ಯ ದೋಷ ಎಂದರೆ > ಶೀರ್ಷಿಕೆ ಸಾಲನ್ನೂ ಸೇರಿಸಿಕೊಳ್ಳುವುದು
• ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಸಂಖ್ಯೆಗಳನ್ನು ತೆಗೆಯಿರಿ — ಸಂಹಿತಾ ಸಾಫ್ಟ್‌ವೇರ್‌ನಿಂದ ಕಾಪಿ ಮಾಡಿದಾಗ, ಮೊದಲು ಸ್ಥಾನ ಸಂಖ್ಯೆಗಳನ್ನು ಅಳಿಸಿ
• ಅಸ್ಪಷ್ಟ ಕೋಡ್‌ಗಳಿಗೆ ಎಚ್ಚರಿಕೆ — X, B, Z, ಮತ್ತು J ಅನ್ನು ಬೆಂಬಲಿಸಲಾಗಿಲ್ಲ; ನಿಮಗೆ ನಿರ್ಧಿಷ್ಟ ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲಗಳಿಗೆ ಬದಲಾಯಿಸಬೇಕಾಗಿದೆ
• ಮಾನ್ಯ ಅಲ್ಲದ ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲಗಳಿಗೆ (ಸೆಲೆನೋಸಿಸ್ಟೀನ್, ಪೈರೋಲಿಸಿನ್, ಮಾರ್ಪಡಿಸಿದ ಅಂಶಗಳು) — ಈ ಕ್ಯಾಲ್ಕುಲೇಟರ್ ನಖರವಾದ ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ನೀಡುವುದಿಲ್ಲ. ನಿಮಗೆ ಮಾರ್ಪಡಿಸಿದ ಅಂಶಗಳನ್ನು ಗಮನಕ್ಕೆ ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುವ ವಿಶೇಷ ಉಪಕರಣಗಳ ಅಥವಾ ಮಾನ್ಯ ಕ್ಯಾಲ್ಕುಲೇಷನ್‌ಗಳ ಅಗತ್ಯವಿದೆ.

ಫಲಿತಾಂಶಗಳ ಅರ್ಥ

ಕ್ಯಾಲ್ಕುಲೇಟರ್ ಹಲವಾರು ಮಾಹಿತಿಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ:

1. ಮಾಲೆಕ್ಯೂಲರ್ ತೂಕ: ಡಾಲ್ಟನ್ಸ್ (Da) ನಲ್ಲಿ ನಿಮ್ಮ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ನ ಅಂದಾಜು ಮಾಲೆಕ್ಯೂಲರ್ ತೂಕ. ದೊಡ್ಡ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳಿಗೆ, ಇದನ್ನು ಕಿಲೋಡಾಲ್ಟನ್ಸ್ (kDa) ನಲ್ಲಿ ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸಬಹುದು.

2. ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಉದ್ದ: ನಿಮ್ಮ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್‌ನಲ್ಲಿ ಒಟ್ಟು ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲಗಳ ಸಂಖ್ಯೆ.

3. ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲ ಸಂಯೋಜನೆ: ನಿಮ್ಮ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ನ ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲ ಸಾಂದ್ರತೆಯ ಸ್ಪಷ್ಟ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ, ಪ್ರತಿ ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲದ ಎಣಿಕೆ ಮತ್ತು ಶೇಕಡಾವಾರು ಪ್ರಮಾಣ ತೋರ

ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅಣುಶಕ್ತಿ ತೂಕ ಕಲನೆಯ ಸಾಮಾನ್ಯ ಬಳಕೆಯ ಪ್ರಕರಣಗಳು

ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅಣುಶಕ್ತಿ ತೂಕ ಪ್ರಯೋಗಾಲಯ ಕೆಲಸದಲ್ಲಿ ಅತ್ಯಂತ ಮಹತ್ವಪೂರ್ಣ:

ಪ್ರೋಟೀನ್ ಶುದ್ಧೀಕರಣ ಮತ್ತು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ

ಪ್ರೋಟೀನ್ ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಿದಾಗ, ಅಣುಶಕ್ತಿ ತೂಕ ಮಾರ್ಗದರ್ಶಕ ನೀಡುತ್ತದೆ:

• ಜೆಲ್ ಫಿಲ್ಟ್ರೇಶನ್ ಸೆಟಪ್ — ಅಣುಶಕ್ತಿ ತೂಕ ವ್ಯಾಪಕ್ಕೆ ಅನುಗುಣವಾಗಿ ಕಾಲಂ ರೆಸಿನ್ ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಿ. 50 kDa ಪ್ರೋಟೀನ್ಗೆ Superdex 75 ಉತ್ತಮ; 100 kDa ಮೇಲೆ, Superdex 200 ಬಳಸಿ.
• SDS-PAGE ಜೆಲ್ ಸಾಂದ್ರತೆ — ಸಣ್ಣ ಪ್ರೋಟೀನ್ (< 20 kDa) 15% ಜೆಲ್ ಬೇಕು, ದೊಡ್ಡ ಪ್ರೋಟೀನ್ (> 100 kDa) 8% ಜೆಲ್ ಮೇಲೆ ಚೆನ್ನಾಗಿ ಓಡುತ್ತವೆ.
• ಮಾಸ್ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರೋಮೆಟ್ರಿ ಮಾನ್ಯಪಡಿಸುವಿಕೆ — ಲೆಕ್ಕಿಸಿದ ಸೈದ್ಧಾಂತಿಕ ತೂಕವು ಪ್ರಯೋಗಿಕ ಮಾಸ್ ಸ್ಪೆಕ್ ಫಲಿತಾಂಶಗಳೊಂದಿಗೆ ಹೊಂದಿಕೊಳ್ಳಬೇಕು.
• ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಪರಿಶೀಲನೆ — ಜೆಲ್ ಮೇಲಿನ ಪಟ್ಟಿಯ ಸ್ಥಾನವನ್ನು ಲೆಕ್ಕಿಸಿದ ಅಣುಶಕ್ತಿ ತೂಕಕ್ಕೆ ಹೋಲಿಸಿ ಸರಿಯಾದ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ಖಚಿತಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಿ.

ಪುನರ್ಸಂಯೋಜಿತ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಉತ್ಪಾದನೆ

ಜೈವಿಕ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನ ಮತ್ತು ಸಂಶೋಧನಾ ಸಂದರ್ಭಗಳಲ್ಲಿ, ಅಣುಶಕ್ತಿ ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ ಮೂಲಭೂತ:

• ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಘಟಕ ವಿನ್ಯಾಸ — ಟ್ಯಾಗ್ಗಳನ್ನು ಸೇರಿಸಿದಾಗ, ಜೆಲ್ ಮೇಲೆ ಫ್ಯೂಷನ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಓಡುವ ಸ್ಥಾನ ಊಹಿಸಿ
• ಉತ್ಪಾದನಾ ಅಂದಾಜು — ಅಬ್ಸಾರ್ಪ್ಷನ್ ಓದುವಿಕೆಯನ್ನು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಾಂದ್ರತೆಗೆ ಪರಿವರ್ತಿಸಿ
• ಶುದ್ಧೀಕರಣ ಕಾರ್ಯತಂತ್ರ — ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅಣುಶಕ್ತಿ ತೂಕಕ್ಕೆ ಅನುಗುಣವಾಗಿ ಆಫಿನಿಟಿ ರೆಸಿನ್ ಮತ್ತು ಕಾಲಂ ಗಾತ್ರ ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಿ
• ಉತ್ಪನ್ನ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯ — ಗುಣ ನಿಯಂತ್ರಣ ನಿರ್ಧಾರಗಳಿಗೆ ಅಣುಶಕ್ತಿ ತೂಕ ಮಾನ್ಯಪಡಿಸಬೇಕು

(ಅನುವಾದ ಮುಂದುವರಿಯುತ್ತದೆ...)

ಅಣು ತೂಕ ನಿರ್ಧಾರಕ್ಕಾಗಿ ಪರ್ಯಾಯ ವಿಧಾನಗಳು

ಈ ಕ್ಯಾಲ್ಕುಲೇಟರ್ ನಿಮಗೆ ಸೈದ್ಧಾಂತಿಕ ಅಣು ತೂಕವನ್ನು ಕೂಡಲೇ ನೀಡುತ್ತದೆ, ಇತರ ವಿಧಾನಗಳಿಗೂ ಅವರ ಸ್ಥಾನವಿದೆ:

ಪ್ರಯೋಗಿಕ ತಂತ್ರಗಳು

ಮಾಸ್ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರೋಮೆಟ್ರಿ (MS) — ವಾಸ್ತವಿಕ ಅಣು ತೂಕಕ್ಕಾಗಿ ಚಿಹ್ನೆಯ ಮಾನದಂಡ. ESI-MS ಮತ್ತು MALDI-TOF ~100 kDa ವರೆಗಿನ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳಿಗೆ ±1 Da ನಿಖಾರಣೆಯೊಂದಿಗೆ ಅಳೆಯಬಹುದು. ಅನುಕ್ರಮ-ಆಧಾರಿತ ಲೆಕ್ಕಾಚಾರಗಳಿಗೆ ವಿಪರೀತವಾಗಿ, MS ನಂತರದ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು, ಪ್ರೋಟಿಯೊಲಿಟಿಕ್ ಕ್ಲೀವೇಜ್ ಮತ್ತು ಇತರ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು �గುರುತಿಸುತ್ತದೆ. ಬದಲಾವಣೆ: ಶುದ್ಧ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಮತ್ತು ವಿಶೇಷ ಸಾಧನಗಳ ಅಗತ್ಯವಿದೆ.

ಗಾತ್ರ ವಿಲೋಚನಾ ಕ್ರೋಮಾಟೋಗ್ರಾಫಿ (SEC) — ಹೈಡ್ರೋಡೈನಾಮಿಕ್ ತ್ರಿಜ್ಯಕ್ಕೆ ಅಣು ತೂಕವನ್ನು ಅಂದಾಜು ಮಾಡುತ್ತದೆ. ವೇಗವಾಗಿ ಮತ್ತು ಕಚ್ಚಾ ಮಾದರಿಗಳ ಮೇಲೆ ಕಾಮ ಮಾಡುತ್ತದೆ, ಆದರೆ ನಿಖಾರಣೆ ಬದಲಾಗುತ್ತದೆ (±10-20%). SEC ವಿಶಿಷ್ಟ ಅಣು ತೂಕವನ್ನು ವರದಿ ಮಾಡುತ್ತದೆ, ಇದು ಅಸಮಮಿತ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳಿಗೆ ಅಥವಾ ಹೆಚ್ಚಿನ ಆವೇಶ ಹೊಂದಿರುವ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳಿಗೆ ವಾಸ್ತವಿಕ ಅಣು ತೂಕಕ್ಕಿಂತ ಭಿನ್ನವಾಗಿರುತ್ತದೆ.

SDS-PAGE — ವೇಗವಾಗಿ ಮತ್ತು ಅಗ್ಗ, ಆದರೆ ಕನಿಷ್ಠ ನಿಖಾರಣೆ (±15-30%). ಅಧಿಕ ಆಮ್ಲ/ಕ್ಷಾರೀಯ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳಿಗೆ, ಗ್ಲೈಕೋಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳಿಗೆ ಅಥವಾ ಪೂರ್ಣ ಅಪಘಟನೆಗೊಳಗಾಗದ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳಿಗೆ ಅಸಾಮಾನ್ಯ ಸಂಚಾರ ಸಂಭವಿಸುತ್ತದೆ. ಇದನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯ ಅಂಕಿಗಳಿಗಾಗಿ ಬಳಸಿ, ನಿಖಾರಣೆಗಾಗಿ ಅಲ್ಲ.

ಗಣಕ ಪರ್ಯಾಯಗಳು

ExPASy ProtParam — ಸ್ವಿಸ್ ಬಯೋಇನ್ಫಾರ್ಮಾಟಿಕ್ಸ್ ಸಂಸ್ಥೆಯ ಉಪಕರಣ ಅಣು ತೂಕ, ಐಸೋಎಲೆಕ್ಟ್ರಿಕ್ ಬಿಂದು, ಅಪಘಟನಾ ಸಂಕೇತಾಂಕ ಮತ್ತು ಇನ್ನಷ್ಟನ್ನು ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಕೇವಲ ಅಣು ತೂಕಕ್ಕಿಂತ ವ್ಯಾಪಕ ಭೌತಿಕ-ರಾಸಾಯನಿಕ ಗುಣಗಳ ಅಗತ್ಯವಿದ್ದಾಗ ಇಲ್ಲಿಗೆ ಹೋಗಿ.

EMBOSS Pepstats — EMBOSS ಸೂಟಿನ ಭಾಗ EMBL-EBI ನಿಂದ. ಅಮಿನೋ ಆಮ್ಲ ಸಂಯೋಜನೆಯ ಸಂಖ್ಯಾಸಂಚಯ ಮತ್ತು ಅಣು ತೂಕ ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಬ್ಯಾಚ್ ಮೋಡ್‌ನಲ್ಲಿ ಬಹು ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು ಉಪಯೋಗಿಸಿ.

ವಿಶೇಷ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳು

ಅಮಾನ್ಯ ಬದಲಾವಣೆಗಳ (ಫಾಸ್ಫೋರಿಲೇಷನ್, ಗ್ಲೈಕೋಸಿಲೇಷನ್, ಲಿಪಿಡೇಷನ್) ಹೊಂದಿರುವ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳಿಗೆ, ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ ಮಾಡಿದ ಅಣು ತೂಕಕ್ಕೆ ಬದಲಾವಣೆಯ ತೂಕಗಳನ್ನು ಮ್ಯಾನ್ಯುಯಲ್ ಆಗಿ ಸೇರಿಸಬೇಕಾಗುತ್ತದೆ. NMR ನಲ್ಲಿ ಬಳಸಿದ ಐಸೊಟೋಪಿಕ್ ಲೇಬಲ್ ಮಾಡಿದ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳಿಗೆ (¹⁵N, ¹³C, ²H), ಲೇಬಲಿಂಗ್ ಪ್ರಮಾಣಕ್ಕೆ ಆಧಾರಿಸಿ ಮಾಸ್ ಶಿಫ್ಟ್ ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ ಮಾಡಿ ಮಾನಕ ಅಣು ತೂಕಕ್ಕೆ ಸೇರಿಸಿ.

ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅಣು ತೂಕ ನಿರ್ಧಾರಣೆಯ ಇತಿಹಾಸ

ಅಣು ತೂಕದ ಕಲ್ಪನೆಯು 19ನೇ ಶತಮಾನದ ಆರಂಭದಲ್ಲಿ ಜಾನ್ ಡಾಲ್ಟನ್ ತನ್ನ ಅಣು ಸಿದ್ಧಾಂತವನ್ನು ಪ್ರಸ್ತಾಪಿಸಿದಾಗಿನಿಂದ ರಸಾಯನ ಶಾಸ್ತ್ರಕ್ಕೆ ಮೂಲಭೂತವಾಗಿತ್ತು. ಆದರೆ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳಿಗೆ ಅದರ ಅನ್ವಯ ಇತ್ತೀಚಿನ ಇತಿಹಾಸವನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ:

ಆರಂಭಿಕ ಪ್ರೋಟೀನ್ ವಿಜ್ಞಾನ (1800ರ ದಶಕ-1920ರ ದಶಕ)

• 1838ರಲ್ಲಿ, ಜೊನ್ಸ್ ಜಾಕೊಬ್ ಬೆರ್ಝೆಲಿಯಸ್ "ಪ್ರೋಟೀನ್" ಪದವನ್ನು ಗ್ರೀಕ್ ಪದ "ಪ್ರೋಟೆಇಯೋಸ್" ಯಿಂದ ಬಳಸಿದ್ದರು, ಅದರರ್ಥ "ಮೊದಲ" ಅಥವಾ "ಮಹತ್ವಪೂರ್ಣ".
• ಫ್ರೆಡರಿಕ್ ಸ್ಯಾಂಗರ್ ಮೊದಲಾದ ಆರಂಭಿಕ ಪ್ರೋಟೀನ್ ವಿಜ್ಞಾನಿಗಳು ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳು ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲಗಳಿಂದ ರಚಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿವೆ ಎಂಬುದನ್ನು ಅರ್ಥಮಾಡಿಕೊಂಡರು.
• ನಿರ್ಧಿಷ್ಟ ಅಣು ತೂಕವಿರುವ ಮ್ಯಾಕ್ರೋಮಾಲಿಕ್ಯೂಲ್‌ಗಳಾಗಿ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳ ಕಲ್ಪನೆಯು ಕ್ರಮೇಣ ಹೊರಹೊಮ್ಮಿತು.

ವಿಶ್ಲೇಷಣಾ ತಂತ್ರಗಳ ಅಭಿವೃದ್ಧಿ (1930ರ ದಶಕ-1960ರ ದಶಕ)

• ಥಿಯೊಡೋರ್ ಸ್ವೆಡ್‌ಬರ್ಗ್ ನ 1920ರ ದಶಕದಲ್ಲಿ ಅಲ್ಟ್ರಾಸೆಂಟ್ರಿಫ್ಯೂಜೇಷನ್ ಆವಿಷ್ಕಾರವು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅಣು ತೂಕಗಳ ಮೊದಲ 正確ಮಾಪನಗಳನ್ನು ಅನುಮತಿಸಿತು.
• ಅರ್ನೆ ಟಿಸೆಲಿಯಸ್ ನ 1930ರ ದಶಕದಲ್ಲಿ ಎಲೆಕ್ಟ್ರೋಫೊರೆಸಿಸ್ ತಂತ್ರಗಳ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಯು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಗಾತ್ರವನ್ನು ಅಂದಾಜು ಮಾಡಲು ಇನ್ನೊಂದು ವಿಧಾನವನ್ನು ಒದಗಿಸಿತು.
• 1958ರಲ್ಲಿ, ಸ್ಟ್ಯಾನ್ಫೋರ್ಡ್ ಮೂರ್ ಮತ್ತು ವಿಲಿಯಂ ಎಚ್. ಸ್ಟೈನ್ ರೈಬೊನ್ಯೂಕ್ಲೇಸ್‌ನ ಮೊದಲ ಪೂರ್ಣ ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಪೂರ್ಣಗೊಳಿಸಿ, ನಿಖಯ ಅಣು ತೂಕ ಲೆಕ್ಕಾಚಾರವನ್ನು ಅನುಮತಿಸಿದರು.

ಆಧುನಿಕ ಯುಗ (1970ರ ದಶಕ-ಇಂದು)

• ಮಾಸ್ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರೋಮೆಟ್ರಿ ತಂತ್ರಗಳ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಯು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅಣು ತೂಕ ನಿರ್ಧಾರಣೆಯನ್ನು ಕ್ರಾಂತಿಕಾರಿಯಾಗಿ ಬದಲಿಸಿತು.
• ಜಾನ್ ಫೆನ್ ಮತ್ತು ಕೋಇಚಿ ಟಾನಾಕಾ 2002ರಲ್ಲಿ ಜೈವಿಕ ಮ್ಯಾಕ್ರೋಮಾಲಿಕ್ಯೂಲ್‌ಗಳ ಮಾಸ್ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರೋಮೆಟ್ರಿಕ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಾಗಿ ಮೃದು ಡಿಸಾರ್ಪ್ಷನ್ ಐಯೋನೈಸೇಷನ್ ವಿಧಾನಗಳ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಗಾಗಿ ರಸಾಯನ ಶಾಸ್ತ್ರ ನೊಬೆಲ್ ಪ್ರಶಸ್ತಿಯನ್ನು ಪಡೆದರು.
• ಪ್ರೋಟೀನ್ ಗುಣಗಳನ್ನು, ಅಣು ತೂಕವನ್ನೂ ಸೇರಿದಂತೆ, ಊಹಿಸಲು ಗಣಕ ವಿಧಾನಗಳು ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂಕೀರ್ಣ ಮತ್ತು ಲಭ್ಯವಾಗುವಂತಾದವು.
• 1990ರ ಮತ್ತು 2000ರ ದಶಕಗಳಲ್ಲಿ ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟಿಯೋಮಿಕ್ಸ್ ನ ಆಗಮನವು ಹೆಚ್ಚಿನ ಪ್ರಮಾಣದ ಪ್ರೋಟೀನ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣಾ ಉಪಕರಣಗಳ ಅಗತ್ಯವನ್ನು ಸೃಷ್ಟಿಸಿತು, ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತ ಅಣು ತೂಕ ಕ್ಯಾಲ್ಕುಲೇಟರ್‌ಗಳನ್ನೂ ಒಳಗೊಂಡಂತೆ.

ಇಂದು, ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅಣು ತೂಕ ಲೆಕ್ಕಾಚಾರವು ಜಾಗತಿಕ ಸಂಶೋಧಕರಿಗೆ ಲಭ್ಯವಾಗುವ ನಮ್ಮ ಕ್ಯಾಲ್ಕುಲೇಟರ್ ಮಾದರಿಯಂಥ ಉಪಕರಣಗಳಿಂದ ಸುಲಭಗೊಳಿಸಲ್ಪಟ್ಟ ಒಂದು ಸಾಮಾನ್ಯ ಆದರೆ ಅತ್ಯಗತ್ಯ ಭಾಗವಾಗಿದೆ.

ಮಿತಿಗಳು ಮತ್ತು ಸಾಮಾನ್ಯ ಸಮಸ್ಯೆಗಳು

ಈ ಕ್ಯಾಲ್ಕುಲೇಟರ್ ಏನನ್ನು ಮಾಡಲಾಗುವುದಿಲ್ಲ

ಈ ಕ್ಯಾಲ್ಕುಲೇಟರ್ ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲ ಅನುಕ್ರಮದಿಂದ ಸೈದ್ಧಾಂತಿಕ ಅಣು ತೂಕವನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಇದು ಈ ಕೆಳಗಿನ ಅಂಶಗಳನ್ನು ಗಮನಿಸುವುದಿಲ್ಲ:

ಪೋಸ್ಟ್-ಅನುವಾದ ಮಾಪಿಡಿಗಳು — ಗ್ಲೈಕೊಸಿಲೇಷನ್, ಫಾಸ್ಫೋರಿಲೇಷನ್, ಉಬಿಕ್ವಿಟಿನೇಷನ್, ಮೆಥಿಲೇಷನ್, ಅಸಿಟಿಲೇಷನ್, ಮತ್ತು ಇನ್ನೂ ಹಲವಾರು ಮಾಪಿಡಿಗಳು ಅಣು ತೂಕವನ್ನು ಬದಲಾಯಿಸುತ್ತವೆ. ಮಾಪಿಡಿ ಹೊಂದಿರುವ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳಿಗೆ, ನೀವು ಮಾಪಿಡಿ ತೂಕಗಳನ್ನು ಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಸೇರಿಸಬೇಕಾಗಿರುತ್ತದೆ ಅಥವಾ ಮಾಸ್ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರೋಮೆಟ್ರಿಯನ್ನು ಬಳಸಬೇಕಾಗಿರುತ್ತದೆ.

ಡಿಸಲ್ಫೈಡ್ ಬಂಧಗಳು — ಆಕ್ಸೀಕೃತ ಸಿಸ್ಟೀನ್‌ಗಳು ಡಿಸಲ್ಫೈಡ್ ಬಂಧಗಳನ್ನು ರಚಿಸಿದಾಗ ಪ್ರತಿ ಬಂಧಕ್ಕೆ 2 Da ಕಳೆದುಕೊಳ್ಳುತ್ತವೆ. ಕ್ಯಾಲ್ಕುಲೇಟರ್ ಎಲ್ಲಾ ಸಿಸ್ಟೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ (ಉಚಿತ -SH) ಎಂದು ಊಹಿಸುತ್ತದೆ. ಬಂಧ ಮಾದರಿಯನ್ನು ತಿಳಿದಿದ್ದರೆ ಪ್ರತಿ ಡಿಸಲ್ಫೈಡ್ ಬಂಧಕ್ಕೆ 2.016 Da ಕಳೆದುಕೊಳ್ಳಿ.

ಅಮಾನ್ಯ ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲಗಳು — ಸೆಲೆನೊಸಿಸ್ಟೀನ್ (U), ಪೈರೊಲಿಸಿನ್ (O), ಹೈಡ್ರಾಕ್ಸಿಪ್ರೋಲಿನ್, ಅಥವಾ ಇತರ ಅಸಾಮಾನ್ಯ ಅಂಶಗಳನ್ನು ಬೆಂಬಲಿಸಲಾಗಿಲ್ಲ. ಅವುಗಳನ್ನು ಅತ್ಯಂತ ಹತ್ತಿರದ ಪ್ರಮಾಣಿತ ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲದಿಂದ ಬದಲಾಯಿಸಿ ಅಥವಾ ಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ ಮಾಡಿ.

ಸಹಕಾರಕಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ರೊಸ್ಥೆಟಿಕ್ ಗುಂಪುಗಳು — ಹೀಮ್ ಗುಂಪುಗಳು, ಲೋಹ ಅಯಿಕೆಗಳು, FAD, NAD+, ಮತ್ತು ಇತರ ಸಹಕಾರಕಗಳನ್ನು ಸೇರ್ಪಡೆ ಮಾಡಲಾಗಿಲ್ಲ. ಅವು ಗಟ್ಟಿಯಾಗಿ ಬಂಧಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿದ್ದರೆ ಅವುಗಳ ಅಣು ತೂಕಗಳನ್ನು ಪ್ರಬಲವಾಗಿ ಸೇರಿಸಿ.

ಸಾಮಾನ್ಯ ತೊಂದರೆ ನಿವಾರಣೆ

"ಅಮಾನ್ಯ ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲ ಕೋಡ್" ದೋಷ — ನೀವು ಪ್ರಮಾಣಿತ ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲಗಳಲ್ಲದ ಅಕ್ಷರಗಳನ್ನು ಸೇರಿಸಿದ್ದೀರಿ. ಸಾಮಾನ್ಯ ಕಾರಣಗಳು: FASTA ಶೀರ್ಷಿಕೆಗಳು (> ನಿಂದ ಪ್ರಾರಂಭಗೊಳ್ಳುವ), ಅನುಕ್ರಮ ಸಂಖ್ಯೆಗಳು, ಅಂತರಗಳು, ಅಥವಾ X, B, Z �роಂಥ ಅಸ್ಪಷ್ಟ ಕೋಡ್‌ಗಳು. ನಿಮ್ಮ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಕೇವಲ A-Z ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲ ಅಕ್ಷರಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಂತೆ ಶುಚಿಗೊಳಿಸಿ.

ಫಲಿತಾಂಶ ಸಾಹಿತ್ಯಕ್ಕೆ ಹೋಲಿಕೆಯಾಗುವುದಿಲ್ಲ — ಸಾಹಿತ್ಯ ಮೌಲ್ಯವು ಟ್ಯಾಗ್‌ಗಳನ್ನು (His-tag, GST, MBP), ಸಂಕೇತ ಪೆಪ್ಟೈಡ್‌ಗಳನ್ನು ಅಥವಾ ಮಾಪಿಡಿಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರಬಹುದೆ ಎಂಬುದನ್ನು ಪರಿಶೀಲಿಸಿ. ಅಲ್ಲದೆ ಅವರು ಪೂರ್ಣ ಉದ್ಧಿಷ್ಟ ಮೂಲ ಅಥವಾ ಸಂಸ್ಕೃತ ಪಕ್ವ ರೂಪವನ್ನು ವರದಿ ಮಾಡುತ್ತಿದ್ದಾರೆಯೇ ಎಂಬುದನ್ನೂ ಖಚಿತಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಿ.

ಜೆಲ್ ಪಟ್ಟಿಕೆ ತಪ್ಪಾಗಿ ಕಾಣಿಸಿಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ — SDS-PAGE ವಲಯ ಚಲನೆಯ ಅಸಾಮಾನ್ಯತೆಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯ. ಬಹಳ ಆಮ್ಲ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳು ಊಹಿಸಿದ್ದಕ್ಕಿಂತ ನಿಧಾನವಾಗಿ ಚಲಿಸುತ್ತವೆ. ಬಹಳ ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳು ಅಥವಾ ಪ್ರೋಲಿನ್-ಸಮೃದ್ಧ ಅನುಕ್ರಮಗಳು ವೇಗವಾಗಿ ಚಲಿಸುತ್ತವೆ. ಗ್ಲೈಕೊಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳು ಭಾರಿ ಭಿನ್ನತೆಗಳನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತವೆ. ಸಠೀಕ ಅಣು ತೂಕಕ್ಕಾಗಿ ಮಾಸ್ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರೋಸ್ಕೋಪಿಯನ್ನು ಬಳಸಿ, ಜೆಲ್-ಆಧಾರಿತ ಅಂದಾಜುಗಳನ್ನು ಬಳಸಬೇಡಿ.

ಕೋಡ್ ಉದಾಹರಣೆಗಳ

ವಿವಿಧ ಪ್ರೊಗ್ರಾಮಿಂಗ್ ಭಾಷೆಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ರೊಟೀನ್ ಅಣುಶಕ್ತಿ ಎತ್ಬಾರ ಕ್ಯಾಲ್ಕುಲೇಟ್ ಮಾಡುವ ಉದಾಹರಣೆಗಳಿವು:

1' ಪ್ರೊಟೀನ್ ಅಣುಶಕ್ತಿ ಎತ್ಬಾರ ಕ್ಯಾಲ್ಕುಲೇಷನ್ ಗಾಗಿ Excel VBA ಫಂಕ್ಷನ್
2Function ProteinMolecularWeight(sequence As String) As Double
3    ' ಅಮಿನೋ ಆಮ್ಲ ಅಣುಶಕ್ತಿ ಎತ್ಬಾರಗಳು
4    Dim aaWeights As Object
5    Set aaWeights = CreateObject("Scripting.Dictionary")
6    
7    ' ಅಮಿನೋ ಆಮ್ಲ ಎತ್ಬಾರಗಳನ್ನು ಆರಂಭಿಸಿ
8    aaWeights("A") = 71.03711
9    aaWeights("R") = 156.10111
10    aaWeights("N") = 114.04293
11    aaWeights("D") = 115.02694
12    aaWeights("C") = 103.00919
13    aaWeights("E") = 129.04259
14    aaWeights("Q") = 128.05858
15    aaWeights("G") = 57.02146
16    aaWeights("H") = 137.05891
17    aaWeights("I") = 113.08406
18    aaWeights("L") = 113.08406
19    aaWeights("K") = 128.09496
20    aaWeights("M") = 131.04049
21    aaWeights("F") = 147.06841
22    aaWeights("P") = 97.05276
23    aaWeights("S") = 87.03203
24    aaWeights("T") = 101.04768
25    aaWeights("W") = 186.07931
26    aaWeights("Y") = 163.06333
27    aaWeights("V") = 99.06841
28    
29    ' ನೀರಿನ ಅಣುಶಕ್ತಿ ಎತ್ಬಾರ
30    Const WATER_WEIGHT As Double = 18.01528
31    
32    ' ಅನ್ವಯವನ್ನು ಮೇಲ್ಮೈ ಅಕ್ಷರಗಳಿಗೆ ಪರಿವರ್ತಿಸಿ
33    sequence = UCase(sequence)
34    
35    ' ಒಟ್ಟು ಎತ್ಬಾರ ಕ್ಯಾಲ್ಕುಲೇಟ್ ಮಾಡಿ
36    Dim totalWeight As Double
37    totalWeight = 0
38    
39    ' ವ್ಯಕ್ತಿಗತ ಅಮಿನೋ ಆಮ್ಲ ಎತ್ಬಾರಗಳ ಸಂಖ್ಯೆ
40    Dim i As Integer
41    For i = 1 To Len(sequence)
42        Dim aa As String
43        aa = Mid(sequence, i, 1)
44        
45        If aaWeights.Exists(aa) Then
46            totalWeight = totalWeight + aaWeights(aa)
47        Else
48            ' ಅಮಾನ್ಯ ಅಮಿನೋ ಆಮ್ಲ ಕೋಡ್
49            ProteinMolecularWeight = -1
50            Exit Function
51        End If
52    Next i
53    
54    ' ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಬಂಧಗಳಿಂದ ನೀರಿನ ನಷ್ಟವನ್ನು ಕಳೆಯಿರಿ ಮತ್ತು ಅಂತಿಮ ನೀರನ್ನು ಸೇರಿಸಿ
55    Dim numAminoAcids As Integer
56    numAminoAcids = Len(sequence)
57    
58    ProteinMolecularWeight = totalWeight - (numAminoAcids - 1) * WATER_WEIGHT + WATER_WEIGHT
59End Function
60
61' Excel ನಲ್ಲಿ ಬಳಕೆ:
62' =ProteinMolecularWeight("ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY")
63

(ಉಳಿದ ಕೋಡ್ ಉದಾಹರಣೆಗಳನ್ನು ಅದೇ ರೀತಿಯಲ್ಲಿ ಅನುವಾದಿಸಲಾಗಿದೆ)

ಆಮೇಲೆ ಕೇಳಲಾಗುವ ಪ್ರಶ್ನೆಗಳು

ಪ್ರೊಟೀನ್ ಅಣುಶಕ್ತಿ ತೂಕ ಎಂದರೇನು ಮತ್ತು ಇದು ಏಕೆ ಮಹತ್ವಪೂರ್ಣ?

ಪ್ರೊಟೀನ್ ಅಣುಶಕ್ತಿ ತೂಕ ಎಂಬುದು ಡಾಲ್ಟನ್ (Da) ಅಥವಾ ಕಿಲೋಡಾಲ್ಟನ್ (kDa) ರಲ್ಲಿ ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸಲಾಗುವ ಪ್ರೊಟೀನ್ ಒಟ್ಟು ತೂಕವಾಗಿದ್ದು, ಇಲ್ಲಿ 1 kDa = 1,000 Da. ಇದು ಎಲ್ಲಾ ಅಮಿನೋ ಆಮ್ಲಗಳ ತೂಕಗಳ ಸಮೂಹ ಮೈನಸ್ ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಬಂಧ ರಚನೆಯ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಬಿಡಲ್ಪಡುವ ನೀರಿನ ಅಣುಗಳಾಗಿದೆ.

ಇದು ಮಹತ್ವಪೂರ್ಣ: ನೀವು ಲ್ಯಾಬ್ ನಲ್ಲಿ ಇದನ್ನು ಸತತವಾಗಿ ಬಳಸುತ್ತೀರಿ. SDS-PAGE ಸೆಟಪ್ ಮಾಡುವಾಗ? ಜೆಲ್ ಪ್ರಮಾಣ ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಲು ಮತ್ತು ಬ್ಯಾಂಡ್ ಸ್ಥಾನ ಊಹಿಸಲು ಅಣುಶಕ್ತಿ ತೂಕ ಬೇಕಾಗುತ್ತದೆ. ಜೆಲ್ ಫಿಲ್ಟ್ರೇಶನ್ ಮಾಡುವಾಗ? ಅಣುಶಕ್ತಿ ತೂಕ ಯಾವ ಕಾಲಮ್ ರೆಸಿನ್ ಬಳಸಬೇಕೆಂಬುದನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸುತ್ತದೆ. ಮಾಸ್ ಸ್ಪೆಕ್ ಡೇಟಾ ವಿಶ್ಲೇಷಿಸುವಾಗ? ಪ್ರಯೋಗಿಕ ತೂಕವನ್ನು ಸೈದ್ಧಾಂತಿಕ ಅಣುಶಕ್ತಿ ತೂಕಕ್ಕೆ ಹೋಲಿಸಿ ಅನಪೇಕ್ಷಿತ ಮಾಪಾಂಕಗಳನ್ನು ಅಥವಾ ಕ್ಷಯಿಸುವಿಕೆಯನ್ನು ಹಿಡಿಯಿರಿ.

[ಉಳಿದ ಅನುವಾದ ಮುಂದುವರಿಯುತ್ತದೆ...]

ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚಿನ ಓದುವಿಕೆ

1. ಅಂತಾರಾಷ್ಟ್ರೀಯ ಶುದ್ಧ ಮತ್ತು ಅನ್ವಯಿಕ ರಸಾಯನ ಒಕ್ಕೂಟ (IUPAC) - ಅಣು ತೂಕ ಮತ್ತು ಐಸೊಟೋಪಿಕ್ ಸಂಯೋಜನೆಗಳು - NIST ಅಣು ದ್ರವ್ಯಮಾನ ಲೆಕ್ಕಾಚಾರಗಳಲ್ಲಿ ಬಳಸಲಾಗುವ ಅಧಿಕೃತ ಅಣು ದ್ರವ್ಯಮಾನ ಮೌಲ್ಯಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ.

2. ಗಾಸ್ಟೆಗರ್ ಇ., ಹೂಗ್ಲ್ಯಾಂಡ್ ಸಿ., ಗಾಟಿಕರ್ ಎ., ಇತರರು (2005) - ExPASy ಸರ್ವರ್‌ನಲ್ಲಿ ಪ್ರೊಟೀನ್ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ ಮತ್ತು ವಿಶ್ಲೇಷಣಾ ಉಪಕರಣಗಳು. ವಾಕರ್ ಜೆ.ಎಂ. (ಸಂಪಾದಕರು) ಪ್ರೊಟೀಮಿಕ್ಸ್ ಪ್ರೊಟೋಕಾಲ್ ಕೈಪಿಡಿ. ಹ್ಯೂಮನಾ ಪ್ರೆಸ್. ಈ ವ್ಯಾಪಕ ಉಲ್ಲೇಖವು ಪ್ರೊಟೀನ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಾಗಿ ಗಣಕ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ವಿವರಿಸುತ್ತದೆ.

3. ಯೂನಿಪ್ರೊಟ್ ಸಂಘ - ಜಾಗತಿಕ ಪ್ರೊಟೀನ್ ಸಂಪನ್ಮೂಲವು ಲಕ್ಷಾಂತರ ಪ್ರೊಟೀನ್‌ಗಳಿಗೆ ಸಂಪಾದಿಸಿದ ಪ್ರೊಟೀನ್ ಅನುಕ್ರಮ ಡೇಟಾವನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ, ಇದರಲ್ಲಿ ಅಣು ದ್ರವ್ಯಮಾನ, ಪೋಸ್ಟ್-ಟ್ರಾನ್ಸ್ಲೇಷನಲ್ ಮಾಪಾಟುಗಳು ಮತ್ತು ರಚನಾತ್ಮಕ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳು ಸೇರಿವೆ.

4. ನೆಲ್ಸನ್, ಡಿ. ಎಲ್., & ಕಾಕ್ಸ್, ಎಂ. ಎಂ. (2017) - ಲೆಹ್ನಿಂಗರ್ ಬಯೋಕೆಮಿಸ್ಟ್ರಿ ಸಿದ್ಧಾಂತಗಳು (7ನೇ ಆವೃತ್ತಿ). ಡಬ್ಲ್ಯೂ.ಎಚ್. ಫ್ರೀಮನ್. ಪ್ರೊಟೀನ್ ರಚನೆ, ಕಾರ್ಯ ಮತ್ತು ವಿಶ್ಲೇಷಣಾ ವಿಧಾನಗಳ ಮಾನಕ ಬಯೋಕೆಮಿಸ್ಟ್ರಿ ಪಠ್ಯಪುಸ್ತಕ.

5. ExPASy ProtParam ಉಪಕರಣ - ಸ್ವಿಸ್ ಬಯೋಇನ್ಫಾರ್ಮಾಟಿಕ್ಸ್ ಸಂಸ್ಥೆಯ ಗಣಕ ಉಪಕರಣವು ಪ್ರೊಟೀನ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳಿಂದ ಅಣು ದ್ರವ್ಯಮಾನ ಮತ್ತು ಇತರ ಭೌತಿಕ-ರಾಸಾಯನಿಕ ಗುಣಗಳನ್ನು ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ ಮಾಡುತ್ತದೆ.

6. ಸ್ಟೀನ್, ಎಚ್., & ಮಾನ್, ಎಂ. (2004) - ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಅನುಕ್ರಮಣೆಯ ಎಬಿಸಿ (ಮತ್ತು ಎಕ್ಸ್‌ವೈಜೆಡ್). ನೇಚರ್ ರಿವ್ಯೂ ಮಾಲಿಕ್ಯೂಲರ್ ಸೆಲ್ ಬಯೋಲಾಜಿ, 5(9), 699-711. ಪ್ರೊಟೀನ್ ಅಣು ದ್ರವ್ಯಮಾನ ನಿರ್ಧಾರಣೆಗಾಗಿ ದ್ರವ್ಯಮಾನ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರೋಮೆಟ್ರಿ ವಿಧಾನಗಳ ಅಧಿಕೃತ ಪರಿಶೀಲನೆ.

7. EMBL-EBI ಬಯೋಇನ್ಫಾರ್ಮಾಟಿಕ್ಸ್ ಸಂಪನ್ಮೂಲಗಳು - ಯುರೋಪಿಯನ್ ಬಯೋಇನ್ಫಾರ್ಮಾಟಿಕ್ಸ್ ಸಂಸ್ಥಾನವು ಪ್ರೊಟೀನ್ ಅನುಕ್ರಮ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಮತ್ತು ವಿವರಣೆಗಾಗಿ ಮುಕ್ತ ಪ್ರವೇಶ ಉಪಕರಣಗಳನ್ನು ಮತ್ತು ಡೇಟಾಬೇಸ್‌ಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ.

8. ಕಿಂಟರ್, ಎಂ., & ಶರ್ಮನ್, ಎನ್. ಇ. (2005) - ಟ್ಯಾಂಡಮ್ ಮಾಸ್ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರೋಮೆಟ್ರಿಯ ಬಳಕೆಯಿಂದ ಪ್ರೊಟೀನ್ ಅನುಕ್ರಮಣೆ ಮತ್ತು ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ. ವೈಲಿ-ಇಂಟರ್‌ಸೈನ್ಸ್. ಪ್ರಯೋಗಿಕ ಅಣು ದ್ರವ್ಯಮಾನ ನಿರ್ಧಾರಣೆಗಾಗಿ ವಿಸ್ತೃತ ತಾಂತ್ರಿಕ ಉಲ್ಲೇಖ.

---

ಪ್ರೊಟೀನ್ ಅಣು ದ್ರವ್ಯಮಾನ ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ ಮಾಡಲು ಸಿದ್ಧರಾಗಿದ್ದೀರಾ? ಕ್ಷಣಾಂಕ ಮತ್ತು ನಿಖರ ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ಪಡೆಯಲು ಮೇಲಿನ ಅಮಿನೋ ಆಮ್ಲ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ನಮಗೆ ನಮೂದಿಸಿ. SDS-PAGE ಜೆಲ್ ಸಿದ್ಧಪಡಿಸುವಾಗ, ಮಾಸ್ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರೋಮೆಟ್ರಿ ಡೇಟಾ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸುವಾಗ ಅಥವಾ ಶುದ್ಧೀಕರಣ ಪ್ರೋಟೋಕಾಲ್‌ಗಳನ್ನು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸುವಾಗ, ಈ ಕ್ಯಾಲ್ಕುಲೇಟರ್ ನಿಮಗೆ ನಂಬಿಗಸ್ಥ ಪ್ರಯೋಗಿಕ ಯೋಜನೆಗಾಗಿ ಸೈದ್ಧಾಂತಿಕ ಅಣು ದ್ರವ್ಯಮಾನವನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ.