希釈係数を調整して吸光度測定値(A260)からDNA濃度を計算します。分子生物学の研究室や遺伝学研究に不可欠なツールです。
DNA濃度は以下の式を使用して計算されます:
DNA濃度計算機は、分子生物学者、遺伝学者、実験室技術者が分光光度計の読み取り値からDNA濃度を正確に決定するのを助ける重要なオンラインツールです。この無料の計算機は、標準のA260法を使用してUV吸光度測定をng/μLの正確なDNA濃度値に変換します。
DNA濃度測定は、分子生物学の実験室における基本的な手順であり、PCR、シーケンシング、クローニング、その他の分子技術の前に重要な品質管理ステップとして機能します。当社の計算機は、濃度とサンプル中のDNAの総量を決定する際の手動計算を排除し、エラーを減少させます。
DNA濃度の計算は、ビール・ランバートの法則に基づいており、これは溶液の吸光度が溶液中の吸収種の濃度と光が溶液を通過する経路の長さに直接比例することを示しています。二本鎖DNAの場合、1cmの経路長のキュベットで260nm(A260)での吸光度が1.0であると、約50 ng/μLの濃度に相当します。
DNA濃度は次の公式を使用して計算されます:
ここで:
サンプル中のDNAの総量は次のように計算できます:
260nmでの吸光度 (A260):
変換係数 (50):
希釈係数:
体積:
A260の読み取り値からDNA濃度を計算するために、この簡単なプロセスに従ってください:
DNA濃度測定は、数多くの分子生物学および研究アプリケーションにとって不可欠です:
DNA断片をベクターにライゲーションする前に、正確な濃度を知ることで研究者は最適な挿入対ベクター比を計算し、変換効率を最大化できます。例えば、挿入とベクターの3:1モル比は最良の結果をもたらすことが多く、両方の成分の正確な濃度測定が必要です。
PCR反応には通常、最適な増幅のために1-10 ngのテンプレートDNAが必要です。DNAが少なすぎると増幅失敗を引き起こす可能性があり、逆に多すぎると反応を抑制することがあります。定量PCR(qPCR)では、正確な標準曲線と信頼できる定量化を確保するために、さらに正確なDNA定量が必要です。
NGSライブラリ準備プロトコルでは、プラットフォームやアプリケーションに応じて、通常1-500 ngのDNA入力量が指定されます。成功したライブラリ準備とマルチプレックスシーケンシングランにおけるサンプルの均等な表現のためには、正確な濃度測定が不可欠です。
真核細胞にDNAを導入する際、最適なDNA量は細胞タイプやトランスフェクション方法によって異なります。通常、6ウェルプレート形式で1ウェルあたり0.5-5 μgのプラスミドDNAが使用され、実験を標準化するために正確な濃度測定が必要です。
法医学的アプリケーションでは、DNAサンプルはしばしば限られており貴重です。正確な定量により、法医学者はプロファイリングに十分なDNAが存在するかどうかを判断し、後続の分析に使用するDNAの量を標準化できます。
制限酵素はDNAのμgあたりの特定の活性単位を持っています。正確なDNA濃度を知ることで、酵素とDNAの比率を適切に設定し、非特異的切断(スターレスポンス)なしに完全な消化を確保できます。
UV分光光度法はDNA定量の最も一般的な方法ですが、いくつかの代替手段も存在します:
蛍光法:
アガロースゲル電気泳動:
リアルタイムPCR:
デジタルPCR:
DNA濃度を正確に測定する能力は、分子生物学の進歩とともに大きく進化してきました:
1953年にワトソンとクリックによってDNAの構造が発見された後、科学者たちはDNAを分離し定量する方法を開発し始めました。初期のアプローチは、DNA中のデオキシリボース糖と反応して青色を生成するジフェニルアミン反応などの比色法に依存していました。これらの方法は比較的感度が低く、干渉を受けやすいものでした。
1970年代に核酸定量にUV分光光度法が広く適用されるようになりました。科学者たちは、DNAが260nmで最大限にUV光を吸収し、吸光度と濃度の関係が特定の範囲内で線形であることを発見しました。A260 = 1.0での二本鎖DNAの変換係数50 ng/μLはこの期間に確立されました。
1980年代と1990年代にDNA特異的蛍光染料の開発がDNA定量に革命をもたらし、特に希薄なサンプルにおいて感度が大幅に向上しました。ホエスト染料や後のPicoGreenは、分光光度法では不可能だったより感度の高い検出を可能にしました。これらの方法は、しばしば微量のDNAの正確な定量が必要なPCRの登場とともに特に重要になりました。
2000年代初頭にNanoDropのようなマイクロボリューム分光光度計が導入され、わずか0.5-2 μLのサンプルで日常的なDNA定量が変革されました。この技術により、希釈やキュベットの必要がなくなり、プロセスが迅速かつ便利になりました。
今日では、デジタルPCRや次世代シーケンシングのような高度な技術がDNA定量の限界をさらに押し広げ、特定の配列の絶対定量や単一分子の検出を可能にしています。しかし、数十年前に確立された基本的な分光光度法の原理は、世界中の実験室における日常的なDNA濃度測定の基盤として残っています。
DNA濃度計算のいくつかの実用的な例を見てみましょう:
研究者がプラスミドを精製し、次の測定値を得ました:
計算:
血液からゲノムDNAを抽出した後:
計算:
シーケンシングプロトコルでは、正確に500 ngのDNAが必要です:
必要な体積 = 500 ÷ 125 = 4 μLのDNA溶液
さまざまなプログラミング言語でDNA濃度を計算する方法の例を示します:
1' DNA濃度のためのExcel式
2=A260*50*希釈係数
3
4' μg単位の総DNA量のためのExcel式
5=(A260*50*希釈係数*体積)/1000
6
7' A260=0.5、希釈係数=2、体積=100のセル内の例
8=0.5*50*2*100/1000
9' 結果:5 μg
10
def calculate_dna_concentration(absorbance, dilution_factor=1): """ DNA濃度をng/μLで計算します パラメータ: absorbance (float): 260nmでの吸光度の読み取り値 戻り値: float: ng/μL単位のDNA濃度 """ return absorbance * 50 * dilution_factor def calculate_total_dna(concentration, volume_ul): """ μg単位の総DNA量を計算します パラメータ: concentration (float): ng/μL単位のDNA濃度 volume_ul (float): μL単位のDNA溶液の体積 戻り値: float: μg単位の総DNA量 """ return (concentration * volume_ul) / 1000 # 使用例 absorbance = 0.8 dilution_factor = 5 volume = 75 concentration = calculate_dna_concentration(absorbance, dilution_factor) total_dna = calculate_total_dna(concentration
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