Calcolatore del Peso Molecolare delle Proteine

Introduzione

Il calcolatore del peso molecolare delle proteine è uno strumento essenziale per biochimici, biologi molecolari e scienziati delle proteine che hanno bisogno di determinare la massa delle proteine in base alle loro sequenze di aminoacidi. Le proteine sono macromolecole complesse composte da catene di aminoacidi e conoscere il loro peso molecolare è cruciale per varie tecniche di laboratorio, progettazione sperimentale e analisi dei dati. Questo calcolatore fornisce un modo rapido e accurato per stimare il peso molecolare di qualsiasi proteina utilizzando la sua sequenza di aminoacidi, risparmiando tempo prezioso ai ricercatori e riducendo il potenziale di errori di calcolo.

Il peso molecolare delle proteine, spesso espresso in Dalton (Da) o chilodalton (kDa), rappresenta la somma dei pesi individuali di tutti gli aminoacidi nella proteina, tenendo conto delle molecole d'acqua perse durante la formazione dei legami peptidici. Questa proprietà fondamentale influenza il comportamento delle proteine in soluzione, la mobilità nell'elettroforesi, le proprietà di cristallizzazione e molte altre caratteristiche fisiche e chimiche importanti nella ricerca e nelle applicazioni industriali.

Il nostro calcolatore user-friendly richiede solo la sequenza di aminoacidi in codice a una lettera della tua proteina per generare stime accurate del peso molecolare, rendendolo accessibile sia ai ricercatori esperti che agli studenti nuovi nella scienza delle proteine.

Come Viene Calcolato il Peso Molecolare delle Proteine

La Formula di Base

Il peso molecolare di una proteina viene calcolato utilizzando la seguente formula:

$MW_{proteina} = \sum_{i=1}^{n} MW_{aminoacido_i} - (n-1) \times MW_{acqua} + MW_{acqua}$

Dove:

• $MW_{proteina}$ è il peso molecolare dell'intera proteina in Dalton (Da)
• $\sum_{i=1}^{n} MW_{aminoacido_i}$ è la somma dei pesi molecolari di tutti gli aminoacidi individuali
• $n$ è il numero di aminoacidi nella sequenza
• $MW_{acqua}$ è il peso molecolare dell'acqua (18.01528 Da)
• $(n-1)$ rappresenta il numero di legami peptidici formati
• L'ultimo termine $+ MW_{acqua}$ tiene conto dei gruppi terminali (H e OH)

Pesi Molecolari degli Aminoacidi

Il calcolo utilizza i pesi molecolari standard dei 20 aminoacidi comuni:

Perdita d'Acqua nella Formazione dei Legami Peptidici

Quando gli aminoacidi si uniscono per formare una proteina, creano legami peptidici. Durante questo processo, una molecola d'acqua (H₂O) viene rilasciata per ogni legame formato. Questa perdita d'acqua deve essere tenuta in considerazione nel calcolo del peso molecolare.

Per una proteina con n aminoacidi, ci sono (n-1) legami peptidici formati, risultando nella perdita di (n-1) molecole d'acqua. Tuttavia, aggiungiamo indietro una molecola d'acqua per tenere conto dei gruppi terminali (H all'estremità N e OH all'estremità C).

Esempio di Calcolo

Calcoliamo il peso molecolare di un semplice tripeptide: Ala-Gly-Ser (AGS)

1. Somma i pesi degli aminoacidi individuali:

   • Alanina (A): 71.03711 Da
   • Glicina (G): 57.02146 Da
   • Serina (S): 87.03203 Da
   • Totale: 215.0906 Da

2. Sottrai la perdita d'acqua dai legami peptidici:

   • Numero di legami peptidici = 3-1 = 2
   • Peso molecolare dell'acqua = 18.01528 Da
   • Totale perdita d'acqua = 2 × 18.01528 = 36.03056 Da

3. Aggiungi indietro una molecola d'acqua per i gruppi terminali:

   • 18.01528 Da

4. Peso molecolare finale:

   • 215.0906 - 36.03056 + 18.01528 = 197.07532 Da

Come Utilizzare Questo Calcolatore

Utilizzare il Calcolatore del Peso Molecolare delle Proteine è semplice:

1. Inserisci la tua sequenza proteica nella casella di testo utilizzando i codici a una lettera degli aminoacidi standard (A, R, N, D, C, E, Q, G, H, I, L, K, M, F, P, S, T, W, Y, V).

2. Il calcolatore verificherà automaticamente il tuo input per assicurarsi che contenga solo codici di aminoacidi validi.

3. Clicca sul pulsante "Calcola Peso Molecolare" o attendi che il calcolo automatico venga completato.

4. Visualizza i risultati, che includono:

   • Il peso molecolare calcolato in Dalton (Da)
   • La lunghezza della sequenza (numero di aminoacidi)
   • Una suddivisione della composizione degli aminoacidi
   • La formula utilizzata per il calcolo

5. Puoi copiare i risultati negli appunti cliccando sul pulsante "Copia" per utilizzarli in rapporti o ulteriori analisi.

Linee Guida per l'Input

Per risultati accurati, segui queste linee guida quando inserisci la tua sequenza proteica:

• Usa solo i codici a una lettera degli aminoacidi standard (maiuscole o minuscole)
• Non includere spazi, numeri o caratteri speciali
• Rimuovi eventuali caratteri non aminoacidici (come la numerazione della sequenza)
• Per sequenze con aminoacidi non standard, considera di utilizzare strumenti alternativi che supportano codici di aminoacidi espansi

Interpretazione dei Risultati

Il calcolatore fornisce diverse informazioni:

1. Peso Molecolare: Il peso molecolare stimato della tua proteina in Dalton (Da). Per proteine più grandi, questo può essere espresso in chilodalton (kDa).

2. Lunghezza della Sequenza: Il numero totale di aminoacidi nella tua sequenza.

3. Composizione degli Aminoacidi: Una suddivisione visiva del contenuto di aminoacidi della tua proteina, mostrando sia il conteggio che la percentuale di ciascun aminoacido.

4. Metodo di Calcolo: Una chiara spiegazione di come è stato calcolato il peso molecolare, inclusa la formula utilizzata.

Casi d'Uso

Il Calcolatore del Peso Molecolare delle Proteine ha numerose applicazioni in vari campi delle scienze della vita:

Purificazione e Analisi delle Proteine

I ricercatori utilizzano le informazioni sul peso molecolare per:

• Impostare colonne di filtrazione a gel appropriate
• Determinare le concentrazioni appropriate di gel di poliacrilammide per SDS-PAGE
• Interpretare i dati della spettrometria di massa
• Validare i risultati di espressione e purificazione delle proteine

Produzione di Proteine Ricombinanti

Le aziende biotecnologiche si affidano a calcoli accurati del peso molecolare per:

• Progettare costrutti di espressione
• Stimare i rendimenti delle proteine
• Sviluppare strategie di purificazione
• Caratterizzare i prodotti finali

Sintesi Peptidica

I chimici dei peptidi utilizzano i calcoli del peso molecolare per:

• Determinare la quantità di materiali di partenza necessari
• Calcolare i rendimenti teorici
• Verificare l'identità dei peptidi sintetizzati
• Progettare metodi analitici per il controllo qualità

Biologia Strutturale

I biologi strutturali hanno bisogno di informazioni sul peso molecolare per:

• Impostare prove di cristallizzazione
• Interpretare dati di diffrazione a raggi X
• Analizzare complessi proteici
• Calcolare la stechiometria delle interazioni proteina-proteina

Sviluppo Farmaceutico

Gli sviluppatori di farmaci utilizzano il peso molecolare delle proteine per:

• Caratterizzare le proteine terapeutiche
• Sviluppare strategie di formulazione
• Progettare metodi analitici
• Stabilire specifiche di controllo qualità

Ricerca Accademica

Studenti e ricercatori utilizzano il calcolatore per:

• Esperimenti di laboratorio
• Analisi dei dati
• Progettazione sperimentale
• Scopi educativi

Alternative

Sebbene il nostro Calcolatore del Peso Molecolare delle Proteine fornisca stime rapide e accurate, ci sono approcci alternativi per determinare il peso molecolare delle proteine:

1. Metodi Sperimentali:

   • Spettrometria di Massa (MS): Fornisce misurazioni di peso molecolare altamente accurate e può rilevare modifiche post-traduzionali
   • Cromatografia a Filtrazione Dimensionale (SEC): Stima il peso molecolare basato sul raggio idrodinamico
   • SDS-PAGE: Fornisce un peso molecolare approssimativo basato sulla mobilità elettroforetica

2. Altri Strumenti Computazionali:

   • ExPASy ProtParam: Offre ulteriori parametri proteici oltre al peso molecolare
   • EMBOSS Pepstats: Fornisce un'analisi statistica dettagliata delle sequenze proteiche
   • Calcolatore delle Proteine v3.4: Include calcoli aggiuntivi come il punto isoelettrico e il coefficiente di estinzione

3. Software Specializzati:

   • Per proteine con aminoacidi non standard o modifiche post-traduzionali
   • Per assemblaggi proteici complessi o proteine multimeriche
   • Per proteine etichettate isotopicamente utilizzate negli studi NMR

Storia della Determinazione del Peso Molecolare delle Proteine

Il concetto di peso molecolare è stato fondamentale per la chimica sin da quando John Dalton propose la sua teoria atomica all'inizio del XIX secolo. Tuttavia, l'applicazione alle proteine ha una storia più recente:

Prima Scienza delle Proteine (1800-1920)

• Nel 1838, Jöns Jacob Berzelius coniò il termine "proteina" dal greco "proteios", che significa "primario" o "di prima importanza".
• I primi scienziati delle proteine come Frederick Sanger iniziarono a comprendere che le proteine erano composte da aminoacidi.
• Il concetto di proteine come macromolecole con pesi molecolari definiti emerse gradualmente.

Sviluppo delle Tecniche Analitiche (1930-1960)

• L'invenzione dell'ultracentrifugazione da parte di Theodor Svedberg negli anni '20 permise le prime misurazioni accurate dei pesi molecolari delle proteine.
• Lo sviluppo delle tecniche di elettroforesi negli anni '30 da parte di Arne Tiselius fornì un altro metodo per stimare la dimensione delle proteine.
• Nel 1958, Stanford Moore e William H. Stein completarono la prima sequenza completa di aminoacidi della ribonucleasi, consentendo un calcolo preciso del peso molecolare.

Era Moderna (1970-Presente)

• Lo sviluppo delle tecniche di spettrometria di massa ha rivoluzionato la determinazione del peso molecolare delle proteine.
• John Fenn e Koichi Tanaka ricevettero il Premio Nobel per la Chimica nel 2002 per il loro sviluppo di metodi di ionizzazione a desorbimento morbido per analisi spettrometriche di massa di macromolecole biologiche.
• I metodi computazionali per prevedere le proprietà delle proteine, incluso il peso molecolare, sono diventati sempre più sofisticati e accessibili.
• L'avvento della genomica e della proteomica negli anni '90 e 2000 ha creato una necessità per strumenti di analisi delle proteine ad alta capacità, inclusi calcolatori di peso molecolare automatizzati.

Oggi, il calcolo del peso molecolare delle proteine è una parte di routine ma essenziale della scienza delle proteine, facilitato da strumenti come il nostro calcolatore che rendono questi calcoli accessibili ai ricercatori di tutto il mondo.

Esempi di Codice

Ecco esempi di come calcolare il peso molecolare delle proteine in vari linguaggi di programmazione:

1' Funzione VBA di Excel per il Calcolo del Peso Molecolare delle Proteine
2Function ProteinMolecularWeight(sequence As String) As Double
3    ' Pesi molecolari degli aminoacidi
4    Dim aaWeights As Object
5    Set aaWeights = CreateObject("Scripting.Dictionary")
6    
7    ' Inizializza i pesi degli aminoacidi
8    aaWeights("A") = 71.03711
9    aaWeights("R") = 156.10111
10    aaWeights("N") = 114.04293
11    aaWeights("D") = 115.02694
12    aaWeights("C") = 103.00919
13    aaWeights("E") = 129.04259
14    aaWeights("Q") = 128.05858
15    aaWeights("G") = 57.02146
16    aaWeights("H") = 137.05891
17    aaWeights("I") = 113.08406
18    aaWeights("L") = 113.08406
19    aaWeights("K") = 128.09496
20    aaWeights("M") = 131.04049
21    aaWeights("F") = 147.06841
22    aaWeights("P") = 97.05276
23    aaWeights("S") = 87.03203
24    aaWeights("T") = 101.04768
25    aaWeights("W") = 186.07931
26    aaWeights("Y") = 163.06333
27    aaWeights("V") = 99.06841
28    
29    ' Peso molecolare dell'acqua
30    Const WATER_WEIGHT As Double = 18.01528
31    
32    ' Converte la sequenza in maiuscolo
33    sequence = UCase(sequence)
34    
35    ' Calcola il peso totale
36    Dim totalWeight As Double
37    totalWeight = 0
38    
39    ' Somma i pesi degli aminoacidi individuali
40    Dim i As Integer
41    For i = 1 To Len(sequence)
42        Dim aa As String
43        aa = Mid(sequence, i, 1)
44        
45        If aaWeights.Exists(aa) Then
46            totalWeight = totalWeight + aaWeights(aa)
47        Else
48            ' Codice di aminoacido non valido
49            ProteinMolecularWeight = -1
50            Exit Function
51        End If
52    Next i
53    
54    ' Sottrai la perdita d'acqua dai legami peptidici e aggiungi acqua terminale
55    Dim numAminoAcids As Integer
56    numAminoAcids = Len(sequence)
57    
58    ProteinMolecularWeight = totalWeight - (numAminoAcids - 1) * WATER_WEIGHT + WATER_WEIGHT
59End Function
60
61' Utilizzo in Excel:
62' =ProteinMolecularWeight("ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY")
63

1def calculate_protein_molecular_weight(sequence):
2    """
3    Calcola il peso molecolare di una proteina dalla sua sequenza di aminoacidi.
4    
5    Args:
6        sequence (str): Sequenza proteica utilizzando codici a una lettera degli aminoacidi
7        
8    Returns:
9        float: Peso molecolare in Dalton (Da)
10    """
11    # Pesi molecolari degli aminoacidi
12    aa_weights = {
13        'A': 71.03711,
14        'R': 156.10111,
15        'N': 114.04293,
16        'D': 115.02694,
17        'C': 103.00919,
18        'E': 129.04259,
19        'Q': 128.05858,
20        'G': 57.02146,
21        'H': 137.05891,
22        'I': 113.08406,
23        'L': 113.08406,
24        'K': 128.09496,
25        'M': 131.04049,
26        'F': 147.06841,
27        'P': 97.05276,
28        'S': 87.03203,
29        'T': 101.04768,
30        'W': 186.07931,
31        'Y': 163.06333,
32        'V': 99.06841
33    }
34    
35    # Peso molecolare dell'acqua
36    WATER_WEIGHT = 18.01528
37    
38    # Converte la sequenza in maiuscolo
39    sequence = sequence.upper()
40    
41    # Verifica la sequenza
42    for aa in sequence:
43        if aa not in aa_weights:
44            raise ValueError(f"Codice di aminoacido non valido: {aa}")
45    
46    # Somma i pesi degli aminoacidi individuali
47    total_weight = sum(aa_weights[aa] for aa in sequence)
48    
49    # Sottrai la perdita d'acqua dai legami peptidici e aggiungi acqua terminale
50    num_amino_acids = len(sequence)
51    molecular_weight = total_weight - (num_amino_acids - 1) * WATER_WEIGHT + WATER_WEIGHT
52    
53    return molecular_weight
54
55# Esempio di utilizzo:
56sequence = "MVKMDVYKGSSIGDSMSRSM"
57mw = calculate_protein_molecular_weight(sequence)
58print(f"Peso molecolare: {mw:.2f} Da")
59

1function calculateProteinMolecularWeight(sequence) {
2  // Pesi molecolari degli aminoacidi
3  const aaWeights = {
4    'A': 71.03711,
5    'R': 156.10111,
6    'N': 114.04293,
7    'D': 115.02694,
8    'C': 103.00919,
9    'E': 129.04259,
10    'Q': 128.05858,
11    'G': 57.02146,
12    'H': 137.05891,
13    'I': 113.08406,
14    'L': 113.08406,
15    'K': 128.09496,
16    'M': 131.04049,
17    'F': 147.06841,
18    'P': 97.05276,
19    'S': 87.03203,
20    'T': 101.04768,
21    'W': 186.07931,
22    'Y': 163.06333,
23    'V': 99.06841
24  };
25  
26  // Peso molecolare dell'acqua
27  const WATER_WEIGHT = 18.01528;
28  
29  // Converte la sequenza in maiuscolo
30  sequence = sequence.toUpperCase();
31  
32  // Verifica la sequenza
33  for (let i = 0; i < sequence.length; i++) {
34    const aa = sequence[i];
35    if (!aaWeights[aa]) {
36      throw new Error(`Codice di aminoacido non valido: ${aa}`);
37    }
38  }
39  
40  // Somma i pesi degli aminoacidi individuali
41  let totalWeight = 0;
42  for (let i = 0; i < sequence.length; i++) {
43    totalWeight += aaWeights[sequence[i]];
44  }
45  
46  // Sottrai la perdita d'acqua dai legami peptidici e aggiungi acqua terminale
47  const numAminoAcids = sequence.length;
48  const molecularWeight = totalWeight - (numAminoAcids - 1) * WATER_WEIGHT + WATER_WEIGHT;
49  
50  return molecularWeight;
51}
52
53// Esempio di utilizzo:
54const sequence = "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY";
55try {
56  const mw = calculateProteinMolecularWeight(sequence);
57  console.log(`Peso molecolare: ${mw.toFixed(2)} Da`);
58} catch (error) {
59  console.error(error.message);
60}
61

1import java.util.HashMap;
2import java.util.Map;
3
4public class ProteinMolecularWeightCalculator {
5    private static final Map<Character, Double> aminoAcidWeights = new HashMap<>();
6    private static final double WATER_WEIGHT = 18.01528;
7    
8    static {
9        // Inizializza i pesi degli aminoacidi
10        aminoAcidWeights.put('A', 71.03711);
11        aminoAcidWeights.put('R', 156.10111);
12        aminoAcidWeights.put('N', 114.04293);
13        aminoAcidWeights.put('D', 115.02694);
14        aminoAcidWeights.put('C', 103.00919);
15        aminoAcidWeights.put('E', 129.04259);
16        aminoAcidWeights.put('Q', 128.05858);
17        aminoAcidWeights.put('G', 57.02146);
18        aminoAcidWeights.put('H', 137.05891);
19        aminoAcidWeights.put('I', 113.08406);
20        aminoAcidWeights.put('L', 113.08406);
21        aminoAcidWeights.put('K', 128.09496);
22        aminoAcidWeights.put('M', 131.04049);
23        aminoAcidWeights.put('F', 147.06841);
24        aminoAcidWeights.put('P', 97.05276);
25        aminoAcidWeights.put('S', 87.03203);
26        aminoAcidWeights.put('T', 101.04768);
27        aminoAcidWeights.put('W', 186.07931);
28        aminoAcidWeights.put('Y', 163.06333);
29        aminoAcidWeights.put('V', 99.06841);
30    }
31    
32    public static double calculateMolecularWeight(String sequence) throws IllegalArgumentException {
33        // Converte la sequenza in maiuscolo
34        sequence = sequence.toUpperCase();
35        
36        // Verifica la sequenza
37        for (int i = 0; i < sequence.length(); i++) {
38            char aa = sequence.charAt(i);
39            if (!aminoAcidWeights.containsKey(aa)) {
40                throw new IllegalArgumentException("Codice di aminoacido non valido: " + aa);
41            }
42        }
43        
44        // Somma i pesi degli aminoacidi individuali
45        double totalWeight = 0;
46        for (int i = 0; i < sequence.length(); i++) {
47            totalWeight += aminoAcidWeights.get(sequence.charAt(i));
48        }
49        
50        // Sottrai la perdita d'acqua dai legami peptidici e aggiungi acqua terminale
51        int numAminoAcids = sequence.length();
52        double molecularWeight = totalWeight - (numAminoAcids - 1) * WATER_WEIGHT + WATER_WEIGHT;
53        
54        return molecularWeight;
55    }
56    
57    public static void main(String[] args) {
58        try {
59            String sequence = "MVKMDVYKGSSIGDSMSRSM";
60            double mw = calculateMolecularWeight(sequence);
61            System.out.printf("Peso molecolare: %.2f Da%n", mw);
62        } catch (IllegalArgumentException e) {
63            System.err.println(e.getMessage());
64        }
65    }
66}
67

1#include <iostream>
2#include <string>
3#include <map>
4#include <stdexcept>
5#include <algorithm>
6
7double calculateProteinMolecularWeight(const std::string& sequence) {
8    // Pesi molecolari degli aminoacidi
9    std::map<char, double> aaWeights = {
10        {'A', 71.03711},
11        {'R', 156.10111},
12        {'N', 114.04293},
13        {'D', 115.02694},
14        {'C', 103.00919},
15        {'E', 129.04259},
16        {'Q', 128.05858},
17        {'G', 57.02146},
18        {'H', 137.05891},
19        {'I', 113.08406},
20        {'L', 113.08406},
21        {'K', 128.09496},
22        {'M', 131.04049},
23        {'F', 147.06841},
24        {'P', 97.05276},
25        {'S', 87.03203},
26        {'T', 101.04768},
27        {'W', 186.07931},
28        {'Y', 163.06333},
29        {'V', 99.06841}
30    };
31    
32    // Peso molecolare dell'acqua
33    const double WATER_WEIGHT = 18.01528;
34    
35    // Converte la sequenza in maiuscolo
36    std::string upperSequence = sequence;
37    std::transform(upperSequence.begin(), upperSequence.end(), upperSequence.begin(), ::toupper);
38    
39    // Verifica la sequenza
40    for (char aa : upperSequence) {
41        if (aaWeights.find(aa) == aaWeights.end()) {
42            throw std::invalid_argument(std::string("Codice di aminoacido non valido: ") + aa);
43        }
44    }
45    
46    // Somma i pesi degli aminoacidi individuali
47    double totalWeight = 0.0;
48    for (char aa : upperSequence) {
49        totalWeight += aaWeights[aa];
50    }
51    
52    // Sottrai la perdita d'acqua dai legami peptidici e aggiungi acqua terminale
53    int numAminoAcids = upperSequence.length();
54    double molecularWeight = totalWeight - (numAminoAcids - 1) * WATER_WEIGHT + WATER_WEIGHT;
55    
56    return molecularWeight;
57}
58
59int main() {
60    try {
61        std::string sequence = "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY";
62        double mw = calculateProteinMolecularWeight(sequence);
63        std::cout << "Peso molecolare: " << std::fixed << std::setprecision(2) << mw << " Da" << std::endl;
64    } catch (const std::exception& e) {
65        std::cerr << "Errore: " << e.what() << std::endl;
66    }
67    
68    return 0;
69}
70

Domande Frequenti

Cos'è il peso molecolare delle proteine?

Il peso molecolare delle proteine, chiamato anche massa molecolare, è la massa totale di una molecola proteica espressa in Dalton (Da) o chilodalton (kDa). Rappresenta la somma delle masse di tutti gli atomi nella proteina, tenendo conto della perdita di molecole d'acqua durante la formazione dei legami peptidici. Questa proprietà fondamentale è cruciale per la caratterizzazione, la purificazione e l'analisi delle proteine.

Quanto è accurato questo calcolatore del peso molecolare delle proteine?

Questo calcolatore fornisce il peso molecolare teorico basato sulla sequenza di aminoacidi con alta accuratezza. Utilizza le masse monoisotopiche standard degli aminoacidi e tiene conto della perdita d'acqua durante la formazione dei legami peptidici. Tuttavia, non tiene conto delle modifiche post-traduzionali, degli aminoacidi non standard o delle variazioni isotopiche che potrebbero essere presenti nelle proteine reali.

Quali unità vengono utilizzate per il peso molecolare delle proteine?

I pesi molecolari delle proteine sono tipicamente espressi in Dalton (Da) o chilodalton (kDa), dove 1 kDa equivale a 1.000 Da. Il Dalton è approssimativamente uguale alla massa di un atomo di idrogeno (1.66 × 10^-24 grammi). A titolo di riferimento, piccoli peptidi possono essere di poche centinaia di Da, mentre grandi proteine possono essere centinaia di kDa.

Perché il mio peso molecolare calcolato differisce dai valori sperimentali?

Diversi fattori possono causare discrepanze tra i pesi molecolari calcolati e quelli sperimentali:

1. Modifiche post-traduzionali (fosforilazione, glicosilazione, ecc.)
2. Formazione di legami disolfuro
3. Processamento proteolitico
4. Aminoacidi non standard
5. Errori di misurazione sperimentale
6. Variazioni isotopiche

Per una determinazione precisa del peso molecolare delle proteine modificate, si raccomanda la spettrometria di massa.

Posso calcolare il peso molecolare di una proteina con legami disolfuro?

Sì, ma questo calcolatore non regola automaticamente per i legami disolfuro. Ogni formazione di legame disolfuro comporta la perdita di due atomi di idrogeno (2.01588 Da). Per tenere conto dei legami disolfuro, sottrai 2.01588 Da dal peso molecolare calcolato per ogni legame disolfuro nella tua proteina.

Come si relaziona il peso molecolare delle proteine alla dimensione delle proteine?

Sebbene il peso molecolare sia correlato alla dimensione delle proteine, la relazione non è sempre diretta. Fattori che influenzano la dimensione fisica di una proteina includono:

• Composizione degli aminoacidi
• Struttura secondaria e terziaria
• Guscio di idratazione
• Modifiche post-traduzionali
• Condizioni ambientali (pH, concentrazione di sale)

Per una stima approssimativa, una proteina globulare di 10 kDa ha un diametro di circa 2-3 nm.

Riferimenti

1. Gasteiger E., Hoogland C., Gattiker A., Duvaud S., Wilkins M.R., Appel R.D., Bairoch A. (2005) Strumenti per l'Identificazione e l'Analisi delle Proteine sul Server ExPASy. In: Walker J.M. (eds) Il Manuale dei Protocolli di Proteomica. Humana Press.

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3. Steen, H., & Mann, M. (2004). L'ABC (e XYZ) della sequenza peptidica. Nature Reviews Molecular Cell Biology, 5(9), 699-711.

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8. Kinter, M., & Sherman, N. E. (2005). Sequenziamento e Identificazione delle Proteine Utilizzando la Spettrometria di Massa. Wiley-Interscience.

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