คำนวณน้ำหนักโมเลกุลของโปรตีนตามลำดับกรดอะมิโน ป้อนลำดับโปรตีนของคุณโดยใช้รหัสตัวอักษรมาตรฐานหนึ่งตัวเพื่อให้ได้ค่าที่ถูกต้องของน้ำหนักโมเลกุลในดัลตัน
คำนวณน้ำหนักโมเลกุลของโปรตีนตามลำดับกรดอะมิโน
ใช้รหัสกรดอะมิโนมาตรฐานแบบตัวอักษรเดียว (A, R, N, D, C, ฯลฯ)
เครื่องคำนวณนี้ประเมินน้ำหนักโมเลกุลของโปรตีนตามลำดับกรดอะมิโน
การคำนวณจะคำนึงถึงน้ำหนักโมเลกุลมาตรฐานของกรดอะมิโนและการสูญเสียน้ำในระหว่างการสร้างพันธะเปปไทด์
เพื่อผลลัพธ์ที่ถูกต้อง โปรดตรวจสอบให้แน่ใจว่าคุณป้อนลำดับกรดอะมิโนที่ถูกต้องโดยใช้รหัสตัวอักษรเดียวมาตรฐาน
เครื่องมือ โปรตีนโมเลกุลน้ำหนักคำนวณ เป็นเครื่องมือที่จำเป็นสำหรับนักชีวเคมี นักชีววิทยาโมเลกุล และนักวิทยาศาสตร์โปรตีนที่ต้องการกำหนดมวลของโปรตีนตามลำดับกรดอะมิโน โปรตีนเป็นแมคโครโมเลกุลที่ซับซ้อนซึ่งประกอบด้วยสายกรดอะมิโน และการรู้มวลโมเลกุลของพวกมันเป็นสิ่งสำคัญสำหรับเทคนิคในห้องปฏิบัติการต่างๆ การออกแบบการทดลอง และการวิเคราะห์ข้อมูล เครื่องมือนี้ให้วิธีที่รวดเร็วและแม่นยำในการประมาณน้ำหนักโมเลกุลของโปรตีนใดๆ โดยใช้ลำดับกรดอะมิโนของมัน ช่วยให้นักวิจัยประหยัดเวลาอันมีค่าและลดความเป็นไปได้ของข้อผิดพลาดในการคำนวณ
น้ำหนักโมเลกุลของโปรตีนซึ่งมักแสดงในหน่วยดัลตัน (Da) หรือกิโลดัลตัน (kDa) แสดงถึงผลรวมของน้ำหนักของกรดอะมิโนแต่ละตัวในโปรตีน โดยคำนึงถึงโมเลกุลน้ำที่สูญเสียไปในระหว่างการสร้างพันธะเปปไทด์ คุณสมบัติพื้นฐานนี้มีอิทธิพลต่อพฤติกรรมของโปรตีนในสารละลาย ความคล่องตัวในการอิเล็กโตรโฟรีซิส คุณสมบัติในการตกผลึก และลักษณะทางกายภาพและเคมีอื่นๆ ที่สำคัญในการวิจัยและการใช้งานในอุตสาหกรรม
เครื่องคำนวณที่ใช้งานง่ายของเราต้องการเพียงลำดับกรดอะมิโนในรูปแบบตัวอักษรเดียวของโปรตีนของคุณเพื่อสร้างการประมาณน้ำหนักโมเลกุลที่แม่นยำ ทำให้เข้าถึงได้สำหรับทั้งนักวิจัยที่มีประสบการณ์และนักเรียนที่เพิ่งเริ่มต้นในวิทยาศาสตร์โปรตีน
น้ำหนักโมเลกุลของโปรตีนคำนวณโดยใช้สูตรต่อไปนี้:
โดยที่:
การคำนวณใช้มาตรฐานน้ำหนักโมเลกุลของกรดอะมิโน 20 ชนิดทั่วไป:
| กรดอะมิโน | รหัสตัวอักษรเดียว | น้ำหนักโมเลกุล (Da) |
|---|---|---|
| อะลานีน | A | 71.03711 |
| อาร์จินีน | R | 156.10111 |
| แอสparagine | N | 114.04293 |
| แอสparatic acid | D | 115.02694 |
| ซีสเทอีน | C | 103.00919 |
| กลูตามิก แอซิด | E | 129.04259 |
| กลูตามีน | Q | 128.05858 |
| ไกลซีน | G | 57.02146 |
| ฮิสทิดีน | H | 137.05891 |
| ไอโซลิวซีน | I | 113.08406 |
| ลิวซีน | L | 113.08406 |
| ไลซีน | K | 128.09496 |
| เมธิโอนีน | M | 131.04049 |
| ฟีนิลอะลานีน | F | 147.06841 |
| โพรลีน | P | 97.05276 |
| เซอรีน | S | 87.03203 |
| ธรีโอนีน | T | 101.04768 |
| ทริปโตเฟน | W | 186.07931 |
| ไทโรซีน | Y | 163.06333 |
| วาลีน | V | 99.06841 |
เมื่อกรดอะมิโนรวมตัวกันเพื่อสร้างโปรตีน พวกเขาจะสร้างพันธะเปปไทด์ ในกระบวนการนี้ โมเลกุลน้ำ (H₂O) จะถูกปล่อยออกมาสำหรับแต่ละพันธะที่เกิดขึ้น การสูญเสียน้ำนี้ต้องคำนึงถึงในการคำนวณน้ำหนักโมเลกุล
สำหรับโปรตีนที่มีกรดอะมิโน n ตัว จะมีพันธะเปปไทด์ (n-1) ที่เกิดขึ้น ซึ่งส่งผลให้สูญเสียน้ำ (n-1) โมเลกุล อย่างไรก็ตาม เราจะเพิ่มน้ำโมเลกุลหนึ่งกลับเพื่อคำนึงถึงกลุ่มปลาย (H ที่ปลาย N และ OH ที่ปลาย C)
มาคำนวณน้ำหนักโมเลกุลของไตรเปปไทด์ที่เรียบง่าย: Ala-Gly-Ser (AGS)
ผลรวมของน้ำหนักกรดอะมิโนแต่ละตัว:
หักการสูญเสียน้ำจากพันธะเปปไทด์:
เพิ่มน้ำโมเลกุลหนึ่งกลับสำหรับกลุ่มปลาย:
น้ำหนักโมเลกุลสุดท้าย:
การใช้เครื่องคำนวณน้ำหนักโมเลกุลโปรตีนเป็นเรื่องง่าย:
ป้อนลำดับโปรตีนของคุณ ในกล่องข้อความโดยใช้รหัสกรดอะมิโนตัวอักษรเดียวมาตรฐาน (A, R, N, D, C, E, Q, G, H, I, L, K, M, F, P, S, T, W, Y, V)
เครื่องคำนวณจะ ตรวจสอบความถูกต้อง ของข้อมูลที่คุณป้อนโดยอัตโนมัติเพื่อให้แน่ใจว่ามีเพียงรหัสกรดอะมิโนที่ถูกต้องเท่านั้น
คลิกที่ปุ่ม "คำนวณน้ำหนักโมเลกุล" หรือรอให้การคำนวณอัตโนมัติเสร็จสิ้น
ดูผลลัพธ์ ซึ่งรวมถึง:
คุณสามารถ คัดลอกผลลัพธ์ ไปยังคลิปบอร์ดของคุณโดยคลิกที่ปุ่ม "คัดลอก" เพื่อใช้ในรายงานหรือการวิเคราะห์เพิ่มเติม
เพื่อให้ได้ผลลัพธ์ที่แม่นยำ โปรดปฏิบัติตามแนวทางเหล่านี้เมื่อป้อนลำดับโปรตีนของคุณ:
เครื่องคำนวณจะให้ข้อมูลหลายชิ้น:
น้ำหนักโมเลกุล: น้ำหนักโมเลกุลที่ประมาณการของโปรตีนของคุณในดัลตัน (Da) สำหรับโปรตีนขนาดใหญ่ อาจแสดงเป็นกิโลดัลตัน (kDa)
ความยาวลำดับ: จำนวนกรดอะมิโนทั้งหมดในลำดับของคุณ
องค์ประกอบกรดอะมิโน: การวิเคราะห์ภาพรวมของเนื้อหากรดอะมิโนของโปรตีนของคุณ โดยแสดงทั้งจำนวนและเปอร์เซ็นต์ของกรดอะมิโนแต่ละตัว
วิธีการคำนวณ: คำอธิบายที่ชัดเจนเกี่ยวกับวิธีการคำนวณน้ำหนักโมเลกุล รวมถึงสูตรที่ใช้
เครื่องคำนวณน้ำหนักโมเลกุลโปรตีนมีการใช้งานมากมายในหลากหลายสาขาของวิทยาศาสตร์ชีวิต:
นักวิจัยใช้ข้อมูลน้ำหนักโมเลกุลเพื่อ:
บริษัทเทคโนโลยีชีวภาพพึ่งพาการคำนวณน้ำหนักโมเลกุลที่แม่นยำเพื่อ:
นักเคมีเปปไทด์ใช้การคำนวณน้ำหนักโมเลกุลเพื่อ:
นักชีววิทยาเชิงโครงสร้างต้องการข้อมูลน้ำหนักโมเลกุลเพื่อ:
นักพัฒนายาใช้โปรตีนโมเลกุลน้ำหนักเพื่อ:
นักเรียนและนักวิจัยใช้เครื่องคำนวณสำหรับ:
ในขณะที่เครื่องคำนวณน้ำหนักโมเลกุลโปรตีนของเรามอบการประมาณการที่รวดเร็วและแม่นยำ แต่ก็มีวิธีการอื่นๆ ในการกำหนดน้ำหนักโมเลกุลของโปรตีน:
วิธีการทดลอง:
เครื่องมือคอมพิวเตอร์อื่นๆ:
ซอฟต์แวร์เฉพาะทาง:
แนวคิดเรื่องน้ำหนักโมเลกุลเป็นพื้นฐานของเคมีตั้งแต่จอห์น ดาลตันเสนอทฤษฎีอะตอมในศตวรรษที่ 19 อย่างไรก็ตาม การนำไปใช้กับโปรตีนมีประวัติที่ใหม่กว่า:
ในปัจจุบัน การคำนวณน้ำหนักโมเลกุลโปรตีนเป็นส่วนหนึ่งที่เป็นกิจวัตรแต่สำคัญของวิทยาศาสตร์โปรตีน ซึ่งอำนวยความสะดวกโดยเครื่องมืออย่างเครื่องคำนวณของเราที่ทำให้การคำนวณเหล่านี้สามารถเข้าถึงได้สำหรับนักวิจัยทั่วโลก
นี่คือตัวอย่างวิธีการคำนวณน้ำหนักโมเลกุลโปรตีนในภาษาการเขียนโปรแกรมต่างๆ:
1' Excel VBA Function for Protein Molecular Weight Calculation
2Function ProteinMolecularWeight(sequence As String) As Double
3 ' Amino acid molecular weights
4 Dim aaWeights As Object
5 Set aaWeights = CreateObject("Scripting.Dictionary")
6
7 ' Initialize amino acid weights
8 aaWeights("A") = 71.03711
9 aaWeights("R") = 156.10111
10 aaWeights("N") = 114.04293
11 aaWeights("D") = 115.02694
12 aaWeights("C") = 103.00919
13 aaWeights("E") = 129.04259
14 aaWeights("Q") = 128.05858
15 aaWeights("G") = 57.02146
16 aaWeights("H") = 137.05891
17 aaWeights("I") = 113.08406
18 aaWeights("L") = 113.08406
19 aaWeights("K") = 128.09496
20 aaWeights("M") = 131.04049
21 aaWeights("F") = 147.06841
22 aaWeights("P") = 97.05276
23 aaWeights("S") = 87.03203
24 aaWeights("T") = 101.04768
25 aaWeights("W") = 186.07931
26 aaWeights("Y") = 163.06333
27 aaWeights("V") = 99.06841
28
29 ' Water molecular weight
30 Const WATER_WEIGHT As Double = 18.01528
31
32 ' Convert sequence to uppercase
33 sequence = UCase(sequence)
34
35 ' Calculate total weight
36 Dim totalWeight As Double
37 totalWeight = 0
38
39 ' Sum individual amino acid weights
40 Dim i As Integer
41 For i = 1 To Len(sequence)
42 Dim aa As String
43 aa = Mid(sequence, i, 1)
44
45 If aaWeights.Exists(aa) Then
46 totalWeight = totalWeight + aaWeights(aa)
47 Else
48 ' Invalid amino acid code
49 ProteinMolecularWeight = -1
50 Exit Function
51 End If
52 Next i
53
54 ' Subtract water loss from peptide bonds and add terminal water
55 Dim numAminoAcids As Integer
56 numAminoAcids = Len(sequence)
57
58 ProteinMolecularWeight = totalWeight - (numAminoAcids - 1) * WATER_WEIGHT + WATER_WEIGHT
59End Function
60
61' Usage in Excel:
62' =ProteinMolecularWeight("ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY")
631def calculate_protein_molecular_weight(sequence):
2 """
3 Calculate the molecular weight of a protein from its amino acid sequence.
4
5 Args:
6 sequence (str): Protein sequence using one-letter amino acid codes
7
8 Returns:
9 float: Molecular weight in Daltons (Da)
10 """
11 # Amino acid molecular weights
12 aa_weights = {
13 'A': 71.03711,
14 'R': 156.10111,
15 'N': 114.04293,
16 'D': 115.02694,
17 'C': 103.00919,
18 'E': 129.04259,
19 'Q': 128.05858,
20 'G': 57.02146,
21 'H': 137.05891,
22 'I': 113.08406,
23 'L': 113.08406,
24 'K': 128.09496,
25 'M': 131.04049,
26 'F': 147.06841,
27 'P': 97.05276,
28 'S': 87.03203,
29 'T': 101.04768,
30 'W': 186.07931,
31 'Y': 163.06333,
32 'V': 99.06841
33 }
34
35 # Water molecular weight
36 WATER_WEIGHT = 18.01528
37
38 # Convert sequence to uppercase
39 sequence = sequence.upper()
40
41 # Validate sequence
42 for aa in sequence:
43 if aa not in aa_weights:
44 raise ValueError(f"Invalid amino acid code: {aa}")
45
46 # Sum individual amino acid weights
47 total_weight = sum(aa_weights[aa] for aa in sequence)
48
49 # Subtract water loss from peptide bonds and add terminal water
50 num_amino_acids = len(sequence)
51 molecular_weight = total_weight - (num_amino_acids - 1) * WATER_WEIGHT + WATER_WEIGHT
52
53 return molecular_weight
54
55# Example usage:
56sequence = "MVKMDVYKGSSIGDSMSRSM"
57mw = calculate_protein_molecular_weight(sequence)
58print(f"Molecular weight: {mw:.2f} Da")
591function calculateProteinMolecularWeight(sequence) {
2 // Amino acid molecular weights
3 const aaWeights = {
4 'A': 71.03711,
5 'R': 156.10111,
6 'N': 114.04293,
7 'D': 115.02694,
8 'C': 103.00919,
9 'E': 129.04259,
10 'Q': 128.05858,
11 'G': 57.02146,
12 'H': 137.05891,
13 'I': 113.08406,
14 'L': 113.08406,
15 'K': 128.09496,
16 'M': 131.04049,
17 'F': 147.06841,
18 'P': 97.05276,
19 'S': 87.03203,
20 'T': 101.04768,
21 'W': 186.07931,
22 'Y': 163.06333,
23 'V': 99.06841
24 };
25
26 // Water molecular weight
27 const WATER_WEIGHT = 18.01528;
28
29 // Convert sequence to uppercase
30 sequence = sequence.toUpperCase();
31
32 // Validate sequence
33 for (let i = 0; i < sequence.length; i++) {
34 const aa = sequence[i];
35 if (!aaWeights[aa]) {
36 throw new Error(`Invalid amino acid code: ${aa}`);
37 }
38 }
39
40 // Sum individual amino acid weights
41 let totalWeight = 0;
42 for (let i = 0; i < sequence.length; i++) {
43 totalWeight += aaWeights[sequence[i]];
44 }
45
46 // Subtract water loss from peptide bonds and add terminal water
47 const numAminoAcids = sequence.length;
48 const molecularWeight = totalWeight - (numAminoAcids - 1) * WATER_WEIGHT + WATER_WEIGHT;
49
50 return molecularWeight;
51}
52
53// Example usage:
54const sequence = "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY";
55try {
56 const mw = calculateProteinMolecularWeight(sequence);
57 console.log(`Molecular weight: ${mw.toFixed(2)} Da`);
58} catch (error) {
59 console.error(error.message);
60}
611import java.util.HashMap;
2import java.util.Map;
3
4public class ProteinMolecularWeightCalculator {
5 private static final Map<Character, Double> aminoAcidWeights = new HashMap<>();
6 private static final double WATER_WEIGHT = 18.01528;
7
8 static {
9 // Initialize amino acid weights
10 aminoAcidWeights.put('A', 71.03711);
11 aminoAcidWeights.put('R', 156.10111);
12 aminoAcidWeights.put('N', 114.04293);
13 aminoAcidWeights.put('D', 115.02694);
14 aminoAcidWeights.put('C', 103.00919);
15 aminoAcidWeights.put('E', 129.04259);
16 aminoAcidWeights.put('Q', 128.05858);
17 aminoAcidWeights.put('G', 57.02146);
18 aminoAcidWeights.put('H', 137.05891);
19 aminoAcidWeights.put('I', 113.08406);
20 aminoAcidWeights.put('L', 113.08406);
21 aminoAcidWeights.put('K', 128.09496);
22 aminoAcidWeights.put('M', 131.04049);
23 aminoAcidWeights.put('F', 147.06841);
24 aminoAcidWeights.put('P', 97.05276);
25 aminoAcidWeights.put('S', 87.03203);
26 aminoAcidWeights.put('T', 101.04768);
27 aminoAcidWeights.put('W', 186.07931);
28 aminoAcidWeights.put('Y', 163.06333);
29 aminoAcidWeights.put('V', 99.06841);
30 }
31
32 public static double calculateMolecularWeight(String sequence) throws IllegalArgumentException {
33 // Convert sequence to uppercase
34 sequence = sequence.toUpperCase();
35
36 // Validate sequence
37 for (int i = 0; i < sequence.length(); i++) {
38 char aa = sequence.charAt(i);
39 if (!aminoAcidWeights.containsKey(aa)) {
40 throw new IllegalArgumentException("Invalid amino acid code: " + aa);
41 }
42 }
43
44 // Sum individual amino acid weights
45 double totalWeight = 0;
46 for (int i = 0; i < sequence.length(); i++) {
47 totalWeight += aminoAcidWeights.get(sequence.charAt(i));
48 }
49
50 // Subtract water loss from peptide bonds and add terminal water
51 int numAminoAcids = sequence.length();
52 double molecularWeight = totalWeight - (numAminoAcids - 1) * WATER_WEIGHT + WATER_WEIGHT;
53
54 return molecularWeight;
55 }
56
57 public static void main(String[] args) {
58 try {
59 String sequence = "MVKMDVYKGSSIGDSMSRSM";
60 double mw = calculateMolecularWeight(sequence);
61 System.out.printf("Molecular weight: %.2f Da%n", mw);
62 } catch (IllegalArgumentException e) {
63 System.err.println(e.getMessage());
64 }
65 }
66}
671#include <iostream>
2#include <string>
3#include <map>
4#include <stdexcept>
5#include <algorithm>
6
7double calculateProteinMolecularWeight(const std::string& sequence) {
8 // Amino acid molecular weights
9 std::map<char, double> aaWeights = {
10 {'A', 71.03711},
11 {'R', 156.10111},
12 {'N', 114.04293},
13 {'D', 115.02694},
14 {'C', 103.00919},
15 {'E', 129.04259},
16 {'Q', 128.05858},
17 {'G', 57.02146},
18 {'H', 137.05891},
19 {'I', 113.08406},
20 {'L', 113.08406},
21 {'K', 128.09496},
22 {'M', 131.04049},
23 {'F', 147.06841},
24 {'P', 97.05276},
25 {'S', 87.03203},
26 {'T', 101.04768},
27 {'W', 186.07931},
28 {'Y', 163.06333},
29 {'V', 99.06841}
30 };
31
32 // Water molecular weight
33 const double WATER_WEIGHT = 18.01528;
34
35 // Convert sequence to uppercase
36 std::string upperSequence = sequence;
37 std::transform(upperSequence.begin(), upperSequence.end(), upperSequence.begin(), ::toupper);
38
39 // Validate sequence
40 for (char aa : upperSequence) {
41 if (aaWeights.find(aa) == aaWeights.end()) {
42 throw std::invalid_argument(std::string("Invalid amino acid code: ") + aa);
43 }
44 }
45
46 // Sum individual amino acid weights
47 double totalWeight = 0.0;
48 for (char aa : upperSequence) {
49 totalWeight += aaWeights[aa];
50 }
51
52 // Subtract water loss from peptide bonds and add terminal water
53 int numAminoAcids = upperSequence.length();
54 double molecularWeight = totalWeight - (numAminoAcids - 1) * WATER_WEIGHT + WATER_WEIGHT;
55
56 return molecularWeight;
57}
58
59int main() {
60 try {
61 std::string sequence = "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY";
62 double mw = calculateProteinMolecularWeight(sequence);
63 std::cout << "Molecular weight: " << std::fixed << std::setprecision(2) << mw << " Da" << std::endl;
64 } catch (const std::exception& e) {
65 std::cerr << "Error: " << e.what() << std::endl;
66 }
67
68 return 0;
69}
70น้ำหนักโมเลกุลโปรตีน หรือที่เรียกว่าน้ำหนักโมเลกุล คือ มวลรวมของโมเลกุลโปรตีนที่แสดงในหน่วยดัลตัน (Da) หรือกิโลดัลตัน (kDa) ซึ่งแสดงถึงผลรวมของมวลของอะตอมทั้งหมดในโปรตีน โดยคำนึงถึงการสูญเสียโมเลกุลน้ำในระหว่างการสร้างพันธะเปปไทด์ คุณสมบัติพื้นฐานนี้มีความสำคัญต่อการจำแนกประเภทโปรตีน การทำให้บริสุทธิ์ และการวิเคราะห์
เครื่องคำนวณนี้ให้การประมาณน้ำหนักโมเลกุลตามลำดับกรดอะมิโนด้วยความแม่นยำสูง มันใช้มวลโมเลกุลของกรดอะมิโนตามมาตรฐานและคำนึงถึงการสูญเสียน้ำในระหว่างการสร้างพันธะเปปไทด์ อย่างไรก็ตาม มันไม่ได้คำนึงถึงการดัดแปลงหลังการแปล กรดอะมิโนที่ไม่เป็นมาตรฐาน หรือความแปรปรวนของไอโซโทปที่อาจมีอยู่ในโปรตีนจริง
น้ำหนักโมเลกุลโปรตีนมักจะแสดงในหน่วยดัลตัน (Da) หรือกิโลดัลตัน (kDa) โดย 1 kDa เท่ากับ 1,000 Da ดัลตันประมาณเท่ากับมวลของอะตอมไฮโดรเจน (1.66 × 10^-24 กรัม) สำหรับการอ้างอิง เปปไทด์ขนาดเล็กอาจมีน้ำหนักเพียงไม่กี่ร้อย Da ในขณะที่โปรตีนขนาดใหญ่สามารถมีน้ำหนักหลายร้อย kDa
หลายปัจจัยสามารถทำให้เกิดความแตกต่างระหว่างน้ำหนักโมเลกุลที่คำนวณและค่าที่ทดลองได้:
สำหรับการกำหนดน้ำหนักโมเลกุลที่แม่นยำของโปรตีนที่ดัดแปลง แนะนำให้ใช้มวลสเปกโตรเมตรี
เครื่องคำนวณนี้รองรับเฉพาะกรดอะมิโน 20 ชนิดมาตรฐานโดยใช้รหัสตัวอักษรเดียว (A, R, N, D, C, E, Q, G, H, I, L, K, M, F, P, S, T, W, Y, V) สำหรับโปรตีนที่มีกรดอะมิโนที่ไม่เป็นมาตรฐาน เช่น เซลิโนซีสเทอีน ไพรโรลิซีน หรือกรดที่ดัดแปลงอื่นๆ จำเป็นต้องใช้เครื่องมือเฉพาะทางหรือการคำนวณด้วยตนเอง
องค์ประกอบกรดอะมิโนจะแสดงจำนวนและเปอร์เซ็นต์ของกรดอะมิโนแต่ละตัวในลำดับโปรตีนของคุณ ข้อมูลนี้มีประโยชน์สำหรับ:
สำหรับเปปไทด์ขนาดเล็ก ความแตกต่างจะน้อยมาก แต่จะมีความสำคัญมากขึ้นสำหรับโปรตีนขนาดใหญ่ มวลสเปกโตรเมตรีมักจะวัดมวลโมโนไอโซโทปสำหรับโมเลกุลขนาดเล็กและมวลเฉลี่ยสำหรับโมเลกุลที่ใหญ่กว่า
เครื่องคำนวณนี้คำนึงถึงกลุ่มปลาย N-terminal (NH₂-) และ C-terminal (-COOH) โดยการเพิ่มน้ำโมเลกุลหนึ่งกลับ (18.01528 Da) หลังจากหักน้ำที่สูญเสียไปในระหว่างการสร้างพันธะเปปไทด์ สิ่งนี้ทำให้แน่ใจว่าน้ำหนักโมเลกุลที่คำนวณจะแสดงถึงโปรตีนที่สมบูรณ์พร้อมกลุ่มปลายที่เหมาะสม
ใช่ แต่เครื่องคำนวณนี้ไม่ได้ปรับโดยอัตโนมัติสำหรับพันธะซัลไฟด์ การสร้างพันธะซัลไฟด์แต่ละครั้งจะส่งผลให้สูญเสียไฮโดรเจนสองอะตอม (2.01588 Da) เพื่อคำนึงถึงพันธะซัลไฟด์ ให้หัก 2.01588 Da ออกจากน้ำหนักโมเลกุลที่คำนวณสำหรับแต่ละพันธะซัลไฟด์ในโปรตีนของคุณ
ในขณะที่น้ำหนักโมเลกุลสัมพันธ์กับขนาดโปรตีน ความสัมพันธ์นี้ไม่ใช่เรื่องที่ตรงไปตรงมาเสมอไป ปัจจัยที่มีผลต่อขนาดทางกายภาพของโปรตีนรวมถึง:
สำหรับการประมาณอย่างหยาบ โปรตีนกลมขนาด 10 kDa จะมีเส้นผ่านศูนย์กลางประมาณ 2-3 นาโนเมตร
Gasteiger E., Hoogland C., Gattiker A., Duvaud S., Wilkins M.R., Appel R.D., Bairoch A. (2005) เครื่องมือในการระบุและวิเคราะห์โปรตีนบนเซิร์ฟเวอร์ ExPASy. ใน: Walker J.M. (eds) The Proteomics Protocols Handbook. Humana Press.
Nelson, D. L., & Cox, M. M. (2017). หลักการชีวเคมีของเลห์นิงเกอร์ (ฉบับที่ 7). W.H. Freeman and Company.
Steen, H., & Mann, M. (2004). ABC's (และ XYZ's) ของการจัดลำดับเปปไทด์. Nature Reviews Molecular Cell Biology, 5(9), 699-711.
Voet, D., Voet, J. G., & Pratt, C. W. (2016). พื้นฐานของชีวเคมี: ชีวิตในระดับโมเลกุล (ฉบับที่ 5). Wiley.
Creighton, T. E. (2010). ชีวเคมีฟิสิกส์ของกรดนิวคลีอิกและโปรตีน. Helvetian Press.
UniProt Consortium. (2021). UniProt: ฐานข้อมูลความรู้โปรตีนสากลในปี 2021. Nucleic Acids Research, 49(D1), D480-D489.
Artimo, P., Jonnalagedda, M., Arnold, K., Baratin, D., Csardi, G., de Castro, E., Duvaud, S., Flegel, V., Fortier, A., Gasteiger, E., Grosdidier, A., Hernandez, C., Ioannidis, V., Kuznetsov, D., Liechti, R., Moretti, S., Mostaguir, K., Redaschi, N., Rossier, G., Xenarios, I., & Stockinger, H. (2012). ExPASy: พอร์ทัลทรัพยากรชีวสารสนเทศ SIB. Nucleic Acids Research, 40(W1), W597-W603.
Kinter, M., & Sherman, N. E. (2005). การจัดลำดับโปรตีนและการระบุด้วยการใช้มวลสเปกโตรเมตรี. Wiley-Interscience.
ลองใช้เครื่องคำนวณน้ำหนักโมเลกุลโปรตีนของเราวันนี้เพื่อกำหนดน้ำหนักโมเลกุลของลำดับโปรตีนของคุณอย่างรวดเร็วและแม่นยำ ไม่ว่าคุณจะวางแผนการทดลอง วิเคราะห์ผล หรือเรียนรู้เกี่ยวกับชีวเคมีโปรตีน เครื่องมือนี้ให้ข้อมูลที่คุณต้องการในไม่กี่วินาที
ค้นพบเครื่องมือเพิ่มเติมที่อาจมีประโยชน์สำหรับการทำงานของคุณ