امینو ایسڈ تسلسل کی بنیاد پر پروٹین کا مالیکیولی وزن حساب کریں۔ درست مالیکیولی وزن ڈالتن میں حاصل کرنے کے لیے اپنے پروٹین کے تسلسل کو معیاری ایک حرفی کوڈز کا استعمال کرتے ہوئے درج کریں۔
اس کے امینو ایسڈ کے تسلسل کی بنیاد پر پروٹین کا مالیکیولر وزن حساب کریں۔
معیاری ایک حرفی امینو ایسڈ کوڈز کا استعمال کریں (A، R، N، D، C، وغیرہ)
یہ کیلکولیٹر پروٹین کا مالیکیولر وزن اس کے امینو ایسڈ کے تسلسل کی بنیاد پر تخمینہ لگاتا ہے۔
حساب میں امینو ایسڈ کے معیاری مالیکیولر وزن اور پیپٹائڈ بانڈ کی تشکیل کے دوران پانی کے نقصان کو مدنظر رکھا جاتا ہے۔
صحیح نتائج کے لیے، یقینی بنائیں کہ آپ معیاری ایک حرفی کوڈز کا استعمال کرتے ہوئے درست امینو ایسڈ تسلسل درج کریں۔
پروٹین مالیکیولر وزن کیلکولیٹر ایک اہم ٹول ہے جو بایو کیمسٹ، مالیکیولر بایولوجسٹ، اور پروٹین سائنسدانوں کے لیے ہے جنہیں اپنے امینو ایسڈ کی ترتیب کی بنیاد پر پروٹین کا ماس معلوم کرنا ہوتا ہے۔ پروٹین پیچیدہ میکرو مالیکیولز ہیں جو امینو ایسڈ کی زنجیروں پر مشتمل ہوتے ہیں، اور ان کا مالیکیولر وزن جاننا مختلف لیبارٹری کی تکنیکوں، تجرباتی ڈیزائن، اور ڈیٹا کے تجزیے کے لیے بہت ضروری ہے۔ یہ کیلکولیٹر کسی بھی پروٹین کے مالیکیولر وزن کا تخمینہ لگانے کا ایک تیز اور درست طریقہ فراہم کرتا ہے، جس سے محققین کا قیمتی وقت بچتا ہے اور حساب کی غلطیوں کے امکانات کم ہوتے ہیں۔
پروٹین کا مالیکیولر وزن، جو اکثر ڈالتن (Da) یا کلوڈالتن (kDa) میں ظاہر کیا جاتا ہے، پروٹین میں موجود تمام امینو ایسڈ کے انفرادی وزن کا مجموعہ ہوتا ہے، جو پیپٹائڈ بانڈ کی تشکیل کے دوران کھوئے گئے پانی کے مالیکیولز کو مدنظر رکھتا ہے۔ یہ بنیادی خصوصیت پروٹین کے سلوشن میں برتاؤ، الیکٹروفوریسس کی حرکت، کرسٹلائزیشن کی خصوصیات، اور دیگر بہت سی جسمانی اور کیمیائی خصوصیات پر اثر انداز ہوتی ہے جو تحقیق اور صنعتی درخواستوں میں اہم ہیں۔
ہمارا صارف دوست کیلکولیٹر صرف آپ کے پروٹین کی امینو ایسڈ کی ایک خطی ترتیب کی ضرورت ہے تاکہ درست مالیکیولر وزن کے تخمینے پیدا کیے جا سکیں، جس سے یہ تجربہ کار محققین اور پروٹین سائنس میں نئے طلباء دونوں کے لیے قابل رسائی ہے۔
پروٹین کا مالیکیولر وزن درج ذیل فارمولا کا استعمال کرتے ہوئے حساب کیا جاتا ہے:
جہاں:
یہ حساب 20 عام امینو ایسڈ کے معیاری مالیکیولر وزن کا استعمال کرتا ہے:
| امینو ایسڈ | ایک خطی کوڈ | مالیکیولر وزن (Da) |
|---|---|---|
| ایلین | A | 71.03711 |
| ارگینین | R | 156.10111 |
| اسپاراجین | N | 114.04293 |
| اسپارٹک ایسڈ | D | 115.02694 |
| سسٹین | C | 103.00919 |
| گلوٹامک ایسڈ | E | 129.04259 |
| گلوٹامائن | Q | 128.05858 |
| گلیسین | G | 57.02146 |
| ہسٹڈین | H | 137.05891 |
| آئیسولیوسین | I | 113.08406 |
| لیوسین | L | 113.08406 |
| لائسن | K | 128.09496 |
| میتھونائن | M | 131.04049 |
| فینائل ایلینین | F | 147.06841 |
| پرو لائن | P | 97.05276 |
| سیرین | S | 87.03203 |
| تھریونین | T | 101.04768 |
| ٹرپٹوفن | W | 186.07931 |
| ٹائروسین | Y | 163.06333 |
| والین | V | 99.06841 |
جب امینو ایسڈ پروٹین بنانے کے لیے ملتے ہیں تو وہ پیپٹائڈ بانڈز بناتے ہیں۔ اس عمل کے دوران، ہر بانڈ کی تشکیل کے لیے ایک پانی کا مالیکیول (H₂O) جاری ہوتا ہے۔ اس پانی کے نقصان کو مالیکیولر وزن کے حساب میں مدنظر رکھنا ضروری ہے۔
ایک پروٹین میں جس میں n امینو ایسڈ ہوتے ہیں، (n-1) پیپٹائڈ بانڈز بنائے جاتے ہیں، جس کے نتیجے میں (n-1) پانی کے مالیکیولز کا نقصان ہوتا ہے۔ تاہم، ہم ایک پانی کے مالیکیول کو واپس شامل کرتے ہیں تاکہ ٹرمینل گروپ (N-terminus پر H اور C-terminus پر OH) کا حساب لگایا جا سکے۔
آئیے ایک سادہ ٹرائیپیپٹائیڈ: Ala-Gly-Ser (AGS) کا مالیکیولر وزن حساب کرتے ہیں۔
انفرادی امینو ایسڈ کے وزن کا مجموعہ:
پیپٹائڈ بانڈز سے پانی کے نقصان کو کم کریں:
ٹرمینل گروپ کے لیے ایک پانی کے مالیکیول کو واپس شامل کریں:
آخری مالیکیولر وزن:
پروٹین مالیکیولر وزن کیلکولیٹر کا استعمال کرنا آسان ہے:
اپنی پروٹین کی ترتیب درج کریں ٹیکسٹ باکس میں معیاری ایک خطی امینو ایسڈ کوڈز (A، R، N، D، C، E، Q، G، H، I، L، K، M، F، P، S، T، W، Y، V) کا استعمال کرتے ہوئے۔
کیلکولیٹر خود بخود آپ کی ان پٹ کی توثیق کرے گا تاکہ یہ یقینی بنایا جا سکے کہ اس میں صرف درست امینو ایسڈ کوڈز شامل ہیں۔
"مالیکیولر وزن کا حساب لگائیں" بٹن پر کلک کریں یا خودکار حساب مکمل ہونے کا انتظار کریں۔
نتائج دیکھیں، جن میں شامل ہیں:
آپ نتائج کو کاپی کرنے کے لیے "کاپی" بٹن پر کلک کر سکتے ہیں تاکہ انہیں رپورٹوں یا مزید تجزیے میں استعمال کیا جا سکے۔
درست نتائج کے لیے، اپنے پروٹین کی ترتیب درج کرتے وقت ان رہنما خطوط پر عمل کریں:
کیلکولیٹر کئی معلومات فراہم کرتا ہے:
مالیکیولر وزن: آپ کے پروٹین کا تخمینی مالیکیولر وزن ڈالتن (Da) میں۔ بڑے پروٹین کے لیے، یہ کلوڈالتن (kDa) میں ظاہر کیا جا سکتا ہے۔
ترتیب کی لمبائی: آپ کی ترتیب میں کل امینو ایسڈ کی تعداد۔
امینو ایسڈ کی ترکیب: آپ کے پروٹین کے امینو ایسڈ کے مواد کا بصری تجزیہ، جو ہر امینو ایسڈ کی تعداد اور فیصد دکھاتا ہے۔
حساب کا طریقہ: یہ واضح وضاحت کہ مالیکیولر وزن کیسے حساب کیا گیا، بشمول استعمال ہونے والا فارمولا۔
پروٹین مالیکیولر وزن کیلکولیٹر زندگی کی سائنس کے مختلف شعبوں میں متعدد درخواستوں کے لیے ہے:
محققین مالیکیولر وزن کی معلومات کا استعمال کرتے ہیں:
بایوٹیکنالوجی کمپنیاں درست مالیکیولر وزن کے حسابات پر انحصار کرتی ہیں تاکہ:
پیپٹائیڈ کیمسٹ مالیکیولر وزن کے حسابات کا استعمال کرتے ہیں تاکہ:
ساختی بایولوجسٹ مالیکیولر وزن کی معلومات کی ضرورت ہوتی ہے تاکہ:
ادویات کے ڈویلپر پروٹین مالیکیولر وزن کا استعمال کرتے ہیں تاکہ:
طلباء اور محققین کیلکولیٹر کا استعمال کرتے ہیں:
اگرچہ ہمارا پروٹین مالیکیولر وزن کیلکولیٹر تیز اور درست تخمینے فراہم کرتا ہے، پروٹین مالیکیولر وزن کا تعین کرنے کے لیے متبادل طریقے ہیں:
تجرباتی طریقے:
دیگر کمپیوٹیشنل ٹولز:
خصوصی سافٹ ویئر:
مالیکیولر وزن کا تصور کیمسٹری میں بنیادی رہا ہے جب جان ڈیلٹن نے 19ویں صدی کے اوائل میں اپنے ایٹمی نظریے کی تجویز پیش کی۔ تاہم، پروٹین پر اس کا اطلاق ایک زیادہ حالیہ تاریخ رکھتا ہے:
آج، پروٹین مالیکیولر وزن کا حساب لگانا پروٹین سائنس کا ایک معمولی لیکن لازمی حصہ ہے، ایسے ٹولز کی مدد سے جو ان حسابات کو دنیا بھر کے محققین کے لیے قابل رسائی بناتے ہیں۔
یہاں مختلف پروگرامنگ زبانوں میں پروٹین مالیکیولر وزن کا حساب لگانے کے کچھ مثالیں ہیں:
1' ایکسل VBA فنکشن پروٹین مالیکیولر وزن کا حساب لگانے کے لیے
2Function ProteinMolecularWeight(sequence As String) As Double
3 ' امینو ایسڈ کے مالیکیولر وزن
4 Dim aaWeights As Object
5 Set aaWeights = CreateObject("Scripting.Dictionary")
6
7 ' امینو ایسڈ کے وزن کو شروع کریں
8 aaWeights("A") = 71.03711
9 aaWeights("R") = 156.10111
10 aaWeights("N") = 114.04293
11 aaWeights("D") = 115.02694
12 aaWeights("C") = 103.00919
13 aaWeights("E") = 129.04259
14 aaWeights("Q") = 128.05858
15 aaWeights("G") = 57.02146
16 aaWeights("H") = 137.05891
17 aaWeights("I") = 113.08406
18 aaWeights("L") = 113.08406
19 aaWeights("K") = 128.09496
20 aaWeights("M") = 131.04049
21 aaWeights("F") = 147.06841
22 aaWeights("P") = 97.05276
23 aaWeights("S") = 87.03203
24 aaWeights("T") = 101.04768
25 aaWeights("W") = 186.07931
26 aaWeights("Y") = 163.06333
27 aaWeights("V") = 99.06841
28
29 ' پانی کا مالیکیولر وزن
30 Const WATER_WEIGHT As Double = 18.01528
31
32 ' ترتیب کو بڑے حروف میں تبدیل کریں
33 sequence = UCase(sequence)
34
35 ' کل وزن کا حساب لگائیں
36 Dim totalWeight As Double
37 totalWeight = 0
38
39 ' انفرادی امینو ایسڈ کے وزن کا مجموعہ
40 Dim i As Integer
41 For i = 1 To Len(sequence)
42 Dim aa As String
43 aa = Mid(sequence, i, 1)
44
45 If aaWeights.Exists(aa) Then
46 totalWeight = totalWeight + aaWeights(aa)
47 Else
48 ' غیر درست امینو ایسڈ کوڈ
49 ProteinMolecularWeight = -1
50 Exit Function
51 End If
52 Next i
53
54 ' پیپٹائڈ بانڈز سے پانی کے نقصان کو کم کریں اور ایک ٹرمینل پانی شامل کریں
55 Dim numAminoAcids As Integer
56 numAminoAcids = Len(sequence)
57
58 ProteinMolecularWeight = totalWeight - (numAminoAcids - 1) * WATER_WEIGHT + WATER_WEIGHT
59End Function
60
61' ایکسل میں استعمال:
62' =ProteinMolecularWeight("ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY")
631def calculate_protein_molecular_weight(sequence):
2 """
3 Calculate the molecular weight of a protein from its amino acid sequence.
4
5 Args:
6 sequence (str): Protein sequence using one-letter amino acid codes
7
8 Returns:
9 float: Molecular weight in Daltons (Da)
10 """
11 # امینو ایسڈ کے مالیکیولر وزن
12 aa_weights = {
13 'A': 71.03711,
14 'R': 156.10111,
15 'N': 114.04293,
16 'D': 115.02694,
17 'C': 103.00919,
18 'E': 129.04259,
19 'Q': 128.05858,
20 'G': 57.02146,
21 'H': 137.05891,
22 'I': 113.08406,
23 'L': 113.08406,
24 'K': 128.09496,
25 'M': 131.04049,
26 'F': 147.06841,
27 'P': 97.05276,
28 'S': 87.03203,
29 'T': 101.04768,
30 'W': 186.07931,
31 'Y': 163.06333,
32 'V': 99.06841
33 }
34
35 # پانی کا مالیکیولر وزن
36 WATER_WEIGHT = 18.01528
37
38 # ترتیب کو بڑے حروف میں تبدیل کریں
39 sequence = sequence.upper()
40
41 # ترتیب کی توثیق کریں
42 for aa in sequence:
43 if aa not in aa_weights:
44 raise ValueError(f"Invalid amino acid code: {aa}")
45
46 # انفرادی امینو ایسڈ کے وزن کا مجموعہ
47 total_weight = sum(aa_weights[aa] for aa in sequence)
48
49 # پیپٹائڈ بانڈز سے پانی کے نقصان کو کم کریں اور ایک ٹرمینل پانی شامل کریں
50 num_amino_acids = len(sequence)
51 molecular_weight = total_weight - (num_amino_acids - 1) * WATER_WEIGHT + WATER_WEIGHT
52
53 return molecular_weight
54
55# مثال کا استعمال:
56sequence = "MVKMDVYKGSSIGDSMSRSM"
57mw = calculate_protein_molecular_weight(sequence)
58print(f"Molecular weight: {mw:.2f} Da")
591function calculateProteinMolecularWeight(sequence) {
2 // امینو ایسڈ کے مالیکیولر وزن
3 const aaWeights = {
4 'A': 71.03711,
5 'R': 156.10111,
6 'N': 114.04293,
7 'D': 115.02694,
8 'C': 103.00919,
9 'E': 129.04259,
10 'Q': 128.05858,
11 'G': 57.02146,
12 'H': 137.05891,
13 'I': 113.08406,
14 'L': 113.08406,
15 'K': 128.09496,
16 'M': 131.04049,
17 'F': 147.06841,
18 'P': 97.05276,
19 'S': 87.03203,
20 'T': 101.04768,
21 'W': 186.07931,
22 'Y': 163.06333,
23 'V': 99.06841
24 };
25
26 // پانی کا مالیکیولر وزن
27 const WATER_WEIGHT = 18.01528;
28
29 // ترتیب کو بڑے حروف میں تبدیل کریں
30 sequence = sequence.toUpperCase();
31
32 // ترتیب کی توثیق
33 for (let i = 0; i < sequence.length; i++) {
34 const aa = sequence[i];
35 if (!aaWeights[aa]) {
36 throw new Error(`Invalid amino acid code: ${aa}`);
37 }
38 }
39
40 // انفرادی امینو ایسڈ کے وزن کا مجموعہ
41 let totalWeight = 0;
42 for (let i = 0; i < sequence.length; i++) {
43 totalWeight += aaWeights[sequence[i]];
44 }
45
46 // پیپٹائڈ بانڈز سے پانی کے نقصان کو کم کریں اور ایک ٹرمینل پانی شامل کریں
47 const numAminoAcids = sequence.length;
48 const molecularWeight = totalWeight - (numAminoAcids - 1) * WATER_WEIGHT + WATER_WEIGHT;
49
50 return molecularWeight;
51}
52
53// مثال کا استعمال:
54const sequence = "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY";
55try {
56 const mw = calculateProteinMolecularWeight(sequence);
57 console.log(`Molecular weight: ${mw.toFixed(2)} Da`);
58} catch (error) {
59 console.error(error.message);
60}
611import java.util.HashMap;
2import java.util.Map;
3
4public class ProteinMolecularWeightCalculator {
5 private static final Map<Character, Double> aminoAcidWeights = new HashMap<>();
6 private static final double WATER_WEIGHT = 18.01528;
7
8 static {
9 // امینو ایسڈ کے وزن کو شروع کریں
10 aminoAcidWeights.put('A', 71.03711);
11 aminoAcidWeights.put('R', 156.10111);
12 aminoAcidWeights.put('N', 114.04293);
13 aminoAcidWeights.put('D', 115.02694);
14 aminoAcidWeights.put('C', 103.00919);
15 aminoAcidWeights.put('E', 129.04259);
16 aminoAcidWeights.put('Q', 128.05858);
17 aminoAcidWeights.put('G', 57.02146);
18 aminoAcidWeights.put('H', 137.05891);
19 aminoAcidWeights.put('I', 113.08406);
20 aminoAcidWeights.put('L', 113.08406);
21 aminoAcidWeights.put('K', 128.09496);
22 aminoAcidWeights.put('M', 131.04049);
23 aminoAcidWeights.put('F', 147.06841);
24 aminoAcidWeights.put('P', 97.05276);
25 aminoAcidWeights.put('S', 87.03203);
26 aminoAcidWeights.put('T', 101.04768);
27 aminoAcidWeights.put('W', 186.07931);
28 aminoAcidWeights.put('Y', 163.06333);
29 aminoAcidWeights.put('V', 99.06841);
30 }
31
32 public static double calculateMolecularWeight(String sequence) throws IllegalArgumentException {
33 // ترتیب کو بڑے حروف میں تبدیل کریں
34 sequence = sequence.toUpperCase();
35
36 // ترتیب کی توثیق
37 for (int i = 0; i < sequence.length(); i++) {
38 char aa = sequence.charAt(i);
39 if (!aminoAcidWeights.containsKey(aa)) {
40 throw new IllegalArgumentException("Invalid amino acid code: " + aa);
41 }
42 }
43
44 // انفرادی امینو ایسڈ کے وزن کا مجموعہ
45 double totalWeight = 0;
46 for (int i = 0; i < sequence.length(); i++) {
47 totalWeight += aminoAcidWeights.get(sequence.charAt(i));
48 }
49
50 // پیپٹائڈ بانڈز سے پانی کے نقصان کو کم کریں اور ایک ٹرمینل پانی شامل کریں
51 int numAminoAcids = sequence.length();
52 double molecularWeight = totalWeight - (numAminoAcids - 1) * WATER_WEIGHT + WATER_WEIGHT;
53
54 return molecularWeight;
55 }
56
57 public static void main(String[] args) {
58 try {
59 String sequence = "MVKMDVYKGSSIGDSMSRSM";
60 double mw = calculateMolecularWeight(sequence);
61 System.out.printf("Molecular weight: %.2f Da%n", mw);
62 } catch (IllegalArgumentException e) {
63 System.err.println(e.getMessage());
64 }
65 }
66}
671#include <iostream>
2#include <string>
3#include <map>
4#include <stdexcept>
5#include <algorithm>
6
7double calculateProteinMolecularWeight(const std::string& sequence) {
8 // امینو ایسڈ کے مالیکیولر وزن
9 std::map<char, double> aaWeights = {
10 {'A', 71.03711},
11 {'R', 156.10111},
12 {'N', 114.04293},
13 {'D', 115.02694},
14 {'C', 103.00919},
15 {'E', 129.04259},
16 {'Q', 128.05858},
17 {'G', 57.02146},
18 {'H', 137.05891},
19 {'I', 113.08406},
20 {'L', 113.08406},
21 {'K', 128.09496},
22 {'M', 131.04049},
23 {'F', 147.06841},
24 {'P', 97.05276},
25 {'S', 87.03203},
26 {'T', 101.04768},
27 {'W', 186.07931},
28 {'Y', 163.06333},
29 {'V', 99.06841}
30 };
31
32 // پانی کا مالیکیولر وزن
33 const double WATER_WEIGHT = 18.01528;
34
35 // ترتیب کو بڑے حروف میں تبدیل کریں
36 std::string upperSequence = sequence;
37 std::transform(upperSequence.begin(), upperSequence.end(), upperSequence.begin(), ::toupper);
38
39 // ترتیب کی توثیق
40 for (char aa : upperSequence) {
41 if (aaWeights.find(aa) == aaWeights.end()) {
42 throw std::invalid_argument(std::string("Invalid amino acid code: ") + aa);
43 }
44 }
45
46 // انفرادی امینو ایسڈ کے وزن کا مجموعہ
47 double totalWeight = 0.0;
48 for (char aa : upperSequence) {
49 totalWeight += aaWeights[aa];
50 }
51
52 // پیپٹائڈ بانڈز سے پانی کے نقصان کو کم کریں اور ایک ٹرمینل پانی شامل کریں
53 int numAminoAcids = upperSequence.length();
54 double molecularWeight = totalWeight - (numAminoAcids - 1) * WATER_WEIGHT + WATER_WEIGHT;
55
56 return molecularWeight;
57}
58
59int main() {
60 try {
61 std::string sequence = "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY";
62 double mw = calculateProteinMolecularWeight(sequence);
63 std::cout << "Molecular weight: " << std::fixed << std::setprecision(2) << mw << " Da" << std::endl;
64 } catch (const std::exception& e) {
65 std::cerr << "Error: " << e.what() << std::endl;
66 }
67
68 return 0;
69}
70پروٹین مالیکیولر وزن، جسے مالیکیولر ماس بھی کہا جاتا ہے، ایک پروٹین مالیکیول کا کل ماس ہے جو ڈالتن (Da) یا کلوڈالتن (kDa) میں ظاہر ہوتا ہے۔ یہ پروٹین میں موجود تمام ایٹمز کے ماس کا مجموعہ ہوتا ہے، جو پیپٹائڈ بانڈ کی تشکیل کے دوران کھوئے گئے پانی کے مالیکیولز کو مدنظر رکھتا ہے۔ یہ بنیادی خاصیت پروٹین کی خصوصیات، صفائی، اور تجزیے کے لیے بہت اہم ہے۔
یہ کیلکولیٹر آپ کے امینو ایسڈ کی ترتیب کی بنیاد پر نظریاتی مالیکیولر وزن فراہم کرتا ہے جو بہت درست ہے۔ یہ امینو ایسڈ کے معیاری مونو آئسوٹوپک ماسز کا استعمال کرتا ہے اور پیپٹائڈ بانڈ کی تشکیل کے دوران پانی کے نقصان کو مدنظر رکھتا ہے۔ تاہم، یہ بعد کی ترجمہ کی تبدیلیوں، غیر معیاری امینو ایسڈ، یا حقیقی پروٹین میں موجود آئسوٹوپک مختلفات کا حساب نہیں لگاتا۔
پروٹین مالیکیولر وزن عام طور پر ڈالتن (Da) یا کلوڈالتن (kDa) میں ظاہر کیا جاتا ہے، جہاں 1 kDa 1,000 Da کے برابر ہے۔ ڈالتن تقریباً ہائیڈروجن ایٹم کے ماس کے برابر ہے (1.66 × 10^-24 گرام)۔ حوالہ کے لیے، چھوٹے پیپٹائیڈ چند سو Da ہو سکتے ہیں، جبکہ بڑے پروٹین سینکڑوں kDa ہو سکتے ہیں۔
حساب کردہ اور تجرباتی مالیکیولر وزن کے درمیان اختلافات کئی عوامل کی وجہ سے ہو سکتے ہیں:
ترمیم شدہ پروٹین کے درست مالیکیولر وزن کے تعین کے لیے، ماس اسپیکٹومیٹری کی سفارش کی جاتی ہے۔
یہ کیلکولیٹر صرف 20 معیاری امینو ایسڈ کی حمایت کرتا ہے جو ان کے ایک خطی کوڈز (A، R، N، D، C، E، Q، G، H، I، L، K، M، F، P، S، T، W، Y، V) کا استعمال کرتے ہیں۔ غیر معیاری امینو ایسڈ، سیلینو سسٹین، پیرو لائسین، یا دیگر ترمیم شدہ باقیات کے ساتھ پروٹین کے لیے، خصوصی ٹولز یا دستی حسابات کی ضرورت ہوگی۔
امینو ایسڈ کی ترکیب آپ کے پروٹین کی ترتیب میں ہر امینو ایسڈ کی تعداد اور فیصد کا بصری تجزیہ فراہم کرتی ہے۔ یہ معلومات مفید ہیں:
چھوٹے پیپٹائیڈز کے لیے، فرق معمولی ہے، لیکن یہ بڑے پروٹین کے لیے زیادہ اہم ہو جاتا ہے۔ ماس اسپیکٹومیٹری عام طور پر چھوٹے مالیکیولز کے لیے مونو آئسوٹوپک ماسز اور بڑے مالیکیولز کے لیے اوسط ماسز کی پیمائش کرتی ہے۔
کیلکولیٹر پییپٹائڈ بانڈ کی تشکیل کے دوران کھوئے گئے پانی کے مالیکیول کو کم کرنے کے لیے ایک پانی کے مالیکیول کو واپس شامل کرتا ہے۔ یہ اس بات کو یقینی بناتا ہے کہ حساب کردہ مالیکیولر وزن مکمل پروٹین کی نمائندگی کرتا ہے جس میں مناسب ٹرمینل گروپ شامل ہیں۔
جی ہاں، لیکن یہ کیلکولیٹر خود بخود ڈائی سلفائیڈ بانڈز کے لیے ایڈجسٹ نہیں ہوتا۔ ہر ڈائی سلفائیڈ بانڈ کی تشکیل کی وجہ سے دو ہائیڈروجن ایٹمز (2.01588 Da) کا نقصان ہوتا ہے۔ ڈائی سلفائیڈ بانڈز کے لیے، حساب کردہ مالیکیولر وزن سے ہر ڈائی سلفائیڈ بانڈ کے لیے 2.01588 Da کم کریں۔
اگرچہ مالیکیولر وزن پروٹین کے حجم سے مربوط ہے، لیکن یہ تعلق ہمیشہ سیدھا نہیں ہوتا۔ پروٹین کے جسمانی حجم کو متاثر کرنے والے عوامل میں شامل ہیں:
ایک اندازے کے مطابق، 10 kDa کا ایک گلوبلر پروٹین تقریباً 2-3 نانومیٹر کے قطر کا ہوتا ہے۔
گاسٹیجر ای، ہوگلینڈ سی، گیٹیکر اے، ڈیووڈ ایس، ولکنز ایم آر، ایپل آر ڈی، بیروچ اے۔ (2005) پروٹین کی شناخت اور تجزیہ کے ٹولز ایکسپاسی سرور پر۔ میں: واکر جے ایم۔ (ایڈز) پروٹومکس پروٹوکولز ہینڈ بک۔ ہیومانا پریس۔
نیلسن، ڈی ایل، اور کاکس، ایم ایم۔ (2017). لیننگر کے اصول بایو کیمسٹری (7 واں ایڈیشن)۔ ڈبلیو ایچ فری مین اور کمپنی۔
نیل، ایچ، اور مان، ایم۔ (2004). پیپٹائڈ سیکوئنسنگ کے ABC (اور XYZ)۔ نیچر ریویوز مالیکیولر سیل بایولوجی، 5(9)، 699-711۔
ووٹ، ڈی، ووٹ، جے جی، اور پرٹ، سی ڈبلیو۔ (2016). بایو کیمسٹری کے بنیادی اصول: مالیکیولر سطح پر زندگی (5 واں ایڈیشن)۔ وائیلی۔
کریچٹن، ٹی ای۔ (2010). نیوکلیک ایسڈز اور پروٹینز کی بایوفزیکل کیمسٹری۔ ہیلوویٹین پریس۔
یونی پروٹ کنسورشیم۔ (2021). یونی پروٹ: 2021 میں عالمی پروٹین علم کا ڈیٹا بیس۔ نیوکلیک ایسڈ ریسرچ، 49(D1)، D480-D489۔
آرٹیمو، پی، جانالاجیڈا، ایم، آرنلڈ، کے، باراٹین، ڈی، سسارڈی، جی، ڈی کاسٹرو، ای، ڈیووڈ، ایس، فلیگل، وی، فورٹیئر، اے، گاسٹیجر، ای، گروسڈیدیر، اے، ہرنینڈز، سی، ایوانیدس، وی، کزنٹسو، ڈی، لیچٹی، آر، مزیدی، ایس، موستگور، کے، ریڈاچی، این، روسیئر، جی، اور اسٹاکنگر، ایچ۔ (2012). ایکسپاسی: SIB بایو انفارمیٹکس وسائل کا پورٹل۔ نیوکلیک ایسڈ ریسرچ، 40(W1)، W597-W603۔
کنٹر، ایم، اور شرمن، این ای۔ (2005). ماس اسپیکٹومیٹری کا استعمال کرتے ہوئے پروٹین کی ترتیب اور شناخت۔ وائیلی-انٹر سائنسی۔
آج ہی ہمارے پروٹین مالیکیولر وزن کیلکولیٹر کا استعمال کریں تاکہ اپنے پروٹین کی ترتیب کے مالیکیولر وزن کا تیز اور درست حساب لگایا جا سکے۔ چاہے آپ تجربات کی منصوبہ بندی کر رہے ہوں، نتائج کا تجزیہ کر رہے ہوں، یا پروٹین کی بایو کیمسٹری کے بارے میں سیکھ رہے ہوں، یہ ٹول چند سیکنڈز میں آپ کو درکار معلومات فراہم کرتا ہے۔
آپ کے ورک فلو کے لیے مفید ہونے والے مزید ٹولز کا انعام کریں