DNA Kontsentratsiooni Kalkulaator

Sissejuhatus

DNA kontsentratsiooni kalkulaator on hädavajalik tööriist molekulaarbioloogidele, geneetikutele ja laboritehnikutele, kes peavad täpselt määrama DNA kontsentratsiooni oma proovides. DNA kontsentratsiooni mõõtmine on põhiline protseduur molekulaarbioloogia laborites, olles kriitiline kvaliteedikontrolli samm enne edasiste rakenduste, nagu PCR, sekveneerimine, kloonimine ja muud molekulaarsed tehnikad. See kalkulaator kasutab spektrofotomeetrilisi põhimõtteid DNA kontsentratsiooni arvutamiseks UV neeldumise põhjal 260nm (A260) juures, rakendades standardset teisendustegurit ja arvestades algse proovi lahjendust.

Meie kasutajasõbralik kalkulaator lihtsustab DNA kontsentratsiooni (ng/μL) ja kogu DNA koguse määramise protsessi teie proovis, elimineerides vajaduse käsitsi arvutuste järele ja vähendades matemaatika vigu. Olgu tegemist proovide ettevalmistamisega järgnevate põlvkondade sekveneerimiseks, plasmidide kvantifitseerimisega või genoomse DNA ekstraheerimise saagikuse hindamisega, see tööriist pakub kiireid ja usaldusväärseid tulemusi, et toetada teie teadus- ja diagnostikaprotsesse.

Kuidas DNA Kontsentratsioon Arvutatakse

Põhiprintsiip

DNA kontsentratsiooni arvutamine põhineb Beer-Lamberti seadusel, mis ütleb, et lahuse neeldumine on otseselt proovi neelava aine kontsentratsiooniga lahuses ja valguse läbimõõduga lahuse kaudu. Kahe ahelaga DNA puhul vastab neeldumine 1,0 260nm juures (A260) 1cm teepikkuse kuvetis kontsentratsioonile umbes 50 ng/μL.

Valem

DNA kontsentratsioon arvutatakse järgmise valemi abil:

$\text{DNA Kontsentratsioon (ng/μL)} = A_{260} \times 50 \times \text{Lahjendustegur}$

Kus:

• A260 on neeldumise mõõtmine 260nm juures
• 50 on standardne teisendustegur kahe ahelaga DNA jaoks (50 ng/μL A260 = 1.0 puhul)
• Lahjendustegur on tegur, millega algne proov lahjendati mõõtmiseks

Kogu DNA kogust proovis saab seejärel arvutada järgmiselt:

$\text{Kogu DNA (μg)} = \frac{\text{Kontsentratsioon (ng/μL)} \times \text{Kogus (μL)}}{1000}$

Muutujate Mõistmine

1. Neeldumine 260nm juures (A260):

   • See on mõõtmine, kui palju UV-valgust 260nm lainepikkusel DNA proov neelab
   • DNA nukleotiidid (eriti lämmastikalused) neelavad UV-valgust, mille tippneeldumine on 260nm
   • Mida kõrgem on neeldumine, seda rohkem DNA-d on lahuses

2. Teisendustegur (50):

   • Standardne teisendustegur 50 ng/μL on spetsiifiline kahe ahelaga DNA jaoks
   • Üksik ahelaga DNA puhul on tegur 33 ng/μL
   • RNA puhul on tegur 40 ng/μL
   • Oligonukleotiidide puhul varieerub tegur sõltuvalt järjestusest

3. Lahjendustegur:

   • Kui proovi lahjendati enne mõõtmist (nt 1 osa proovi 9 osa puhverlahusega = lahjendustegur 10)
   • Arvutatakse järgmiselt: (Proovi Maht + Lahusti Maht) ÷ Proovi Maht
   • Kasutatakse algse, lahjendamata proovi kontsentratsiooni määramiseks

4. Kogus:

   • Teie DNA lahuse kogumaht mikrolitrites (μL)
   • Kasutatakse kogu DNA koguse arvutamiseks proovis

Kuidas Seda Kalkulaatorit Kasutada

Järgige neid samme, et täpselt määrata oma DNA kontsentratsioon:

1. Valmistage Oma Proov:

   • Veenduge, et teie DNA proov oleks korralikult lahustatud ja segatud
   • Kui oodatav kontsentratsioon on kõrge, valmistage lahjendus, et tagada lugemine, mis jääb lineaarse vahemiku sisse (tavaliselt A260 vahemikus 0.1 kuni 1.0)

2. Mõõtke Neeldumine:

   • Kasutage spektrofotomeetrit või nanodrop seadet, et mõõta neeldumist 260nm juures
   • Mõõtke ka neeldumist 280nm juures, et hinnata puhtust (A260/A280 suhe)
   • Kasutage sama puhvrit, millega teie DNA lahjendati, kui tühja viidena

3. Sisestage Väärtused Kalkulaatorisse:

   • Sisestage mõõdetud A260 väärtus "Neeldumine 260nm juures" väljale
   • Sisestage teie DNA lahuse kogumaht mikrolitrites
   • Sisestage lahjendustegur (kasutage 1, kui lahjendust ei tehtud)

4. Tõlgendage Tulemusi:

   • Kalkulaator kuvab DNA kontsentratsiooni ng/μL
   • Kogu DNA kogus proovis kuvatakse μg-des
   • Kasutage neid väärtusi, et määrata vajalik maht edasiste rakenduste jaoks

5. Hinnake DNA Puhtust (kui A280 mõõdeti):

   • A260/A280 suhe ~1.8 näitab puhast DNA-d
   • Madalamad suhted võivad viidata valgu saastumisele
   • Kõrgemad suhted võivad viidata RNA saastumisele

Kasutusalad

DNA kontsentratsiooni mõõtmine on hädavajalik paljude molekulaarbioloogia ja biotehnoloogia rakenduste jaoks:

Molekulaarne Kloonimine

Enne DNA fragmentide ligaseerimist vektoritesse võimaldab täpne kontsentratsiooni määramine teadlastel arvutada optimaalse sisendi ja vektori suhte, maksimeerides transformatsiooni efektiivsust. Näiteks 3:1 moolaratsioon sisendi ja vektori vahel annab sageli parimaid tulemusi, mis nõuab täpseid kontsentratsioonimõõtmisi mõlema komponendi jaoks.

PCR ja qPCR

PCR reaktsioonid nõuavad tavaliselt 1-10 ng DNA-d optimaalse amplifikatsiooni saavutamiseks. Liialt vähe DNA-d võib põhjustada amplifikatsiooni ebaõnnestumise, samas kui liiga palju võib reaktsiooni pärssida. Kvantitatiivse PCR (qPCR) korral on isegi täpsem DNA kvantifitseerimine vajalik, et tagada täpsed standardkõverad ja usaldusväärne kvantifitseerimine.

Järgnevate Põlvkondade Sekveneerimine (NGS)

NGS raamatukogu ettevalmistamise protokollid määravad täpsed DNA sisendikogused, sageli vahemikus 1-500 ng sõltuvalt platvormist ja rakendusest. Täpne kontsentratsiooni mõõtmine on hädavajalik eduka raamatukogu ettevalmistamiseks ja proovide tasakaalustatud esindamiseks mitme sekveneerimise käigus.

Transfektsioonikatsed

Eukariootiliste rakkude DNA sisseviimisel varieerub optimaalne DNA kogus rakkude tüübi ja transfektsioonimeetodi järgi. Tüüpiliselt kasutatakse 0.5-5 μg plasmid DNA-d kuue hästi plaadi formaadis, mis nõuab täpseid kontsentratsioonimõõtmisi katsete standardiseerimiseks.

Kriminaalbioloogia DNA Analüüs

Kriminaalrakendustes on DNA proovid sageli piiratud ja väärtuslikud. Täpne kvantifitseerimine võimaldab kriminaalbioloogidel määrata, kas piisavalt DNA-d on olemas profiilimiseks ja standardiseerida DNA kogust edasistes analüüsides.

Restriktsioonensüümide Seedimine

Restriktsioonensüümide aktiivsus on määratletud DNA μg kohta. Täpse DNA kontsentratsiooni teadmine võimaldab õigete ensüümi ja DNA suhete määramist, tagades täieliku seedimise ilma staaraktiivsuse (mittespetsiifilise lõikamise) tekketa.

Alternatiivid Spektrofotomeetrilisele Mõõtmisele

Kuigi UV spektrofotomeetria on kõige levinum meetod DNA kvantifitseerimiseks, eksisteerib mitmeid alternatiive:

1. Fluoromeetrilised Meetodid:

   • Fluorestsentsvärvid nagu PicoGreen, Qubit ja SYBR Green seonduvad spetsiifiliselt kahe ahelaga DNA-ga
   • Tundlikumad kui spektrofotomeetria (suudavad tuvastada isegi 25 pg/mL)
   • Vähem mõjutatud saasteainetest nagu valgud, RNA või vabad nukleotiidid
   • Nõuab fluoromeetrit ja spetsiifilisi reaktiive

2. Agaroosgeel Elektrooforees:

   • DNA-d saab kvantifitseerida, võrreldes riba intensiivsust tuntud kontsentratsioonistandarditega
   • Pakub samaaegselt teavet DNA suuruse ja terviklikkuse kohta
   • Vähem täpne kui spektrofotomeetrilised või fluoromeetrilised meetodid
   • Aega nõudev, kuid kasulik visuaalse kinnituse saamiseks

3. Reaalajas PCR:

   • Ülimalt tundlik meetod spetsiifiliste DNA järjestuste kvantifitseerimiseks
   • Suudab tuvastada äärmiselt madalaid kontsentratsioone (kuni mõne koopia)
   • Nõuab spetsiifilisi primereid ja keerukamat varustust
   • Kasutatakse, kui on vajalik järjestuse spetsiifiline kvantifitseerimine

4. Digitaalne PCR:

   • Absoluutne kvantifitseerimine ilma standardkõverateta
   • Ülimalt täpne madala küllastuse sihtide jaoks
   • Kulukas ja nõuab spetsialiseeritud varustust
   • Kasutatakse haruldaste mutatsioonide tuvastamiseks ja koopiate arvu varieerumise analüüsiks

DNA Kontsentratsiooni Mõõtmise Ajalugu

Võime täpselt mõõta DNA kontsentratsiooni on oluliselt arenenud koos molekulaarbioloogia edusammudega:

Varased Meetodid (1950ndad-1960ndad)

Pärast Watsoni ja Cricki avastust DNA struktuurist 1953. aastal hakkasid teadlased arendama meetodeid DNA eraldamiseks ja kvantifitseerimiseks. Varased lähenemisviisid tuginesid kolorimeetrilistele katsetele, nagu diphenylamine reaktsioon, mis tekitas DNA deoksüriboosi suhkrute reaktsioonil sinise värvi. Need meetodid olid suhteliselt tundmatud ja kalduvad segadusele.

Spektrofotomeetria Aeg (1970ndad)

UV spektrofotomeetria rakendamine nukleiinhapete kvantifitseerimisel sai laialdaselt levinud 1970ndatel. Teadlased avastasid, et DNA neelab UV-valgust maksimaalselt 260nm juures ja et seos neeldumise ja kontsentratsiooni vahel on teatud vahemikus lineaarne. Teisendustegur 50 ng/μL kahe ahelaga DNA jaoks A260 = 1.0 korral kehtestati sellel perioodil.

Fluoromeetriline Revolutsioon (1980ndad-1990ndad)

DNA-spetsiifiliste fluorokromaatide arendamine 1980ndatel ja 1990ndatel revolutsioneeris DNA kvantifitseerimist, eriti lahjendatud proovide puhul. Hoechst värvid ja hiljem PicoGreen võimaldasid palju tundlikumat tuvastamist kui spektrofotomeetria. Need meetodid muutusid eriti oluliseks PCR-i tulekuga, mis nõudis sageli täpset kvantifitseerimist väikestes DNA kogustes.

Kaasaegne Aeg (2000ndad-Käesolev)

Mikromahu spektrofotomeetrite, nagu NanoDrop, tutvustamine 2000. aastate alguses muutis rutiinset DNA kvantifitseerimist, nõudes vaid 0.5-2 μL proovi. See tehnoloogia kaotas vajaduse lahjenduste ja kuvetide järele, muutes protsessi kiiremaks ja mugavamaks.

Tänapäeval on edasijõudnud tehnikad, nagu digitaalne PCR ja järgnevate põlvkondade sekveneerimine, viinud DNA kvantifitseerimise piire veelgi kaugemale, võimaldades absoluutset kvantifitseerimist spetsiifiliste järjestuste ja üksikmolekulide tuvastamiseks. Siiski jääb põhiline spektrofotomeetriline põhimõte, mis kehtestati aastakümneid tagasi, rutiinse DNA kontsentratsiooni mõõtmise aluseks laborites üle kogu maailma.

Praktilised Näited

Vaatame mõningaid praktilisi näiteid DNA kontsentratsiooni arvutamisest:

Näide 1: Standardne Plasmidi Ettevalmistus

Teadlasel on puhastatud plasmid ja saadud järgmised mõõtmised:

• A260 lugemine: 0.75
• Lahjendus: 1:10 (lahjendustegur = 10)
• DNA lahuse kogus: 50 μL

Arvutus:

• Kontsentratsioon = 0.75 × 50 × 10 = 375 ng/μL
• Kogu DNA = (375 × 50) ÷ 1000 = 18.75 μg

Näide 2: Genoomse DNA Ekstraheerimine

Pärast genoomse DNA ekstraheerimist verest:

• A260 lugemine: 0.15
• Ilma lahjenduseta (lahjendustegur = 1)
• DNA lahuse kogus: 200 μL

Arvutus:

• Kontsentratsioon = 0.15 × 50 × 1 = 7.5 ng/μL
• Kogu DNA = (7.5 × 200) ÷ 1000 = 1.5 μg

Näide 3: DNA Ettevalmistamine Sekveneerimiseks

Sekveneerimise protokoll nõuab täpselt 500 ng DNA-d:

• DNA kontsentratsioon: 125 ng/μL
• Nõutav kogus: 500 ng

Vajalik maht = 500 ÷ 125 = 4 μL DNA lahust

Koodinäited

Siin on näited, kuidas arvutada DNA kontsentratsiooni erinevates programmeerimiskeeltes:

1' Exceli valem DNA kontsentratsiooni jaoks
2=A260*50*Lahjendustegur
3
4' Exceli valem kogu DNA koguse jaoks μg-des
5=(A260*50*Lahjendustegur*Maht)/1000
6
7' Näide lahtris, kus A260=0.5, Lahjendustegur=2, Maht=100
8=0.5*50*2*100/1000
9' Tulemus: 5 μg
10

1def calculate_dna_concentration(absorbance, dilution_factor=1):
2    """
3    Arvuta DNA kontsentratsioon ng/μL
4    
5    Parameetrid:
6    absorbance (float): Neeldumise lugemine 260nm juures
7    dilution_factor (float): Proovi lahjendustegur
8    
9    Tagastab:
10    float: DNA kontsentratsioon ng/μL
11    """
12    return absorbance * 50 * dilution_factor
13
14def calculate_total_dna(concentration, volume_ul):
15    """
16    Arvuta kogu DNA kogus μg-des
17    
18    Parameetrid:
19    concentration (float): DNA kontsentratsioon ng/μL
20    volume_ul (float): DNA lahuse maht μL-des
21    
22    Tagastab:
23    float: Kogu DNA kogus μg-des
24    """
25    return (concentration * volume_ul) / 1000
26
27# Näide kasutamisest
28absorbance = 0.8
29dilution_factor = 5
30volume = 75
31
32concentration = calculate_dna_concentration(absorbance, dilution_factor)
33total_dna = calculate_total_dna(concentration, volume)
34
35print(f"DNA Kontsentratsioon: {concentration:.2f} ng/μL")
36print(f"Kogu DNA: {total_dna:.2f} μg")
37

1function calculateDNAConcentration(absorbance, dilutionFactor = 1) {
2  // Tagastab DNA kontsentratsiooni ng/μL
3  return absorbance * 50 * dilutionFactor;
4}
5
6function calculateTotalDNA(concentration, volumeUL) {
7  // Tagastab kogu DNA koguse μg-des
8  return (concentration * volumeUL) / 1000;
9}
10
11// Näide kasutamisest
12const absorbance = 0.65;
13const dilutionFactor = 2;
14const volume = 100;
15
16const concentration = calculateDNAConcentration(absorbance, dilutionFactor);
17const totalDNA = calculateTotalDNA(concentration, volume);
18
19console.log(`DNA Kontsentratsioon: ${concentration.toFixed(2)} ng/μL`);
20console.log(`Kogu DNA: ${totalDNA.toFixed(2)} μg`);
21

1public class DNACalculator {
2    /**
3     * Arvuta DNA kontsentratsioon ng/μL
4     * 
5     * @param absorbance Neeldumise lugemine 260nm juures
6     * @param dilutionFactor Proovi lahjendustegur
7     * @return DNA kontsentratsioon ng/μL
8     */
9    public static double calculateDNAConcentration(double absorbance, double dilutionFactor) {
10        return absorbance * 50 * dilutionFactor;
11    }
12    
13    /**
14     * Arvuta kogu DNA kogus μg-des
15     * 
16     * @param concentration DNA kontsentratsioon ng/μL
17     * @param volumeUL DNA lahuse maht μL-des
18     * @return Kogu DNA kogus μg-des
19     */
20    public static double calculateTotalDNA(double concentration, double volumeUL) {
21        return (concentration * volumeUL) / 1000;
22    }
23    
24    public static void main(String[] args) {
25        double absorbance = 0.42;
26        double dilutionFactor = 3;
27        double volume = 150;
28        
29        double concentration = calculateDNAConcentration(absorbance, dilutionFactor);
30        double totalDNA = calculateTotalDNA(concentration, volume);
31        
32        System.out.printf("DNA Kontsentratsioon: %.2f ng/μL%n", concentration);
33        System.out.printf("Kogu DNA: %.2f μg%n", totalDNA);
34    }
35}
36

1# R funktsioon DNA kontsentratsiooni arvutamiseks
2
3calculate_dna_concentration <- function(absorbance, dilution_factor = 1) {
4  # Tagastab DNA kontsentratsiooni ng/μL
5  return(absorbance * 50 * dilution_factor)
6}
7
8calculate_total_dna <- function(concentration, volume_ul) {
9  # Tagastab kogu DNA koguse μg-des
10  return((concentration * volume_ul) / 1000)
11}
12
13# Näide kasutamisest
14absorbance <- 0.35
15dilution_factor <- 4
16volume <- 200
17
18concentration <- calculate_dna_concentration(absorbance, dilution_factor)
19total_dna <- calculate_total_dna(concentration, volume)
20
21cat(sprintf("DNA Kontsentratsioon: %.2f ng/μL\n", concentration))
22cat(sprintf("Kogu DNA: %.2f μg\n", total_dna))
23

Korduma Kippuvad Küsimused

Mis vahe on DNA kontsentratsiooni ja DNA puhtuse vahel?

DNA kontsentratsioon viitab DNA kogusele lahuses, mida tavaliselt mõõdetakse ng/μL või μg/mL. See ütleb, kui palju DNA-d teil on, kuid ei näita selle kvaliteeti. DNA puhtus hindab saasteainete olemasolu teie DNA proovis, mida tavaliselt mõõdetakse neeldumise suhetega, nagu A260/A280 (valgu saasteaine) ja A260/A230 (orgaaniliste ühendite saasteaine). Puhas DNA-l on tavaliselt A260/A280 suhe ~1.8 ja A260/A230 suhe 2.0-2.2.

Miks on DNA, RNA ja valkude teisendustegurid erinevad?

Teisendustegurid erinevad, kuna igal biomolekulil on ainulaadne ekstinktsioonikordaja (võime neelata valgust) nende erineva keemilise koostise tõttu. Kahe ahelaga DNA-l on teisendustegur 50 ng/μL A260=1.0 korral, samas kui üksik ahelaga DNA puhul on see 33 ng/μL, RNA puhul 40 ng/μL ja valkude (mõõdetud 280nm juures) puhul varieerub, kuid keskmiselt on see umbes 1 mg/mL A280=1.0 korral. Need erinevused tulenevad nukleotiidide või aminohapete erinevast koostisest ja nende vastavatest neeldumisomadustest.

Kui täpne on spektrofotomeetriline DNA kvantifitseerimine?

Spektrofotomeetriline DNA kvantifitseerimine on tavaliselt täpne lineaarse vahemiku (tavaliselt A260 vahemikus 0.1 kuni 1.0) sees, täpsusega umbes ±3-5%. Siiski väheneb täpsus väga madalate kontsentratsioonide (alla 5 ng/μL) korral ja seda võivad mõjutada saasteained, nagu valgud, RNA, vabad nukleotiidid või teatud puhverlahused. Väga täpsete mõõtmiste jaoks lahjendatud proovide puhul või kui on vajalik kõrge puhtus, soovitatakse fluoromeetrilisi meetodeid, nagu Qubit või PicoGreen, kuna need on spetsiifilisemad kahe ahelaga DNA jaoks.

Kuidas tõlgendada A260/A280 suhet?

A260/A280 suhe näitab teie DNA proovi puhtust seoses valgu saasteainega:

• Suhe ~1.8 on tavaliselt aktsepteeritud kui "puhas" DNA
• Suhted alla 1.8 viitavad valgu saasteainele
• Suhted üle 2.0 võivad viidata RNA saasteainele
• Lahuse pH ja iooniline tugevus võivad samuti seda suhet mõjutada

Kuigi see on kasulik kvaliteedikontrollina, ei garanteeri A260/A280 suhe funktsionaalset DNA-d, kuna muud saasteained või DNA lagunemine ei pruugi seda suhet mõjutada.

Kas ma saan mõõta DNA kontsentratsiooni värvilistes lahustes?

DNA kontsentratsiooni mõõtmine värvilistes lahustes spektrofotomeetria abil võib olla keeruline, kuna värv võib neelata 260nm juures või selle lähedal, segades DNA mõõtmist. Sellistel juhtudel:

1. Tehke lainepikkuse skaneerimine (220-320nm), et kontrollida ebanormaalsete neeldumismustrite olemasolu
2. Kasutage fluoromeetrilist meetodit nagu Qubit, mis on vähem mõjutatud proovi värvist
3. Täiendavalt puhastage DNA, et eemaldada värvilised ühendid
4. Rakendage matemaatilisi parandusi, kui segava ühendi neeldumisspektrit on teada

Mis on minimaalne maht DNA kontsentratsiooni mõõtmiseks?

Minimaalne maht sõltub kasutatavast seadmest:

• Traditsioonilised spektrofotomeetrid, mis kasutavad kuvetti, nõuavad tavaliselt 50-100 μL
• Mikro-mahu spektrofotomeetrid, nagu NanoDrop, vajavad vaid 0.5-2 μL
• Fluoromeetrilised meetodid nõuavad tavaliselt 1-20 μL proovi pluss reaktiivi maht
• Mikroplaadi lugejad kasutavad tavaliselt 100-200 μL iga hästi kohta

Mikro-mahu spektrofotomeetrid on revolutsiooniliselt muutnud DNA kvantifitseerimist, võimaldades mõõtmisi väärtuslike proovide minimaalsete mahutustega.

Kuidas arvutada lahjendustegurit?

Lahjendustegur arvutatakse järgmiselt:

$\text{Lahjendustegur} = \frac{\text{Kogumaht (Proov + Lahusti)}}{\text{Proovi Maht}}$

Näiteks:

• Kui lisate 1 μL DNA-d 99 μL puhverlahusele, on lahjendustegur 100
• Kui lisate 5 μL DNA-d 45 μL puhverlahusele, on lahjendustegur 10
• Kui kasutate lahjendamata DNA-d, on lahjendustegur 1

Kasutage alati lahjendamiseks sama puhverdust, millega spektrofotomeetrit tühjendati.

Kuidas konverteerida erinevate kontsentratsiooniühikute vahel?

Tavalised DNA kontsentratsiooni ühiku konversioonid:

• 1 ng/μL = 1 μg/mL
• 1 μg/mL = 0.001 mg/mL
• 1 ng/μL = 1000 pg/μL
• 1 μM 1000 bp DNA fragmendi puhul ≈ 660 ng/μL

Muutmiseks massikontsentatsioonist (ng/μL) moolar kontsentratsiooniks (nM) DNA fragmendi jaoks:

$\text{Kontsentratsioon (nM)} = \frac{\text{Kontsentratsioon (ng/μL)} \times 10^6}{\text{DNA pikkus (bp)} \times 660}$

Mis võib põhjustada ebatäpset DNA kontsentratsiooni mõõtmist?

Mitmed tegurid võivad põhjustada ebatäpset DNA kontsentratsiooni mõõtmist:

1. Saaste: Valgud, fenool, guanidiin või muud ekstraheerimisreageendid võivad mõjutada neeldumist
2. Mullid: Õhumullid valgusteekonnas võivad põhjustada vale lugemisi
3. DNA lagunemine: Fragmenteeritud DNA-l võivad olla muudetud neeldumisomadused
4. Vale tühjendamine: Kasutades tühjendamiseks erinevat puhvrit kui see, millega DNA lahjendati
5. Mittehomogeenne lahus: Ebapiisavalt segatud DNA lahused annavad ebaühtlaseid lugemisi
6. Seadme kalibreerimine: Vale kalibreeritud või määrdunud spektrofotomeetrid toodavad ebausaldusväärseid tulemusi
7. Mõõtmised väljaspool lineaarset vahemikku: Väga kõrged või väga madalad neeldumisväärtused ei pruugi olla täpsed

Kas ma saan seda kalkulaatorit RNA kontsentratsiooni jaoks kasutada?

Kuigi see kalkulaator on optimeeritud kahe ahelaga DNA jaoks (kasutades 50 ng/μL teisendustegurit), saate seda RNA jaoks kohandada:

1. Mõõtke A260 nagu tavaliselt
2. Korrutage 40-ga, mitte 50-ga (RNA-spetsiifiline teisendustegur)
3. Rakendage sobiv lahjendustegur

RNA jaoks oleks valem: $\text{RNA Kontsentratsioon (ng/μL)} = A_{260} \times 40 \times \text{Lahjendustegur}$

Viidatud Allikad

1. Gallagher, S. R., & Desjardins, P. R. (2006). Nukleiinhapete kvantifitseerimine neeldumise ja fluorestsents spektroskoopiaga. Current Protocols in Molecular Biology, 76(1), A-3D.

2. Sambrook, J., & Russell, D. W. (2001). Molekulaarne kloonimine: laboratoorsete juhiste käsiraamat (3. väljaanne). Cold Spring Harbor Laboratory Press.

3. Manchester, K. L. (1995). A260/A280 suhete väärtus nukleiinhapete puhtuse mõõtmisel. BioTechniques, 19(2), 208-210.

4. Wilfinger, W. W., Mackey, K., & Chomczynski, P. (1997). pH ja ioonilise tugevuse mõju nukleiinhapete puhtuse spektrofotomeetrilisele hindamisele. BioTechniques, 22(3), 474-481.

5. Desjardins, P., & Conklin, D. (2010). NanoDrop mikromahu kvantifitseerimine nukleiinhapetest. Journal of Visualized Experiments, (45), e2565.

6. Nakayama, Y., Yamaguchi, H., Einaga, N., & Esumi, M. (2016). DNA kvantifitseerimise lõksud, kasutades DNA-seondumisfluorestsentsvärve ja soovitatud lahendused. PLOS ONE, 11(3), e0150528.

7. Thermo Fisher Scientific. (2010). Nukleiinhapete puhtuse hindamine. T042-Tehniline Teade.

8. Huberman, J. A. (1995). Olulisus nukleiinhapete neeldumise mõõtmisel 240 nm juures, samuti 260 ja 280 nm juures. BioTechniques, 18(4), 636.

9. Warburg, O., & Christian, W. (1942). Enolaasi eraldamine ja kristallimine. Biochemische Zeitschrift, 310, 384-421.

10. Glasel, J. A. (1995). Nukleiinhapete puhtuse jälgimise kehtivus, mõõtes 260nm/280nm neeldumise suhteid. BioTechniques, 18(1), 62-63.

Kas olete valmis oma DNA kontsentratsiooni arvutama? Kasutage meie kalkulaatorit ülal, et saada täpseid tulemusi koheselt. Lihtsalt sisestage oma neeldumise lugemine, maht ja lahjendustegur, et määrata nii kontsentratsioon kui ka kogu DNA kogus teie proovis.