Ct ಮೌಲ್ಯಗಳು ಮತ್ತು ಹ್ರಾಸ ಅಂಶಗಳಿಂದ PCR ಕಾರ್ಯಕ್ಷಮತೆಯನ್ನು ಲೆಕ್ಕಹಾಕಿ. ಮಾನದಂಡ ವಕ್ರಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಿ, ವೃದ್ಧಿ ಕಾರ್ಯಕ್ಷಮತೆಯನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಿ, ಮತ್ತು ನಿಮ್ಮ ಪ್ರಮಾಣಿತ PCR ಪ್ರಯೋಗಗಳನ್ನು ಮಾನ್ಯಗೊಳಿಸಿ.
ಮೌಲ್ಯವು ಧನಾತ್ಮಕವಾಗಿರಬೇಕು
ಮೌಲ್ಯವು ಧನಾತ್ಮಕವಾಗಿರಬೇಕು
ಮೌಲ್ಯವು ಧನಾತ್ಮಕವಾಗಿರಬೇಕು
ಮೌಲ್ಯವು ಧನಾತ್ಮಕವಾಗಿರಬೇಕು
ಮೌಲ್ಯವು ಧನಾತ್ಮಕವಾಗಿರಬೇಕು
ಚಾರ್ಟ್ ಉತ್ಪಾದಿಸಲು ಮಾನ್ಯ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ನಮೂದಿಸಿ
qPCR ಕಾರ್ಯಕ್ಷಮತೆ PCR ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆ ಎಷ್ಟು ಉತ್ತಮವಾಗಿ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತಿದೆ ಎಂಬುದರ ಅಳೆಯುವಿಕೆಯಾಗುತ್ತದೆ. 100% ಕಾರ್ಯಕ್ಷಮತೆಯ ಅರ್ಥವೆಂದರೆ ಪ್ರತಿಯೊಂದು ಚಕ್ರದಲ್ಲಿ PCR ಉತ್ಪನ್ನದ ಪ್ರಮಾಣ ಡಬಲ್ ಆಗುತ್ತದೆ.
ಕಾರ್ಯಕ್ಷಮತೆಯನ್ನು ಮಾನದಂಡ ವಕ್ರದ ಊರದಿಂದ ಲೆಕ್ಕಹಾಕಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದು Ct ಮೌಲ್ಯಗಳನ್ನು ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಟೆಂಪ್ಲೇಟಿನ ಕಾನ್ಸೆಂಟ್ರೇಶನ್ (ಕಡಿತ ಶ್ರೇಣಿಯ) ಲಾಗರಿದಮ್ ವಿರುದ್ಧ ಪ್ಲಾಟ್ ಮಾಡುವ ಮೂಲಕ ಪಡೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ.
ಕಾರ್ಯಕ್ಷಮತೆ (E) ಅನ್ನು ಈ ಸೂತ್ರವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಲೆಕ್ಕಹಾಕಲಾಗುತ್ತದೆ:
E = 10^(-1/slope) - 1
ક્વાન્ટિટેટિવ પોલિમરેઝ ચેઇન રિએક્શન (qPCR) કાર્યક્ષમતા એ એક મહત્વપૂર્ણ પેરામીટર છે જે સીધા તમારા qPCR પ્રયોગોની ચોકસાઈ અને વિશ્વસનીયતાને અસર કરે છે. qPCR કાર્યક્ષમતા કેલ્ક્યુલેટર સંશોધકોને તેમની PCR રિએક્શન ટાર્ગેટ DNA અનુક્રમણિકાઓને દરેક થર્મલ ચક્ર સાથે કેટલાય કાર્યક્ષમતા સાથે વધારવા માટેની ક્ષમતા નક્કી કરવામાં મદદ કરે છે. આદર્શ qPCR રિએક્શન 90-110% વચ્ચેની કાર્યક્ષમતા ધરાવવી જોઈએ, જે સૂચવે છે કે PCR ઉત્પાદનની રકમ લગભગ દરેક ચક્ર દરમિયાન દોઢ થાય છે.
ખરાબ વધારવાની કાર્યક્ષમતા અચૂક માપન, વિશ્વસનીય પરિણામો અને ખોટા પ્રયોગના નિષ્કર્ષો તરફ દોરી શકે છે. તમારા qPCR કાર્યક્ષમતા ની ગણતરી અને નિરીક્ષણ કરીને, તમે પ્રતિક્રિયા શરતોને ઓપ્ટિમાઇઝ કરી શકો છો, પ્રાઇમર ડિઝાઇનને માન્ય કરી શકો છો અને તમારા માત્રાત્મક PCR ડેટાની ગુણવત્તાને સુનિશ્ચિત કરી શકો છો.
આ કેલ્ક્યુલેટર ધોરણ વક્ર પદ્ધતિનો ઉપયોગ કરે છે, જે ચક્ર થ્રેશોલ્ડ (Ct) મૂલ્યોને નમૂના સંકેતના લોગારિધમ સાથે પ્લોટ કરે છે (સિરિયલ ડિલ્યુશન્સ દ્વારા દર્શાવેલ) તમારા qPCR પરીક્ષણની કાર્યક્ષમતા નક્કી કરવા માટે. આ ધોરણ વક્રનું પરિણામ સ્લોપ પછી કાર્યક્ષમતા ગણતરી કરવા માટે સરળ ગણિતીય સૂત્રનો ઉપયોગ કરે છે.
qPCR રિએક્શનની કાર્યક્ષમતા ધોરણ વક્રના સ્લોપ પરથી નીચેના સૂત્રનો ઉપયોગ કરીને ગણવામાં આવે છે:
જ્યાં:
100% કાર્યક્ષમતા સાથેના આદર્શ PCR રિએક્શન માટે (દરેક ચક્ર સાથે અમ્પ્લિકોનનું સંપૂર્ણ દોઢ થવું), સ્લોપ -3.32 હશે. આ કારણસર:
10^{(-1/-3.32)} - 1 = 10^{0.301} - 1 = 2 - 1 = 1.0 \text{ (અથવા 100%)}
કાર્યક્ષમતા ટકા ગણતરી કરવામાં આવે છે દશમલવ કાર્યક્ષમતા 100 સાથે ગુણાકાર કરીને:
\text{કાર્યક્ષમતા (%)} = E \times 100\%
ધોરણ વક્ર Ct મૂલ્યો (y-અક્ષ) ને પ્રારંભિક નમૂના સંકેત અથવા ડિલ્યુશન ફેક્ટર (x-અક્ષ) ના લોગારિધમ સામે પ્લોટ કરીને બનાવવામાં આવે છે. આ ચર અને yના વચ્ચેનો સંબંધ રેખીય હોવો જોઈએ, અને આ રેખીય સંબંધની ગુણવત્તાને નિર્ધારિત કરવા માટે નિર્ધારણના ગુણાંક (R²) નો ઉપયોગ કરવામાં આવે છે.
વિશ્વસનીય qPCR કાર્યક્ષમતા ગણતરીઓ માટે:
ડેટા તૈયારી: કેલ્ક્યુલેટર તમારા Ct મૂલ્યોને દરેક ડિલ્યુશન પોઈન્ટ માટે અને ડિલ્યુશન ફેક્ટરને ઇનપુટ તરીકે લે છે.
લોગ પરિવર્તન: ડિલ્યુશન શ્રેણીને લોગારિધમ સ્કેલ (લોગ આધાર 10) માં પરિવર્તિત કરવામાં આવે છે.
લિનિયર રિગ્રેશન: કેલ્ક્યુલેટર લોગ-પરિવર્તિત ડેટા પર લિનિયર રિગ્રેશન વિશ્લેષણ કરે છે જેથી સ્લોપ, y-ઇન્ટરસેપ્ટ અને R² મૂલ્યનો નિર્ધારણ થાય.
કાર્યક્ષમતા ગણતરી: સ્લોપ મૂલ્યનો ઉપયોગ કરીને, કાર્યક્ષમતા ગણવામાં આવે છે સૂત્ર E = 10^(-1/slope) - 1 નો ઉપયોગ કરીને.
પરિણામોની વ્યાખ્યા: કેલ્ક્યુલેટર કાર્યક્ષમતા ટકા, સાથે સ્લોપ અને R² મૂલ્યને દર્શાવે છે જેથી તમે તમારા qPCR પરીક્ષણની વિશ્વસનીયતાને આંકી શકો.
તમારી qPCR કાર્યક્ષમતા ગણતરી કરવા માટે આ પગલાંઓ અનુસરો:
ડિલ્યુશન્સની સંખ્યા સેટ કરો: તમારા ધોરણ વક્રમાં તમારી પાસે કેટલી ડિલ્યુશન પોઈન્ટ્સ છે તે પસંદ કરો (3-7 પોઈન્ટ્સની ભલામણ કરવામાં આવે છે).
ડિલ્યુશન ફેક્ટર દાખલ કરો: સતત નમૂનાઓ વચ્ચે ઉપયોગમાં લેવાયેલ ડિલ્યુશન ફેક્ટર દાખલ કરો (ઉદાહરણ તરીકે, 10 માટે 10-ફોલ્ડ ડિલ્યુશન શ્રેણી, 5 માટે 5-ફોલ્ડ ડિલ્યુશન શ્રેણી).
Ct મૂલ્યો દાખલ કરો: દરેક ડિલ્યુશન પોઈન્ટ માટે Ct મૂલ્યો દાખલ કરો. સામાન્ય રીતે, પ્રથમ ડિલ્યુશન (ડિલ્યુશન 1)માં નમૂનાનો સૌથી ઊંચો સંકેત હોય છે, જે સૌથી નીચી Ct મૂલ્ય આપે છે.
પરિણામો જુઓ: કેલ્ક્યુલેટર આપોઆપ ગણતરી કરશે અને દર્શાવશે:
પરિણામોની વ્યાખ્યા: આંકવા કે તમારી qPCR કાર્યક્ષમતા સ્વીકૃત શ્રેણીમાં (90-110%) છે કે નહીં અને R² મૂલ્ય વિશ્વસનીય ધોરણ વક્ર દર્શાવે છે કે નહીં (≥ 0.98).
પરિણામો નકલ કરો: તમારા રેકોર્ડ અથવા પ્રકાશનો માટે તમામ ગણતરી કરેલ મૂલ્યોને નકલ કરવા માટે "પરિણામો નકલ કરો" બટનનો ઉપયોગ કરો.
ચાલો એક ઉદાહરણ દ્વારા પસાર થઈએ:
જ્યારે ધોરણ વક્ર પર પ્લોટ કરવામાં આવે છે:
કેલ્ક્યુલેટર લિનિયર રિગ્રેશન કરશે અને નક્કી કરશે:
કાર્યક્ષમતા સૂત્રનો ઉપયોગ કરીને:
આ 93% ની સારી qPCR કાર્યક્ષમતા દર્શાવે છે, જે સ્વીકૃત શ્રેણીમાં (90-110%) છે.
કોઈ નવી પ્રાઇમર જોડીનો ઉપયોગ માત્રાત્મક પ્રયોગો માટે કરતા પહેલા, તેની કામગીરી માન્ય કરવી મહત્વપૂર્ણ છે. qPCR કાર્યક્ષમતા ગણતરીમાં મદદ કરે છે:
નવી qPCR પરીક્ષણો વિકસિત કરતી વખતે, કાર્યક્ષમતા ગણતરી મહત્વપૂર્ણ છે:
સાપેક્ષ માપન પ્રયોગોમાં, PCR કાર્યક્ષમતા જાણવી મહત્વપૂર્ણ છે:
ક્લિનિકલ અને નિદાન સેટિંગ્સમાં, qPCR કાર્યક્ષમતા મહત્વપૂર્ણ છે:
પર્યાવરણ અને ખોરાકની સલામતીના એપ્લિકેશનો માટે, કાર્યક્ષમતા ગણતરીમાં મદદ કરે છે:
જ્યારે ધોરણ વક્ર પદ્ધતિ qPCR કાર્યક્ષમતા ગણતરી માટે સૌથી સામાન્ય અભિગમ છે, ત્યાં વિકલ્પો છે:
આ પદ્ધતિ એક જ અમ્પ્લિફિકેશન વક્રના ફ્લુઓરેસેન્સ ડેટા પરથી કાર્યક્ષમતા ગણતરી કરે છે, વિના ડિલ્યુશન શ્રેણીની જરૂર છે. લિનરેગPCR જેવી સોફ્ટવેર વ્યક્તિગત પ્રતિક્રિયાઓના વ્યાપક તબક્કામાં કાર્યક્ષમતા નક્કી કરવા માટે વિશ્લેષણ કરે છે.
લાભ:
નુકસાન:
ડિજિટલ PCR (dPCR) સંપૂર્ણ માપન પ્રદાન કરે છે વિના ધોરણ વક્ર અથવા કાર્યક્ષમતા ગણતરીઓની જરૂર.
લાભ:
નુકસાન:
કેટલાક qPCR વિશ્લેષણ સોફ્ટવેર તુલનાત્મક માપન પદ્ધતિઓ પ્રદાન કરે છે જે સંપૂર્ણ ધોરણ વક્ર વિના કાર્યક્ષમતાનો અંદાજ લગાવે છે.
લાભ:
નુકસાન:
qPCR અને કાર્યક્ષમતા ગણતરીઓનું વિકાસ છેલ્લા કેટલાક દાયકાઓમાં નોંધપાત્ર રીતે બદલાયું છે:
પોલિમરેઝ ચેઇન રિએક્શન (PCR) ની શોધ કેરી મ્યુલિસ દ્વારા 1983માં કરવામાં આવી હતી, જે મોલેક્યુલર બાયોલોજીમાં ક્રાંતિ લાવ્યા. જોકે, પરંપરાગત PCR માત્ર ગુણાત્મક અથવા અર્ધ-માત્રાત્મક હતી. 1990ના દાયકાના પ્રારંભમાં રસેલ હિગુચી અને તેની ટીમ દ્વારા પ્રથમ રિયલ-ટાઇમ PCR સિસ્ટમ વિકસાવવામાં આવી, જેમણે દર્શાવ્યું કે PCR ઉત્પાદનો જેમ જેમ એકત્રિત થાય છે (એથિડિયમ બ્રોમાઇડ ફ્લુઓરેસેન્સનો ઉપયોગ કરીને) તે માત્રાત્મક માહિતી પ્રદાન કરી શકે છે.
જ્યારે qPCR ટેકનોલોજી આગળ વધતી ગઈ, સંશોધકોને ધોરણીકરણ અને માન્યતાના મહત્વને ઓળખવા માટે પ્રેરણા મળી. PCR કાર્યક્ષમતા ની વિચારણા વિશ્વસનીય માપન માટે કેન્દ્રિય બની ગઈ:
ક્ષેત્ર સતત વિકસિત થયું છે:
આજે, qPCR કાર્યક્ષમતા ગણતરી કરવી અને રિપોર્ટ કરવી વિશ્વસનીય qPCR ડેટા પ્રકાશિત કરવા માટે જરૂરી માનવામાં આવે છે, અને આ કેલ્ક્યુલેટર જેવા સાધનો સંશોધકોને ક્ષેત્રમાં શ્રેષ્ઠ પ્રથાઓને અનુસરવામાં મદદ કરે છે.
1' Excel સૂત્ર કાર્યક્ષમતા ગણતરી માટે સ્લોપમાંથી
2' જો સ્લોપ A2માં હોય તો B2માં મૂકવું
3=10^(-1/A2)-1
4
5' કાર્યક્ષમતા ટકામાં રૂપાંતરિત કરવા માટે Excel સૂત્ર
6' જો કાર્યક્ષમતા દશમલવ B2માં હોય તો C2માં મૂકવું
7=B2*100
8
9' Ct મૂલ્યો અને ડિલ્યુશન ફેક્ટરથી કાર્યક્ષમતા ગણતરી કરવા માટે ફંક્શન
10Function qPCR_Efficiency(CtValues As Range, DilutionFactor As Double) As Double
11 Dim i As Integer
12 Dim n As Integer
13 Dim sumX As Double, sumY As Double, sumXY As Double, sumXX As Double
14 Dim logDilution As Double, slope As Double
15
16 n = CtValues.Count
17
18 ' લિનિયર રિગ્રેશનની ગણતરી
19 For i = 1 To n
20 logDilution = (i - 1) * WorksheetFunction.Log10(DilutionFactor)
21 sumX = sumX + logDilution
22 sumY = sumY + CtValues(i)
23 sumXY = sumXY + (logDilution * CtValues(i))
24 sumXX = sumXX + (logDilution * logDilution)
25 Next i
26
27 ' સ્લોપની ગણતરી
28 slope = (n * sumXY - sumX * sumY) / (n * sumXX - sumX * sumX)
29
30 ' કાર્યક્ષમતા ગણતરી
31 qPCR_Efficiency = (10 ^ (-1 / slope) - 1) * 100
32End Function
33
1# Ct મૂલ્યો અને ડિલ્યુશન ફેક્ટરથી qPCR કાર્યક્ષમતા ગણતરી કરવા માટે R ફંક્શન
2calculate_qpcr_efficiency <- function(ct_values, dilution_factor) {
3 # લોગ ડિલ્યુશન મૂલ્યો બનાવો
4 log_dilutions <- log10(dilution_factor) * seq(0, length(ct_values) - 1)
5
6 # લિનિયર રિગ્રેશન કરો
7 model <- lm(ct_values ~ log_dilutions)
8
9 # સ્લોપ અને R-ચોરસ મેળવો
10 slope <- coef(model)[2]
11 r_squared <- summary(model)$r.squared
12
13 # કાર્યક્ષમતા ગણતરી
14 efficiency <- (10^(-1/slope) - 1) * 100
15
16 # પરિણામો પરત કરો
17 return(list(
18 efficiency = efficiency,
19 slope = slope,
20 r_squared = r_squared,
21 intercept = coef(model)[1]
22 ))
23}
24
25# ઉદાહરણ ઉપયોગ
26ct_values <- c(15.0, 18.5, 22.0, 25.5, 29.0)
27dilution_factor <- 10
28results <- calculate_qpcr_efficiency(ct_values, dilution_factor)
29cat(sprintf("કાર્યક્ષમતા: %.2f%%\n", results$efficiency))
30cat(sprintf("સ્લોપ: %.4f\n", results$slope))
31cat(sprintf("R-ચોરસ: %.4f\n", results$r_squared))
32
1import numpy as np
2from scipy import stats
3import matplotlib.pyplot as plt
4
5def calculate_qpcr_efficiency(ct_values, dilution_factor):
6 """
7 Ct મૂલ્યો અને ડિલ્યુશન ફેક્ટરથી qPCR કાર્યક્ષમતા ગણતરી કરો.
8
9 પેરામિટર્સ:
10 ct_values (list): Ct મૂલ્યોની યાદી
11 dilution_factor (float): સતત નમૂનાઓ વચ્ચેનો ડિલ્યુશન ફેક્ટર
12
13 પરત કરે છે:
14 dict: કાર્યક્ષમતા, સ્લોપ, r_squared, અને ઇન્ટરસેપ્ટ ધરાવતી ડિક્શનરી
15 """
16 # લોગ ડિલ્યુશન મૂલ્યો બનાવો
17 log_dilutions = np.log10(dilution_factor) * np.arange(len(ct_values))
18
19 # લિનિયર રિગ્રેશન કરો
20 slope, intercept, r_value, p_value, std_err = stats.linregress(log_dilutions, ct_values)
21
22 # કાર્યક્ષમતા ગણતરી
23 efficiency = (10 ** (-1 / slope) - 1) * 100
24 r_squared = r_value ** 2
25
26 return {
27 'efficiency': efficiency,
28 'slope': slope,
29 'r_squared': r_squared,
30 'intercept': intercept
31 }
32
33def plot_standard_curve(ct_values, dilution_factor, results):
34 """
35 ધોરણ વક્રને રિગ્રેશન રેખા સાથે પ્લોટ કરો.
36 """
37 log_dilutions = np.log10(dilution_factor) * np.arange(len(ct_values))
38
39 plt.figure(figsize=(10, 6))
40 plt.scatter(log_dilutions, ct_values, color='blue', s=50)
41
42 # રિગ્રેશન રેખા માટે પોઈન્ટ્સ જનરેટ કરો
43 x_line = np.linspace(min(log_dilutions) - 0.5, max(log_dilutions) + 0.5, 100)
44 y_line = results['slope'] * x_line + results['intercept']
45 plt.plot(x_line, y_line, 'r-', linewidth=2)
46
47 plt.xlabel('લોગ ડિલ્યુશન')
48 plt.ylabel('Ct મૂલ્ય')
49 plt.title('qPCR ધોરણ વક્ર')
50
51 # પ્લોટમાં સમીકરણ અને R² ઉમેરો
52 equation = f"y = {results['slope']:.4f}x + {results['intercept']:.4f}"
53 r_squared = f"R² = {results['r_squared']:.4f}"
54 efficiency = f"કાર્યક્ષમતા = {results['efficiency']:.2f}%"
55
56 plt.annotate(equation, xy=(0.05, 0.95), xycoords='axes fraction')
57 plt.annotate(r_squared, xy=(0.05, 0.90), xycoords='axes fraction')
58 plt.annotate(efficiency, xy=(0.05, 0.85), xycoords='axes fraction')
59
60 plt.grid(True, linestyle='--', alpha=0.7)
61 plt.tight_layout()
62 plt.show()
63
64# ઉદાહરણ ઉપયોગ
65ct_values = [15.0, 18.5, 22.0, 25.5, 29.0]
66dilution_factor = 10
67results = calculate_qpcr_efficiency(ct_values, dilution_factor)
68
69print(f"કાર્યક્ષમતા: {results['efficiency']:.2f}%")
70print(f"સ્લોપ: {results['slope']:.4f}")
71print(f"R-ચોરસ: {results['r_squared']:.4f}")
72print(f"ઇન્ટરસેપ્ટ: {results['intercept']:.4f}")
73
74# ધોરણ વક્રને પ્લોટ કરો
75plot_standard_curve(ct_values, dilution_factor, results)
76
1/**
2 * Ct મૂલ્યો અને ડિલ્યુશન ફેક્ટરથી qPCR કાર્યક્ષમતા ગણતરી કરો
3 * @param {Array<number>} ctValues - Ct મૂલ્યોની એરે
4 * @param {number} dilutionFactor - સતત નમૂનાઓ વચ્ચેનો ડિલ્યુશન ફેક્ટર
5 * @returns {Object} કાર્યક્ષમતા, સ્લોપ, rSquared, અને ઇન્ટરસેપ્ટ ધરાવતી ઓબ્જેક્ટ
6 */
7function calculateQPCREfficiency(ctValues, dilutionFactor) {
8 // લોગ ડિલ્યુશન મૂલ્યો બનાવો
9 const logDilutions = ctValues.map((_, index) => index * Math.log10(dilutionFactor));
10
11 // લિનિયર રિગ્રેશન માટે સરવાળો ગણવો
12 const n = ctValues.length;
13 let sumX = 0, sumY = 0, sumXY = 0, sumXX = 0, sumYY = 0;
14
15 for (let i = 0; i < n; i++) {
16 sumX += logDilutions[i];
17 sumY += ctValues[i];
18 sumXY += logDilutions[i] * ctValues[i];
19 sumXX += logDilutions[i] * logDilutions[i];
20 sumYY += ctValues[i] * ctValues[i];
21 }
22
23 // સ્લોપ અને ઇન્ટરસેપ્ટની ગણતરી
24 const slope = (n * sumXY - sumX * sumY) / (n * sumXX - sumX * sumX);
25 const intercept = (sumY - slope * sumX) / n;
26
27 // R-ચોરસની ગણતરી
28 const yMean = sumY / n;
29 let totalVariation = 0;
30 let explainedVariation = 0;
31
32 for (let i = 0; i < n; i++) {
33 const yPredicted = slope * logDilutions[i] + intercept;
34 totalVariation += Math.pow(ctValues[i] - yMean, 2);
35 explainedVariation += Math.pow(yPredicted - yMean, 2);
36 }
37
38 const rSquared = explainedVariation / totalVariation;
39
40 // કાર્યક્ષમતા ગણતરી
41 const efficiency = (Math.pow(10, -1 / slope) - 1) * 100;
42
43 return {
44 efficiency,
45 slope,
46 rSquared,
47 intercept
48 };
49}
50
51// ઉદાહરણ ઉપયોગ
52const ctValues = [15.0, 18.5, 22.0, 25.5, 29.0];
53const dilutionFactor = 10;
54const results = calculateQPCREfficiency(ctValues, dilutionFactor);
55
56console.log(`કાર્યક્ષમતા: ${results.efficiency.toFixed(2)}%`);
57console.log(`સ્લોપ: ${results.slope.toFixed(4)}`);
58console.log(`R-ચોરસ: ${results.rSquared.toFixed(4)}`);
59console.log(`ઇન્ટરસેપ્ટ: ${results.intercept.toFixed(4)}`);
60
સારી qPCR કાર્યક્ષમતા સામાન્ય રીતે 90% અને 110% (0.9-1.1) વચ્ચે રહે છે. 100% કાર્યક્ષમતા અમ્પ્લિકોનના દરેક ચક્ર સાથે સંપૂર્ણ દોઢ થવું દર્શાવે છે. આ શ્રેણી બહારની કાર્યક્ષમતા પ્રાઇમર ડિઝાઇન, પ્રતિક્રિયા શરતો, અથવા અવરોધકોની હાજરી જેવી સમસ્યાઓ દર્શાવી શકે છે.
100% કરતાં વધુ કાર્યક્ષમતા નીચેના કારણોસર થઈ શકે છે:
નીચું R² મૂલ્ય (0.98ની નીચે) તમારા ધોરણ વક્રમાં ખરાબ રેખીયતાને સૂચવે છે, જે હોઈ શકે છે:
વિશ્વસનીય કાર્યક્ષમતા ગણતરીઓ માટે, ઓછામાં ઓછા 3 ડિલ્યુશન પોઈન્ટ્સની જરૂર છે, પરંતુ વધુ ચોકસાઈ માટે 5-6 પોઈન્ટ્સની ભલામણ કરવામાં આવે છે. આ પોઈન્ટ્સને તમારા પ્રયોગાત્મક નમૂનાઓમાં અપેક્ષિત નમૂના સંકેતોની સંપૂર્ણ ડાયનામિક શ્રેણી વ્યાપી જવું જોઈએ.
ΔΔCt પદ્ધતિનો ઉપયોગ કરીને સાપેક્ષ માપનમાં, ટાર્ગેટ અને રેફરન્સ જીનો વચ્ચે સમાન કાર્યક્ષમતા હોવાની ધારણા કરવામાં આવે છે (આદર્શ રીતે 100%). જ્યારે કાર્યક્ષમતા નોંધપાત્ર રીતે અલગ હોય:
નહીં, કાર્યક્ષમતા દરેક પ્રાઇમર જોડી માટે નક્કી કરવામાં આવવી જોઈએ અને ફરીથી માન્ય કરવામાં આવવી જોઈએ:
PCR અવરોધકો:
આ શબ્દો સામાન્ય રીતે એકબીજાની જગ્યાએ ઉપયોગ થાય છે, પરંતુ:
qPCR કાર્યક્ષમતા સુધારવા માટે:
જ્યારે કાર્યક્ષમતા નોંધપાત્ર રીતે અલગ હોય ત્યારે નમૂનાઓની તુલના કરવી ભલામણ કરવામાં આવતી નથી કારણ કે:
Bustin SA, Benes V, Garson JA, et al. The MIQE guidelines: minimum information for publication of quantitative real-time PCR experiments. Clin Chem. 2009;55(4):611-622. doi:10.1373/clinchem.2008.112797
Pfaffl MW. A new mathematical model for relative quantification in real-time RT-PCR. Nucleic Acids Res. 2001;29(9):e45. doi:10.1093/nar/29.9.e45
Svec D, Tichopad A, Novosadova V, Pfaffl MW, Kubista M. How good is a PCR efficiency estimate: Recommendations for precise and robust qPCR efficiency assessments. Biomol Detect Quantif. 2015;3:9-16. doi:10.1016/j.bdq.2015.01.005
Taylor SC, Nadeau K, Abbasi M, Lachance C, Nguyen M, Fenrich J. The Ultimate qPCR Experiment: Producing Publication Quality, Reproducible Data the First Time. Trends Biotechnol. 2019;37(7):761-774. doi:10.1016/j.tibtech.2018.12.002
Ruijter JM, Ramakers C, Hoogaars WM, et al. Amplification efficiency: linking baseline and bias in the analysis of quantitative PCR data. Nucleic Acids Res. 2009;37(6):e45. doi:10.1093/nar/gkp045
Higuchi R, Fockler C, Dollinger G, Watson R. Kinetic PCR analysis: real-time monitoring of DNA amplification reactions. Biotechnology (N Y). 1993;11(9):1026-1030. doi:10.1038/nbt0993-1026
Bio-Rad Laboratories. Real-Time PCR Applications Guide. https://www.bio-rad.com/webroot/web/pdf/lsr/literature/Bulletin_5279.pdf
Thermo Fisher Scientific. Real-Time PCR Handbook. https://www.thermofisher.com/content/dam/LifeTech/global/Forms/PDF/real-time-pcr-handbook.pdf
અમારી qPCR કાર્યક્ષમતા કેલ્ક્યુલેટર સંશોધકોને તેમના માત્રાત્મક PCR પ્રયોગોને માન્ય અને ઓપ્ટિમાઇઝ કરવા માટે એક સરળ પરંતુ શક્તિશાળી સાધન પ્રદાન કરે છે. ધોરણ વક્રોથી કાર્યક્ષમતા ચોકસાઈથી ગણતરી કરીને, તમે વિશ્વસનીય માપન સુનિશ્ચિત કરી શકો છો, સમસ્યાઓને ઉકેલી શકો છો, અને તમારા qPCR ડેટાની શ્રેષ્ઠતા સુનિશ્ચિત કરી શકો છો.
આજે અમારી કેલ્ક્યુલેટરનો ઉપયોગ કરો અને તમારા qPCR ડેટાની ગુણવત્તા અને વિશ્વસનીયતામાં સુધારો કરો!
ನಿಮ್ಮ ಕೆಲಸದ ಹಂತಕ್ಕೆ ಉಪಯೋಗಿಸಬಹುದಾದ ಹೆಚ್ಚು ಉಪಕರಣಗಳನ್ನು ಹುಡುಕಿ ಹೊಸ ಉಪಕರಣಗಳನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಿರಿ