Kalkulator broja kopija genomske DNK

Uvod u analizu broja kopija DNK

Kalkulator broja kopija genomske DNK je moćan alat dizajniran da proceni broj kopija specifične DNK sekvence prisutne u genomskoj uzorku. Analiza broja kopija DNK je osnovna tehnika u molekularnoj biologiji, genetici i kliničkoj dijagnostici koja pomaže istraživačima i kliničarima da kvantifikuju prisutnost određenih DNK sekvenci. Ova kalkulacija je ključna za različite primene, uključujući studije ekspresije gena, detekciju patogena, kvantifikaciju transgena i dijagnostikovanje genetskih poremećaja karakterisanih varijacijama u broju kopija (CNVs).

Naš Procjenjivač genomske replikacije pruža jednostavan pristup za izračunavanje broja kopija DNK bez potrebe za složenim konfiguracijama ili API integracijama. Unoseći svoje podatke o DNK sekvenci i ciljanom sekvencu, zajedno sa parametrima koncentracije, možete brzo odrediti broj kopija specifičnih DNK sekvenci u vašem uzorku. Ove informacije su ključne za razumevanje genetskih varijacija, mehanizama bolesti i optimizaciju eksperimentalnih protokola u istraživanju molekularne biologije.

Nauka iza kalkulacije broja kopija DNK

Razumevanje broja kopija DNK

Broj kopija DNK odnosi se na broj puta kada se specifična DNK sekvenca pojavljuje u genomu ili uzorku. U normalnom ljudskom genomu, većina gena postoji u dve kopije (jedna od svakog roditelja). Međutim, različiti biološki procesi i genetski uslovi mogu dovesti do odstupanja od ovog standarda:

Amplifikacije: Povećan broj kopija (više od dve kopije)
Deletacije: Smanjen broj kopija (manje od dve kopije)
Duplikacije: Specifični segmenti duplirani unutar genoma
Varijacije u broju kopija (CNVs): Strukturne varijacije koje uključuju promene u broju kopija

Tačno izračunavanje broja kopija DNK pomaže naučnicima da razumeju ove varijacije i njihove implikacije za zdravlje i bolest.

Matematička formula za kalkulaciju broja kopija DNK

Broj kopija specifične DNK sekvence može se izračunati koristeći sledeću formulu:

$\text{Broj kopija} = \frac{\text{Pojavljivanja} \times \text{Koncentracija} \times \text{Zapremina} \times N_A}{\text{Dužina DNK} \times \text{Prosečna težina baze} \times 10^9}$

Gde:

Pojavljivanja: Broj puta kada se ciljana sekvenca pojavljuje u DNK uzorku
Koncentracija: Koncentracija DNK u ng/μL
Zapremina: Zapremina uzorka u μL
$N_A$ : Avogadrova konstanta (6.022 × 10²³ molekula/mol)
Dužina DNK: Dužina DNK sekvence u baznim parovima
Prosečna težina baze: Prosečna molekulska težina DNK baznog para (660 g/mol)
10^9: Konverziona faktor iz ng u g

Ova formula uzima u obzir molekulske osobine DNK i pruža procenu apsolutnog broja kopija u vašem uzorku.

Objašnjenje varijabli

Pojavljivanja: Ovo se određuje brojanjem koliko puta se ciljana sekvenca pojavljuje unutar cele DNK sekvence. Na primer, ako se vaša ciljana sekvenca "ATCG" pojavljuje 5 puta u vašem DNK uzorku, vrednost pojavljivanja bi bila 5.
Koncentracija DNK: Obično se meri u ng/μL (nanogrami po mikrolitru), ovo predstavlja količinu DNK prisutnu u vašem rastvoru. Ova vrednost se obično određuje korišćenjem spektrofotometrijskih metoda kao što su NanoDrop ili fluorometrijske analize kao što je Qubit.
Zapremina uzorka: Ukupna zapremina vašeg DNK uzorka u mikrolitrima (μL).
Avogadrova konstanta: Ova fundamentalna konstanta (6.022 × 10²³) predstavlja broj molekula u jednom molu supstance.
Dužina DNK: Ukupna dužina vaše DNK sekvence u baznim parovima.
Prosečna težina baze: Prosečna molekulska težina DNK baznog para je približno 660 g/mol. Ova vrednost uzima u obzir prosečnu težinu nukleotida i fosfodiesterske veze u DNK.

Kako koristiti Procjenjivač genomske replikacije

Naš Procjenjivač genomske replikacije pruža korisnički prijateljski interfejs za brzo i tačno izračunavanje broja kopija DNK. Pratite ove korake da biste dobili precizne rezultate:

Korak 1: Unesite svoju DNK sekvencu

U prvom polju za unos, unesite kompletnu DNK sekvencu koju želite da analizirate. Ovo bi trebala biti puna sekvenca u kojoj želite da prebrojite pojavljivanja vaše ciljne sekvence.

Važne napomene:

Prihvaćaju se samo standardne DNK baze (A, T, C, G)
Sekvenca nije osetljiva na velika i mala slova (i "ATCG" i "atcg" se tretiraju isto)
Uklonite sve razmake, brojeve ili specijalne karaktere iz vaše sekvence

Primer važeće DNK sekvence:

1ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAG
2

Korak 2: Unesite svoju ciljanju sekvencu

U drugom polju za unos, unesite specifičnu DNK sekvencu koju želite da prebrojite. Ovo je ciljana sekvenca čiji broj kopija želite da odredite.

Zahtevi:

Ciljana sekvenca mora sadržati samo standardne DNK baze (A, T, C, G)
Ciljana sekvenca mora biti kraća ili jednaka glavnoj DNK sekvenci
Za tačne rezultate, ciljana sekvenca treba da predstavlja specifičnu genetsku jedinicu od interesa

Primer važeće ciljne sekvence:

1ATCG
2

Korak 3: Odredite koncentraciju DNK i zapreminu uzorka

Unesite koncentraciju vašeg DNK uzorka u ng/μL (nanogrami po mikrolitru) i zapreminu u μL (mikrolitrima).

Tipične vrednosti:

Koncentracija DNK: 1-100 ng/μL
Zapremina uzorka: 1-100 μL

Korak 4: Poglejte svoje rezultate

Nakon unosa svih potrebnih informacija, kalkulator će automatski izračunati broj kopija vaše ciljne sekvence. Rezultat predstavlja procenjeni broj kopija vaše ciljne sekvence u celom uzorku.

Sekcija rezultata takođe uključuje:

Vizualizaciju broja kopija
Opciju da kopirate rezultat u vaš međuspremnik
Detaljno objašnjenje kako je kalkulacija izvršena

Validacija i obrada grešaka

Procjenjivač genomske replikacije uključuje nekoliko provera validacije kako bi osigurao tačne rezultate:

Validacija DNK sekvence: Osigurava da unos sadrži samo važeće DNK baze (A, T, C, G).
- Poruka o grešci: "DNK sekvenca mora sadržati samo A, T, C, G karaktere"
Validacija ciljne sekvence: Proverava da ciljana sekvenca sadrži samo važeće DNK baze i da nije duža od glavne DNK sekvence.
- Poruke o grešci:
  - "Ciljna sekvenca mora sadržati samo A, T, C, G karaktere"
  - "Ciljna sekvenca ne može biti duža od DNK sekvence"
Validacija koncentracije i zapremine: Proverava da su ove vrednosti pozitivni brojevi.
- Poruke o grešci:
  - "Koncentracija mora biti veća od 0"
  - "Zapremina mora biti veća od 0"

Aplikacije i slučajevi korišćenja

Analiza broja kopija DNK ima brojne primene u različitim oblastima biologije i medicine:

Istraživačke aplikacije

Studije ekspresije gena: Kvantifikacija broja kopija gena može pomoći u razumevanju nivoa i funkcije njegove ekspresije.
Analiza transgenih organizama: Utvrđivanje broja kopija umetnutih gena u genetski modifikovanim organizmima kako bi se procenila efikasnost integracije.
Kvantifikacija mikroba: Merenje prisutnosti specifičnih mikrobioloških sekvenci u ekološkim ili kliničkim uzorcima.
Testiranje viralnog opterećenja: Kvantifikacija virusnih genoma u uzorcima pacijenata radi praćenja napredovanja infekcije i efikasnosti lečenja.

Kliničke aplikacije

Dijagnostika raka: Identifikacija amplifikacija ili deletacija onkogena i gena supresora tumora.
Dijagnoza genetskih bolesti: Detekcija varijacija u broju kopija povezanih sa genetskim poremećajima poput Duchenneove mišićne distrofije ili Charcot-Marie-Tooth bolesti.
Farmakogenomika: Razumevanje kako broj kopija gena utiče na metabolizam lekova i odgovor.
Prenatalno testiranje: Identifikacija hromosomskih abnormalnosti poput trisomija ili mikrodeletacija.

Primer iz stvarnog života

Istraživački tim koji proučava rak dojke mogao bi koristiti Procjenjivač genomske replikacije da odredi broj kopija HER2 gena u uzorcima tumora. Amplifikacija HER2 (povećan broj kopija) povezana je sa agresivnim rakom dojke i utiče na odluke o lečenju. Izračunavanjem tačnog broja kopija, istraživači mogu:

Klasifikovati tumore na osnovu HER2 statusa
Korelirati broj kopija sa ishodima pacijenata
Pratiti promene u broju kopija tokom lečenja
Razviti preciznije dijagnostičke kriterijume

Alternativne metode za kalkulaciju broja kopija

Iako naš kalkulator pruža jednostavnu metodu za procenu broja kopija DNK, postoje i druge tehnike koje se koriste u istraživačkim i kliničkim okruženjima:

Kvantitativna PCR (qPCR): Merenje amplifikacije DNK u realnom vremenu kako bi se odredio početni broj kopija.
Digitalna PCR (dPCR): Deljenje uzorka na hiljade pojedinačnih reakcija kako bi se pružila apsolutna kvantifikacija bez standardnih krivulja.
Fluorescentna in situ hibridizacija (FISH): Vizualizacija i brojanje specifičnih DNK sekvenci direktno u ćelijama ili hromozomima.
Uporedna genomska hibridizacija (CGH): Upoređivanje broja kopija DNK sekvenci između testnog i referentnog uzorka.
Sekvenciranje nove generacije (NGS): Pruža profilisanje broja kopija u čitavom genomu sa visokom rezolucijom.

Svaka metoda ima svoje prednosti i ograničenja u pogledu tačnosti, cene, propusnosti i rezolucije. Naš kalkulator nudi brzi i pristupačan pristup za inicijalne procene ili kada specijalizovana oprema nije dostupna.

Istorija analize broja kopija DNK

Koncept broja kopija DNK i njegov značaj u genetici značajno su se razvijali tokom decenija:

Rane otkrića (1950-e-1970-e)

Osnova za analizu broja kopija DNK postavljena je otkrićem strukture DNK od strane Votsona i Krika 1953. godine. Međutim, sposobnost detekcije varijacija u broju kopija ostala je ograničena sve do razvoja tehnika molekularne biologije 1970-ih.

Pojava molekularnih tehnika (1980-e)

1980-e su donele razvoj Southern blotting i in situ hibridizacije koje su omogućile naučnicima da detektuju promene u broju kopija na velikim razmerama. Ove metode su pružile prve naznake o tome kako varijacije u broju kopija mogu uticati na ekspresiju gena i fenotip.

Revolucija PCR-a (1990-e)

Izum i usavršavanje Polimerazne lančane reakcije (PCR) od strane Kary Mullis revolucionisali su analizu DNK. Razvoj kvantitativne PCR (qPCR) u 1990-im omogućio je preciznije merenje broja kopija DNK i postao je zlatni standard za mnoge primene.

Genomska era (2000-e-sada)

Završetak Projekta ljudskog genoma 2003. godine i pojava mikroarray i sekvenciranja nove generacije dramatično su proširili našu sposobnost da detektujemo i analiziramo varijacije u broju kopija širom čitavog genoma. Ove tehnologije su otkrile da su varijacije u broju kopija mnogo češće i značajnije nego što se ranije mislilo, doprinoseći kako normalnoj genetskoj raznolikosti, tako i bolesti.

Danas su računske metode i bioinformatički alati dodatno poboljšali našu sposobnost da tačno izračunamo i tumačimo brojeve kopija DNK, čineći ovu analizu dostupnom istraživačima i kliničarima širom sveta.

Primeri koda za kalkulaciju broja kopija DNK

Evo implementacija kalkulacije broja kopija DNK u različitim programskim jezicima:

Python implementacija

1def calculate_dna_copy_number(dna_sequence, target_sequence, concentration, volume):
2    """
3    Izračunajte broj kopija ciljne DNK sekvence.
4    
5    Parametri:
6    dna_sequence (str): Kompletna DNK sekvenca
7    target_sequence (str): Ciljna sekvenca za prebrojavanje
8    concentration (float): Koncentracija DNK u ng/μL
9    volume (float): Zapremina uzorka u μL
10    
11    Vraća:
12    int: Procena broja kopija
13    """
14    # Očistite i validirajte sekvence
15    dna_sequence = dna_sequence.upper().replace(" ", "")
16    target_sequence = target_sequence.upper().replace(" ", "")
17    
18    if not all(base in "ATCG" for base in dna_sequence):
19        raise ValueError("DNK sekvenca mora sadržati samo A, T, C, G karaktere")
20    
21    if not all(base in "ATCG" for base in target_sequence):
22        raise ValueError("Ciljna sekvenca mora sadržati samo A, T, C, G karaktere")
23    
24    if len(target_sequence) > len(dna_sequence):
25        raise ValueError("Ciljna sekvenca ne može biti duža od DNK sekvence")
26    
27    if concentration <= 0 or volume <= 0:
28        raise ValueError("Koncentracija i zapremina moraju biti veće od 0")
29    
30    # Prebrojite pojavljivanja ciljne sekvence
31    count = 0
32    pos = 0
33    while True:
34        pos = dna_sequence.find(target_sequence, pos)
35        if pos == -1:
36            break
37        count += 1
38        pos += 1
39    
40    # Konstantne vrednosti
41    avogadro = 6.022e23  # molekuli/mol
42    avg_base_pair_weight = 660  # g/mol
43    
44    # Izračunajte broj kopija
45    total_dna_ng = concentration * volume
46    total_dna_g = total_dna_ng / 1e9
47    moles_dna = total_dna_g / (len(dna_sequence) * avg_base_pair_weight)
48    total_copies = moles_dna * avogadro
49    copy_number = count * total_copies
50    
51    return round(copy_number)
52
53# Primer korišćenja
54dna_seq = "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG"
55target_seq = "ATCG"
56conc = 10  # ng/μL
57vol = 20   # μL
58
59try:
60    result = calculate_dna_copy_number(dna_seq, target_seq, conc, vol)
61    print(f"Procena broja kopija: {result:,}")
62except ValueError as e:
63    print(f"Greška: {e}")
64

JavaScript implementacija

1function calculateDnaCopyNumber(dnaSequence, targetSequence, concentration, volume) {
2  // Očistite i validirajte sekvence
3  dnaSequence = dnaSequence.toUpperCase().replace(/\s+/g, '');
4  targetSequence = targetSequence.toUpperCase().replace(/\s+/g, '');
5  
6  // Validacija DNK sekvence
7  if (!/^[ATCG]+$/.test(dnaSequence)) {
8    throw new Error("DNK sekvenca mora sadržati samo A, T, C, G karaktere");
9  }
10  
11  // Validacija ciljne sekvence
12  if (!/^[ATCG]+$/.test(targetSequence)) {
13    throw new Error("Ciljna sekvenca mora sadržati samo A, T, C, G karaktere");
14  }
15  
16  if (targetSequence.length > dnaSequence.length) {
17    throw new Error("Ciljna sekvenca ne može biti duža od DNK sekvence");
18  }
19  
20  if (concentration <= 0 || volume <= 0) {
21    throw new Error("Koncentracija i zapremina moraju biti veće od 0");
22  }
23  
24  // Prebrojite pojavljivanja ciljne sekvence
25  let count = 0;
26  let pos = 0;
27  
28  while (true) {
29    pos = dnaSequence.indexOf(targetSequence, pos);
30    if (pos === -1) break;
31    count++;
32    pos++;
33  }
34  
35  // Konstantne vrednosti
36  const avogadro = 6.022e23; // molekuli/mol
37  const avgBasePairWeight = 660; // g/mol
38  
39  // Izračunajte broj kopija
40  const totalDnaNg = concentration * volume;
41  const totalDnaG = totalDnaNg / 1e9;
42  const molesDna = totalDnaG / (dnaSequence.length * avgBasePairWeight);
43  const totalCopies = molesDna * avogadro;
44  const copyNumber = count * totalCopies;
45  
46  return Math.round(copyNumber);
47}
48
49// Primer korišćenja
50try {
51  const dnaSeq = "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG";
52  const targetSeq = "ATCG";
53  const conc = 10; // ng/μL
54  const vol = 20;  // μL
55  
56  const result = calculateDnaCopyNumber(dnaSeq, targetSeq, conc, vol);
57  console.log(`Procena broja kopija: ${result.toLocaleString()}`);
58} catch (error) {
59  console.error(`Greška: ${error.message}`);
60}
61

R implementacija

1calculate_dna_copy_number <- function(dna_sequence, target_sequence, concentration, volume) {
2  # Očistite i validirajte sekvence
3  dna_sequence <- gsub("\\s+", "", toupper(dna_sequence))
4  target_sequence <- gsub("\\s+", "", toupper(target_sequence))
5  
6  # Validacija DNK sekvence
7  if (!grepl("^[ATCG]+$", dna_sequence)) {
8    stop("DNK sekvenca mora sadržati samo A, T, C, G karaktere")
9  }
10  
11  # Validacija ciljne sekvence
12  if (!grepl("^[ATCG]+$", target_sequence)) {
13    stop("Ciljna sekvenca mora sadržati samo A, T, C, G karaktere")
14  }
15  
16  if (nchar(target_sequence) > nchar(dna_sequence)) {
17    stop("Ciljna sekvenca ne može biti duža od DNK sekvence")
18  }
19  
20  if (concentration <= 0 || volume <= 0) {
21    stop("Koncentracija i zapremina moraju biti veće od 0")
22  }
23  
24  # Prebrojite pojavljivanja ciljne sekvence
25  count <- 0
26  pos <- 1
27  
28  while (TRUE) {
29    pos <- regexpr(target_sequence, substr(dna_sequence, pos, nchar(dna_sequence)))
30    if (pos == -1) break
31    count <- count + 1
32    pos <- pos + 1
33  }
34  
35  # Konstantne vrednosti
36  avogadro <- 6.022e23  # molekuli/mol
37  avg_base_pair_weight <- 660  # g/mol
38  
39  # Izračunajte broj kopija
40  total_dna_ng <- concentration * volume
41  total_dna_g <- total_dna_ng / 1e9
42  moles_dna <- total_dna_g / (nchar(dna_sequence) * avg_base_pair_weight)
43  total_copies <- moles_dna * avogadro
44  copy_number <- count * total_copies
45  
46  return(round(copy_number))
47}
48
49# Primer korišćenja
50tryCatch({
51  dna_seq <- "ATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAG"
52  target_seq <- "ATCG"
53  conc <- 10  # ng/μL
54  vol <- 20   # μL
55  
56  result <- calculate_dna_copy_number(dna_seq, target_seq, conc, vol)
57  cat(sprintf("Procena broja kopija: %s\n", format(result, big.mark=",")))
58}, error = function(e) {
59  cat(sprintf("Greška: %s\n", e$message))
60})
61

Često postavljana pitanja (FAQ)

Šta je broj kopija DNK?

Broj kopija DNK odnosi se na broj puta kada se specifična DNK sekvenca pojavljuje u genomu ili uzorku. U ljudima, većina gena postoji u dve kopije (jedna od svakog roditelja), ali ovaj broj može varirati zbog genetskih varijacija, mutacija ili procesa bolesti. Izračunavanje broja kopija je važno za razumevanje genetskih poremećaja, razvoja raka i normalne genetske varijacije.

Koliko je tačan Procjenjivač genomske replikacije?

Procjenjivač genomske replikacije pruža teorijsku kalkulaciju zasnovanu na molekularnim principima i ulaznim parametrima koje pružate. Njegova tačnost zavisi od nekoliko faktora:

Tačnost merenja koncentracije DNK
Čistoća vašeg DNK uzorka
Specifičnost vaše ciljne sekvence
Tačnost merenja zapremine

Za istraživanje koje zahteva ekstremno preciznu kvantifikaciju, tehnike poput digitalne PCR mogu pružiti veću tačnost, ali naš kalkulator nudi dobru procenu za mnoge primene.

Mogu li koristiti ovaj kalkulator za RNA sekvence?

Ne, ovaj kalkulator je specifično dizajniran za DNK sekvence i koristi specifične molekulske težine DNK u svojim kalkulacijama. RNA ima različite molekulske osobine (sadrži uracil umesto timina i ima drugačiju molekulsku težinu). Za kvantifikaciju RNA, trebalo bi koristiti specijalizovane kalkulatore broja kopija RNA.

Koji opseg koncentracije DNK najbolje funkcioniše sa ovim kalkulatorom?

Kalkulator funkcioniše sa bilo kojom pozitivnom vrednošću koncentracije DNK. Međutim, za većinu bioloških uzoraka, koncentracije DNK obično se kreću od 1 do 100 ng/μL. Veoma niske koncentracije (ispod 1 ng/μL) mogu uvesti više nesigurnosti u kalkulaciju zbog ograničenja merenja.

Kako kalkulator obrađuje preklapajuće sekvence?

Kalkulator broji svako pojavljivanje ciljne sekvence, čak i ako se preklapaju. Na primer, u sekvenci "ATATAT", ciljana sekvenca "ATA" bi se prebrojala dva puta (pozicije 1-3 i 3-5). Ovaj pristup je dosledan načinu na koji mnoge tehnike molekularne biologije detektuju sekvence.

Mogu li koristiti ovaj alat za kvantifikaciju ekspresije gena?

Iako ovaj alat kalkuliše brojeve kopija DNK, ekspresija gena se obično meri na nivou RNA. Za analizu ekspresije gena, tehnike poput RT-qPCR, RNA-seq ili mikroarray su prikladnije. Međutim, broj kopija DNK može uticati na ekspresiju gena, tako da su ove analize često komplementarne.

Šta da radim ako moja DNK sekvenca sadrži nejasne baze (N, R, Y, itd.)?

Ovaj kalkulator prihvata samo standardne DNK baze (A, T, C, G). Ako vaša sekvenca sadrži nejasne baze, moraćete ili da ih zamenite specifičnim bazama na osnovu vašeg najboljeg znanja ili da uklonite te delove pre korišćenja kalkulatora.

Kako kalkulator obrađuje veoma velike brojeve kopija?

Kalkulator može obraditi veoma velike brojeve kopija i prikazaće ih u čitljivom formatu. Za ekstremno velike vrednosti, može se koristiti naučna notacija. Osnovna kalkulacija održava punu preciznost bez obzira na veličinu rezultata.

Kako koncentracija DNK utiče na kalkulaciju broja kopija?

Koncentracija DNK ima direktnu linearno vezu sa kalkulisanim brojem kopija. Dupliranje koncentracije će duplirati procenjeni broj kopija, pod pretpostavkom da svi ostali parametri ostaju konstantni. Ovo naglašava važnost tačnog merenja koncentracije za pouzdane rezultate.

Reference

Bustin, S. A., Benes, V., Garson, J. A., Hellemans, J., Huggett, J., Kubista, M., ... & Wittwer, C. T. (2009). MIQE smernice: minimalne informacije za objavljivanje eksperimenata kvantitativne real-time PCR. Klinička hemija, 55(4), 611-622.
D'haene, B., Vandesompele, J., & Hellemans, J. (2010). Tačno i objektivno profilisanje broja kopija korišćenjem real-time kvantitativne PCR. Metode, 50(4), 262-270.
Hindson, B. J., Ness, K. D., Masquelier, D. A., Belgrader, P., Heredia, N. J., Makarewicz, A. J., ... & Colston, B. W. (2011). Sistem za visoko-propusnu digitalnu PCR za apsolutnu kvantifikaciju broja kopija DNK. Analitička hemija, 83(22), 8604-8610.
Zhao, M., Wang, Q., Wang, Q., Jia, P., & Zhao, Z. (2013). Računarski alati za otkrivanje varijacija u broju kopija (CNV) koristeći podatke sekvenciranja nove generacije: karakteristike i perspektive. BMC bioinformatika, 14(11), 1-16.
Redon, R., Ishikawa, S., Fitch, K. R., Feuk, L., Perry, G. H., Andrews, T. D., ... & Hurles, M. E. (2006). Globalna varijacija u broju kopija u ljudskom genomu. Priroda, 444(7118), 444-454.
Zarrei, M., MacDonald, J. R., Merico, D., & Scherer, S. W. (2015). Mapa varijacija u broju kopija ljudskog genoma. Prirodne recenzije genetike, 16(3), 172-183.
Stranger, B. E., Forrest, M. S., Dunning, M., Ingle, C. E., Beazley, C., Thorne, N., ... & Dermitzakis, E. T. (2007). Relativni uticaj nukleotidnih i varijacija u broju kopija na fenotipe ekspresije gena. Nauka, 315(5813), 848-853.
Alkan, C., Coe, B. P., & Eichler, E. E. (2011). Otkriće i genotipizacija strukturne varijacije genoma. Prirodne recenzije genetike, 12(5), 363-376.

Zaključak

Kalkulator broja kopija genomske DNK pruža moćan, ali pristupačan način za procenu broja kopija specifičnih DNK sekvenci u vašim uzorcima. Kombinovanjem molekularnih principa sa dizajnom koji je lak za korišćenje, ovaj alat pomaže istraživačima, studentima i profesionalcima da brzo dobiju vredne kvantitativne podatke bez specijalizovane opreme ili složenih protokola.

Razumevanje broja kopija DNK je od suštinskog značaja za brojne primene u genetici, molekularnoj biologiji i medicini. Bilo da proučavate amplifikaciju gena u raku, kvantifikujete integraciju transgena ili istražujete varijacije u broju kopija u genetskim poremećajima, naš kalkulator nudi jednostavan pristup za dobijanje informacija koje su vam potrebne.

Pozivamo vas da isprobate Procjenjivač genomske replikacije sa svojim DNK sekvencama i istražite kako promene u koncentraciji, zapremini i ciljnim sekvencama utiču na izračunate brojeve kopija. Ovo praktično iskustvo će produbiti vaše razumevanje principa molekularne kvantifikacije i pomoći vam da primenite ove koncepte na svoja specifična istraživačka pitanja.

Za bilo kakva pitanja ili povratne informacije o kalkulatoru, molimo vas da se obratite odeljku FAQ ili kontaktirate naš tim za podršku.

Procena genomske replikacije | Kalkulator broja kopija DNK

Процените репликацију генома

Резултати

Метод израчунавања

Визуелизација

Dokumentacija