Izračunajte frekvenciju specifičnih alela (varijanti gena) unoseći ukupan broj pojedinaca i instance alela. Osnovno za populacionu genetiku, evolucijsku biologiju i studije genetske raznolikosti.
Овај алат израчунава учесталост специфичних алела (варијанти гена) у одређеној популацији. Унесите укупан број појединаца у популацији и број примерака специфичног алела да бисте израчунали његову учесталост.
Traker genetske varijacije je specijalizovani alat dizajniran za izračunavanje frekvencije alela unutar populacije. Frekvencija alela predstavlja proporciju specifične varijante gena (alel) među svim kopijama tog gena u populaciji, služeći kao osnovno merenje u populacionoj genetici. Ovaj kalkulator pruža jednostavan metod za određivanje koliko su specifične genetske varijante uobičajene unutar grupe, što je od suštinskog značaja za razumevanje genetske raznolikosti, evolucije i rizika od bolesti u populacijama. Bilo da ste student koji uči o genetskim principima, istraživač koji analizira podatke populacije ili zdravstveni radnik koji proučava prevalenciju bolesti, ovaj alat nudi jednostavan, ali moćan način za kvantifikaciju genetske varijacije.
Frekvencija alela se odnosi na relativnu proporciju specifičnog alela (varijante gena) među svim alelima na tom genetskom lokusu u populaciji. U većini organizama, uključujući ljude, svaka jedinka nosi dve kopije svakog gena (jednu nasleđenu od svakog roditelja), čineći ih diploidnim organizmima. Stoga, u populaciji od N jedinki, postoji 2N kopija svakog gena.
Frekvencija alela se izračunava korišćenjem sledeće formule:
Gde:
Na primer, ako imamo 100 jedinki u populaciji, i zabeleženo je 50 instanci određenog alela, frekvencija bi bila:
To znači da 25% svih alela na ovom genetskom lokusu u populaciji pripada ovoj specifičnoj varijanti.
Naš Kalkulator frekvencije alela je dizajniran da bude intuitivan i jednostavan za korišćenje. Pratite ove jednostavne korake da izračunate frekvenciju specifičnog alela u vašoj populaciji:
Unesite ukupan broj jedinki u populaciji u prvo polje za unos.
Unesite broj instanci specifičnog alela koji pratite u drugom polju za unos.
Pogledajte izračunatu frekvenciju alela prikazanu u sekciji rezultata.
Istražite vizualizaciju da biste videli grafički prikaz raspodele alela.
Koristite dugme za kopiranje da kopirate rezultat u vaš međuspremnik za korišćenje u izveštajima ili daljoj analizi.
Kalkulator vrši nekoliko provera validacije kako bi osigurao tačne rezultate:
Ako neka od ovih validacija ne uspe, poruka o grešci će vas uputiti da ispravite svoj unos.
Rezultat frekvencije alela se prikazuje kao decimalna vrednost između 0 i 1, gde:
Na primer:
Kalkulator takođe pruža vizuelni prikaz frekvencije kako bi vam pomogao da tumačite rezultate na prvi pogled.
Za diploidne organizme (poput ljudi), osnovna formula za izračunavanje frekvencije alela je:
Gde:
Postoji nekoliko načina za izračunavanje frekvencije alela u zavisnosti od dostupnih podataka:
Ako znate broj jedinki sa svakim genotipom, možete izračunati:
Gde:
Ako znate frekvencije svakog genotipa:
Gde:
Dok je naš kalkulator dizajniran za diploidne organizme, koncept se može proširiti na organizme sa različitim nivoima ploidije:
Frekvencije alela su osnovne u istraživanju populacione genetike za:
Praćenje genetske raznolikosti unutar i između populacija
Proučavanje evolucionih procesa
Analizu protoka gena između populacija
Istraživanje genetskog drifta
Podaci o frekvenciji alela su ključni u medicinskoj genetici za:
Procenu rizika od bolesti
Farmakogenetiku
Genetsko savetovanje
Planiranje javnog zdravlja
Izračunavanje frekvencije alela je korisno u:
Uzgoju useva i stoke
Konzervaciji ugroženih vrsta
Upravljanju invazivnim vrstama
Traker genetske varijacije je odličan obrazovni alat za:
Podučavanje osnovnim genetskim principima
Laboratorijske vežbe
Dok je frekvencija alela osnovno merenje u populacionoj genetici, nekoliko alternativnih ili komplementarnih metrika može pružiti dodatne uvide:
Frekvencija genotipa
Heterozigotnost
Indeks fiksacije (FST)
Efektivna veličina populacije (Ne)
Linkage disequilibrium
Koncept frekvencije alela ima bogatu istoriju u oblasti genetike i bio je fundamentalni za naše razumevanje nasleđivanja i evolucije.
Osnova za razumevanje frekvencija alela postavljena je početkom 20. veka:
1908: G.H. Hardy i Wilhelm Weinberg su nezavisno izveli ono što je postalo poznato kao Hardy-Weinbergov princip, koji opisuje odnos između frekvencija alela i genotipa u ne-evoluirajućoj populaciji.
1918: R.A. Fisher je objavio svoj revolucionarni rad o "Korelaciji između srodnika pod pretpostavkom Mendelovskog nasleđivanja", koji je pomogao da se uspostavi oblast populacione genetike pomirenjem Mendelovskog nasleđivanja sa kontinuiranom varijacijom.
1930-ih: Sewall Wright, R.A. Fisher i J.B.S. Haldane su razvili matematičku osnovu populacione genetike, uključujući modele za to kako se frekvencije alela menjaju tokom vremena zbog selekcije, mutacije, migracije i genetskog drifta.
Studija frekvencija alela značajno je evoluirala sa tehnološkim napretkom:
1950-ih-1960-ih: Otkriće polimorfizama proteina omogućilo je direktno merenje genetske varijacije na molekularnom nivou.
1970-ih-1980-ih: Razvoj analize dužine restrikcionih fragmenata (RFLP) omogućio je detaljnije proučavanje genetske varijacije.
1990-ih-2000-ih: Projekat ljudskog genoma i kasniji napredak u tehnologiji sekvenciranja DNK revolucionisali su našu sposobnost merenja frekvencija alela širom celih genoma.
2010-ih-do danas: Veliki genomski projekti poput 1000 Genoma i studije asocijacije širom genoma (GWAS) stvorili su sveobuhvatne kataloge ljudske genetske varijacije i frekvencija alela širom raznih populacija.
Danas, izračunavanje frekvencije alela ostaje centralno u brojnim oblastima, od evolucione biologije do personalizovane medicine, i nastavlja da koristi sve sofisticiranije računarske alate i statističke metode.
1' Excel formula for calculating allele frequency
2' Place in cell with number of allele instances in A1 and number of individuals in B1
3=A1/(B1*2)
4
5' Excel VBA function for calculating allele frequency
6Function AlleleFrequency(instances As Integer, individuals As Integer) As Double
7 ' Validate inputs
8 If individuals <= 0 Then
9 AlleleFrequency = CVErr(xlErrValue)
10 Exit Function
11 End If
12
13 If instances < 0 Or instances > individuals * 2 Then
14 AlleleFrequency = CVErr(xlErrValue)
15 Exit Function
16 End If
17
18 ' Calculate frequency
19 AlleleFrequency = instances / (individuals * 2)
20End Function
21
1def calculate_allele_frequency(instances, individuals):
2 """
3 Calculate the frequency of a specific allele in a population.
4
5 Parameters:
6 instances (int): Number of instances of the specific allele
7 individuals (int): Total number of individuals in the population
8
9 Returns:
10 float: The allele frequency as a value between 0 and 1
11 """
12 # Validate inputs
13 if individuals <= 0:
14 raise ValueError("Number of individuals must be positive")
15
16 if instances < 0:
17 raise ValueError("Number of instances cannot be negative")
18
19 if instances > individuals * 2:
20 raise ValueError("Number of instances cannot exceed twice the number of individuals")
21
22 # Calculate frequency
23 return instances / (individuals * 2)
24
25# Example usage
26try:
27 allele_instances = 50
28 population_size = 100
29 frequency = calculate_allele_frequency(allele_instances, population_size)
30 print(f"Allele frequency: {frequency:.4f} ({frequency*100:.1f}%)")
31except ValueError as e:
32 print(f"Error: {e}")
33
1calculate_allele_frequency <- function(instances, individuals) {
2 # Validate inputs
3 if (individuals <= 0) {
4 stop("Number of individuals must be positive")
5 }
6
7 if (instances < 0) {
8 stop("Number of instances cannot be negative")
9 }
10
11 if (instances > individuals * 2) {
12 stop("Number of instances cannot exceed twice the number of individuals")
13 }
14
15 # Calculate frequency
16 instances / (individuals * 2)
17}
18
19# Example usage
20allele_instances <- 50
21population_size <- 100
22frequency <- calculate_allele_frequency(allele_instances, population_size)
23cat(sprintf("Allele frequency: %.4f (%.1f%%)\n", frequency, frequency*100))
24
25# Plotting the result
26library(ggplot2)
27data <- data.frame(
28 Allele = c("Target Allele", "Other Alleles"),
29 Frequency = c(frequency, 1-frequency)
30)
31ggplot(data, aes(x = Allele, y = Frequency, fill = Allele)) +
32 geom_bar(stat = "identity") +
33 scale_fill_manual(values = c("Target Allele" = "#4F46E5", "Other Alleles" = "#D1D5DB")) +
34 labs(title = "Allele Frequency Distribution",
35 y = "Frequency",
36 x = NULL) +
37 theme_minimal() +
38 scale_y_continuous(labels = scales::percent)
39
1/**
2 * Calculate the frequency of a specific allele in a population.
3 *
4 * @param {number} instances - Number of instances of the specific allele
5 * @param {number} individuals - Total number of individuals in the population
6 * @returns {number} The allele frequency as a value between 0 and 1
7 * @throws {Error} If inputs are invalid
8 */
9function calculateAlleleFrequency(instances, individuals) {
10 // Validate inputs
11 if (individuals <= 0) {
12 throw new Error("Number of individuals must be positive");
13 }
14
15 if (instances < 0) {
16 throw new Error("Number of instances cannot be negative");
17 }
18
19 if (instances > individuals * 2) {
20 throw new Error("Number of instances cannot exceed twice the number of individuals");
21 }
22
23 // Calculate frequency
24 return instances / (individuals * 2);
25}
26
27// Example usage
28try {
29 const alleleInstances = 50;
30 const populationSize = 100;
31 const frequency = calculateAlleleFrequency(alleleInstances, populationSize);
32 console.log(`Allele frequency: ${frequency.toFixed(4)} (${(frequency*100).toFixed(1)}%)`);
33} catch (error) {
34 console.error(`Error: ${error.message}`);
35}
36
1public class AlleleFrequencyCalculator {
2 /**
3 * Calculate the frequency of a specific allele in a population.
4 *
5 * @param instances Number of instances of the specific allele
6 * @param individuals Total number of individuals in the population
7 * @return The allele frequency as a value between 0 and 1
8 * @throws IllegalArgumentException If inputs are invalid
9 */
10 public static double calculateAlleleFrequency(int instances, int individuals) {
11 // Validate inputs
12 if (individuals <= 0) {
13 throw new IllegalArgumentException("Number of individuals must be positive");
14 }
15
16 if (instances < 0) {
17 throw new IllegalArgumentException("Number of instances cannot be negative");
18 }
19
20 if (instances > individuals * 2) {
21 throw new IllegalArgumentException("Number of instances cannot exceed twice the number of individuals");
22 }
23
24 // Calculate frequency
25 return (double) instances / (individuals * 2);
26 }
27
28 public static void main(String[] args) {
29 try {
30 int alleleInstances = 50;
31 int populationSize = 100;
32 double frequency = calculateAlleleFrequency(alleleInstances, populationSize);
33 System.out.printf("Allele frequency: %.4f (%.1f%%)\n", frequency, frequency*100);
34 } catch (IllegalArgumentException e) {
35 System.err.println("Error: " + e.getMessage());
36 }
37 }
38}
39
Alel je varijantna forma gena. Različiti aleli proizvode varijacije u nasleđenim karakteristikama kao što su boja kose ili krvna grupa. Svaka osoba obično nasleđuje dva alela za svaki gen, jedan od svakog roditelja. Ako su dva alela ista, jedinka je homozigotna za taj gen. Ako su aleli različiti, jedinka je heterozigotna.
Izračunavanje frekvencije alela je važno jer pomaže naučnicima da razumeju genetsku raznolikost unutar populacija, prate promene u genetskom sastavu tokom vremena, identifikuju potencijalne rizike od bolesti i proučavaju evolucione procese. Pruža kvantitativnu meru koliko su specifične genetske varijante u populaciji uobičajene ili retke.
Veličina uzorka značajno utiče na tačnost procena frekvencije alela. Veći uzorci obično pružaju tačnije procene sa užim intervalima poverenja. Mali uzorci možda neće tačno predstavljati pravu frekvenciju populacije, posebno za retke alele. Kao pravilo, veće veličine uzorka (tipično >100 jedinki) se preferiraju za pouzdano izračunavanje frekvencije alela.
Da, frekvencije alela mogu se menjati tokom vremena zbog nekoliko evolucionih sila:
Ako znate frekvencije genotipova (npr. AA, Aa, aa), možete izračunati frekvenciju alela A kao: Gde je frekvencija genotipa AA, a frekvencija heterozigotnog genotipa.
Hardy-Weinbergova ravnoteža opisuje odnos između frekvencija alela i genotipa u ne-evoluirajućoj populaciji. Prema ovom principu, ako je p frekvencija alela A, a q frekvencija alela a (gde p + q = 1), tada su očekivane frekvencije genotipa:
Odstupanja od ovih očekivanih frekvencija mogu ukazivati na evolucione sile koje deluju u populaciji.
Za X-linkovane gene, muškarci imaju samo jednu kopiju dok žene imaju dve. Da biste izračunali frekvenciju alela:
Podaci o frekvenciji alela mogu pomoći u proceni prevalencije genetskih poremećaja u populaciji. Međutim, predviđanje rizika od bolesti kod pojedinaca zahteva dodatne informacije o penetraciji gena (verovatnoća da osoba sa genotipom razvije bolest) i ekspresivnosti (varijacija simptoma bolesti među jedinkama sa istim genotipom).
Frekvencija alela se odnosi na proporciju specifičnog alela među svim alelima na tom lokusu u populaciji. Frekvencija genotipa se odnosi na proporciju jedinki sa specifičnim genotipom. Na primer, u populaciji sa genotipovima AA, Aa i aa, frekvencija alela A se izračunava iz svih A alela, dok se frekvencija genotipa AA jednostavno izražava kao proporcija jedinki sa tim specifičnim genotipom.
Za velike uzorke, možete aproksimirati 95% interval poverenja za frekvenciju alela (p) koristeći: Gde je N broj jedinki uzetih u uzorak. Za male uzorke ili veoma visoke/niske frekvencije, složenije metode poput Wilsonove intervalne metode mogu biti prikladnije.
Hartl, D. L., & Clark, A. G. (2007). Principles of Population Genetics (4th ed.). Sinauer Associates.
Hamilton, M. B. (2021). Population Genetics (2nd ed.). Wiley-Blackwell.
Nielsen, R., & Slatkin, M. (2013). An Introduction to Population Genetics: Theory and Applications. Sinauer Associates.
Hedrick, P. W. (2011). Genetics of Populations (4th ed.). Jones & Bartlett Learning.
Templeton, A. R. (2006). Population Genetics and Microevolutionary Theory. Wiley-Liss.
The 1000 Genomes Project Consortium. (2015). A global reference for human genetic variation. Nature, 526(7571), 68-74. https://doi.org/10.1038/nature15393
Allele Frequency Net Database. http://www.allelefrequencies.net/
Ensembl Genome Browser. https://www.ensembl.org/
National Human Genome Research Institute. https://www.genome.gov/
Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM). https://www.omim.org/
Razumevanje genetskog sastava populacija nikada nije bilo lakše. Naš Kalkulator frekvencije alela pruža jednostavan, ali moćan način za kvantifikaciju genetske varijacije u vašoj studijskoj populaciji. Bilo da ste student, istraživač ili zdravstveni radnik, ovaj alat će vam pomoći da dobijete dragocene uvide u populacionu genetiku.
Započnite izračunavanje frekvencija alela sada i otkrijte genetski pejzaž vaše populacije!
Otkrijte više alata koji mogu biti korisni za vaš radni proces