Genoomi Replikatsiooni Hinnang | DNA Koopia Arv Kalkulaator

Arvutage DNA koopia numbrid, sisestades järjestuse andmed, sihtjärjestuse, kontsentratsiooni ja mahu. Lihtne, täpne genoomi replikatsiooni hindamine ilma keeruliste seadistuste või API integratsioonideta.

Genoomi Replikatsiooni Hinnang

DNA Jada*

Sisestage täis DNA jada, mida soovite analüüsida

Siht Jada*

Sisestage konkreetne DNA jada, mille esinemisi soovite lugeda

DNA Kontsentratsioon*

ng/μL

Proovi Maht*

μL

Tulemused

Hinnanguline Koopia Arv

Kopeeri

Arvutamise Meetod

Kopeerimise arv arvutatakse sihtjada esinemiste arvu, DNA kontsentratsiooni, proovi mahu ja DNA molekulaarsete omaduste põhjal.

Kopeerimise Arv = (Esinemised × Kontsentratsioon × Maht × 6.022×10²³) ÷ (DNA Pikkus × 660 × 10⁹)

Visualiseerimine

Sisestage kehtivad DNA jadad ja parameetrid, et näha visualiseerimist

📚

Dokumentatsioon

Genomic DNA Copy Number Calculator

Introduction to DNA Copy Number Analysis

Genomic DNA Copy Number Calculator on võimas tööriist, mis on loodud, et hinnata teatud DNA järjestuse koopiate arvu, mis on olemas genoomi proovides. DNA koopiate analüüs on põhiline tehnika molekulaarbioloogias, geneetikas ja kliinilistes diagnostikas, mis aitab teadlastel ja kliinikutel kvantifitseerida teatud DNA järjestuste rohkus. See arvutus on hädavajalik erinevates rakendustes, sealhulgas geeni ekspressiooni uuringutes, patogeenide tuvastamises, transgeeni kvantifitseerimises ja geneetiliste häirete diagnoosimises, mis on iseloomulikud koopiate arvu variatsioonidele (CNV-d).

Meie Genomic Replication Estimator pakub lihtsat lähenemist DNA koopiate arvu arvutamiseks, ilma et oleks vaja keerulisi seadistusi või API integreerimisi. Sisestades oma DNA järjestuse andmed ja sihtjärjestuse koos kontsentratsiooni parameetritega, saate kiiresti määrata teatud DNA järjestuste koopiate arvu oma proovides. See teave on hädavajalik geneetiliste variatsioonide, haiguse mehhanismide mõistmiseks ja molekulaarbioloogia teadusuuringute eksperimentaalsete protokollide optimeerimiseks.

The Science Behind DNA Copy Number Calculation

Understanding DNA Copy Number

DNA koopiate arv viitab sellele, mitu korda teatud DNA järjestus esineb genoomis või proovis. Tavalises inimgenoomis eksisteerib enamik geene kahes koopias (üks igalt vanemalt). Kuid erinevad bioloogilised protsessid ja geneetilised seisundid võivad viia selle standardi kõrvalekalleteni:

Amplifikatsioonid: Suurenenud koopiate arv (rohkem kui kaks koopiat)
Kustutamised: Vähenenud koopiate arv (vähem kui kaks koopiat)
Dublikaadid: Spetsiifilised segmendid on genoomis dubleeritud
Koopiate arvu variatsioonid (CNV-d): Struktuurilised variatsioonid, mis hõlmavad koopiate arvu muutusi

DNA koopiate arvu täpne arvutamine aitab teadlastel mõista neid variatsioone ja nende mõju tervisele ja haigustele.

Mathematical Formula for DNA Copy Number Calculation

Teatud DNA järjestuse koopiate arvu saab arvutada järgmise valemi abil:

$\text{Copy Number} = \frac{\text{Occurrences} \times \text{Concentration} \times \text{Volume} \times N_A}{\text{DNA Length} \times \text{Average Base Pair Weight} \times 10^9}$

Kus:

Occurrences: Sihtjärjestuse arv, mis esineb DNA proovis
Concentration: DNA kontsentratsioon ng/μL
Volume: Proovi maht μL-des
$N_A$ : Avogadro arv (6.022 × 10²³ molekuli/mol)
DNA Length: DNA järjestuse pikkus baaspaarides
Average Base Pair Weight: DNA baaspaaride keskmine molekulmass (660 g/mol)
10^9: Muundamistegur ng-st g-ks

See valem arvestab DNA molekulaarsete omadustega ja annab hinnangu absoluutse koopiate arvu kohta teie proovis.

Variables Explained

Occurrences: See määratakse, loendades, mitu korda sihtjärjestus esineb kogu DNA järjestuses. Näiteks, kui teie sihtjärjestus on "ATCG" ja see esineb teie DNA proovis 5 korda, oleks esinemiste väärtus 5.
DNA Concentration: Tüüpiliselt mõõdetakse ng/μL (nanogramm/mikroliter), see esindab DNA kogust teie lahuses. Seda väärtust määratakse tavaliselt spektrofotomeetriliste meetodite, nagu NanoDrop või fluoromeetrilised katsed, nagu Qubit.
Sample Volume: Teie DNA proovi kogumaht mikrolitrites (μL).
Avogadro's Number: See fundamentaalne konstant (6.022 × 10²³) esindab molekulide arvu ühes moolis aines.
DNA Length: Teie DNA järjestuse kogupikkus baaspaarides.
Average Base Pair Weight: DNA baaspaaride keskmine molekulmass on umbes 660 g/mol. See väärtus arvestab nukleotiidide ja DNA fosfodiestersidemete keskmist kaalu.

How to Use the Genomic Replication Estimator

Meie Genomic Replication Estimator pakub kasutajasõbralikku liidest DNA koopiate arvu kiireks ja täpseks arvutamiseks. Järgige neid samme, et saada täpseid tulemusi:

Step 1: Enter Your DNA Sequence

Esimeses sisendväljas sisestage täielik DNA järjestus, mida soovite analüüsida. See peaks olema kogu järjestus, milles soovite loendada sihtjärjestuse esinemisi.

Olulised märkused:

Lubatud on ainult tavalised DNA alused (A, T, C, G)
Järjestus ei ole suurustundlik (nii "ATCG" kui ka "atcg" käsitletakse ühtemoodi)
Eemaldage oma järjestusest kõik tühikud, numbrid või erimärgid

Näide kehtivast DNA järjestusest:

1ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAG
2

Step 2: Enter Your Target Sequence

Teises sisendväljas sisestage konkreetne DNA järjestus, mida soovite loendada. See on sihtjärjestus, mille koopiate arvu soovite määrata.

Nõuded:

Sihtjärjestus peab sisaldama ainult tavalisi DNA aluseid (A, T, C, G)
Sihtjärjestus peab olema peamine DNA järjestusest lühem või sama pikk
Täpsete tulemuste saamiseks peaks sihtjärjestus esindama konkreetset geneetilist elementi

Näide kehtivast sihtjärjestusest:

1ATCG
2

Step 3: Specify DNA Concentration and Sample Volume

Sisestage oma DNA proovi kontsentratsioon ng/μL (nanogramm/mikroliter) ja maht μL-des (mikrolitrites).

Tüüpilised väärtused:

DNA kontsentratsioon: 1-100 ng/μL
Proovi maht: 1-100 μL

Step 4: View Your Results

Pärast kõigi nõutud andmete sisestamist arvutab kalkulaator automaatselt teie sihtjärjestuse koopiate arvu. Tulemused esindavad hinnangulist koopiate arvu teie sihtjärjestusest kogu proovis.

Tulemuste sektsioon sisaldab ka:

Koopiate arvu visualiseerimist
Võimalust kopeerida tulemus oma lõikelauale
Üksikasjalikku selgitust, kuidas arvutus tehti

Validation and Error Handling

Genomic Replication Estimator sisaldab mitmeid valideerimise kontrolle, et tagada täpsed tulemused:

DNA Järjestuse Valideerimine: Tagab, et sisend sisaldab ainult kehtivaid DNA aluseid (A, T, C, G).
- Veateade: "DNA järjestus peab sisaldama ainult A, T, C, G märke"
Sihtjärjestuse Valideerimine: Kontrollib, et sihtjärjestus sisaldab ainult kehtivaid DNA aluseid ja ei ole pikem kui peamine DNA järjestus.
- Veateated:
  - "Sihtjärjestus peab sisaldama ainult A, T, C, G märke"
  - "Sihtjärjestus ei tohi olla pikem kui DNA järjestus"
Kontsentratsiooni ja Mahu Valideerimine: Kontrollib, et need väärtused on positiivsed numbrid.
- Veateated:
  - "Kontsentratsioon peab olema suurem kui 0"
  - "Maht peab olema suurem kui 0"

Applications and Use Cases

DNA koopiate analüüsil on palju rakendusi erinevates bioloogia ja meditsiini valdkondades:

Research Applications

Geeni Ekspressiooni Uuringud: Koopiate arvu kvantifitseerimine geeni tasemel aitab mõista selle ekspressioonitaset ja funktsiooni.
Transgeensete Organismide Analüüs: Sihtgeeni koopiate arvu määramine geneetiliselt muundatud organismides, et hinnata integreerimise efektiivsust.
Mikroobide Kvantifitseerimine: Spetsiifiliste mikroobide järjestuste rohkus keskkonna- või kliinilistes proovides.
Viiruskoormuse Testimine: Viirusgenoomide kvantifitseerimine patsiendi proovides, et jälgida nakkuse edenemist ja raviefektiivsust.

Clinical Applications

Vähi Diagnostika: Onkogeensete ja kasvajate supressorgeenide amplifikatsioonide või kustutamiste tuvastamine.
Geneetiliste Haiguste Diagnoosimine: Koopiate arvu variatsioonide tuvastamine, mis on seotud geneetiliste häiretega, nagu Duchenne'i lihasdüstroofia või Charcot-Marie-Tooth'i haigus.
Farmakogenoomika: Mõistmine, kuidas geeni koopiate arv mõjutab ravimi ainevahetust ja vastust.
Prenataalne Testimine: Kromosomaalsete kõrvalekallete, nagu trisoomiad või mikrodeletsioonid, tuvastamine.

Real-World Example

Uurimismeeskond, kes uurib rinnavähki, võib kasutada Genomic Replication Estimatorit HER2 geeni koopiate arvu määramiseks kasvajaproovides. HER2 amplifikatsioon (suurenenud koopiate arv) on seotud agressiivse rinnavähiga ja mõjutab ravivalikuid. Täpse koopiate arvu määramisega saavad teadlased:

Klassifitseerida kasvajad HER2 staatuse alusel
Seostada koopiate arvu patsiendi tulemustega
Jälgida koopiate arvu muutusi ravi käigus
Arendada täpsemaid diagnostikakriteeriume

Alternatives to Copy Number Calculation

Kuigi meie kalkulaator pakub lihtsat meetodit DNA koopiate arvu hindamiseks, kasutatakse teadus- ja kliinilistes keskkondades ka teisi tehnikaid:

Kvantitatiivne PCR (qPCR): Mõõdab DNA amplifikatsiooni reaalajas, et määrata algne koopiate arv.
Digitaalne PCR (dPCR): Jagab proovi tuhandeteks individuaalseteks reaktsioonideks, et anda absoluutne kvantifitseerimine ilma standardkõverateta.
Fluorestsentsi In Situ Hübriidimine (FISH): Visualiseerib ja loendab spetsiifilisi DNA järjestusi otse rakkudes või kromosoomides.
Võrdlev Genoomne Hübriidimine (CGH): Võrdleb DNA järjestuste koopiate arvu test- ja viidaproovi vahel.
Järgmise Põlvkonna Sekveneerimine (NGS): Pakub kogu genoomi koopiate arvu profiilimist kõrge eraldusvõimega.

Igal meetodil on oma eelised ja piirangud täpsuse, kulu, läbilaskevõime ja eraldusvõime osas. Meie kalkulaator pakub kiiret ja ligipääsetavat lähenemist esialgsetele hinnangutele või olukordades, kus spetsialiseeritud seadmed pole saadaval.

History of DNA Copy Number Analysis

DNA koopiate arvu mõisted ja nende tähtsus geneetikas on aastakümnete jooksul oluliselt arenenud:

Early Discoveries (1950s-1970s)

DNA koopiate arvu analüüsi alused pandi paika 1953. aastal Watsoni ja Cricki DNA struktuuri avastamisega. Siiski jäi koopiate arvu variatsioonide tuvastamise võime piiratud kuni molekulaarbioloogia tehnikate arenguni 1970. aastatel.

Emergence of Molecular Techniques (1980s)

aastatel nähti Southern blotting'i ja in situ hübriidimise tehnikate arengut, mis võimaldas teadlastel tuvastada suuremahulisi koopiate arvu muutusi. Need meetodid andsid esimesed pilgud, kuidas koopiate arvu variatsioonid võivad mõjutada geeni ekspressiooni ja fenotüüpi.

PCR Revolution (1990s)

Polümeraasi ahelreaktsiooni (PCR) leiutamine ja täiustamine Kary Mullise poolt revolutsioneeris DNA analüüsi. Kvantitatiivse PCR (qPCR) arendamine 1990. aastatel võimaldas täpsemat DNA koopiate arvu mõõtmist ja sai paljude rakenduste kuldstandardiks.

Genomic Era (2000s-Present)

Inimese Genoomi Projekti lõpetamine 2003. aastal ja mikrokiibi ja järgmise põlvkonna sekveneerimise tehnoloogiate tulek on dramaatiliselt laiendanud meie võimet tuvastada ja analüüsida koopiate arvu variatsioone kogu genoomis. Need tehnoloogiad on näidanud, et koopiate arvu variatsioonid on palju levinumad ja olulisemad, kui varem arvati, ning need aitavad kaasa nii normaalsele geneetilisele mitmekesisusele kui ka haigustele.

Täna on arvutusmeetodid ja bioinformaatika tööriistad veelgi suurendanud meie võimet täpselt arvutada ja tõlgendada DNA koopiate arvu, muutes selle analüüsi kergesti kättesaadavaks teadlastele ja kliinikutele üle kogu maailma.

Code Examples for DNA Copy Number Calculation

Siin on DNA koopiate arvu arvutamise rakendused erinevates programmeerimiskeeltes:

Python Implementation

1def calculate_dna_copy_number(dna_sequence, target_sequence, concentration, volume):
2    """
3    Arvuta siht DNA järjestuse koopiate arv.
4    
5    Parameetrid:
6    dna_sequence (str): Täielik DNA järjestus
7    target_sequence (str): Loendatav sihtjärjestus
8    concentration (float): DNA kontsentratsioon ng/μL
9    volume (float): Proovi maht μL-des
10    
11    Tagastab:
12    int: Hinnanguline koopiate arv
13    """
14    # Puhasta ja valideeri järjestused
15    dna_sequence = dna_sequence.upper().replace(" ", "")
16    target_sequence = target_sequence.upper().replace(" ", "")
17    
18    if not all(base in "ATCG" for base in dna_sequence):
19        raise ValueError("DNA järjestus peab sisaldama ainult A, T, C, G märke")
20    
21    if not all(base in "ATCG" for base in target_sequence):
22        raise ValueError("Sihtjärjestus peab sisaldama ainult A, T, C, G märke")
23    
24    if len(target_sequence) > len(dna_sequence):
25        raise ValueError("Sihtjärjestus ei tohi olla pikem kui DNA järjestus")
26    
27    if concentration <= 0 or volume <= 0:
28        raise ValueError("Kontsentratsioon ja maht peavad olema suuremad kui 0")
29    
30    # Loenda sihtjärjestuse esinemisi
31    count = 0
32    pos = 0
33    while True:
34        pos = dna_sequence.find(target_sequence, pos)
35        if pos == -1:
36            break
37        count += 1
38        pos += 1
39    
40    # Konstantid
41    avogadro = 6.022e23  # molekuli/mol
42    avg_base_pair_weight = 660  # g/mol
43    
44    # Arvuta koopiate arv
45    total_dna_ng = concentration * volume
46    total_dna_g = total_dna_ng / 1e9
47    moles_dna = total_dna_g / (len(dna_sequence) * avg_base_pair_weight)
48    total_copies = moles_dna * avogadro
49    copy_number = count * total_copies
50    
51    return round(copy_number)
52
53# Näide kasutamisest
54dna_seq = "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG"
55target_seq = "ATCG"
56conc = 10  # ng/μL
57vol = 20   # μL
58
59try:
60    result = calculate_dna_copy_number(dna_seq, target_seq, conc, vol)
61    print(f"Hinnanguline koopiate arv: {result:,}")
62except ValueError as e:
63    print(f"Viga: {e}")
64

JavaScript Implementation

1function calculateDnaCopyNumber(dnaSequence, targetSequence, concentration, volume) {
2  // Puhasta ja valideeri järjestused
3  dnaSequence = dnaSequence.toUpperCase().replace(/\s+/g, '');
4  targetSequence = targetSequence.toUpperCase().replace(/\s+/g, '');
5  
6  // Valideeri DNA järjestus
7  if (!/^[ATCG]+$/.test(dnaSequence)) {
8    throw new Error("DNA järjestus peab sisaldama ainult A, T, C, G märke");
9  }
10  
11  // Valideeri sihtjärjestus
12  if (!/^[ATCG]+$/.test(targetSequence)) {
13    throw new Error("Sihtjärjestus peab sisaldama ainult A, T, C, G märke");
14  }
15  
16  if (targetSequence.length > dnaSequence.length) {
17    throw new Error("Sihtjärjestus ei tohi olla pikem kui DNA järjestus");
18  }
19  
20  if (concentration <= 0 || volume <= 0) {
21    throw new Error("Kontsentratsioon ja maht peavad olema suuremad kui 0");
22  }
23  
24  // Loenda sihtjärjestuse esinemisi
25  let count = 0;
26  let pos = 0;
27  
28  while (true) {
29    pos = dnaSequence.indexOf(targetSequence, pos);
30    if (pos === -1) break;
31    count++;
32    pos++;
33  }
34  
35  // Konstantid
36  const avogadro = 6.022e23; // molekuli/mol
37  const avgBasePairWeight = 660; // g/mol
38  
39  // Arvuta koopiate arv
40  const totalDnaNg = concentration * volume;
41  const totalDnaG = totalDnaNg / 1e9;
42  const molesDna = totalDnaG / (dnaSequence.length * avgBasePairWeight);
43  const totalCopies = molesDna * avogadro;
44  const copyNumber = count * totalCopies;
45  
46  return Math.round(copyNumber);
47}
48
49// Näide kasutamisest
50try {
51  const dnaSeq = "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG";
52  const targetSeq = "ATCG";
53  const conc = 10; // ng/μL
54  const vol = 20;  // μL
55  
56  const result = calculateDnaCopyNumber(dnaSeq, targetSeq, conc, vol);
57  console.log(`Hinnanguline koopiate arv: ${result.toLocaleString()}`);
58} catch (error) {
59  console.error(`Viga: ${error.message}`);
60}
61

R Implementation

1calculate_dna_copy_number <- function(dna_sequence, target_sequence, concentration, volume) {
2  # Puhasta ja valideeri järjestused
3  dna_sequence <- gsub("\\s+", "", toupper(dna_sequence))
4  target_sequence <- gsub("\\s+", "", toupper(target_sequence))
5  
6  # Valideeri DNA järjestus
7  if (!grepl("^[ATCG]+$", dna_sequence)) {
8    stop("DNA järjestus peab sisaldama ainult A, T, C, G märke")
9  }
10  
11  # Valideeri sihtjärjestus
12  if (!grepl("^[ATCG]+$", target_sequence)) {
13    stop("Sihtjärjestus peab sisaldama ainult A, T, C, G märke")
14  }
15  
16  if (nchar(target_sequence) > nchar(dna_sequence)) {
17    stop("Sihtjärjestus ei tohi olla pikem kui DNA järjestus")
18  }
19  
20  if (concentration <= 0 || volume <= 0) {
21    stop("Kontsentratsioon ja maht peavad olema suuremad kui 0")
22  }
23  
24  # Loenda sihtjärjestuse esinemisi
25  count <- 0
26  pos <- 1
27  
28  while (TRUE) {
29    pos <- regexpr(target_sequence, substr(dna_sequence, pos, nchar(dna_sequence)))
30    if (pos == -1) break
31    count <- count + 1
32    pos <- pos + 1
33  }
34  
35  # Konstantid
36  avogadro <- 6.022e23  # molekuli/mol
37  avg_base_pair_weight <- 660  # g/mol
38  
39  # Arvuta koopiate arv
40  total_dna_ng <- concentration * volume
41  total_dna_g <- total_dna_ng / 1e9
42  moles_dna <- total_dna_g / (nchar(dna_sequence) * avg_base_pair_weight)
43  total_copies <- moles_dna * avogadro
44  copy_number <- count * total_copies
45  
46  return(round(copy_number))
47}
48
49# Näide kasutamisest
50tryCatch({
51  dna_seq <- "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG"
52  target_seq <- "ATCG"
53  conc <- 10  # ng/μL
54  vol <- 20   # μL
55  
56  result <- calculate_dna_copy_number(dna_seq, target_seq, conc, vol)
57  cat(sprintf("Hinnanguline koopiate arv: %s\n", format(result, big.mark=",")))
58}, error = function(e) {
59  cat(sprintf("Viga: %s\n", e$message))
60})
61

Frequently Asked Questions (FAQ)

What is DNA copy number?

DNA koopiate arv viitab sellele, mitu korda teatud DNA järjestus esineb genoomis või proovis. Inimestel eksisteerib enamik geene kahes koopias (üks igalt vanemalt), kuid see arv võib varieeruda geneetiliste variatsioonide, mutatsioonide või haigusprotsesside tõttu. Koopiate arvu arvutamine on oluline geneetiliste häirete, vähi arengute ja normaalse geneetilise variatsiooni mõistmiseks.

How accurate is the Genomic Replication Estimator?

Genomic Replication Estimator annab teoreetilise arvutuse, mis põhineb molekulaarsetel põhimõtetel ja sisestatud parameetritel. Selle täpsus sõltub mitmest tegurist:

Teie DNA kontsentratsiooni mõõtmise täpsus
Teie DNA proovi puhtus
Teie sihtjärjestuse spetsiifilisus
Teie mahu mõõtmise täpsus

Uuringud, mis nõuavad äärmiselt täpset kvantifitseerimist, võivad pakkuda kõrgemat täpsust, kuid meie kalkulaator pakub paljude rakenduste jaoks head hinnangut.

Can I use this calculator for RNA sequences?

Ei, see kalkulaator on spetsiaalselt loodud DNA järjestuste jaoks ja kasutab arvutustes DNA-spetsiifilisi molekulmasside väärtusi. RNA-l on erinevad molekulaarsed omadused (sisaldab uratsiili, mitte tümiini, ja selle molekulmass on erinev). RNA kvantifitseerimiseks tuleks kasutada spetsialiseeritud RNA koopiate arvu kalkulaatoreid.

What DNA concentration range works best with this calculator?

Kalkulaator töötab mis tahes positiivse DNA kontsentratsiooni väärtusega. Kuid enamikus bioloogilistes proovides on DNA kontsentratsioonid tavaliselt vahemikus 1 kuni 100 ng/μL. Väga madalad kontsentratsioonid (alla 1 ng/μL) võivad mõõtmise piirangute tõttu tuua rohkem ebakindlust arvutusse.

How does the calculator handle overlapping sequences?

Kalkulaator loendab iga sihtjärjestuse esinemise, isegi kui need kattuvad. Näiteks järjestuses "ATATAT" loendatakse siht "ATA" kaks korda (positsioonid 1-3 ja 3-5). See lähenemine on kooskõlas paljude molekulaarbioloogia tehnikatega, mis tuvastavad järjestusi.

Can I use this calculator for plasmid copy number determination?

Jah, saate seda kalkulaatorit kasutada plasmidi koopiate arvu hindamiseks. Lihtsalt sisestage oma DNA järjestus peamiseks DNA järjestuseks ja sihtjärjestus, mida soovite loendada. Veenduge, et mõõdaksite plasmidi DNA kontsentratsiooni täpselt, et saada usaldusväärseid tulemusi.

What should I do if my DNA sequence contains ambiguous bases (N, R, Y, etc.)?

See kalkulaator aktsepteerib ainult tavalisi DNA aluseid (A, T, C, G). Kui teie järjestuses on ebamugavad alused, peate kas asendama need spetsiifiliste alustega oma parima teadmise põhjal või eemaldama need osad enne kalkulaatori kasutamist.

How does the calculator handle very large copy numbers?

Kalkulaator suudab hallata väga suuri koopiate arve ja kuvab need loetavas vormingus. Äärmiselt suurte väärtuste korral võib kasutada teaduslikku märkust. Aluslik arvutus säilitab täpsuse olenemata tulemuse suurusest.

Can I use this tool for quantifying gene expression?

Kuigi see tööriist arvutab DNA koopiate arvu, mõõdetakse geeni ekspressiooni tavaliselt RNA tasemel. Geeni ekspressiooni analüüsimiseks on sobivamad tehnikad, nagu RT-qPCR, RNA-seq või mikrokiibid. Siiski võib DNA koopiate arv mõjutada geeni ekspressiooni, seega on need analüüsid sageli täiendavad.

How does DNA concentration affect copy number calculation?

DNA kontsentratsioonil on otsene lineaarne seos arvutatud koopiate arvuga. Kontsentratsiooni kahekordistamine kahekordistab hinnangulise koopiate arvu, eeldades, et kõik teised parameetrid jäävad muutumatuks. See rõhutab täpse kontsentratsiooni mõõtmise tähtsust usaldusväärsete tulemuste saamiseks.

References

Bustin, S. A., Benes, V., Garson, J. A., Hellemans, J., Huggett, J., Kubista, M., ... & Wittwer, C. T. (2009). MIQE juhised: minimaalne teave kvantitatiivsete reaalajas PCR katsete avaldamiseks. Clinical chemistry, 55(4), 611-622.
D'haene, B., Vandesompele, J., & Hellemans, J. (2010). Täpne ja objektiivne koopiate arvu profileerimine, kasutades reaalajas kvantitatiivset PCR-i. Meetodid, 50(4), 262-270.
Hindson, B. J., Ness, K. D., Masquelier, D. A., Belgrader, P., Heredia, N. J., Makarewicz, A. J., ... & Colston, B. W. (2011). Kõrge läbilaskevõimega tilgakeste digitaalne PCR süsteem DNA koopiate arvu absoluutseks kvantifitseerimiseks. Analüütiline keemia, 83(22), 8604-8610.
Zhao, M., Wang, Q., Wang, Q., Jia, P., & Zhao, Z. (2013). Arvutuslikud tööriistad koopiate arvu variatsioonide (CNV) tuvastamiseks, kasutades järgmise põlvkonna sekveneerimise andmeid: omadused ja perspektiivid. BMC bioinformatics, 14(11), 1-16.
Redon, R., Ishikawa, S., Fitch, K. R., Feuk, L., Perry, G. H., Andrews, T. D., ... & Hurles, M. E. (2006). Globaalne koopiate arvu variatsioon inimese genoomis. Loomulik, 444(7118), 444-454.
Zarrei, M., MacDonald, J. R., Merico, D., & Scherer, S. W. (2015). Inimese genoomi koopiate arvu variatsioonide kaart. Loomulik ülevaade geneetikast, 16(3), 172-183.
Stranger, B. E., Forrest, M. S., Dunning, M., Ingle, C. E., Beazley, C., Thorne, N., ... & Dermitzakis, E. T. (2007). Nukleotiidi ja koopiate arvu variatsiooni suhteline mõju geeni ekspressiooni fenotüüpidele. Teadus, 315(5813), 848-852.
Alkan, C., Coe, B. P., & Eichler, E. E. (2011). Genoomi struktuuri variatsiooni avastamine ja genotüüpimine. Loomulik ülevaade geneetikast, 12(5), 363-376.

Conclusion

Genomic DNA Copy Number Calculator pakub võimsat, kuid ligipääsetavat viisi teatud DNA järjestuste koopiate arvu hindamiseks teie proovides. Kombineerides molekulaarsed põhimõtted kasutajasõbraliku disainiga, aitab see tööriist teadlastel, üliõpilastel ja spetsialistidel kiiresti saada väärtuslikku kvantitatiivset teavet ilma spetsialiseeritud seadmete või keeruliste protokollideta.

DNA koopiate arvu mõistmine on hädavajalik paljude rakenduste jaoks geneetikas, molekulaarbioloogias ja meditsiinis. Olgu teie uurimus geeni amplifikatsiooni uurimine vähi korral, transgeeni integreerimise kvantifitseerimine või koopiate arvu variatsioonide uurimine geneetilistes häiretes, meie kalkulaator pakub lihtsat lähenemist vajaliku teabe saamiseks.

Kutsume teid proovima Genomic Replication Estimatorit oma DNA järjestustega ja uurima, kuidas kontsentratsiooni, mahu ja sihtjärjestuste muutused mõjutavad arvutatud koopiate arvu. See praktiline kogemus süvendab teie arusaamist molekulaarse kvantifitseerimise põhimõtetest ja aitab teil neid kontseptsioone rakendada oma spetsiifiliste uurimisküsimuste jaoks.

Küsimuste või tagasiside saamiseks kalkulaatori kohta viidake palun KKK sektsioonile või võtke ühendust meie tugimeeskonnaga.

💬

Tagasiside

💬

Klõpsake tagasiside teatele, et alustada tagasiside andmist selle tööriista kohta

🔗

Seotud tööriistad

Avasta rohkem tööriistu, mis võivad olla kasulikud teie töövoos